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[期刊] 淡水渔业
[作者]
陆俊杰 何旭盟 李志力 张宵 胡文静 孙佳敏 刘其根
利用形态学测量方法和D-loop序列分析了解从江田鱼与都柳江野生鲤的形态和遗传差异分析。结果显示，体长/体宽特征存在极显著差异，野生鲤独有17个单倍型，其核苷酸多样性(Pi)和单倍型多样性(Hd)较从江田鱼更高。野生鲤与从江田鱼的Fst值达到了0.15以上有较高的遗传分化。单倍型网络图显示，从江田鱼和野生鲤存在明显的遗传分化。分子方差(AMOVA)分析表明，从江田鱼群体的主要的遗传变异来自于群体内部个体间(80.66%)。基因流分析表明从江田鱼群体间基因交流水平不高但与野生鲤基因交流较频繁。研究表明，从江田鱼可能来源于野生鲤，其地理分布相对独立且有特定养殖模式，但受到自然和人工选择，其种群遗传多样性降低，种质资源存在退化风险需要保护。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李潇轩 郑端端 罗明坤 杨志强 郭珺 王兰梅 董在杰
为探讨不同体色锦鲤和“福瑞鲤2号”遗传多样性及变异情况，基于mtDNA D-loop序列对6种颜色（全白、全红、红白、大正三色、白写、绯写）锦鲤、2个“福瑞鲤2号”（青灰和红色）及2个杂交鲤群体（青灰♀×红白锦鲤♂、红白锦鲤♀×青灰♂），共150尾个体进行序列分析。结果发现，全长932bp的D-loop序列，A、T、G、C含量为33.2%、32.8%、14.2%和19.8%。所有个体共检测34个变异位点，呈18个单倍型。其中，红白和绯写存在2个优势单倍型，全白和青灰“福瑞鲤2号”均存在2个特有单倍型，青灰、红色“福瑞鲤2号”共享1个优势单倍型。10个鲤群体间遗传距离0.001～0.018，遗传分化指数（F_(st)）0.011～0.933。分子方差（AMOVA）分析群体间变异67.17%，群体内变异32.83%，呈极显著（P<0.01）分化水平。研究表明，绯写、全白和大正三色3个锦鲤群体具较高遗传多样性，白写、“福瑞鲤2号”（青灰和红色）及杂交鲤遗传纯度较高，结果丰富了不同体色鲤种质资源遗传数据，为后期种质资源利用和遗传选育提供参考。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
彭敏 王大鹏 施军 韩耀全 雷建军 李育森 吴伟军 何安尤
为研究西江流域广西境内卷口鱼(Ptychidio jordani)种群的遗传变异情况，自广西境内6个江段采集了139尾样本，采用PCR与DNA测序技术分析其线粒体D-loop序列的遗传多样性及群体历史动态；139条D-loop序列长度均为725 bp，碱基组成A+T (65.7%)远远高于C+G (34.3%)，共检测到变异位点25个，转颠换比R值为11.5。139尾样本共定义23个单倍型。单倍型的NJ系统树以及网络结构图显示，23个单倍型间有2个明显分支，不同地理群体来源的单倍型混杂分布在2个分支中，未能观察到明显的地理聚群。6个群体遗传多样性较好，单倍型多样性H_(d)=0.71585～0.92063，核苷酸多样性P_(i)=0.00173～0.00668，遗传分化极其显著(遗传分化系数F_(st)=0.36737，P
[期刊] 淡水渔业
[作者]
胡宗云 杨培民 宋红梅 牟希东
