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[期刊] 草业科学
[作者]
王子玥 刘凌云 刘曼 常智慧
苇状羊茅(Festuca arundinacea)是重要的冷季型草坪草和牧草,被广泛用于牧草生产、草坪绿化、生态修复等方面。本研究收集了36份不同来源苇状羊茅种质材料,利用表达序列标签–简单序列重复(EST–SSR)引物对材料进行遗传多样性分析,并结合种子表型特征,对它们的种质资源遗传多样性进行了综合评价与分析。结果表明:14对EST–SSR引物共扩增出140条带,多态条带总数为133条,多态带百分率95%;聚类结果具有一定的地域性趋势,但是不明显。当遗传距离在0.54时其聚类结果与种子特征的K均值聚类结果相似;欧洲群体的种子厚度和千粒重的变异系数最大,分别为25.02%和23.35%,其千粒重显著低于亚洲、北美洲群体(P <0.05)。多角度遗传分析表明36份材料具有高度异质性。本研究对苇状羊茅遗传资源的科学评价、核心种质创新和新品种选育具有重要意义。
[期刊] 草业科学
[作者]
许利英 周青平 陈仕勇 陈有军 李亚萍 田莉华
采用EST-SSR分子标记对来自四川、西藏、青海的24份中华羊茅(Festuca sinensis)进行了遗传多样性和亲缘关系的研究。研究结果表明,筛选的17条引物共检测到102个位点,多态性位点每条引物5~8个;平均多态性位点6个,平均多态性位点百分率(PPB)93%;遗传距离变幅范围0.188~0.675,平均值0.486,多态性信息含量指数PIC值在0.240~0.470变化,平均值为0.381,这揭示了供试的中华羊茅种质资源具有较为丰富的遗传多样性。聚类分析和主成分分析结果表明,供试材料间亲缘关系与其地理来源等相关性较低,其中I-2-23-7和I-14-1-1野生材料表现出了独特的遗传特性,与其他供试材料间均具有较远的亲缘关系。通过地理海拔的分析,发现分布于中度海拔(3 000-3500m)的中华羊茅种质具有最高的Nei’s基因多样性(0.304 3)和香农多样性(0.462 2),遗传变异较高。本研究结果为青藏高原中华羊茅种质资源的保护和利用提供了重要的参考。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
乔小燕 乔婷婷 周炎花 金基强 马春雷 姚明哲 陈亮
【目的】通过揭示茶树资源遗传多样性、遗传结构和遗传分化关系,为资源的有效保护和充分利用提供理论依据。【方法】利用109对核心EST-SSR标记对广东、广西的105份茶树核心资源进行遗传多样性和遗传分化比较分析;同时对广东和广西资源组群间、组群内白毛茶和茶种群间、种群内进行AMOVA分子方差分析,进一步剖析遗传结构,并绘制群体遗传结构图。【结果】109对核心EST-SSR标记共检测到435个等位基因,平均等位基因(NA)3.99个,平均有效等位基因(NE)为2.12,平均Nei's基因多样性(H)为0.59,平均观测杂合度(Ho)为0.32,平均期望杂合度(He)为0.46,平均多态性信息含量(...
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵胜杰 刘文革 阎志红 何楠 包文风
利用30对SRAP(Sequence related amplified polymorphism)引物和11对EST-SSR引物对西瓜9份栽培自交系、3份美国材料和6份非洲野生种进行了遗传多样性分析。结果表明,栽培种与野生种间多态性比率高达92.11%,野生种间多态性比率为34.11%,栽培种间多态性比率仅为21.05%。3份美国材料的扩增带多数与栽培种相似,但也扩增出了一些特异条带。试验表明SRAP和EST-SSR用于西瓜作物的遗传分析是高效可行的。
[期刊] 农业现代化研究
[作者]
王遵宝 努尔力·阿不力孜 赵宗胜 曾献存 张文祥
从国际公共生物数据库检索获得绵羊皮肤组织EST中筛选SSR,搜索到含有SSR的196条EST,共209个SSR位点,占整个绵羊皮肤组织EST数据库的6.3%,其中双碱基重复最多,占总SSR的71.8%,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,占双碱基微卫星序列总数的67%。根据筛选到的SSR设计并合成引物22对,其中18对在中国美利奴羊上有目的扩增条带。选用重复性好、多态性高的5对引物在中国美利奴羊、多浪羊和罗姆尼羊三个群体内进行PCR扩增,共检测到25个等位基因,位点多态信息含量变化范围为0.5030~0.7583,多态信息丰富;三个群体内等位基因类型、频率分布差异较大,发现了半细毛和细毛羊群体...
