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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王荣达 张琰 郝信鹏 杨金权
现有研究表明，中国台湾省分布的台湾光唇鱼（Acrossocheilus paradoxus）与闽江分布的武夷光唇鱼（A. wuyiensis）为近源种，二者在形态鉴别特征上也难以区分，因此，这两个物种的有效性问题目前尚存在着争议。本研究以线粒体COI基因全序列为分子标记分析了台湾光唇鱼（Acrossocheilus paradoxus）和武夷光唇鱼（A.wuyiensis）的物种有效性。光唇鱼属（Acrossocheilus）6个种76尾样本的COI基因全序列共获得21个单倍型，采用最大简约法（MP）、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建的系统发育树表明，台湾光唇鱼和武夷光唇鱼构成单系群。K 2-P遗传距离分析显示台湾光唇鱼与武夷光唇鱼之间平均遗传距离仅为0.853%，远小于COI条形码在物种间的2%遗传距离阈值。以ASAP物种界定法分析结果显示台湾光唇鱼和武夷光唇鱼为同一物种。因此，闽江分布的武夷光唇鱼与台湾光唇鱼应为同一物种，武夷光唇鱼为台湾光唇鱼的同物异名。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王荣达 张琰 郝信鹏 杨金权
以线粒体COⅠ基因全序列为分子标记分析中国台湾省分布的台湾光唇鱼(Acrossocheilus paradoxus)和闽江分布的武夷光唇鱼(A.wuyiensis)的物种有效性。光唇鱼属(Acrossocheilus)6个种76尾样本的COⅠ基因全序列共获得21个单倍型，采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建的系统发育树表明，台湾光唇鱼和武夷光唇鱼构成单系群。K 2-P遗传距离分析显示台湾光唇鱼与武夷光唇鱼之间平均遗传距离仅为0.853%,远小于COⅠ条形码在物种间的2%遗传距离阈值。以ASAP物种界定法分析结果显示台湾光唇鱼和武夷光唇鱼为同一物种。因此，闽江分布的武夷光唇鱼与台湾光唇鱼应为同一物种，武夷光唇鱼为台湾光唇鱼的同物异名。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李玉龙 陈百灵 鲍相渤 周遵春 刘卫东 李云峰
为详细了解鱼类早期生活史阶段的食物组成,以黄海北部海水池塘养殖环境下不同发育阶段的沙氏下鱵(Hyporhamphus sajori)幼鱼为对象,提取其胃含物及水环境样品DNA,选用18SrDNA V4区作为分子标记进行扩增,通过DNA宏条形码技术(DNA metabarcoding)鉴定其食物组成及摄食选择性。结果显示, 33日龄沙氏下鱵幼鱼胃含物样品中共检出17个物种门类,其中节肢动物门(45.29%)序列数占比最高,其他物种序列数占比超过1%的门类依次为绿藻门(20.34%)、硅藻门(12.35%)、甲藻门(12.42%)、纤毛虫门(2.41%)、链形植物门(1.75%)、鞭毛虫门(1.24%)和子囊菌门(1%),同期水环境样品中甲藻门序列数占绝对优势(76.64%),其次分别为纤毛虫门(2.52%)、刺胞动物门(1.50%)、异鞭藻门(1.34%)、丝足虫门(1.12%); 63日龄沙氏下鱵幼鱼胃含物样品中共检出18个物种门类,其中节肢动物门序列数占绝对优势(97.31%),其他门类物种序列数占比均小于1%,同期水环境样品中甲藻门(57.92%)为优势门类,其他物种序列数占比超过1%的门类依次为纤毛虫门(10.97%)、硅藻门(8.05%)、金藻门(4.54%)、隐藻门(3.88%)、异鞭藻门(3.85%)、刺胞动物门(2.30%)、节肢动物门(1.61%)、绿藻门(1.07%)。不同发育阶段的沙氏下鱵幼鱼食物组成存在差异,说明沙氏下鱵的食性随着生长发育可能存在由浮游生物为主的杂食性向浮游动物食性的转变。此外,通过DNA宏条形码技术还检测出传统胃含物检测方法未鉴定到的真菌、纤毛虫类以及链形植物等食物种类。研究结果表明,DNA宏条形码技术作为一种新兴的食性分析方法,适用于幼鱼阶段鱼类的食性分析,且比基于传统形态学的食性分析具有更高的鉴别潜力。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王利华 罗相忠 王丹 李伟 李忠 邹桂伟 梁宏伟