以线粒体COI和D-loop序列为分子标记，基于88个样本研究了黑龙江流域3个蛇(鱼句)(Saurogobio dabryi)种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明，比对剪切后的COI和D-loop序列长度分别为582～583 b、834～583 b,基于COI序列总体的单倍型多样性(0.377 3)略低于基于D-loop序列的单倍型多样性(0.577 0),但基于两个序列总体的核苷酸多样性指数相等，且仅有0.000 9。群体间遗传距离分别为0.000 9(COI)和0.000 9～0.001 0(D-loop),群体间遗传分化指数分别为-0.004 9～0.007 6(COI)和-0.002 8～0.011 4(D-loop),遗传分化均不显著(P>0.05)。分子方差分析(AMOVA)显示，群体内遗传变异占总变异的100.02%(COI)和99.49%(D-loop),总的遗传变异主要源自群体内。单倍型系统发育树和TCS网络图表明，所有的单倍型随机地聚集在一起，没有形成明显的地理格局。中性检验和核苷酸错配分析显示，3个蛇(鱼句)群体历史上发生过种群扩张事件。综上，3个蛇(鱼句)群体遗传多样性水平相对较低，群体间没有显著的遗传分化，可以将3个群体视为一个遗传管理单元。这些发现将丰富蛇(鱼句)现有的遗传信息，并为制定黑龙江流域蛇(鱼句)资源保护策略提供参考。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
潘贤辉 周康奇 陈忠 杜雪松 黄姻 覃俊奇 文露婷 潘志忠 邓潜 罗辉 叶华 林勇
利用线粒体D-loop区和COI基因序列分析了全州禾花鲤(Quanzhou Procypris merus)、融水禾花鲤(Rongshui P.merus)和野生鲤鱼群体的遗传多样性和系统进化关系。基于D-loop区序列分析结果表明:序列长度为927～930 bp,共统计变异位点53个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为33.4%、32.9%、14%和19.7%,A+T(66.3%)明显高于G+C(33.7%);总体的单倍型数(h)、单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为40个、0.95和0.008 3;遗传分化指数(Fst)为0.224 59。基于COI基因序列分析结果显示:序列长度为897～899 bp,共统计变异位点33个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为26.7%、28.5%、17.8%和27%,且A+T(55.2%)高于G+C(44.8%);总体的h为25个,Hd为0.91,π为0.003 16;Fst值为0.191 43。在3个群体内和群体间遗传距离分别在0.003～0.009和0.003～0.01,远小于种群分类水平0.05。分子方差分析(AMOVA)结果表明,77.54%(D-loop)和80.86%(COI)变异来自群体间变异,22.46%(D-loop)和19.14%(COI)来自群体内变异。单倍型进化树和网络图显示,全州禾花鲤和野鲤群体均存在单独聚为一支的单倍型,而融水群体未出现单独成支现象。研究表明,线粒体D-loop区作为反映3个群体间遗传多样性的灵敏度要高于COI基因,并且3个群体均属于高单倍型多样性和高核苷酸多样性。综上,3个群体间出现了较为明显的分化现象。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
颉晓勇 李思发 蔡完其
对吉富品系尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)不同世代选育群体D-loop序列进行测定和分析,47个样本经重排比较后获得902 bp的同源序列。共检测到225个变异位点,占分析位点数的24.94%。同源序列中多态位点比例随着选育世代数的累进,呈现出降低的趋势。核苷酸多样性指数也呈现出同样的降低趋势,F0、F6、F7、F8、F9分别为0.074 02、0.068 72、0.064 15、0.049 52、0.044 55。多态位点比例、核苷酸多样性指数在不同世代间的变化趋势一致表明,随选育的进展,选育群体逐步纯化。选育基础群体F0与F6、F7、F8、F9之间的遗传距离呈增大趋...