关键词:
绵羊 毛用性状 EST SSR
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈少瑜 李江 陈伟 罗婷 陈绍安
【目的】揭示思茅松主要分布区内11个群体共338份种质资源遗传多样性水平和遗传结构状况,为思茅松育种群体构建及高轮次遗传改良提供理论依据。【方法】用筛选出的18对引物进行SSR-PCR扩增,产物经毛细管电泳后用PowerMarker v3.25、GenALEx v6.4.1及Structure 2.3.4等软件分析思茅松种质资源的遗传多样性。【结果】思茅松种质资源的遗传多样性较为丰富。18对SSR引物共检测到120个等位基因,平均每个位点的等位基因数为6.667个;种质资源的平均期望杂合度(H_(e))为0.524;平均Shannon信息指数(I)为1.016;平均多态信息指数(PIC)为0.468。思茅松种质资源的遗传变异主要来源于群体内的个体。种质资源的群体分化系数(F_(ST))平均为0.091,即群体间的遗传变异只占总变异的9.1%,分子方差分析(AMOVA)得到了同样的结果。各位点的基因流(N_(m))平均为4.627(N_(m) > 1),较大的基因流减小了群体间的分化。STRUCTURE分析将338份思茅松种质资源划分为2个类群,基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类将11个群体划分成3组,普洱市6个群体聚为一组;西双版纳州的2个群体、临沧市和保山市的各1个群体聚为一组;德宏州的1个群体单独为一组。【结论】思茅松种质资源具有丰富的遗传多样性,遗传变异主要来源于群体内,在进行思茅松的遗传改良时,应根据其遗传结构特征,重点选择多样性高的群体,也要特别关注对群体内优良单株的选择。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
冷春晖 娄永峰 谢三秀 朱柯帆 宋晓琛 肖复明
【目的】从表型和分子2个角度评估江西信丰县国家杉木良种基地杉木2代种子园的遗传多样性,明确种子园的遗传背景,为后期种子园的改良(去劣疏伐)、重建(亲本选择与配置)等提供依据,同时为开展杂交育种提供遗传信息。【方法】以江西信丰杉木2代种子园内51个建园无性系为研究对象,通过分析8个种实表型性状掌握种子园不同无性系间种实性状的差异,同时利用SSR标记从DNA水平进行遗传多样性评估。【结果】供试51个无性系在种实表型性状和DNA水平上均存在明显的变异和较丰富的遗传多样性。8个表型性状变异系数为10.53%~37.04%,其中球果和种子的平均变异系数分别为18.99%和14.01%,种子的变异系数较小,表明种子的稳定性要比球果的高;种实性状的Shannon-Weaver多样性信息指数平均为2.060,表明种实性状的多样性较丰富。在DNA水平,14个SSR标记在51个无性系中共扩增出68个等位位点,平均Shannon’s信息指数、平均Nei’s遗传多样性指数、平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.925、0.506、0.486和0.511,表明信丰杉木2代种子园遗传多样性较丰富。基于种实表型性状和SSR标记均可将51个无性系分为两大类群,但两者的具体聚类结果存在较大差异,Mantel检验显示种实性状与SSR标记之间不存在相关性(r=0.064,P=0.870> 0.05)。【结论】信丰杉木2代种子园遗传多样性较丰富,具有再选择空间和改良潜力。
[期刊] 林业科学
[作者]
周炎花 乔小燕 马春雷 乔婷婷 金基强 姚明哲 陈亮
利用设计合成的60对扩增稳定的EST-SSR核心引物分析51份广西茶树地方品种的遗传多样性和遗传结构,共检测到232个等位基因,每对引物检测到2~7个,平均3.88个。群体的观测杂合度(Ho)变化范围为0.02(TM149)~0.92(TM186),平均为0.37;期望杂合度(He)的变化范围为0.13(TM144,TM147)~0.73(TM189),平均为0.47;位点的多态信息含量(PIC)介于0.12~0.68之间,平均为0.41。地区间遗传相似系数在0.83~0.94之间,说明不同地区地方品种间的亲缘关系较近。对于茶与白毛茶群体而言,平均遗传分化系数为0.02(P<0.001),即有...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨维泽 左应梅 张金渝 杨天梅 杨绍兵 杨美权 邓先能 许宗亮 陈秀花 李新华
【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954~1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043~0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309~0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%~29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。
关键词:
珠子参 EST-SSR标记 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张怀山 鄢秀芹 鲁敏 王道平 安华明
【目的】通过分析评价贵州野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt)资源居群遗传多样性和遗传结构,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。【方法】从刺梨EST-SSR引物中筛选扩增效果好、多态性较高的10对引物,对收集的12个野生刺梨自然居群(共255份资源)的遗传多样性及遗传结构应用POPGENE 1.31软件进行分析,并根据Nei’s标准遗传距离,利用NTSYS-pc2.10e软件对各居群进行聚类分析,同时进行Nei’s遗传距离与地理距离的Mantel相关性检验。【结果】居群内Shannon