为探究线粒体CO I和Cytb基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C. recurviceps)、尖头鲌(C. oxycephalus)、蒙古鲌(C. mongolicus)、拟尖头鲌(C. oxycephaloides)和翘嘴鲌(C. alburnus)六种鲌属鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome C oxidase subunit I,CO I)和细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)的基因片段,并对六种鲌属鱼类同源序列的碱基组成、种内与种间遗传距离以及系统进化分别进行分析。结果表明:长度为645 bp的COI基因片段中,A、T、G、C 4种碱基平均含量分别为25.65%、28.18%、18.33%和27.84%;长度为970 bp的Cytb序列片段中,A、T、G、C碱基平均含量分别为27.97%、27.93%、14.53%和29.57%。基于CO I基因序列的种间平均遗传距离为3.54%,种内平均遗传距离为0.17%,种间遗传距离为种内遗传距离的20.82倍;基于Cytb基因序列的种间平均遗传距离为5.92%,种内平均遗传距离为0.18%,种间遗传距离为种内遗传距离的32.89倍。基于COI基因的系统进化关系显示除尖头鲌与拟尖头鲌外,其余4种鲌均形成独立分支,而基于Cytb基因的系统发育关系显示六种鲌属均能独立形成分支,鲌属六种鱼能够进行有效区分,将CO I和Cytb作为DNA条形码进行鲌属鱼类的物种鉴定是可行的,联合使用可以获得更好的鉴定效果。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王开杰 徐永江 崔爱君 姜燕 王滨 柳学周 方璐 薛志勇 毛成全
为建立我国(鱼师)属鱼类快速有效的分子鉴别技术，从DNA条形码角度出发，分析了线粒体细胞色素b (Cyt b)、NADH脱氢酶(ND1和ND2)基因在黄条(鱼师) (Seriola aureovittata)、高体(鱼师) (Seriola dumerili)和五条(鱼师) (Seriola quinqueradiata)等(鱼师)属鱼类物种鉴定和系统进化以及地理区域鉴别中的适用性。结果显示，Cyt b基因表现出明显的A+T偏倚性，ND2基因序列突变速率较高，变异率为20.52%，ND2基因(H_(d)=0.900， P_(i)=0.082)的遗传多样性高于ND1 (H_(d)=0.874， P_(i)=0.077)和Cyt b (H_(d)=0.814，P_(i)=0.061)。比较了(鱼师)属鱼类3种基因序列的结构特征，基于ND1和ND2基因计算的(鱼师)属鱼类种间遗传距离都为种内遗传距离的10倍以上，但Cyt b基因对高体(鱼师)和几内亚(鱼师) (Seriola carpenteri)辨识力不足。系统进化分析显示，每个物种都形成单系分支，3个基因均能对我国3种(鱼师)属鱼类进行鉴别，且都可有效区别来自全球3个不同水域的黄条(鱼师)种群。因此，Cyt b、ND1和ND2基因不仅可作为(鱼师)属鱼类物种鉴定的有效DNA条形码，还可作为不同地理种群划分和种质资源科学保护的依据，为我国(鱼师)鱼养殖产业的持续健康发展和种质资源的可持续利用提供技术依据。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
徐春燕 沈长春 蔡建堤 刘勇 马超 庄之栋 葛辉
为研究DNA条形码技术在遭遇瓶颈的仔稚鱼种类鉴定中的适用性,2015年7月17―20日采集福建近海仔稚鱼样品,并挑选80尾进行DNA条形码分析。获得仔稚鱼的CO I基因序列73条,鉴定仔稚鱼26种,隶属于7目22科25属,另有5个物种仅鉴定到属,2个物种仅鉴定到科。种内平均遗传距离为0.0023,属内种间遗传距离为0.1797,约为种内遗传距离的78倍,说明利用CO I基因可以进行有效的仔稚鱼物种鉴定。科内属间、目内科间的遗传距离分别为0.1937、0.2420,遗传距离随着分类阶元的提高而增大。在系统进