关键词：
罗非鱼 选育 D-loop序列 遗传变异
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
杨慧荣 赵会宏 刘丽 陈彦珍 林权卓 黄宏辉
利用PCR技术扩增得到珠江和长江水系共29个赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)线粒体DNA D-loop基因片段,并测定其序列。对599 bp的D-loop基因序列进行分析,共检测到24个单倍型,25个单突变位点,39个简约信息位点。在81个突变位点中,转换位点50个,颠换位点14个,插入或缺失位点17个;A+T的含量(68.8%)明显高于C+G的含量(31.2%)。5个水域个体间的遗传变异率在0到6.03%之间。单倍型多样性(H)为0.977 8,平均核苷酸差异数(K±SD)为17.271 0,核苷酸多样性(π)为0.029 7。对5个群体D-loop序列进行分化指数...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孔杰 刘伟 李世凯 周洲 赵凤
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙丽婷 赵峰 张涛 纪严 庄平
采用线粒体DNA控制区(D-loop)序列对2015年和2017年长江口中华鲟(Acipenser sinensis)幼鱼样本进行了遗传多样性分析。2015年的682个样本共检测出11个单倍型,2017年的158个样本共检测出8个单倍型。2015年和2017年长江口中华鲟幼鱼的平均单倍型多样性(h)为0. 857±0. 006,核苷酸多样性(π)为0. 010 2±0. 005 5,均低于截流前数据(h=0. 949±0. 010;π=0. 011±0. 006)。分子变异方差分析(AMOVA)显示,中华鲟幼鱼的遗传变异主要来自于群体内,但其年度样本之间出现了中等程度的遗传分化。
关键词：
中华鲟 遗传多样性 线粒体控制区 长江口
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
傅建军 朱文彬 罗明坤 王兰梅 董在杰
为了探究长江中下游鳙(Hypophthalmichthys nobilis)的种质遗传现状，该研究收集了石首(SS)、长沙(CS)、瑞昌(RC)、扬州(YZ)和张家港(ZJG)的长江种群(YR，219尾)，对其D-loop序列进行检测分析，并结合NCBI下载整理的珠江种群(PR，213尾)和北美种群(NA，33尾)开展比较研究。结果显示，在YR、PR和NA的D-loop序列中分别检测到35、96和11个变异位点，并分别界定37、62和3个单倍型。在长江中下游的5个鳙群体中，单倍型多样性(H_(d))介于0.798～0.897，核苷酸多样性(π)介于0.00338～0.00653。长江中下游5个鳙群体间，RC与ZJG (F_(ST)=0.012)和CS与YZ (F_(ST)=0.018)的遗传分化不显著(P>0.05)，其余群体间均存在显著遗传分化(F_(ST)介于0.031～0.125，P<0.05)；群体间检测到不同程度的基因流(N_(m)介于3.509～39.993)。基于单倍型网络分析，长江中下游的鳙D-loop序列单倍型存在多个分支，并在群体间存在明显的共享；YR和PR的中心单倍型存在广泛共享，PR的特有单倍型均为外围单倍型，并推测NA的形成存在不同的遗传来源。基于中性检验结果，推测PR在历史上经历过种群扩张。研究表明，长江和珠江的鳙种群维持了较高的遗传多样性，可为其种质资源保护和利用奠定物质基础。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
赵立祥 董浚键 孙成飞 田园园 胡婕 卢迈新 叶星
采用线粒体D-loop序列及SSR标记分析广东4个宝石鲈(Scortum barcoo)养殖群体的遗传多样性。D-loop序列分析显示,长度为598 bp的D-loop片段上有14个多态性位点,共定义8个单倍型。4个群体单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.000 0～0.543 5、0.000 00～0.001 76,表明4个群体遗传多样性水平均较低。利用11个SSR位点分析显示,4个群体期望杂合度(H_e)=0.396～0.516、PIC=0.320～0.420,说明各群体遗传多样性处于中低水平。虽然二种方法获得的遗传分化指数F_(ST)上存在差异,分别为0.403 5(D-loop)和0.044 5(SSR),但二种分析结果均显示4个广东群体的遗传多样性较低、亲缘关系较近,因此有必要引进原种以丰富国内养殖群体的遗传多样性。
[期刊] 水产学报
[作者]
傅建军 徐如卫 薛婷 杨福生 姜虎成 李家乐
为进一步了解中国当前主要养殖鳅类种质资源现状,实验采用7个微卫星标记和线粒体D-Loop部分序列,对泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus,MA)、大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus,PD)和台湾大泥鳅(未见种属分类,TW)3种泥鳅进行群体遗传变异分析。结果显示,6个微卫星位点在3种泥鳅中均能获得有效扩增,1个微卫星标记(Mac239)只在MA中获得特异性扩增,而在PD和TW中未能获得有效扩增条带。在3种泥鳅共90尾个体的D-Loop部分序列中发现32个单倍型,仅在PD和TW间存在1个共享单倍型。实验中共检测到65个变异位点,其中MA与PD和TW间存...
