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[期刊] 中国农业科学  [作者] 刘振  姚明哲  王新超  陈亮  
【目的】通过对福建地区茶树资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,为今后茶树亲本选择或遗传改良等提供依据。【方法】利用中国农业科学院茶叶研究所茶树分子生物学实验室新开发的23对和他人3对共26对EST-SSR引物对福建省的42份茶树种质资源进行PCR扩增,在所得相似系数的基础上进行UPGMA聚类,并绘制亲缘关系树状聚类图。【结果】26对引物共检测到等位位点86个,每个引物为2~5个,平均3.31个;遗传多态性信息含量(PIC)在0.05~0.75,平均值为0.56。期望杂合度(He)大小在0.02~0.81,平均值为0.60;观测杂合度(Ho)在0.02~0.97,平均值为0.55;群体内的Shan...
[期刊] 华北农学报  [作者] 周萌  李友勇  孙雪梅  王家金  谢瑾  成浩  汪云刚  刘本英  
应用EST-SSR标记技术对云南省不同区域采集的39份古茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系研究。结果表明:43对EST-SSR引物共扩增出121条多态性谱带,有效等位基因变异占比重的73.88%。多态性信息量PIC值为0.05~0.74,平均为0.469。基因多样性指数平均值为0.53,Shannon指数平均值为0.81,均高于0.5。遗传相似系数0.41~0.91,平均值为0.65,显示云南大茶树的遗传基础相对比较宽,具有较高的遗传多样性水平。SSR聚类分析表明,大茶树的遗传距离和亲缘关系与地理分布有一定的关系,在分子水平上显示了部分云南大茶树的亲缘关系,有助于今后野生大茶树的保护及利用研究...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)  [作者] 王旭  董丽娟  段继华  李赛君  张曙光  
利用33对多态性SSR引物对84个茶树品种进行亲缘关系和遗传多样性分析,并基于SSR数据,对供试品种进行UPGMA遗传相似性聚类分析。结果表明:参试品种具有较高的遗传多样性(共检测到94个等位位点,每个引物2~4个,平均2.85个;引物多态性信息含量为0.20~0.79,平均值为0.56;可观测等位位点数最多9个,最少3个,平均4.79个;杂合度观测值为0.08~0.97,平均值为0.53;杂合度期望值为0.14~0.86,平均值为0.62;群体内的Shannon指数平均值为1.17);聚类分析结果显示,阿萨姆茶等6个品种各自形成了单独的分支,其余78个品种聚成1个大类群,在相似系数0.54处...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 周萌  李友勇  孙雪梅  马玲  宋维希  段志芬  杨毅坚  蒋会兵  矣兵  尚卫琼  成浩  刘本英  
研究以树龄3200年的香竹箐茶树王为基础,应用27对引物对包括香竹箐茶树王在内的22份古茶树资源、44份野生茶树资源和18份栽培品种茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系的分析。结果表明,27对引物共扩增出190个基因型,91个等位基因,Shannon平均值为0.92。观测杂合度平均值0.52,期望杂合度平均值0.54,均大于0.50。PIC值在0.10~0.73,平均0.54,大于0.50。说明供试材料遗传差异大。香竹箐茶树王与古茶树、野生茶树和栽培型茶树中遗传相似性系数低于0.50的资源在每个群体分别占9.1%、29.6%和44.4%,说明香竹箐茶树王与野生茶树和栽培型茶树品种之间的遗传关系较...
