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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
汪伟平 白婷 贺帅 李倩 胡动刚
利用Frank-Copula函数构建相关系数,并应用于权重基因共表达网络分析模型的改进。同时,利用该改进模型分析小鼠基因数据,发现在相关度最大的模块中有67个基因与小鼠肥胖导致的体质量问题相关。其中,模型的筛选结果有效率为62.6%,说明其在功能基因筛选应用前景中的科学性、有效性和可行性。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
汪伟平1 2 白婷3 贺帅1 2 李倩4 胡动刚5
利用Frank-Copula函数构建相关系数，并应用于权重基因共表达网络分析模型的改进。同时，利用该改进模型分析小鼠基因数据，发现在相关度最大的模块中有67个基因与小鼠肥胖导致的体质量问题相关。其中，模型的筛选结果有效率为62.6%，说明其在功能基因筛选应用前景中的科学性、有效性和可行性。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
龚高 严晓春 王凤红 张磊 李文泽 闫晓敏 刘虹夫 吕琦 李金泉 苏蕊
为了解加权基因共表达网络分析（Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）方法在畜禽中的应用研究，本文对近年来国内外通过WGCNA方法对牛、羊、猪、禽等畜禽进行研究的相关文献进行了整理与分析，总结了WGCNA方法应用的一般分析流程、策略及畜禽WGCNA的研究现状。结果表明：WGCNA是一种系统生物学的方法，可分析转录组、蛋白组、代谢组、DNA甲基化和单细胞转录组等高通量数据，解析分子间调控的表达模式，确定关键调控因子；在畜禽的研究中，WGCNA方法已经广泛应用在生长性状、繁殖性状、抗病性状和品质性状等复杂性状的优势功能因子的挖掘。综上，WGCNA方法对分析组学数据具有较强的优势，可为畜禽重要经济性状的挖掘，阐明性状生物学机制提供助力。
关键词：
WGCNA 网络分析 高通量测序 畜禽
[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
蒋向辉 徐玉平
该研究利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)探讨茯苓抗食管癌的潜在作用靶点，为食管癌的临床诊治开创新思路.首先在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库中筛选出茯苓的有效活性成分及对应靶点，运用Cytoscape软件中鉴定候选药物作用靶点，接着在癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达谱差异(GEO)数据库中下载肿瘤相关基因表达数据集，通过WGCNA鉴定出与食管癌紧密相关的基因，并将鉴定出的基因与茯苓的候选药物作用靶点进行比对，确定茯苓抗食管癌的潜在作用靶点，最后采用RT-PCR的方法对筛选出核心基因在人食管癌细胞中的表达量进行检测.结果共获得34种茯苓有效活性成分，及17个对应靶点，主要候选药物作用靶点为：CHRM1、NCOA2、PGR、ADRA1B、ADH1B、PTGS2.其中ADH1B为茯苓抗食管癌的潜在作用靶点.筛选出DLGAP5、MCM2、CCNA2、CDK1、TPX2、TRIP13、KIF23、KIF2C、CENPF、CHAF1A等10个核心基因，其中CHAF1A和MCM2的表达水平对食管癌患者的预后具有影响.RT-PCR结果显示，CDK1、CHAF1A、TPIP13和MCM2基因经不同浓度的茯苓水煎液处理后，表达量与对照存在显著差异(p<0.05),表明CDK1、CHAF1ATPIP13和MCM2是茯苓水煎液治疗食管癌的主要作用靶点.
