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[期刊] 华北农学报
[作者]
周萌 李友勇 孙雪梅 王家金 谢瑾 成浩 汪云刚 刘本英
应用EST-SSR标记技术对云南省不同区域采集的39份古茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系研究。结果表明:43对EST-SSR引物共扩增出121条多态性谱带,有效等位基因变异占比重的73.88%。多态性信息量PIC值为0.05~0.74,平均为0.469。基因多样性指数平均值为0.53,Shannon指数平均值为0.81,均高于0.5。遗传相似系数0.41~0.91,平均值为0.65,显示云南大茶树的遗传基础相对比较宽,具有较高的遗传多样性水平。SSR聚类分析表明,大茶树的遗传距离和亲缘关系与地理分布有一定的关系,在分子水平上显示了部分云南大茶树的亲缘关系,有助于今后野生大茶树的保护及利用研究...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周萌 李友勇 孙雪梅 马玲 宋维希 段志芬 杨毅坚 蒋会兵 矣兵 尚卫琼 成浩 刘本英
研究以树龄３２００年的香竹箐茶树王为基础，应用２７对引物对包括香竹箐茶树王在内的２２份古茶树资源、４４份野生茶树资源和１８份栽培品种茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系的分析。结果表明，２７对引物共扩增出１９０个基因型，９１个等位基因，Ｓｈａｎｎｏｎ平均值为０．９２。观测杂合度平均值０．５２，期望杂合度平均值０．５４，均大于０．５０。ＰＩＣ值在０．１０～０．７３，平均０．５４，大于０．５０。说明供试材料遗传差异大。香竹箐茶树王与古茶树、野生茶树和栽培型茶树中遗传相似性系数低于０．５０的资源在每个群体分别占９．１％、２９．６％和４４．４％，说明香竹箐茶树王与野生茶树和栽培型茶树品种之间的遗传关系较．．．
关键词：
香竹箐茶树王 EST-SSE 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘振 姚明哲 王新超 陈亮
【目的】通过对福建地区茶树资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,为今后茶树亲本选择或遗传改良等提供依据。【方法】利用中国农业科学院茶叶研究所茶树分子生物学实验室新开发的23对和他人3对共26对EST-SSR引物对福建省的42份茶树种质资源进行PCR扩增,在所得相似系数的基础上进行UPGMA聚类,并绘制亲缘关系树状聚类图。【结果】26对引物共检测到等位位点86个,每个引物为2～5个,平均3.31个;遗传多态性信息含量(PIC)在0.05～0.75,平均值为0.56。期望杂合度(He)大小在0.02～0.81,平均值为0.60;观测杂合度(Ho)在0.02～0.97,平均值为0.55;群体内的Shan...
[期刊] 林业科学
[作者]
周炎花 乔小燕 马春雷 乔婷婷 金基强 姚明哲 陈亮
利用设计合成的60对扩增稳定的EST-SSR核心引物分析51份广西茶树地方品种的遗传多样性和遗传结构,共检测到232个等位基因,每对引物检测到2～7个,平均3.88个。群体的观测杂合度(Ho)变化范围为0.02(TM149)～0.92(TM186),平均为0.37;期望杂合度(He)的变化范围为0.13(TM144,TM147)～0.73(TM189),平均为0.47;位点的多态信息含量(PIC)介于0.12～0.68之间,平均为0.41。地区间遗传相似系数在0.83～0.94之间,说明不同地区地方品种间的亲缘关系较近。对于茶与白毛茶群体而言,平均遗传分化系数为0.02(P<0.001),即有...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孙雪梅 赵才美 李友勇 程在全 尚卫琼 杨盛美 杨兴荣 矣兵 刘本英
【目的】探讨云南地方品种与野生茶树遗传多样性。【方法】应用ISSR标记对云南51份地方品种与16份野生茶树进行了遗传多样性分析。【结果】结果表明利用23个ISSR引物共扩增出223条带,其中多态性条带218条,多态位点百分比为97.76%。应用Nei-Li相似系数估算67份茶树资源间的遗传相似系数变化在0.659~0.736,平均为0.693,说明茶树资源间的遗传基础较窄。UPGMA法将67份茶树资源分成2个类群,主成分与聚类的分析结果一致,但主成分分析更直观地揭示资源之间的遗传多样性与亲缘关系。【结论】研究结果表明茶树地方品种与野生茶树之间的亲缘关系与地理分布没有明显的关系,可能与品种类型有关,有助于今后拓宽地方品种的遗传基础,为开发野生茶树的遗传潜力提供理论依据。
关键词：
云南﹔茶树﹔ISSR﹔遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