[期刊] 林业科学  [作者] 周炎花  乔小燕  马春雷  乔婷婷  金基强  姚明哲  陈亮  
利用设计合成的60对扩增稳定的EST-SSR核心引物分析51份广西茶树地方品种的遗传多样性和遗传结构,共检测到232个等位基因,每对引物检测到2~7个,平均3.88个。群体的观测杂合度(Ho)变化范围为0.02(TM149)~0.92(TM186),平均为0.37;期望杂合度(He)的变化范围为0.13(TM144,TM147)~0.73(TM189),平均为0.47;位点的多态信息含量(PIC)介于0.12~0.68之间,平均为0.41。地区间遗传相似系数在0.83~0.94之间,说明不同地区地方品种间的亲缘关系较近。对于茶与白毛茶群体而言,平均遗传分化系数为0.02(P<0.001),即有...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 乔小燕  乔婷婷  周炎花  金基强  马春雷  姚明哲  陈亮  
【目的】通过揭示茶树资源遗传多样性、遗传结构和遗传分化关系,为资源的有效保护和充分利用提供理论依据。【方法】利用109对核心EST-SSR标记对广东、广西的105份茶树核心资源进行遗传多样性和遗传分化比较分析;同时对广东和广西资源组群间、组群内白毛茶和茶种群间、种群内进行AMOVA分子方差分析,进一步剖析遗传结构,并绘制群体遗传结构图。【结果】109对核心EST-SSR标记共检测到435个等位基因,平均等位基因(NA)3.99个,平均有效等位基因(NE)为2.12,平均Nei's基因多样性(H)为0.59,平均观测杂合度(Ho)为0.32,平均期望杂合度(He)为0.46,平均多态性信息含量(...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 李秀  徐坤  巩彪  
【目的】生姜为无性繁殖作物,千百年来,在经历气候变迁、自然选择和人工选择过程中,其生物学性状呈现出多方面变异,造就了许多地方品种。因此,研究生姜种质资源的遗传多样性及亲缘关系,对生姜资源进行科学分类,为生姜种质的收集、保护和创新利用提供理论依据。【方法】采用CTAB法提取生姜幼叶基因组DNA,利用SRAP(相关序列扩增多态性,sequence-related amplified polymorphism)分子标记技术,对来源于世界不同地区的51份生姜种质的基因组DNA进行多态性扩增,PCR产物采用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,采用银染法显色。根据电泳结果得到"0,1"矩阵,利用POPGENE...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 林开勤   李悦欣   魏杰   汪安然   喻云春   段长流   王枫   鄢东海  
【目的】探明石阡茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为开发和保护石阡茶树资源提供理论依据。【方法】利用SSR分子标记技术,对贵州石阡7个茶树群体122份资源进行SSR位点多态性、遗传多样性及亲缘关系分析,并对不同地域来源的石阡茶树资源进行遗传距离分析。【结果】21对SSR引物共扩增出72个多态性位点,每对引物平均扩增3.43个位点,多态信息含量(PIC)为0.19~0.76,平均为0.51,等位基因在群体中分布均匀且多态性较高。7个茶树群体的Nei’s基因多样性指数(He)均值为0.22,Shannon信息指数(I)均值为0.33,多态位点百分率(PPB)均值为75%,遗传距离为0.017 7~0.103 6。122份石阡茶树资源的遗传距离为0.10~0.67,当遗传距离为0.21时,分为3个大类群:第I类群包含113份资源,第Ⅱ类群仅有1份茶树资源(SWXD009),第Ⅲ类群包含8份茶树资源,分别是SWXD-B、SWXD-F、SWXD-H、SWXD-M、SQT3、SQT4、SWX005和SWX006;在3个大类群中均有五德镇长兴村的茶树资源。【结论】贵州石阡茶树群体间的遗传差异较小,但群体内个体单株之间具有一定的遗传差异,尤其是五德长兴茶树群体内的遗传背景较丰富,筛选优异资源的基础较好。
[期刊] 林业科学  [作者] 贾会霞  吴立栓  胡建军  卢孟柱  
利用毛细管电泳-AFLP技术,采用EcoRⅠ+3/MseⅠ+3和PstⅠ+2/MseⅠ+3引物组合,对从国内外搜集的37份柳树种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析。11对引物共扩增出1580条条带,多态性条带数为1399条,多态率在80.65%~94.67%之间,表明柳树种质间的遗传多样性较高。采用NTSYS-pc2.10e软件对37份种质进行聚类分析和主成分分析,在相似系数0.63时,37份种质分为2大类,一类是乔木柳,一类除小乔木康定柳外,其余都为灌木柳。聚类分析和主成分分析结果与传统形态分类基本一致,但筐柳组中簸箕柳P295和沙柳基因组水平上差异较大,P295与银芽柳亲缘关系较近。研究结...