[期刊] 华北农学报
[作者]
裴虎 熊才运 张亚辉 任文闯 李小琴 黄君
为深入探究甜玉米果皮厚度发育的分子机制，利用华南农业大学甜玉米课题组选育的果皮厚度差异较大的甜玉米自交系M03和M08为试验材料，对其授粉后15,19,23 d的果皮进行转录组测序。联合差异表达基因分析与加权基因共表达网络(WGCNA)分析，鉴定甜玉米乳熟期果皮厚度相关的共表达基因模块，根据模块内基因的连接度鉴定核心基因，利用qRT-PCR验证核心基因表达量的可靠性。比较M03和M08不同时期果皮转录组数据共筛选出4 748个差异表达基因(DEGs),DEGs主要富集到碳水化合物代谢过程、植物-病原体相互作用、植物MAPK信号通路。WGCNA分析共构建了18个共表达模块，通过筛选得到4个具有生物学意义且与果皮厚度显著相关(相关系数的绝对值>0.60)的特异性共表达模块，分别是Turquoise、Yellow、Magenta和Pink模块。GO和KEGG功能富集分析结果均表明，特异性模块富集到的天冬氨酸、丙氨酸和谷氨酸代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢以及植物MAPK信号通路在甜玉米果皮厚度发育中具有重要的作用。选取连接度最高的前20个基因进行核心基因筛选，通过基因功能注释最终筛选到包括MYB转录因子、细胞周期蛋白(CYC15)、β-淀粉酶、细胞凋亡调节基因(BCL-2)在内的13个核心基因。以核心基因为节点构建的共表达网络中还包括生长素转录因子(ARF、AUX/IAA)、乙烯反应元件结合因子(ERF)、亮氨酸拉链(bZIP)等转录因子，功能预测表明，这些基因可能在甜玉米果皮厚度调控中发挥重要作用。
关键词：
甜玉米 果皮厚度 WGCNA 转录组测序
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
高进 刘金叶 陈傅晓 王永波 符书源
为揭示豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)生长差异分化的分子调控作用机制，该研究利用豹纹鳃棘鲈中间培育过程中不同生长阶段(42、70和91日龄)的18个幼鱼肌肉组织样本进行全转录组测序，获得lncRNA和mRNA基因表达谱数据，利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建生长差异分化相关lncRNA和mRNA的共表达网络。通过特异性基因模块中差异表达基因的GO和KEGG富集对模块生物学功能进行分析，并运用Cytoscape软件构建基因互作网络，挖掘豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关的关键候选基因。结果显示，基因差异表达分析共筛选到6 252个差异表达mRNA和367个差异表达lncRNA；共表达网络分析获得MEmagenta、MEgreenyellow和MEblack共3个生长差异分化特异性基因模块；GO和KEGG结果显示，特异性模块中差异表达基因显著富集于肌肉蛋白形成、横纹肌组织发育调控、主轴组织形成等生物学过程，参与了蛋白酶体、肌动蛋白细胞骨架调控及肌醇磷酸代谢等与生长差异分化相关的代谢通路；筛选3个特异性模块中权重和连通度高的lncRNA和mRNA构建基因互作网络，得到包括psmd6、nmt1、als2、brcc3、kank1、ada12、at131、hdac3等在内的生长差异分化关键基因和MSTRG.15660、MSTRG.8694、MSTRG.1896等20个lncRNA，为进一步解析豹纹鳃棘鲈生长差异分化的分子机制提供了新思路。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
高进 刘金叶 陈傅晓 王永波 符书源
为揭示豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)生长差异分化的分子调控作用机制，该研究利用豹纹鳃棘鲈中间培育过程中不同生长阶段(42、70和91日龄)的18个幼鱼肌肉组织样本进行全转录组测序，获得lncRNA和mRNA基因表达谱数据，利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建生长差异分化相关lncRNA和mRNA的共表达网络。通过特异性基因模块中差异表达基因的GO和KEGG富集对模块生物学功能进行分析，并运用Cytoscape软件构建基因互作网络，挖掘豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关的关键候选基因。结果显示，基因差异表达分析共筛选到6 252个差异表达mRNA和367个差异表达lncRNA；共表达网络分析获得MEmagenta、MEgreenyellow和MEblack共3个生长差异分化特异性基因模块；GO和KEGG结果显示，特异性模块中差异表达基因显著富集于肌肉蛋白形成、横纹肌组织发育调控、主轴组织形成等生物学过程，参与了蛋白酶体、肌动蛋白细胞骨架调控及肌醇磷酸代谢等与生长差异分化相关的代谢通路；筛选3个特异性模块中权重和连通度高的lncRNA和mRNA构建基因互作网络，得到包括psmd6、nmt1、als2、brcc3、kank1、ada12、at131、hdac3等在内的生长差异分化关键基因和MSTRG.15660、MSTRG.8694、MSTRG.1896等20个lncRNA，为进一步解析豹纹鳃棘鲈生长差异分化的分子机制提供了新思路。
