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[期刊] 西南农业学报  [作者] 周萌  李友勇  孙雪梅  马玲  宋维希  段志芬  杨毅坚  蒋会兵  矣兵  尚卫琼  成浩  刘本英  
研究以树龄3200年的香竹箐茶树王为基础,应用27对引物对包括香竹箐茶树王在内的22份古茶树资源、44份野生茶树资源和18份栽培品种茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系的分析。结果表明,27对引物共扩增出190个基因型,91个等位基因,Shannon平均值为0.92。观测杂合度平均值0.52,期望杂合度平均值0.54,均大于0.50。PIC值在0.10~0.73,平均0.54,大于0.50。说明供试材料遗传差异大。香竹箐茶树王与古茶树、野生茶树和栽培型茶树中遗传相似性系数低于0.50的资源在每个群体分别占9.1%、29.6%和44.4%,说明香竹箐茶树王与野生茶树和栽培型茶树品种之间的遗传关系较...
[期刊] 华北农学报  [作者] 周萌  李友勇  孙雪梅  王家金  谢瑾  成浩  汪云刚  刘本英  
应用EST-SSR标记技术对云南省不同区域采集的39份古茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系研究。结果表明:43对EST-SSR引物共扩增出121条多态性谱带,有效等位基因变异占比重的73.88%。多态性信息量PIC值为0.05~0.74,平均为0.469。基因多样性指数平均值为0.53,Shannon指数平均值为0.81,均高于0.5。遗传相似系数0.41~0.91,平均值为0.65,显示云南大茶树的遗传基础相对比较宽,具有较高的遗传多样性水平。SSR聚类分析表明,大茶树的遗传距离和亲缘关系与地理分布有一定的关系,在分子水平上显示了部分云南大茶树的亲缘关系,有助于今后野生大茶树的保护及利用研究...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 林开勤   李悦欣   魏杰   汪安然   喻云春   段长流   王枫   鄢东海  
【目的】探明石阡茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为开发和保护石阡茶树资源提供理论依据。【方法】利用SSR分子标记技术,对贵州石阡7个茶树群体122份资源进行SSR位点多态性、遗传多样性及亲缘关系分析,并对不同地域来源的石阡茶树资源进行遗传距离分析。【结果】21对SSR引物共扩增出72个多态性位点,每对引物平均扩增3.43个位点,多态信息含量(PIC)为0.19~0.76,平均为0.51,等位基因在群体中分布均匀且多态性较高。7个茶树群体的Nei’s基因多样性指数(He)均值为0.22,Shannon信息指数(I)均值为0.33,多态位点百分率(PPB)均值为75%,遗传距离为0.017 7~0.103 6。122份石阡茶树资源的遗传距离为0.10~0.67,当遗传距离为0.21时,分为3个大类群:第I类群包含113份资源,第Ⅱ类群仅有1份茶树资源(SWXD009),第Ⅲ类群包含8份茶树资源,分别是SWXD-B、SWXD-F、SWXD-H、SWXD-M、SQT3、SQT4、SWX005和SWX006;在3个大类群中均有五德镇长兴村的茶树资源。【结论】贵州石阡茶树群体间的遗传差异较小,但群体内个体单株之间具有一定的遗传差异,尤其是五德长兴茶树群体内的遗传背景较丰富,筛选优异资源的基础较好。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 刘振  姚明哲  王新超  陈亮  
【目的】通过对福建地区茶树资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,为今后茶树亲本选择或遗传改良等提供依据。【方法】利用中国农业科学院茶叶研究所茶树分子生物学实验室新开发的23对和他人3对共26对EST-SSR引物对福建省的42份茶树种质资源进行PCR扩增,在所得相似系数的基础上进行UPGMA聚类,并绘制亲缘关系树状聚类图。【结果】26对引物共检测到等位位点86个,每个引物为2~5个,平均3.31个;遗传多态性信息含量(PIC)在0.05~0.75,平均值为0.56。期望杂合度(He)大小在0.02~0.81,平均值为0.60;观测杂合度(Ho)在0.02~0.97,平均值为0.55;群体内的Shan...
