为揭示华南地区美丽小条鳅(Micronemacheilus pulcher)的隐存多样性及其地理分布格局，同时为美丽小条鳅的精准管理和保护提供重要理论背景知识，本研究采集了华南地区多个水系19个地理群体共计102尾美丽小条鳅样本，测定了所有样本的DNA条形码标准基因(线粒体COI基因)与部分样本的糖基转移酶基因(Glyt基因),综合了系统发育分析、遗传距离估算、等位基因网状图分析、物种有效性界定等方法，基于COI基因的系统发育结果显示，美丽小条鳅存在两个主要谱系(I和Ⅱ),谱系Ⅰ主要由珠江水系、漠阳江水系、南流江水系群体构成，谱系Ⅱ由海南岛的陵水河水系和南渡江水系群体组成。另外，研究发现谱系Ⅰ可以细分为三个严格地理分布的子谱系(Ⅰ-1,Ⅰ-2和Ⅰ-3),其中子谱系Ⅰ-1由珠江水系的西江、北江和南流江水系的群体组成，子谱系Ⅰ-2和Ⅰ-3分别由珠江水系的东江群体和漠阳江水系群体组成；谱系Ⅱ可以分为子谱系Ⅱ-1和Ⅱ-2,分别由陵水河水系群体和南渡江水系群体组成。遗传距离估算发现谱系Ⅰ和Ⅱ之间的遗传距离达到5.83%,谱系Ⅱ的两个子谱系之间的遗传距离到达2.92%,大于2%的DNA条形码物种鉴定阈值。基于Glyt基因的系统发育分析未获得严格的谱系分化，但是等位基因网状图支持大陆群体和海南岛群体以及海南岛的陵水河水系群体和南渡江水系群体的进化独立性。基于COI基因的ABGD(automatic barcode gap discovery)和PTP(poisson tree process)分析和联合两个基因的BPP(bayesian phylogenetics and phylogeography)分析均支持谱系Ⅰ、子谱系Ⅱ-1和子谱系Ⅱ-2为三个独立物种，表明美丽小条鳅至少包含三个隐存种。研究结果表明美丽小条鳅的多样性可能被低估，亟需使用形态度量学、更高覆盖度的和多种类型的分子标记来全面系统揭示其隐藏的遗传多样性，为美丽小条鳅全面精准的管理保护提供数据支持。

为明确中国马■科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马■科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马■科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,是种内平均遗传距离0.9%的22倍;其中14种形成了单系分支,支持其物种有效性。四指马■(Eleutheronema tetradactylum)和多鳞四指马■(E.rhadinum)种间遗传距离(16.0%)是种内平均遗传距离(1.2%)的13倍,支持将二者作为2个独立物种的分类处理。多鳞四指马■种内遗传距离(2.3%)大于2%,形成了2个自展数据支持率为99%的分支,分支间遗传距离(4.8%)是分支内平均遗传距离(0.1%)的48倍,表明在中国沿海分布的多鳞四指马■有可能存在2个亚种或隐藏种。黑斑多指马■(Polydactylus sextarius)与马达加斯加多指马■(P.malagasyensis)外部形态极为相似,种间遗传距离仅为1.0%,且在分子系统树上镶嵌混杂为一支,仅根据分子数据结果,推测二者可能为同一物种;但由于没有可检视的标本,也不能排除GenBank序列种名注释中形态鉴定出错的可能。马伦氏多指马■(P.mullani)与七丝指马■(Filimanus heptadactylus)也混为1支,分支内遗传距离仅为0.1%;如果不是GenBank序列种名注释出错,则二者应为同一物种。GenBank序列中来源于北部湾的六丝多指马■(P.sexfilis),则可能是黑斑多指马■的错误鉴定。

生物多样性与人类存亡休戚相关,保护生物多样性是实现人类社会可持续发展的基础。本文立足我国渔业生物多样性现状,针对我国渔业生物过度开发和保护不足等难题,提出了通过开展渔业生物DNA条形码研究来推动我国渔业生物多样性学科发展的思路,详细阐述了DNA条形码在渔业生物资源可持续开发、物种分类鉴定、生物多样性监测、外来物种评价、水产品市场监管、渔业信息化等多个领域的应用现状,进一步展望了DNA条形码可以成为渔业生物区系研究、水域生态研究、电子分类技术以及宏DNA条形码新技术等多个方面的研究热点,呼吁扎实推进我国渔业生物DNA条形码数据库和信息化平台的建设和共享。

