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[期刊] 海洋渔业
[作者]
吴晓雯 张华伟 余海 彭欣 张永普
采用COⅠ、16S rRNA两种分子标记对中国浙江南部沿海岛屿岩相潮间带日本花棘石鳖(Liolophura japonica)13个群体遗传特征和亲缘关系进行了探讨。结果显示:COⅠ基因片段长度为675 bp,16S rRNA基因长度为517 bp,A+T比例分别为62.5%和64.9%。COⅠ基因总多态位点数为41个,单倍型多样性指数0.847,核苷酸多态性指数为0.006 01,平均核苷酸差异数为4.057 8;16S rRNA基因的总多态位点数为9个,单倍型多样性指数0.665,核苷酸多态性指数为0.001 69,平均核苷酸差异数为0.871 2。以Acanthopleura brevispinosa和A.granulata为外群构建了ML和BI系统发育树,其拓扑结构显示,基于COⅠ基因的日本花棘石鳖形成2个分支;基于16S rRNA基因的日本花棘石鳖群体仅聚合为一支。不同地理群体单倍型散乱分布,没有出现明显的地理结构和遗传谱系结构,表明各岛屿的日本花棘石鳖为近期分化并存在基因交流。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
赵子滔 李敏 吴庭健 张梅菁 沈茜妤 马绍祖 刘金林 何培民
为探究上海市滨海湿地碱蓬属植物种类及其遗传多样性，本文主要调查和研究了上海市浦东新区南汇东滩、奉贤区海滩、崇明区东滩等3个滨海湿地11个站位采集的碱蓬属植株种类资源及其遗传多样性。结果表明：（1）经形态学鉴定和基于ITS和matK序列条形码分析的分子鉴定，上海市滨海湿地碱蓬属植物为盐地碱蓬（Suaeda salsa）和碱蓬（Suaeda glauca）2个种。（2）仅在崇明岛发现碱蓬，7株样品之间遗传距离为0，表明该群体与外界没有基因交流。（3）崇明、浦东、奉贤盐地碱蓬在ITS和matK序列上均存在2-3个单倍型，遗传距离（<0.05），说明大多数为群体内部遗传变异。奉贤群体的遗传多样性最低（Hd=0.419±0.113，Pi=0.00085和Hd=0.133±0.112，Pi=0.00035），浦东群体遗传多样性最高（Hd=0.629±0.086，Pi=0.00147和Hd=0.475±0.141，Pi=0.00425）。浦东与崇明、奉贤的群体间存在中度分化(0.05< F_(ST) <0.15， P <0.05; Nm >1)，崇明与奉贤的群体间存在高度分化(0.15< F_(ST) <0.25，P <0.05；Nm <1)。本研究为上海市滨海湿地碱蓬属植物保护和种群恢复奠定了坚实基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
徐春燕 沈长春 蔡建堤 刘勇 马超 庄之栋 葛辉
为研究DNA条形码技术在遭遇瓶颈的仔稚鱼种类鉴定中的适用性,2015年7月17―20日采集福建近海仔稚鱼样品,并挑选80尾进行DNA条形码分析。获得仔稚鱼的CO I基因序列73条,鉴定仔稚鱼26种,隶属于7目22科25属,另有5个物种仅鉴定到属,2个物种仅鉴定到科。种内平均遗传距离为0.0023,属内种间遗传距离为0.1797,约为种内遗传距离的78倍,说明利用CO I基因可以进行有效的仔稚鱼物种鉴定。科内属间、目内科间的遗传距离分别为0.1937、0.2420,遗传距离随着分类阶元的提高而增大。在系统进
[期刊] 林业科学研究
[作者]
林立 李纪元 倪穗 陈越 范正琪 李辛雷 应震
利用简单重复序列间扩增(ISSR)分子标记对分布于我国浙江和山东的8个山茶种群共240个个体进行了遗传结构分析。结果表明:筛选出的20条引物扩增得到210条清晰条带,其中184条为多态性条带,多态位点百分率(PPB)为87.62%。经POPGENE1.32软件分析,山茶种群平均多态位点百分率(PPB)为68.99%,Nei’s基因多样性指数(HE)为0.256 9,Shannon信息指数(H)为0.377 9,种群遗传多样性较高。基因分化系数Gst=0.182 9,表明遗传变异主要存在于种群内个体间。地理距离与遗传距离具有显著相关性(r=0.856 7,P<0.05),岛屿地理隔离对山茶种群的...