[期刊] 林业科学  [作者] 周炎花  乔小燕  马春雷  乔婷婷  金基强  姚明哲  陈亮  
利用设计合成的60对扩增稳定的EST-SSR核心引物分析51份广西茶树地方品种的遗传多样性和遗传结构,共检测到232个等位基因,每对引物检测到2~7个,平均3.88个。群体的观测杂合度(Ho)变化范围为0.02(TM149)~0.92(TM186),平均为0.37;期望杂合度(He)的变化范围为0.13(TM144,TM147)~0.73(TM189),平均为0.47;位点的多态信息含量(PIC)介于0.12~0.68之间,平均为0.41。地区间遗传相似系数在0.83~0.94之间,说明不同地区地方品种间的亲缘关系较近。对于茶与白毛茶群体而言,平均遗传分化系数为0.02(P<0.001),即有...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 孙海悦  郭瑞雪  王佳卉  盖钰卓  刘禹姗  董梅  李亚东  
【目的】探讨越橘EST序列中SSR位点的分布规律,开发越橘EST-SSR引物,并分析其在越橘品种遗传多样性研究中的作用。【方法】以91份越橘种质为材料,利用越橘果实转录组(RNA-SEq)的测序结果,通过SSRIT在线搜索,利用PRImER PREmIER 5.0软件设计30对引物,并筛选扩增效果理想的引物,用筛选出的引物分析91份种质的多态性,构建91份种质的系统发育树。【结果】34 464条越橘uNIgENE序列中含有SSR位点的序列有829条,SSR位点有913个,其中二核苷酸、三核苷酸重复是主要的SSR类型,分别占全部SSR位点的13.69%和81.27%。不同核苷酸数目重复基元的重复...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 杨维泽  左应梅  张金渝  杨天梅  杨绍兵  杨美权  邓先能  许宗亮  陈秀花  李新华  
【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954~1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043~0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309~0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%~29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 张怀山  鄢秀芹  鲁敏  王道平  安华明  
【目的】通过分析评价贵州野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt)资源居群遗传多样性和遗传结构,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。【方法】从刺梨EST-SSR引物中筛选扩增效果好、多态性较高的10对引物,对收集的12个野生刺梨自然居群(共255份资源)的遗传多样性及遗传结构应用POPGENE 1.31软件进行分析,并根据Nei’s标准遗传距离,利用NTSYS-pc2.10e软件对各居群进行聚类分析,同时进行Nei’s遗传距离与地理距离的Mantel相关性检验。【结果】居群内Shannon
[期刊] 中国农业科学  [作者] 董清华  王西成  赵密珍  宋长年  葛安静  王静  
【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签(expressed sequence tag,EST)55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性。【结果】55 750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个。其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,...
[期刊] 林业科学  [作者] 杨秀艳  孙晓梅  张守攻  谢允慧  韩华  
利用SSR标记研究选自第1代育种试验林、拟纳入二代育种群体的264株日本落叶松二代优树的遗传变异情况。利用1620条落叶松EST序列进行EST-SSR标记的开发,共发现58条序列中含有67个SSR位点,占全部EST序列的3.58%。获得7个多态性EST-SSR标记,其中5个在朝鲜落叶松、长白落叶松、兴安落叶松和华北落叶松中均可扩增出预期目标片段,且具有多态性,表明这些标记在落叶松属内的通用性良好。利用6个EST-SSR标记和4个gSSR标记对日本落叶松二代优树群体开展遗传多样性分析,每个位点的平均等位基因数为4.6个,有效等位基因平均数为3.1个。群体观察和期望杂合度均值分别为0.5902和0...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 郭燕  刘声传  曹雨  赵华富  魏杰  鄢东海  周富裕  
为了贵州古茶树资源的有效保护和充分利用提供理论依据,采用EST-SSR标记对40份贵州古茶树资源进行了遗传多样性分析和分子指纹鉴定。结果表明:20个SSR标记在40份资源中共检测到76个等位基因,平均每个标记3.8个,PIC和Shannon信息指数平均值分别为0.462和0.936,多态性适中。76个等位基因在参试古茶树资源中的出现频率差异较大,变异范围为1.32%~89.74%。参试材料的nEI'S遗传距离(D)为0.075~0.875,当D≈0.160时,40份古茶树资源可聚为6类,包括3个单独聚类和3个复合聚类。利用4个核心标记即可鉴定40份古茶树资源,并根据等位基因带型,获得18位数的...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 乔小燕  乔婷婷  周炎花  金基强  马春雷  姚明哲  陈亮  
【目的】通过揭示茶树资源遗传多样性、遗传结构和遗传分化关系,为资源的有效保护和充分利用提供理论依据。【方法】利用109对核心EST-SSR标记对广东、广西的105份茶树核心资源进行遗传多样性和遗传分化比较分析;同时对广东和广西资源组群间、组群内白毛茶和茶种群间、种群内进行AMOVA分子方差分析,进一步剖析遗传结构,并绘制群体遗传结构图。【结果】109对核心EST-SSR标记共检测到435个等位基因,平均等位基因(NA)3.99个,平均有效等位基因(NE)为2.12,平均Nei's基因多样性(H)为0.59,平均观测杂合度(Ho)为0.32,平均期望杂合度(He)为0.46,平均多态性信息含量(...
