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[期刊] 中国农业科学
[作者]
王炯 龚桂芝 彭祝春 李一兵 王艳杰 洪棋斌
【目的】研究柑橘属及其近缘、远缘属种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为柑橘类果树的遗传和进化关系提供新的视点,也为遗传育种以及种质资源深入的收集、保护及评价利用提供新工具和参考。【方法】下载Phytozome网站公布的全部克里迈丁Conserved ortholog sequences,并在NCBI中与测序甜橙序列比对,获得具有Gap的序列,从中设计60对COS引物,筛选并利用多态性标记对柑橘属及其近缘、远缘属植物进行扩增检测,通过Structure、Power Marker和Gen Al Ex等软件进行数
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨程 龚桂芝 彭祝春 常珍珍 易璇 洪棋斌
【目的】通过对柑橘叶绿体基因组变异位点的研究，从胞质层面揭示柑橘类果树的遗传进化，为柑橘种质资源的收集、评价和利用提供参考。【方法】以甜橙叶绿体高变区序列为参考，利用已发表的二代基因组测序数据对代表性的柑橘属及其近缘属材料进行De Novo组装，获得叶绿体基因组高变区组装序列，通过序列比对，发掘代表性材料的差异位点，针对差异位点设计cpInDel引物。对甜橙叶绿体基因组两个及以上核苷酸重复构成的SSR位点进行定位分析，找出代表性材料间有差异的位点，针对差异位点设计cpSSR引物。选择在分类学和/或起源研究上有代表性的柑橘属及近缘属材料48份，利用新开发的cpInDel、cpSSR标记和已报道的cpSSR标记进行扩增检测、电泳谱带分析和聚类分析。【结果】本研究新开发4个cpInDel标记和13个cpSSR标记。扩增检测显示，这些标记在48份试验材料中均能扩增出较为清晰的多态性条带；但cpInDel标记扩增出的条带更为单一，类群区分时，仅通过单个标记便能实现对某一类群或几个类群的区分，具有更好的区分效果。聚类分析显示，cpInDel和cpSSR标记得到了比较类似的结果，但在小类群关系以及部分材料的归类上存在差异。二者均揭示枸橼类柠檬-藜檬-来檬杂种的胞质来源并非香橼，枳杂种的胞质也并非枳，显示宽皮柑橘类黄柑的代表性品种‘旺苍皱皮柑’有不同于宽皮柑橘类其他品种的胞质来源，‘资阳香橙’和‘韩国香橙’胞质差异明显。针对宽皮柑橘类、甜橙-酸橙类和宜昌橙-大翼橙类3个小类群的相互关系，cpInDel显示它们关系较近，而cpSSR则将它们归为独立的类群；cpInDel标记将印度野橘归于真正的枸橼类，cpSSR将其单独聚为一类。【结论】叶绿体基因组分子标记分析能从胞质角度揭示不同于核基因组的柑橘属及近缘属植物的亲缘关系，但若与核基因组分子标记分析相结合，能更全面地揭示材料间的亲缘关系，更准确地鉴定柑橘种质资源。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
于杰 闫化学 鲁振华 周志钦
【目的】通过对柑橘及其近缘属植物叶绿体4种编码序列的测定分析,获得能进行DNA条形编码的特征序列,为进一步研究叶绿体非编码区序列奠定基础。【方法】对柑橘及其近缘属植物59份样品进行matK、rpoB、rpoC1、rbcL测序,序列比对与人工校正,计算属间、种间、种内的遗传距离,比较序列间的差异,建立系统发育树。【结果】4种序列中,matK序列在属间、种间差异最大,与其它序列相比具有显著性差异,rbcL序列次之,而rpoB、rpoC1序列两者间没有显著性差异。【结论】matK序列是柑橘及其近缘属植物DNA条形码的未来研究中一个重要的候选片段。
关键词：
柑橘属 近缘属 DNA条形码 编码序列
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵宏波 缪恒彬 吴国盛 陈发棣 郭维明