笛鲷属(Lutjanus)鱼类经济价值高,物种数量多,但外部形态保守,传统分类鉴定困难。为了解中国笛鲷属鱼类的物种多样性状况,测定了中国沿海19个地点11种笛鲷73个样本线粒体COⅠ基因5’端序列,并与从GenBank下载中国及邻近海域69条同源序列进行DNA条形码分析。研究表明,勒氏笛鲷(L. russelli)、金焰笛鲷(L. fulviflamma)、奥氏笛鲷(L. ophuysenii)、约氏笛鲷(L. johni)、蓝点笛鲷(L. rivulatus)、五线笛鲷(L. quinquelineatus)、千年笛鲷(L. sebae)、紫红笛鲷(L. argentimaculatus)、白斑笛鲷(L. bohar)、马拉巴笛鲷(L. malabaricus)、黄笛鲷(L. lutjanus)、印度笛鲷(L. indicus)、画眉笛鲷(L. vitta)、星点笛鲷(L. stellatus)、四带笛鲷(L. kasmira)、驼背笛鲷(L. gibbus)、焦黄笛鲷(L. fulvus)、红鳍笛鲷(L. erythopterus)等18种笛鲷142条COⅠ序列组成18个自展数据支持率(bootstrap)为99%～100%的单系分支,分支间平均遗传距离14.4%(2.9%～21.8%)约为分支内平均遗传距离0.17%(0～0.6%)的85倍,其中10种笛鲷独立成支,支持其物种有效性。勒氏笛鲷分成2小支,小支间平均遗传距离(2.9%)是小支内平均遗传距离(0.5%)的5.8倍,未满足"10×法则",其准确的物种分类地位尚待明确。印度笛鲷与勒氏笛鲷、画眉笛鲷与奥氏笛鲷出现混杂,推测从GenBank下载的印度笛鲷序列KF830898和KF830905可能来自勒氏笛鲷;画眉笛鲷序列KU943888可能来自奥氏笛鲷。中国近海星点笛鲷和蓝点笛鲷混杂且种间遗传距离仅为2.1%,接近一般种内遗传距离2%;红鳍笛鲷和马拉巴笛鲷遗传距离种间(0.3%)与种内(0.2%～0.3%)相当,且形态相似,推测是同一物种,也不排除它们存在种间杂交和为近期分化物种的可能。

为明确中国大陆近海棱鳀属鱼类的分类地位，采用国际通用的ＣＯⅠ基因５＇端６５２ｂｐ序列作为ＤＮＡ条形码，对中国近海棱鳀属全部６种鱼类６２尾标本进行鉴定分析。结果发现，所分析样品的序列碱基组成为Ｔ：２９．０％，Ｃ：２６．３％，Ａ：２５．３％，Ｇ：１９．４％，Ａ＋Ｔ含量（５４．３％）高于Ｇ＋Ｃ含量（４５．７％），转换／颠换率为３．７６。６种棱鳀属鱼类组成５个自展支持率为１００％的分支，除黄吻棱鳀和中颌棱鳀各为单系但聚合为一支外，其余４种均独立成支；分支内与分支间平均遗传距离分别为０．２％（０．０％～０．４％）和１７．７％（１５．７％～１９．０％）。赤鼻棱鳀、汉氏棱鳀、杜氏棱鳀和长颌棱鳀均符合Ｈｅｂｅ．．．

为研究DNA条形码技术在遭遇瓶颈的仔稚鱼种类鉴定中的适用性,2015年7月17―20日采集福建近海仔稚鱼样品,并挑选80尾进行DNA条形码分析。获得仔稚鱼的CO I基因序列73条,鉴定仔稚鱼26种,隶属于7目22科25属,另有5个物种仅鉴定到属,2个物种仅鉴定到科。种内平均遗传距离为0.0023,属内种间遗传距离为0.1797,约为种内遗传距离的78倍,说明利用CO I基因可以进行有效的仔稚鱼物种鉴定。科内属间、目内科间的遗传距离分别为0.1937、0.2420,遗传距离随着分类阶元的提高而增大。在系统进