[期刊] 北京林业大学学报  [作者] 宋跃朋  江锡兵  张曼  王泽亮  薄文浩  安新民  张志毅  
利用16个杨树无性系对Genomic-SSR和EST-SSR两种SSR标记的遗传差异性进行分析。统计分析结果表明,Genomic-SSR平均检测到的等位基因数为4.1、Shannon指数为1.0646、观测杂合度为0.4427、期望杂合度为0.5523;EST-SSR平均检测到的等位基因数为2.8、Shannon指数为0.6985、观测杂合度为0.2330、期望杂合度为0.4684。聚类分析结果显示,EST-SSR相对Genomic-SSR能更精准地鉴别基因型。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面EST-SSR与Genomic-SSR均具有显著的遗传差异性。通过对两种分子标记遗传差异的...
[期刊] 华北农学报  [作者] 张德双  张娜  于拴仓  张凤兰  隋光磊  余阳俊  赵岫云  汪维红  苏同兵  卢桂香  
芥蓝的研究多集中在分类、常规种资源遗传多样性等方面。随着芥蓝杂交种的问世,杂交种的优势越来越突出,市场效果明显,因此,对芥蓝自交系的遗传多样性等研究尤为重要。选取分布在甘蓝9条染色体上的55对SSR引物,从中筛选出多态性好、分布均匀的15条SSR引物对98份芥蓝自交系进行分析,共得到65个多态性带型。采用UPGMA方法构建了一张聚类图,在相似系数为0.71时,将98份芥蓝自交系初步分为1,2,3,4,5组。研究结果为芥蓝育种中的亲本选配、杂交种鉴定和资源保护等提供了依据。在试配芥蓝新组合时,应选择遗传距离较远的自交系作为重点材料,后代的杂种优势会更显著。
[期刊] 华北农学报  [作者] 刘警   李扬   刘金利   张馨方   白仲奎   于秋香  
为研究核桃种质资源涩味的遗传多样性,以4个不同核桃涩味群体共118份种质资源为材料,利用SSR毛细管电泳荧光标记技术进行遗传多样性研究,并构建树状聚类图。结果表明:12对引物共检测到93个等位变异位点,变异范围为2~18,平均每对SSR引物可检测到7.75个等位位点;多态性信息量(PIC)为0.357 9~0.785 2,平均0.541 1。4个群体的多态位点数Np为91、多态位点百分率PPB为97.85%、观测等位基因数Na为1.978 5、有效等位基因数Ne为1.198 5、Shannon′s信息指数I为0.209 7、Nei′s多样性指数H为0.126 3、总遗传多样性指数Ht为0.126 7、群体内遗传多样性指数Hs为0.122 2,说明4个核桃群体的遗传多样性和变异度不高。群体间遗传分化系数Gst为0.035 5,说明群体内遗传变异占总变异的96.45%。其中稍涩群体多态性位点百分率最大,为72.04%,说明稍涩群体在4个群体中遗传多样性最丰富。UPGMA聚类分析表明,4个群体的遗传相似系数在0.989 8~0.997 1,群体的整体相似系数高,说明这4个群体的遗传距离很近。当相似系数为0.993 4时,可将4个群体分成2组。其中,第1组包括不涩、稍涩和较涩3个群体,剩余涩群体单独为一组。通过计算不同群体93个位点的基因频率,发现12对引物的41个位点可将不同涩味等级的资源区分开。利用SSR分子标记技术对4个核桃群体进行与涩味相关的遗传多样性分析,根据转录组测序结果筛选出12对引物用于SSR分析,共扩增出93个SSR位点,多态位点百分率为97.85%,说明引物的多态性高,适用于核桃的遗传多样性分析,为培育轻涩味的优良品种提供技术指导,可用于后续核桃涩味的遗传多样性及育种研究。
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