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王开杰 徐永江 柳学周 崔爱君 姜燕 王滨 方璐
为了探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ、Ⅱ (CO Ⅰ、CO Ⅱ)和16S rRNA基因在鰤属鱼类物种鉴定和群体划分中的适用性,在黄条鰤(Seriola lalandi)、髙体鰤(Seriola dumerili)、五条鰤(Seriola quinqueradiata)等鰤属鱼类中克隆了3种基因,并进行序列比对与系统进化分析。结果显示, CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA的基因序列均表现出明显的A+T偏倚性; 16S rRNA序列最为保守,变异率仅为5.06%; CO Ⅰ序列的平均核苷酸差异数(k)和核酸多样性指数(Pi)高于CO Ⅱ和16S rRNA, CO Ⅱ的单倍型多样性指数最高, CO Ⅰ序列分化程度更高。比较了鰤属鱼类3种基因的扩增序列,发现CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA均能对我国分布的3种鰤属鱼类进行有效鉴别。另外, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为不同地理群体黄条鰤的鉴别DNA条形码,而16S rRNA对于不同地理群体的黄条鰤辨识能力不足。在鰤属鱼类中,基于CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因计算的种间遗传距离都大于种内遗传距离的10倍以上,系统进化分析显示每个物种都形成单系,表明CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因不仅可作为鰤属鱼类物种鉴定和多样性保护的有效DNA条形码, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为黄条鰤不同地理种群划分和国际资源判别的依据。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
陈月华 何培民 杨金权
为了探明如东海域浒苔藻团中附着的大量鱼卵的产卵鱼种,利用DNA条形码技术对其进行了物种鉴定。鉴定结果表明:鱼卵、仔鱼、成鱼与沙氏下鱵鱼(Hyporhamphus sajori)COI基因片段序列之间无变异位点出现,遗传距离为0,而与其他颌针鱼目鱼类序列间差异达10.83%20.94%,遗传距离在21.9%26.4%之间;NJ分子系统发育分析显示鱼卵、仔鱼、成鱼与沙氏下鱵鱼聚为单系群。因此,确定该海域浒苔藻团中产卵鱼类为沙氏下鱵鱼。在此基础上探讨了浒苔藻团附着大量黏性鱼卵现象的原因及其对近海鱼类资源恢复的启
关键词：
DNA条形码 沙氏下鱵鱼 浒苔 物种鉴定
[期刊] 中国水产科学
[作者]
律迎春 左涛 唐庆娟 段高飞 王春霞 李晋 徐洁 薛长湖
为研究线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(Mitochondrial cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因作为DNA条形码鉴定海参品种的可行性,本实验采集了7种海参(Holothuroidea)43个个体并获得其线粒体COⅠ基因序列,利用DNAstar、DNAMAN和MEGA 4.1软件分析计算了7种海参的碱基组成以及不同海参之间的种间遗传距离和种内遗传距离,利用邻接法和最大简约法分别构建了分子系统树。结果表明,海参的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,不同海参在系统树中分别形成各自独立的分支,表明以COⅠ作为海参DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性。在建立海参...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
席晓晴 鲍宝龙 章守宇