为了解淀浦河、川杨河、大治河、金汇港、龙泉港等5条上海市骨干人工河流鱼类物种多样性及群落结构状况，于2021年6月（夏季）和11月（秋季）经过水样采集、eDNA抽滤和提取、12SrRNA遗传标记扩增、高通量测序与生物信息分析等分析流程。结果显示，两次调查共从5条骨干河流的20个断面中检测到80种鱼类，排除10种因厨余废物流入河道而被检出的海洋种类，实际栖息的可能有70种，隶属于10目22科55属，包括国家Ⅱ级重点保护动物胭脂鱼（Myxocyprinus asiaticus）和5种外来物种。夏季和秋季检出鱼类分别为48种和62种，每条河流平均35.2种和44.0种。但20个断面夏季的Chao1指数和ACE指数均大于秋季均值，而Shannon指数和Simpson指数均值均小于秋季。夏、秋两季共同的优势种为刀鲚（Coilia nasus）、鲫（Carassius auratus）和鲤（Cyprinus carpio）。Jaccard相似性分析显示，断面间相似性最好的龙泉港表现为极相似，但表现最差的大治河也为中等相似。Cluster聚类和NMDS排序分析显示，5条河流可分为显著差异的3组，即龙泉港、金汇港和除Z1断面外的大治河各断面为组Ⅰ，川杨河和淀浦河各断面为组Ⅱ，Z1断面为组Ⅲ，刀鲚、鲫、大鳍鱊（Acheilognathus macropterus）是造成组间差异的主要分歧种。本研究检出的鱼类物种数虽多于黄浦江干流已记录的物种数，但厨余废物流入河道也能被检出，可能存在一定的 “假阳性”现象。尽管如此，eDNA宏条形码技术仍在城市河流鱼类多样性评估方面展现良好应用前景。

为探究上海市滨海湿地碱蓬属植物种类及其遗传多样性，本文主要调查和研究了上海市浦东新区南汇东滩、奉贤区海滩、崇明区东滩等3个滨海湿地11个站位采集的碱蓬属植株种类资源及其遗传多样性。结果表明：（1）经形态学鉴定和基于ITS和matK序列条形码分析的分子鉴定，上海市滨海湿地碱蓬属植物为盐地碱蓬（Suaeda salsa）和碱蓬（Suaeda glauca）2个种。（2）仅在崇明岛发现碱蓬，7株样品之间遗传距离为0，表明该群体与外界没有基因交流。（3）崇明、浦东、奉贤盐地碱蓬在ITS和matK序列上均存在2-3个单倍型，遗传距离（<0.05），说明大多数为群体内部遗传变异。奉贤群体的遗传多样性最低（Hd=0.419±0.113，Pi=0.00085和Hd=0.133±0.112，Pi=0.00035），浦东群体遗传多样性最高（Hd=0.629±0.086，Pi=0.00147和Hd=0.475±0.141，Pi=0.00425）。浦东与崇明、奉贤的群体间存在中度分化(0.05< F_(ST) <0.15， P <0.05; Nm >1)，崇明与奉贤的群体间存在高度分化(0.15< F_(ST) <0.25，P <0.05；Nm <1)。本研究为上海市滨海湿地碱蓬属植物保护和种群恢复奠定了坚实基础。

为探讨中国鲻科鱼类的分类地位,对采自中国8省27个地点的7种鲻科鱼类226个样本的40项测量数据进行了聚类、主成分与判别函数分析;测定了其中57个样本的标准条形码序列,结合Genbank下载的9种鱼类27条序列,构建基于K2P模型的邻接树,并进行遗传距离的计算和ABGD分析。结果发现,在形态方面,不同物种在主成分及判别函数散点图中重叠部分较大,表明对鲻科鱼类的鉴定不能仅依据单一的量度特征。在分子方面,14种鱼类聚类成12个明显的分支,分支间平均遗传距离17.14%(7.26%23.94%),约为分支内平均

现有研究表明，中国台湾省分布的台湾光唇鱼（Acrossocheilus paradoxus）与闽江分布的武夷光唇鱼（A. wuyiensis）为近源种，二者在形态鉴别特征上也难以区分，因此，这两个物种的有效性问题目前尚存在着争议。本研究以线粒体COI基因全序列为分子标记分析了台湾光唇鱼（Acrossocheilus paradoxus）和武夷光唇鱼（A.wuyiensis）的物种有效性。光唇鱼属（Acrossocheilus）6个种76尾样本的COI基因全序列共获得21个单倍型，采用最大简约法（MP）、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建的系统发育树表明，台湾光唇鱼和武夷光唇鱼构成单系群。K 2-P遗传距离分析显示台湾光唇鱼与武夷光唇鱼之间平均遗传距离仅为0.853%，远小于COI条形码在物种间的2%遗传距离阈值。以ASAP物种界定法分析结果显示台湾光唇鱼和武夷光唇鱼为同一物种。因此，闽江分布的武夷光唇鱼与台湾光唇鱼应为同一物种，武夷光唇鱼为台湾光唇鱼的同物异名。