[期刊] 沈阳农业大学学报  [作者] 许玉凤  闫小风  邵美妮  关萍  陈旭辉  曲波  
为探讨北方地区15种鸢尾的遗传多样性和亲缘关系,采用SRAP分子标记的方法对鸢尾遗传多样性的亲缘关系进行评价。结果表明:利用优化的SRAP-PCR反应体系和筛选出的6对引物组合对15种鸢尾扩增,共得到207条清晰稳定的条带,片段大小是50~1500bp,多态位点百分比为100%。多态信息含量为0.3976,遗传多样性参数分别为Na=2.000,Ne=1.6947±0.2416,H=0.3967±0.0941,I=0.5816±0.1065,说明15种鸢尾在种水平上有较高的遗传多样性,并有较大的遗传分化。鸢尾的亲缘关系通过UPGMA聚类分析和主成分分析两种方法进行,在遗传相似性系数为0.589时...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 杨维泽  左应梅  张金渝  杨天梅  杨绍兵  杨美权  邓先能  许宗亮  陈秀花  李新华  
【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954~1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043~0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309~0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%~29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)  [作者] 李先信  杨迎花  陈婕平  邹学校  邓子牛  
采用形态学标记与序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对分布于湖南特定生态条件下的47份地方柚类种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。结果表明:①根据花与果实性状等形态学标记进行聚类分析,在欧式遗传距离10处可将柚类资源分为6个组群;②基于柚资源的SRAP分子标记进行分析,47份地方柚资源间的遗传相似系数为0.65~0.93,在相似系数0.798处可分为7个组群;③SRAP标记扩增结果表明,17对引物共扩增出319条带,其中275条带具有多态性,平均每对引物扩增出多态性带16.2条,多态性比率86.52%,基因多样度0.724 3,表明湖南柚类品种间具有丰富的遗传多样性;④将形态学标记...
[期刊] 草业科学  [作者] 许利英  周青平  陈仕勇  陈有军  李亚萍  田莉华  
采用EST-SSR分子标记对来自四川、西藏、青海的24份中华羊茅(Festuca sinensis)进行了遗传多样性和亲缘关系的研究。研究结果表明,筛选的17条引物共检测到102个位点,多态性位点每条引物5~8个;平均多态性位点6个,平均多态性位点百分率(PPB)93%;遗传距离变幅范围0.188~0.675,平均值0.486,多态性信息含量指数PIC值在0.240~0.470变化,平均值为0.381,这揭示了供试的中华羊茅种质资源具有较为丰富的遗传多样性。聚类分析和主成分分析结果表明,供试材料间亲缘关系与其地理来源等相关性较低,其中I-2-23-7和I-14-1-1野生材料表现出了独特的遗传特性,与其他供试材料间均具有较远的亲缘关系。通过地理海拔的分析,发现分布于中度海拔(3 000-3500m)的中华羊茅种质具有最高的Nei’s基因多样性(0.304 3)和香农多样性(0.462 2),遗传变异较高。本研究结果为青藏高原中华羊茅种质资源的保护和利用提供了重要的参考。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 张怀山  鄢秀芹  鲁敏  王道平  安华明  
【目的】通过分析评价贵州野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt)资源居群遗传多样性和遗传结构,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。【方法】从刺梨EST-SSR引物中筛选扩增效果好、多态性较高的10对引物,对收集的12个野生刺梨自然居群(共255份资源)的遗传多样性及遗传结构应用POPGENE 1.31软件进行分析,并根据Nei’s标准遗传距离,利用NTSYS-pc2.10e软件对各居群进行聚类分析,同时进行Nei’s遗传距离与地理距离的Mantel相关性检验。【结果】居群内Shannon
[期刊] 西南农业学报  [作者] 郭燕  刘声传  曹雨  赵华富  魏杰  鄢东海  周富裕  
为了贵州古茶树资源的有效保护和充分利用提供理论依据,采用EST-SSR标记对40份贵州古茶树资源进行了遗传多样性分析和分子指纹鉴定。结果表明:20个SSR标记在40份资源中共检测到76个等位基因,平均每个标记3.8个,PIC和Shannon信息指数平均值分别为0.462和0.936,多态性适中。76个等位基因在参试古茶树资源中的出现频率差异较大,变异范围为1.32%~89.74%。参试材料的nEI'S遗传距离(D)为0.075~0.875,当D≈0.160时,40份古茶树资源可聚为6类,包括3个单独聚类和3个复合聚类。利用4个核心标记即可鉴定40份古茶树资源,并根据等位基因带型,获得18位数的...
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