DNA条形码技术是利用一段较短的DNA序列实现快速准确物种鉴定的工具,已成为近年来生物类群的研究热点,并逐步被引进到各个领域。在海洋生物群落生态学中,DNA条形码已被用于海洋生物系统分类、分子遗传多样性、种间亲缘关系、系统进化关系等研究;国外已有学者将其应用到海洋生物食性分析的研究中,国内相关文章较少。本文介绍了DNA条形码的由来、发展以及相关原理和基本实验步骤,并阐述了其优点以及局限性,分析了其在肉食性鱼类胃含物不可辨认种类鉴定中的应用价值,并展望其在未来分类学发展中的应用前景。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李明晖 安长廷 李昂 刘凯莹 柳淑芳 庄志猛
虾虎鱼(Gobiidae)是海洋底层食物链中的关键环节,在生态系统的物质循环和能量流动中发挥重要作用。因虾虎鱼种类繁多、分布广泛、体型较小,加之形态上存在不同程度的特化,对形态学分类鉴定带来极大挑战。本研究对采自黄渤海的73尾虾虎鱼成鱼和幼鱼样本分别进行了形态学鉴定和DNA条形码分析,依据形态学分类特征,鉴定出9属12种;而运用DNA条形码技术,共鉴定出13种,隶属于虾虎鱼科10属。可见,在形态学鉴定经验不足或幼鱼形态学特征不明显的情况下,DNA条形码可以有效地实现物种鉴定。同时,系统整理了黄渤海虾虎鱼科记录种名录,共计29属47种。依据物种名录,从BOLD及NCBI数据库中筛选并下载了18属29种虾虎鱼科鱼类的DNA条形码,与本研究鉴定出的10属13种虾虎鱼类合并分析,构建了虾虎鱼科26属42种鱼类的系统关系树,覆盖了黄渤海虾虎鱼科89.36%的记录种,通过对虾虎鱼科鱼类的分子系统发育关系与形态学分类地位进行确认和修订,初步建立了黄渤海虾虎鱼科DNA条形码分类体系。本研究结果证明了DNA条形码技术对虾虎鱼物种具有较高识别效率,有效弥补了传统形态学鉴定方法的缺点和局限,丰富了虾虎鱼DNA条形码数据库,完善了虾虎鱼DNA条形码分类体系,为虾虎鱼的保护生物学、进化生物学及生物地理学等研究提供了科学依据。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
周建设 张驰 刘海平 马波 王万良 曾本和 牟振波
为确定DNA条形码技术在西藏水系裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)物种鉴定中的可行性,利用西藏水系所采集260尾裂腹鱼亚科样本,测定其线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(COI)基因片段序列,计算遗传距离,构建系统发育树,并与GenBank中相关序列进行比对。260个样本经检测均获得有效COI基因扩增片段,COI基因碱基组成偏倚明显,A+T含量为54.74%,显著高于G+C含量(45.26%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,遗传距离阈值设置为0.02时,260个样本可被鉴定到种的为249尾样本,11尾由于样本量少,数据库中存在多个命名,只鉴定到属,其中与形态学鉴定一致的179尾样本,一致率为68.8%,裂腹鱼亚科裸鲤属(Gymnocypris)不能通过COI基因鉴定到种,拉萨裂腹鱼(Schizothoracinae)、异齿裂腹鱼(S.schizothorax o?connori)、巨须裂腹鱼(S.macropogon)3个种之间的遗传距离阈值以0.02不能有效鉴别,而遗传距离阈值以0.01作为这3个种的鉴定标准,可达到有效鉴别的目的。基于邻接法构建系统发育树,裂腹鱼亚科鱼类形成一个支持率较高的单系群,Bootstrap检验支持率为99%,系统进化树聚类方式与以遗传距离值为标准的鉴定结果一致,很好地反映了水系物种间的地理和历史联系。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
高尚 向登高 李跃飞 李捷 陈蔚涛