[期刊] 水产学报
[作者]
李渊 宋娜 KHAN Fozia Siyal 柳本卓 高天翔
鲳属鱼类广泛分布于中国沿海,为重要经济鱼种,鲳属鱼类因外部形态存在较大的相似性,分类一直存在分歧。本研究于2010年10月—2012年9月采集科威特(科威特北部海域)、巴基斯坦(松米亚尼湾、奥尔马拉和伯斯尼)、北部湾和台湾近海的银鲳样品,对其形态特征进行重新描述,并对其DNA条形码开展了研究。银鲳的主要形态特征为背鳍Ⅶ-Ⅷ-39~43;胸鳍21~29;臀鳍Ⅴ-Ⅵ-35~41;尾鳍26~28。鳃耙细弱、稀疏,2~3+8~9=10~12。头部后上方侧线管的横枕管丛和背分支丛后缘呈浅弧形,腹分支丛较背分支丛略长,向后延伸未达背鳍起点,呈峨眉状。脊椎骨数37~38。结合GenBank中所有拉丁学名为P...
关键词：
银鲳 形态特征 DNA条形码 遗传差异
[期刊] 中国水产科学
[作者]
柳淑芳 李献儒 杨钰 杨善军 庄志猛
为建立鲉形目内各物种的快速鉴别方法，本研究扩增了我国４７个鲉形目物种并下载了Ｇｅｎ Ｂａｎｋ上收录的鲉形目共计２３科８５属２３３种８７３条细胞色素Ｃ氧化酶Ｉ基因（ＣＯＩ）序列，分析该基因结构特性。结果表明，鲉形目Ｄｎａ条形码基因的碱基变异中，不变位点５０８个，占总位点数的８２．１％；转换位点７０个，颠换位点４１个，分别占总位点数的１１．３％和６．６％；种内遗传距离为０～０．０１９，平均遗传距离为０．００３？０．００３４；属内种间遗传距离为０．００３～０．２５８，平均值为０．０８６？０．０３８；基于２３３个物种的ＣＯＩ序列构建的系统进化树显示，２２７个物种（９７．４％）能聚为独立分支，且具有较高．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李玉龙 陈百灵 鲍相渤 周遵春 刘卫东 李云峰
为详细了解鱼类早期生活史阶段的食物组成,以黄海北部海水池塘养殖环境下不同发育阶段的沙氏下鱵(Hyporhamphus sajori)幼鱼为对象,提取其胃含物及水环境样品DNA,选用18SrDNA V4区作为分子标记进行扩增,通过DNA宏条形码技术(DNA metabarcoding)鉴定其食物组成及摄食选择性。结果显示, 33日龄沙氏下鱵幼鱼胃含物样品中共检出17个物种门类,其中节肢动物门(45.29%)序列数占比最高,其他物种序列数占比超过1%的门类依次为绿藻门(20.34%)、硅藻门(12.35%)、甲藻门(12.42%)、纤毛虫门(2.41%)、链形植物门(1.75%)、鞭毛虫门(1.24%)和子囊菌门(1%),同期水环境样品中甲藻门序列数占绝对优势(76.64%),其次分别为纤毛虫门(2.52%)、刺胞动物门(1.50%)、异鞭藻门(1.34%)、丝足虫门(1.12%); 63日龄沙氏下鱵幼鱼胃含物样品中共检出18个物种门类,其中节肢动物门序列数占绝对优势(97.31%),其他门类物种序列数占比均小于1%,同期水环境样品中甲藻门(57.92%)为优势门类,其他物种序列数占比超过1%的门类依次为纤毛虫门(10.97%)、硅藻门(8.05%)、金藻门(4.54%)、隐藻门(3.88%)、异鞭藻门(3.85%)、刺胞动物门(2.30%)、节肢动物门(1.61%)、绿藻门(1.07%)。不同发育阶段的沙氏下鱵幼鱼食物组成存在差异,说明沙氏下鱵的食性随着生长发育可能存在由浮游生物为主的杂食性向浮游动物食性的转变。此外,通过DNA宏条形码技术还检测出传统胃含物检测方法未鉴定到的真菌、纤毛虫类以及链形植物等食物种类。研究结果表明,DNA宏条形码技术作为一种新兴的食性分析方法,适用于幼鱼阶段鱼类的食性分析,且比基于传统形态学的食性分析具有更高的鉴别潜力。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
柳淑芳 李献儒 杜腾飞 庄志猛
从ＧｅｎＢａｎｋ下载到１３目５０科７３属７７种山东近海鱼类的线粒体细胞色素ｃ氧化酶Ｉ（ｃＯ Ｉ）序列，通过分析其遗传距离及系统进化，并基于ｃＯ Ｉ序列筛选物种特异性探针来分析Ｄｎａ芯片技术在进行物种鉴定时的可行性。结果表明，在ｃＯ Ｉ基因Ｄｎａ条形码的分析中，７７种鱼类的种间遗传距离（平均０．１１７）明显大于种内遗传距离（平均０．００３４），且每个物种的不同个体在进化树上都能聚在一起，提示Ｄｎａ条形码能全部区分７７个物种；根据ｃＯ Ｉ基因设计的用于芯片的特异性探针中，７７个物种最终有６４个可以筛选出物种特异性探针，占总物种数的８３．１％，本研究旨在为山东近海鱼类物种鉴定提供了技术支持。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