林开勤 李悦欣 魏杰 汪安然 喻云春 段长流 王枫 鄢东海
【目的】探明石阡茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系，为开发和保护石阡茶树资源提供理论依据。【方法】利用SSR分子标记技术，对贵州石阡7个茶树群体122份资源进行SSR位点多态性、遗传多样性及亲缘关系分析，并对不同地域来源的石阡茶树资源进行遗传距离分析。【结果】21对SSR引物共扩增出72个多态性位点，每对引物平均扩增3.43个位点，多态信息含量（PIC）为0.19～0.76，平均为0.51，等位基因在群体中分布均匀且多态性较高。7个茶树群体的Nei’s基因多样性指数（He）均值为0.22，Shannon信息指数（I）均值为0.33，多态位点百分率（PPB）均值为75%，遗传距离为0.017 7～0.103 6。122份石阡茶树资源的遗传距离为0.10～0.67，当遗传距离为0.21时，分为3个大类群：第I类群包含113份资源，第Ⅱ类群仅有1份茶树资源(SWXD009)，第Ⅲ类群包含8份茶树资源，分别是SWXD-B、SWXD-F、SWXD-H、SWXD-M、SQT3、SQT4、SWX005和SWX006；在3个大类群中均有五德镇长兴村的茶树资源。【结论】贵州石阡茶树群体间的遗传差异较小，但群体内个体单株之间具有一定的遗传差异，尤其是五德长兴茶树群体内的遗传背景较丰富，筛选优异资源的基础较好。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨维泽 左应梅 张金渝 杨天梅 杨绍兵 杨美权 邓先能 许宗亮 陈秀花 李新华
【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954～1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043～0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309～0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%～29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。
关键词：
珠子参 EST-SSR标记 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张怀山 鄢秀芹 鲁敏 王道平 安华明
【目的】通过分析评价贵州野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt)资源居群遗传多样性和遗传结构,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。【方法】从刺梨EST-SSR引物中筛选扩增效果好、多态性较高的10对引物,对收集的12个野生刺梨自然居群(共255份资源)的遗传多样性及遗传结构应用POPGENE 1.31软件进行分析,并根据Nei’s标准遗传距离,利用NTSYS-pc2.10e软件对各居群进行聚类分析,同时进行Nei’s遗传距离与地理距离的Mantel相关性检验。【结果】居群内Shannon
关键词：
刺梨 SSR 遗传多样性 居群遗传结构
[期刊] 中国农业科学
[作者]
董清华 王西成 赵密珍 宋长年 葛安静 王静
【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签(expressed sequence tag,EST)55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性。【结果】55 750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个。其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,...
关键词：
草莓 EST SSR 遗传多样性
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙海悦 郭瑞雪 王佳卉 盖钰卓 刘禹姗 董梅 李亚东
【目的】探讨越橘ＥＳＴ序列中ＳＳＲ位点的分布规律，开发越橘ＥＳＴ－ＳＳＲ引物，并分析其在越橘品种遗传多样性研究中的作用。【方法】以９１份越橘种质为材料，利用越橘果实转录组（ＲＮＡ－ＳＥｑ）的测序结果，通过ＳＳＲＩＴ在线搜索，利用ＰＲＩｍＥＲ ＰＲＥｍＩＥＲ ５．０软件设计３０对引物，并筛选扩增效果理想的引物，用筛选出的引物分析９１份种质的多态性，构建９１份种质的系统发育树。【结果】３４ ４６４条越橘ｕＮＩｇＥＮＥ序列中含有ＳＳＲ位点的序列有８２９条，ＳＳＲ位点有９１３个，其中二核苷酸、三核苷酸重复是主要的ＳＳＲ类型，分别占全部ＳＳＲ位点的１３．６９％和８１．２７％。不同核苷酸数目重复基元的重复．．．