为揭示华南地区美丽小条鳅(Micronemacheilus pulcher)的隐存多样性及其地理分布格局，同时为美丽小条鳅的精准管理和保护提供重要理论背景知识，本研究采集了华南地区多个水系19个地理群体共计102尾美丽小条鳅样本，测定了所有样本的DNA条形码标准基因(线粒体COI基因)与部分样本的糖基转移酶基因(Glyt基因),综合了系统发育分析、遗传距离估算、等位基因网状图分析、物种有效性界定等方法，基于COI基因的系统发育结果显示，美丽小条鳅存在两个主要谱系(I和Ⅱ),谱系Ⅰ主要由珠江水系、漠阳江水系、南流江水系群体构成，谱系Ⅱ由海南岛的陵水河水系和南渡江水系群体组成。另外，研究发现谱系Ⅰ可以细分为三个严格地理分布的子谱系(Ⅰ-1,Ⅰ-2和Ⅰ-3),其中子谱系Ⅰ-1由珠江水系的西江、北江和南流江水系的群体组成，子谱系Ⅰ-2和Ⅰ-3分别由珠江水系的东江群体和漠阳江水系群体组成；谱系Ⅱ可以分为子谱系Ⅱ-1和Ⅱ-2,分别由陵水河水系群体和南渡江水系群体组成。遗传距离估算发现谱系Ⅰ和Ⅱ之间的遗传距离达到5.83%,谱系Ⅱ的两个子谱系之间的遗传距离到达2.92%,大于2%的DNA条形码物种鉴定阈值。基于Glyt基因的系统发育分析未获得严格的谱系分化，但是等位基因网状图支持大陆群体和海南岛群体以及海南岛的陵水河水系群体和南渡江水系群体的进化独立性。基于COI基因的ABGD(automatic barcode gap discovery)和PTP(poisson tree process)分析和联合两个基因的BPP(bayesian phylogenetics and phylogeography)分析均支持谱系Ⅰ、子谱系Ⅱ-1和子谱系Ⅱ-2为三个独立物种，表明美丽小条鳅至少包含三个隐存种。研究结果表明美丽小条鳅的多样性可能被低估，亟需使用形态度量学、更高覆盖度的和多种类型的分子标记来全面系统揭示其隐藏的遗传多样性，为美丽小条鳅全面精准的管理保护提供数据支持。
[期刊] 实验技术与管理
[作者]
任瑶瑶 郑颖 柯家伟 姚雨庭 谢浈 蒋合众
利用DNA条形码分子诊断技术对几种虎耳草科药用植物进行鉴定并评价ITS2序列对虎耳草科植物鉴定的有效性，为虎耳草科植物鉴定提供一种新思路。于不同区域采集13份虎耳草科植物样本，提取基因组DNA后，利用ITS2序列扩增引物进行PCR扩增及测序，并从GenBank数据库中下载11条同属及同科序列。基于HHMer注释方法去掉两端区段获得ITS2序列，采用MEGA7.0软件进行序列长度、碱基含量对比，并基于K2P模型计算并分析种内、种间遗传距离，采用邻接法构建NJ系统进化树，采用靴带检验法（1000次重复）检验各分支的支持率，于ITS2数据库网站预测并比较ITS2序列的二级结构。结果显示，虎耳草科植物种间遗传距离大于种内遗传距离，能将各物种区分；系统进化树中各属分别聚为一支，同属内各物种大多分别聚为一小支，部分物种的鉴定需要进一步研究；各物种ITS2二级结构均存在不同差异，可对物种鉴定进行辅助分析。利用ITS2序列作为DNA条形码可有效地区分鉴别几种虎耳草科药用植物。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
沙忠利 王永良 程娇
中国海口足类动物区系具有丰富的物种多样性,是我国海洋底栖生物中的重要经济类群。口足类的属内种间鉴别特征有的极为相似,仅依靠传统的形态分类方法很难对近缘种和疑难种进行准确的鉴定。DNA条形码技术可以弥补传统形态学鉴定的某些局限,为物种鉴定提供了有效的工具。该研究探讨了利用线粒体COI序列对中国海口足类进行物种鉴定的可行性,共获得口足目4总科6科24属38个种的204条线粒体COI序列,与Gen Bank收录的14种42条口足类同源序列进行比对,结果显示口足类COI基因不存在碱基插入缺失现象,碱基组成偏倚明显,A+T含量(63.5%)显著高于G+C含量(36.5%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,结果显示遗传距离随着分类阶元的增高而增大。同物种种内个体间的遗传距离变化范围在0%~3.91%,平均值为0.76%。同属内各物种间的遗传距离变化范围为6.55%~18.99%,平均值为12.91%。同科内不同属间的遗传距离变化范围为9.16%~23.32%,平均值为16.89%。不同科间的遗传距离变化范围为16.52%~26.6%,平均值为21.31%。由此可见,口足类COI基因的种间和种内遗传距离存在明显的间隙。基于COI序列构建的口足类邻接关系树显示所有包含大于1个个体的物种均可形成单系群,且节点支持率均为100%。本研究证明了COI序列作为DNA条形码标准基因在口足类物种鉴定中的有效性。此外,研究发现中国沿海分布的口虾蛄可能至少存在两个隐存种,实证了基于COI序列的DNA条形码技术能够用于口虾蛄隐存多样性的探究。
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