律迎春 左涛 唐庆娟 段高飞 王春霞 李晋 徐洁 薛长湖
为研究线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(Mitochondrial cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因作为DNA条形码鉴定海参品种的可行性,本实验采集了7种海参(Holothuroidea)43个个体并获得其线粒体COⅠ基因序列,利用DNAstar、DNAMAN和MEGA 4.1软件分析计算了7种海参的碱基组成以及不同海参之间的种间遗传距离和种内遗传距离,利用邻接法和最大简约法分别构建了分子系统树。结果表明,海参的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,不同海参在系统树中分别形成各自独立的分支,表明以COⅠ作为海参DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性。在建立海参...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
徐博文 易霈霈 傅雪军 余进祥 余智杰 黄滨 龚海波 巫曦雅 兰若林
过度的人为干扰导致棘胸蛙(Quasipaa spinosa)种质资源的衰退和遗传多样性的下降,成为亟待解决的问题。本研究旨在对我国棘胸蛙的不同地理群体进行种质鉴定,全面评估其种群的种质资源特性,并挖掘优良育种群体,为后续的群体选育和种质资源优化提供参考。研究采用单因素方差分析、主成分分析、聚类分析以及判别分析等方法,对来自贵溪(YJFGX)、宜丰(LHSYF)、于都(LHSYD)、泰宁(LHSTN)4个地理群体的120只棘胸蛙养殖个体的外部可量性状进行形态学分析,并结合简化基因组测序(RAD-seq)结果,对群体遗传差异进行分析。分析结果显示,4个地理群体在形态特征上存在差异,其中LHSYD群体与其他群体的差异最为显著。LHSTN群体和YJFGX群体间形态相似,未表现出明显分化。4个地理群体在体肢长度等相关指标中表现出较为普遍的雌雄差异,存在部分两性异形。根据形态特征, 4个群体大致可分为3大分支:LHSTN群体、YJFGX群体各为一分支，LHSYF群体和LHSYD群体组成一大分支。观测杂合度(Ho)为0.035～0.038,低于期望杂合度(He,0.103～0.129),近交系数为0.197～0.287,处于较高水平。LHSTN群体与其他几个群体，包括LHSYF (Fst值为0.303)、LHSYD (Fst值为0.277)和YJFGX(Fst值为0.276)群体之间，显示出较高的遗传分化。相比之下，LHSYF、LHSYD和YJFGX这三个群体之间的遗传分化程度则属于中等水平。综合分析表明:(1)棘胸蛙4个地理群体间存在一定程度的形态分化,但尚未达到亚种分化水平;(2)种群整体遗传多样性较低,遗传分化程度较高,遗传信息相对独立,这表明可以通过群体间的杂交来丰富本地种群的遗传信息,优化种质资源。研究结果可为棘胸蛙的保护和可持续利用提供科学依据。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
沙忠利 王永良 程娇
中国海口足类动物区系具有丰富的物种多样性,是我国海洋底栖生物中的重要经济类群。口足类的属内种间鉴别特征有的极为相似,仅依靠传统的形态分类方法很难对近缘种和疑难种进行准确的鉴定。DNA条形码技术可以弥补传统形态学鉴定的某些局限,为物种鉴定提供了有效的工具。该研究探讨了利用线粒体COI序列对中国海口足类进行物种鉴定的可行性,共获得口足目4总科6科24属38个种的204条线粒体COI序列,与Gen Bank收录的14种42条口足类同源序列进行比对,结果显示口足类COI基因不存在碱基插入缺失现象,碱基组成偏倚明显,A+T含量(63.5%)显著高于G+C含量(36.5%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,结果显示遗传距离随着分类阶元的增高而增大。同物种种内个体间的遗传距离变化范围在0%~3.91%,平均值为0.76%。同属内各物种间的遗传距离变化范围为6.55%~18.99%,平均值为12.91%。