[期刊] 水产学报
[作者]
彭士明 施兆鸿 侯俊利
运用线粒体D-loop区与COI基因片段序列比较分析了养殖与野生银鲳群体的遗传多样性。研究结果显示,线粒体D-loop区片段中,A、T、C与G4种核苷酸的平均含量分别为40.00%、30.55%、16.75%和12.70%,A+T的含量为70.55%,明显高于G+C的含量。COI基因片段中,A、T、C和G的平均含量分别为25.85%、33.90%、21.30%和18.85%,A+T的含量(59.75%)同样高于G+C的含量。基于D-loop序列分析所得出的两群体总的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数分别为19、15、0.895、0.007和2.505。基于COI基...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
曹萍 梅萨 陈生梅 李鸿康 郭卫兴 李瑞哲 达桑 才加 莫延新 官却扎西 忠尕 李文浩 刘书杰 崔宏伟 马志杰
为从分子水平上对青海省果洛藏族自治州牦牛遗传资源进行系统评估，分析其母系遗传多样性、群体遗传结构和群体遗传分化，本研究对甘德、班玛、久治和玛多牦牛群体共152头个体进行线粒体DNA(mtDNA)Dloop区测序，并从GenBank下载已公布的37条达日牦牛和32条玛沁牦牛的相应序列，对这6个牦牛群体mtDNA D-loop序列进行综合分析。结果表明：1)221条牦牛mtDNA D-loop序列（636～638 bp）比对分析共检测出57个变异位点，包括8个单一多态位点和49个简约信息位点。根据D-loop序列间核苷酸变异共确定了45种单倍型，其中班玛、达日、甘德、久治、玛多、玛沁牦牛群体分别拥有1、6、5、4、7、6种特有单倍型。2)6个牦牛群体总的单倍型多样度和核苷酸多样度为0.901和0.014，表明其母系遗传多样性丰富。其中，甘德牦牛的单倍型多样度最高（Hd=0.951），久治牦牛的单倍型多样度最低（Hd=0.818）。3）遗传分化和基因流分析表明，除久治牦牛与班玛、甘德、玛沁牦牛群体间分化程度均呈中等遗传分化水平（0.05≤FST<0.15），基因交流相对贫乏外，其他牦牛群体间FST值较小（0
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘伟 代应贵 袁振兴 孙际佳 刘丽
以采自都柳江４０尾粗唇（Ｌｅｉｏｃａｓｓｉｓ ｃｒａｓｓｉＬａｂｒｉｓ）个体为样品，采用Ｐｃｒ和ＤＮａ测序技术对粗唇都柳江种群ｃｙｔ ｂ基因和Ｄ－ＬｏｏＰ序列进行了分析。获得了长度分别为１ １１８ ｂＰ、７７６～７７８ ｂＰ的粗唇ｃｙｔ ｂ基因、ＤＬｏｏＰ序列。２段序列的碱基组成均为ａ＋ｔ的含量高于Ｇ＋ｃ的含量，但ｃｙｔ ｂ基因碱基变异率（０．２７％）显著低于Ｄ－ＬｏｏＰ的碱基变异率（３．３４％～３．３５％）。对粗唇Ｄ－ＬｏｏＰ序列结构进行了分析，识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇４０个个体ｃｙｔ ｂ基因、Ｄ－ＬｏｏＰ序列中分别有３、２０个多态位点，分．．．
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