关键词:
刺梨 SSR 遗传多样性 居群遗传结构
[期刊] 华北农学报
[作者]
周萌 李友勇 孙雪梅 王家金 谢瑾 成浩 汪云刚 刘本英
应用EST-SSR标记技术对云南省不同区域采集的39份古茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系研究。结果表明:43对EST-SSR引物共扩增出121条多态性谱带,有效等位基因变异占比重的73.88%。多态性信息量PIC值为0.05~0.74,平均为0.469。基因多样性指数平均值为0.53,Shannon指数平均值为0.81,均高于0.5。遗传相似系数0.41~0.91,平均值为0.65,显示云南大茶树的遗传基础相对比较宽,具有较高的遗传多样性水平。SSR聚类分析表明,大茶树的遗传距离和亲缘关系与地理分布有一定的关系,在分子水平上显示了部分云南大茶树的亲缘关系,有助于今后野生大茶树的保护及利用研究...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
宋跃朋 江锡兵 张曼 王泽亮 薄文浩 安新民 张志毅
利用16个杨树无性系对Genomic-SSR和EST-SSR两种SSR标记的遗传差异性进行分析。统计分析结果表明,Genomic-SSR平均检测到的等位基因数为4.1、Shannon指数为1.0646、观测杂合度为0.4427、期望杂合度为0.5523;EST-SSR平均检测到的等位基因数为2.8、Shannon指数为0.6985、观测杂合度为0.2330、期望杂合度为0.4684。聚类分析结果显示,EST-SSR相对Genomic-SSR能更精准地鉴别基因型。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面EST-SSR与Genomic-SSR均具有显著的遗传差异性。通过对两种分子标记遗传差异的...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
周辉明 林辉锋 曹奕鸯 钟琳珊 甘玮欣 林发壮 陈昌铭
【目的】揭示白掌种质间表型信息及亲缘关系的遗传特性,为白掌种质资源的利用与遗传育种提供理论基础。【方法】以18份栽培种和16份杂种品系,共计34份白掌种质为研究对象,测定了株高、冠幅、叶长等13个表型数量性状。利用基于白掌株型突变转录组的微卫星(SSR)位点信息,筛选了16对SSR引物进行PCR扩增。利用SPSS、NT sys2.10e软件进行数量性状间相关性、主成分、聚类和遗传多样性分析。【结果】13个数量性状的变异系数为15.29%~31.48%,表明多样性水平较高。这些数量性状中,有76对呈现正相关关系(57对呈极显著相关,10对呈显著相关),2对呈负相关关系,说明白掌的生物学性状之间存在密切关联。主成分分析筛选出了2个特征值大于1的主成分,贡献率达86.62%。根据13个数量性状进行的表型聚类分析结果显示,在欧式距离为7.5时,这34份白掌种质分为5大类,可以有效区分形态差异明显的种质材料,从而反映白掌种质的株型差异。利用16对SSR引物共获得62个SSR位点,平均条带数为3.875条,多态信息含量0.291~0.853。当以相似系数0.74为阈值时,利用SSR的分子标记聚类将这34份白掌种质分为7大类,进一步揭示了它们之间的遗传差异和亲缘关系。【结论】两种分类结果并不一致,但均显示白掌种质丰富的遗传多样性。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘振 姚明哲 王新超 陈亮
【目的】通过对福建地区茶树资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,为今后茶树亲本选择或遗传改良等提供依据。【方法】利用中国农业科学院茶叶研究所茶树分子生物学实验室新开发的23对和他人3对共26对EST-SSR引物对福建省的42份茶树种质资源进行PCR扩增,在所得相似系数的基础上进行UPGMA聚类,并绘制亲缘关系树状聚类图。【结果】26对引物共检测到等位位点86个,每个引物为2~5个,平均3.31个;遗传多态性信息含量(PIC)在0.05~0.75,平均值为0.56。期望杂合度(He)大小在0.02~0.81,平均值为0.60;观测杂合度(Ho)在0.02~0.97,平均值为0.55;群体内的Shan...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周萌 李友勇 孙雪梅 马玲 宋维希 段志芬 杨毅坚 蒋会兵 矣兵 尚卫琼 成浩 刘本英
研究以树龄3200年的香竹箐茶树王为基础,应用27对引物对包括香竹箐茶树王在内的22份古茶树资源、44份野生茶树资源和18份栽培品种茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系的分析。结果表明,27对引物共扩增出190个基因型,91个等位基因,Shannon平均值为0.92。观测杂合度平均值0.52,期望杂合度平均值0.54,均大于0.50。PIC值在0.10~0.73,平均0.54,大于0.50。说明供试材料遗传差异大。香竹箐茶树王与古茶树、野生茶树和栽培型茶树中遗传相似性系数低于0.50的资源在每个群体分别占9.1%、29.6%和44.4%,说明香竹箐茶树王与野生茶树和栽培型茶树品种之间的遗传关系较...
关键词:
香竹箐茶树王 EST-SSE 遗传多样性
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