为探索DNA条形码在沼虾属(Macrobrachium)种类鉴定中的可行性,对21种沼虾(亚洲群体7种和美洲群体14种)的COⅠ基因片段序列进行分析。结果显示:沼虾COⅠ基因组成偏倚明显,AT含量(57.74%)高于GC(42.26%),GC在各个密码子位点的含量由高到低分别为第1密码子位点(49.24%)、第2密码子位点(40.72%)、第3密码子位点(36.82%);基于Kimura2–Parameter模型分析21种沼虾的种间和种内平均遗传距离分别为0.753和0.005,种间平均遗传距离是种内遗传距离的150.6倍,符合HEBERT所推荐的鉴定不同物种的最小有效种间遗传距离为0.02以及种间遗传距离大于或等于10倍种内遗传距离的标准;在分子系统发育树中,NJ树和ML树的拓扑结构基本一致,亚洲种群和美洲种群分别以100%和82%的置信度形成2个姐妹支,并且同种沼虾都以较高的置信度聚集在同一分支内。研究结果证明,线粒体COⅠ基因能有效地对沼虾属的种类进行鉴别。

采集了23种鳅科鱼类89尾个体的线粒体COI基因5端序列,分析了碱基组成以及不同鳅科鱼类之间的种间遗传距离和种内遗传距离。结果显示,鳅科鱼类的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,表明以COI作为鳅科鱼类DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性。在建立鳅科鱼类DNA条形码的基础上,设计了主要物种泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)和大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)特异性引物,结果显示,该引物具有较高的特异性和灵敏度,能够实现对泥鳅、大鳞副泥鳅及其混合样品的物种鉴定。

利用AFLP分子标记和DNA条形码技术,对采自贵州省兴仁县和贵州省安顺市的刺梨、无籽刺梨和光枝无籽刺梨共19份样本材料进行鉴定。结果表明:AFLP标记分析19个样本间的遗传相似系数在0.719 0 0.997 2之间,平均相似系数为0.936 5。采用UPGMA法进行聚类分析,将19个样本聚类为2组,刺梨为单独1组,其他18份样本为1组。DNA条形码分析结果显示ITS无变异位点,将4种叶绿体序列片段(psb A-trn H、atp F-atp H、psb I-psb K、trn L-F)合并后以联合序列作为数据分析的基础,19份样本的平均误差为0.000 6,除刺梨外,其他18份样本之间的遗传...

为探究线粒体CO I和Cytb基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C. recurviceps)、尖头鲌(C. oxycephalus)、蒙古鲌(C. mongolicus)、拟尖头鲌(C. oxycephaloides)和翘嘴鲌(C. alburnus)六种鲌属鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome C oxidase subunit I,CO I)和细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)的基因片段,并对六种鲌属鱼类同源序列的碱基组成、种内与种间遗传距离以及系统进化分别进行分析。结果表明:长度为645 bp的COI基因片段中,A、T、G、C 4种碱基平均含量分别为25.65%、28.18%、18.33%和27.84%;长度为970 bp的Cytb序列片段中,A、T、G、C碱基平均含量分别为27.97%、27.93%、14.53%和29.57%。基于CO I基因序列的种间平均遗传距离为3.54%,种内平均遗传距离为0.17%,种间遗传距离为种内遗传距离的20.82倍;基于Cytb基因序列的种间平均遗传距离为5.92%,种内平均遗传距离为0.18%,种间遗传距离为种内遗传距离的32.89倍。基于COI基因的系统进化关系显示除尖头鲌与拟尖头鲌外,其余4种鲌均形成独立分支,而基于Cytb基因的系统发育关系显示六种鲌属均能独立形成分支,鲌属六种鱼能够进行有效区分,将CO I和Cytb作为DNA条形码进行鲌属鱼类的物种鉴定是可行的,联合使用可以获得更好的鉴定效果。

以线粒体COⅠ基因全序列为分子标记分析中国台湾省分布的台湾光唇鱼(Acrossocheilus paradoxus)和闽江分布的武夷光唇鱼(A.wuyiensis)的物种有效性。光唇鱼属(Acrossocheilus)6个种76尾样本的COⅠ基因全序列共获得21个单倍型，采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建的系统发育树表明，台湾光唇鱼和武夷光唇鱼构成单系群。K 2-P遗传距离分析显示台湾光唇鱼与武夷光唇鱼之间平均遗传距离仅为0.853%,远小于COⅠ条形码在物种间的2%遗传距离阈值。以ASAP物种界定法分析结果显示台湾光唇鱼和武夷光唇鱼为同一物种。因此，闽江分布的武夷光唇鱼与台湾光唇鱼应为同一物种，武夷光唇鱼为台湾光唇鱼的同物异名。