同科内不同属间的遗传距离变化范围为9.16%~23.32%,平均值为16.89%。不同科间的遗传距离变化范围为16.52%~26.6%,平均值为21.31%。由此可见,口足类COI基因的种间和种内遗传距离存在明显的间隙。基于COI序列构建的口足类邻接关系树显示所有包含大于1个个体的物种均可形成单系群,且节点支持率均为100%。本研究证明了COI序列作为DNA条形码标准基因在口足类物种鉴定中的有效性。此外,研究发现中国沿海分布的口虾蛄可能至少存在两个隐存种,实证了基于COI序列的DNA条形码技术能够用于口虾蛄隐存多样性的探究。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈咸吉 聂现辉 艾文胜 孟勇 肖扬波 周楚人 彭逸斯 汪启明 彭国平
利用3种叶绿体DNA条形码序列ndhF、psbA–trnH、rps16对竹亚科植物17个属的98个竹种进行DNA条形码聚类分析,并对已知的43个耐盐竹种进行聚类分析。结果显示:3种DNA条形码序列对竹子具有良好的通用性,平均通用性在96%以上;psbA–trnH未能对瓜多竹外的竹亚科植物种属进行聚类,能对部分耐盐竹种进行聚类;ndhF、rps16条形码序列能对部分种属进行聚类,对牡竹属、箣竹属、苦竹属中包含的耐盐竹种聚类效果较好。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈咸吉 聂现辉 艾文胜 孟勇 肖扬波 周楚人 彭逸斯 汪启明 彭国平
利用3种叶绿体DNA条形码序列ndhF、psbA–trnH、rps16对竹亚科植物17个属的98个竹种进行DNA条形码聚类分析,并对已知的43个耐盐竹种进行聚类分析。结果显示:3种DNA条形码序列对竹子具有良好的通用性,平均通用性在96%以上;psbA–trnH未能对瓜多竹外的竹亚科植物种属进行聚类,能对部分耐盐竹种进行聚类;ndhF、rps16条形码序列能对部分种属进行聚类,对牡竹属、箣竹属、苦竹属中包含的耐盐竹种聚类效果较好。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李献儒 柳淑芳 李达 杜腾飞 庄志猛
采用PCR特异性扩增获得中国近海鲱形目(Clupeiformes)2科6属7种的48条线粒体COI基因序列,结合从Gen Bank筛选出的4科40属83种的COI基因序列225条,对鲱形目鱼类的COI条形码基因特征、种内与种间遗传距离及其分子系统进化关系进行了分析,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性。结果表明,4科41属90种273条COI基因序列的平均碱基组成为T:28.3%、C:28.3%、A:24.2%、G:19.2%,碱基组成表现出明显偏倚性。鲱形目鱼类种间的平均遗传距离为0.131,种内平均遗传距离为0.003,种间距离为种内距离的41倍;系统学分析结果显示,9...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
常玉梅 孙博 苏宝锋 梁利群 侯玉军
本研究采用DNA条形码技术对新疆赛里木湖引进种贝加尔凹目白鲑(Coregonus migratorius)、高白鲑(Coregonus peled)和宽鼻白鲑(Coregonus nasus)进行了种质鉴定和遗传多样性分析。单倍型检测发现,3种白鲑共检测到15种单倍型,其中贝加尔凹目白鲑独享5种,宽鼻白鲑7种,高白鲑5种,后二者共享2种单倍型为高白鲑特有单倍型,表明二者存在不同程度的基因交流,高白鲑可能将其基因通过杂交渐渗到宽鼻白鲑群体内。系统发育分析显示,15种单倍型分成3组分别聚类在3个不同分支上,每个分支所属白鲑分别与其发表序列聚在一起,表明赛里木湖引进的3种白鲑仍保持着原种良好的种源特性;而贝加尔凹目白鲑的近缘种秋白鲑(Coregonus autumnalis)则单独聚为一支,与贝加尔凹目白鲑的遗传距离最大(0.027),支持将二者划分为两个独立种。遗传多样性分析显示,3种白鲑的遗传多样性适中,但由于宽鼻白鲑存在杂交的可能性,因而其遗传多样性高于贝加尔凹目白鲑和高白鲑。建议赛里木湖渔业生产部门继续在繁殖、捕鱼等生产方式上进行科学规划,引进先进的种质鉴定技术,避免人工杂交造成的种质污染;同时维持和提高白鲑属鱼类的遗传多样性,保证湖区特色渔业的可持续发展。
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