[期刊] 运筹与管理
[作者]
杜娟 李海滨
当结构中含有相关性变量时，结构可靠度的求解问题就会变得十分复杂。针对在Rosenblatt变换过程中变量的联合概率密度函数或条件累积分布函数难以求解的问题，提出一种基于Copula函数和对偶神经网络的Rosenblatt变换方法。通过引入Copula函数构造相关性变量的联合概率密度函数。另外，构建对偶神经网络模型，其中一个神经网络学习积分算式中的被积函数部分，另一个神经网络通过与被积函数网络在权值和激活函数上的特定联系，用于构建积分算式中被积函数的原函数，进而实现条件累积分布函数的求解。其中，为提高对偶神经网络的计算效率，分别采用dsigmoid和sigmoid作为被积函数网络和原函数网络的激活函数。该方法打破了Rosenblatt变换在求解结构可靠度时的局限性，拓宽了Rosenblatt变换方法的使用范围。
[期刊] 统计与决策
[作者]
唐小丽,冯俊文,王雪荣
网络分析法(AnalyticNetworkProcess,简称ANP)是层次分析法(AnalyticHierarchyProcess,简称AHP)的发展与完善。ANP模型充分考虑各层次之间以及同一层各元素之间的依赖与反馈关系,对各方案进行综合评价并得出最佳决策。本文主要以项目风险管理为例,构造ANP模型,说明如何应用ANP进行决策。
[期刊] 图书情报工作
[作者]
余菜花 袁勤俭
采用社会网络分析方法,从网络密度、平均距离、中心性、凝聚子群以及核心-边缘结构等角度对我国网上书店关系进行研究。通过研究得出我国网上书店网络密度和平均距离较小、中心度偏低等研究结论,并提出管理和优化网上书店的意见和建议。
关键词：
中国 网上书店 社会网络分析
[期刊] 城市发展研究
[作者]
郑大伟 阮平南
长期以来,我国城市发展遵从于一种单纯以GDP的增长,作为唯一评价尺度的发展模式。宜居城市概念的提出是基于对我国城市发展模式的反思——变单一评价指标为综合评价指标的城市发展模式。其目的在于通过发展模式的转变,而达到转变发展方向的效果。然而,这样的宜居城市理念并没有改变城市发展的行为范式——不同的城市仍在统一的评价体系的导向下发展,仍然无法避免“千城一面”的城市发展误区。城市是文明的产物,不同的城市有着不同的文化积淀,从而决定不同城市居民的价值观。城市是否宜居只能由城市居民去判断,故而,必须重视不同城市文化影响下,城市价值观对宜居城市评价体系的个性化要求。传统宜居城市的评价基于层次分析法不能反映城...
关键词：
广义宜居城市 层次分析法 网络分析法
[期刊] 会计之友
[作者]
戴小凤 朱卫东
文章基于风险导向审计理念构建了新的审计风险评价指标体系,提出了内部依存的循环结构的审计风险评估模型,并给出审计风险影响因素权重排序的实现方法。实例应用结果验证了网络分析法能有效解决层次分析法所不能解决的复杂系统各层次内部元素的依存关系及层次间元素的反馈关系,同时表明评价指标体系及评估模型是可操作、实用和有效的。
[期刊] 统计与决策
[作者]
詹原瑞 刘俊梅
针对现有信用风险组合模型中在违约相关结构建模中存在的问题,文章提出了以行业平均收益为系统风险因素、基于copula函数的信用风险组合建模框架。在此框架基础上,利用由我国资本市场数据构造的行业平均收益序列,对行业平均收益的边际分布和相关结构进行了实证分析;并在现有偏分布的基础上,提出了一种新的偏分布构造方式来为GARCH(1,1)模型中的残差建模。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李计 李毅 贺缠生
【目的】构建二、三维干旱特征变量重现期的联合分布模型,对实际的干旱变量重现期范围进行估计,为旱情预报提供参考。【方法】采用4种对称和5种非对称的Archimedean Copula函数,构建黑河流域上游莺落峡、梨园站和正义峡3个水文站干旱历时、干旱烈度和干旱烈度峰值的二、三维联合分布模型;通过拟合度评价,选取Frank和Clayton Copula函数,对黑河流域的联合重现期和同现重现期进行计算,分析黑河流域重现期的空间演变规律。【结果】单变量的重现期理论值介于二、三维变量联合重现期与同现重现期之间;当单变量重现期理论值为5年时,采用干旱历时与干旱烈度的二维联合分布模型,推求的莺落峡、梨园站以...
[期刊] 统计与决策
[作者]
李霞
可靠性理论中,组成系统的各部件之间总假定是相互独立的,而实际中,它们并不独立,一个部件的失效必定会导致另一部件负荷增加。文章通过计算机模拟产生随机样本点,利用随机样本点,并结合两部件之间所呈现的尾部分布特征,通过非参数估计方法选择了一个较为合适的copula函数来描述部件寿命之间的相关关系。
关键词：
相关关系 尾部相关 copula
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