关键词：
越橘 EST SSR 遗传多样性
[期刊] 林业科学
[作者]
杨秀艳 孙晓梅 张守攻 谢允慧 韩华
利用SSR标记研究选自第1代育种试验林、拟纳入二代育种群体的264株日本落叶松二代优树的遗传变异情况。利用1620条落叶松EST序列进行EST-SSR标记的开发,共发现58条序列中含有67个SSR位点,占全部EST序列的3.58%。获得7个多态性EST-SSR标记,其中5个在朝鲜落叶松、长白落叶松、兴安落叶松和华北落叶松中均可扩增出预期目标片段,且具有多态性,表明这些标记在落叶松属内的通用性良好。利用6个EST-SSR标记和4个gSSR标记对日本落叶松二代优树群体开展遗传多样性分析,每个位点的平均等位基因数为4.6个,有效等位基因平均数为3.1个。群体观察和期望杂合度均值分别为0.5902和0...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郭燕 刘声传 曹雨 赵华富 魏杰 鄢东海 周富裕
为了贵州古茶树资源的有效保护和充分利用提供理论依据，采用ＥＳＴ－ＳＳＲ标记对４０份贵州古茶树资源进行了遗传多样性分析和分子指纹鉴定。结果表明：２０个ＳＳＲ标记在４０份资源中共检测到７６个等位基因，平均每个标记３．８个，ＰＩＣ和Ｓｈａｎｎｏｎ信息指数平均值分别为０．４６２和０．９３６，多态性适中。７６个等位基因在参试古茶树资源中的出现频率差异较大，变异范围为１．３２％～８９．７４％。参试材料的ｎＥＩ＇Ｓ遗传距离（Ｄ）为０．０７５～０．８７５，当Ｄ≈０．１６０时，４０份古茶树资源可聚为６类，包括３个单独聚类和３个复合聚类。利用４个核心标记即可鉴定４０份古茶树资源，并根据等位基因带型，获得１８位数的．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
乔小燕 乔婷婷 周炎花 金基强 马春雷 姚明哲 陈亮
【目的】通过揭示茶树资源遗传多样性、遗传结构和遗传分化关系,为资源的有效保护和充分利用提供理论依据。【方法】利用109对核心EST-SSR标记对广东、广西的105份茶树核心资源进行遗传多样性和遗传分化比较分析;同时对广东和广西资源组群间、组群内白毛茶和茶种群间、种群内进行AMOVA分子方差分析,进一步剖析遗传结构,并绘制群体遗传结构图。【结果】109对核心EST-SSR标记共检测到435个等位基因,平均等位基因(NA)3.99个,平均有效等位基因(NE)为2.12,平均Nei's基因多样性(H)为0.59,平均观测杂合度(Ho)为0.32,平均期望杂合度(He)为0.46,平均多态性信息含量(...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
勾宇宏 于亚雄 刘丽 杨金华 程家省 胡银星 程耿
云南铁壳麦是云南省特有的种质资源,具有丰富的遗传变异和优良性状,可用于拓宽现代小麦的遗传基础。本试验利用20对SSR引物对36个云南铁壳麦进行了遗传多样性分析,结果共检测到39个等位变异,每对引物等位变异数在1~3个,平均为1.95个。Nei's基因多样性指数(H)为0.00~0.50,平均为0.24;Shannon信息指数(I)为0.00~0.69,平均为0.38;遗传距离(GD)为0.03~0.62,平均为0.24;说明铁壳麦遗传差异较小。聚类分析结果表明,在遗传距离约0.44处,可以将36份铁壳麦材料分为4类。其中腾冲的铁壳麦与龙陵的大河头小麦、镇康顶莨铁壳麦与永德短芒铁壳麦、双江铁壳麦...
关键词：
铁壳麦 SSR标记 遗传多样性 聚类分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王西成 姜淑苓 上官凌飞 曹玉芬 乔玉山 章镇 房经贵
【目的】分析梨EST中SSR位点分布规律,开发梨EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于梨品种遗传差异研究的可行性。【方法】从NCBI公共数据库中下载梨表达序列标签(expressed sequence tag,EST)1293条,利用MISA软件对其进行SSR位点查找,将符合条件的序列选出,利用Primer3.0Plus软件设计48对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物克隆与测序,以验证其真实性。【结果】1293条梨的EST序列中含有SSR位点的序列为82条,SSR位点92个。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分...
关键词：
梨 EST SSR 遗传多样性
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