【目的】由于研究材料、地理分布等条件的限制,菊属(Dendranthema)、亚菊属(Ajania)及其近缘属的属间关系未得到很好解决。核糖体ITS区和叶绿体trnL/trnF间区等相关分子序列解析用于研究植物系统进化具有较大优势,但在菊属及其近缘属等相关类群间存在信息位点低的问题,而AFLP标记以其高多态性的优点在亲缘关系很近类群的系统演化研究中表现出一定的优势,因此本研究利用AFLP技术对菊属、亚菊属及其近缘属的属间关系进行研究,旨在分析和探讨菊属、亚菊属及其近缘属的系统关系,同时为菊花(D.×grandiflorum)等材料的遗传育种提供参考。【方法】利用9对荧光标记引物对东亚蒿亚族菊属...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
赵阳 冯延芝 杨超伟 王保平 乔杰 殷世雨 周海江 李芳东
【目的】基于全基因组重测序技术(WGRS)开发的SNP标记，对泡桐属的种间亲缘关系和群体遗传结构进行解析，为揭示泡桐属植物的系统发育关系及进行分类提供理论依据。【方法】对泡桐属11个桐种的典型株进行全基因组重测序，评估数据质量；以白花泡桐基因组为参考，获得高质量SNP位点，并进一步通过VCF2Dis、MEGA11和fast STRUCTURE等软件对其进行主成分分析(PCA)、系统发育分析和群体遗传结构分析；采用cluster Profiler包对基因进行富集分析。【结果】通过WGRS技术对泡桐属11个桐种的典型株进行测序，11份材料比对至白花泡桐参考基因组的平均比对率为81.87%，通过有效过滤筛选后获得7 492 966个SNP位点。基于这些SNP位点估算材料间的遗传距离，种间的遗传距离为0.15～0.59，毛泡桐与白花泡桐的遗传距离最大为0.59，宜昌泡桐与山明泡桐，鄂川泡桐与山明泡桐的遗传距离最小，均为0.15。PCA、系统发育树和遗传结构分析结果均将泡桐属划分为3个类群，类群Ⅰ为毛泡桐；类群Ⅱ包括川泡桐和台湾泡桐；类群Ⅲ包括白花泡桐、楸叶泡桐、山明泡桐、鄂川泡桐、宜昌泡桐、华东泡桐、建始泡桐和兰考泡桐。高突变率基因被富集到细胞壁代谢、花粉代谢、次生代谢物代谢和形态建成相关的生物学过程。【结论】利用WGRS技术挖掘覆盖全基因组的SNP标记可以有效地对泡桐属植物的亲缘关系及遗传结构进行解析，为泡桐属种质资源的系统分类和高效利用奠定基础。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
赵子滔 李敏 吴庭健 张梅菁 沈茜妤 马绍祖 刘金林 何培民
为探究上海市滨海湿地碱蓬属植物种类及其遗传多样性，本文主要调查和研究了上海市浦东新区南汇东滩、奉贤区海滩、崇明区东滩等3个滨海湿地11个站位采集的碱蓬属植株种类资源及其遗传多样性。结果表明：（1）经形态学鉴定和基于ITS和matK序列条形码分析的分子鉴定，上海市滨海湿地碱蓬属植物为盐地碱蓬（Suaeda salsa）和碱蓬（Suaeda glauca）2个种。（2）仅在崇明岛发现碱蓬，7株样品之间遗传距离为0，表明该群体与外界没有基因交流。（3）崇明、浦东、奉贤盐地碱蓬在ITS和matK序列上均存在2-3个单倍型，遗传距离（<0.05），说明大多数为群体内部遗传变异。奉贤群体的遗传多样性最低（Hd=0.419±0.113，Pi=0.00085和Hd=0.133±0.112，Pi=0.00035），浦东群体遗传多样性最高（Hd=0.629±0.086，Pi=0.00147和Hd=0.475±0.141，Pi=0.00425）。浦东与崇明、奉贤的群体间存在中度分化(0.05< F_(ST) <0.15， P <0.05; Nm >1)，崇明与奉贤的群体间存在高度分化(0.15< F_(ST) <0.25，P <0.05；Nm <1)。本研究为上海市滨海湿地碱蓬属植物保护和种群恢复奠定了坚实基础。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
毕宁宁 侯立娜 王天琪 阮坤非 张静菊 刘忠华
[目的]分析玫瑰及其近缘种之间的遗传多样性并构建指纹图谱,为玫瑰种质资源鉴定与开发利用奠定基础。[方法]在玫瑰的传统品种、杂交繁育品种和国内外引进品种中各选择1种,取其鲜嫩叶片进行转录组测序;基于测序得到的玫瑰转录组数据,使用MISA在reads覆盖的基因组数据中查找玫瑰的SSR位点,并根据SSR位点两端的保守序列使用Primer 3.0设计引物。选取10种玫瑰的DNA作为试验材料,筛选设计、合成后的引物。以48份玫瑰及其近缘种的DNA作为试验材料,利用筛选出的峰值较好的引物进行TP-M13-SSR PCR,并对其扩增产物进行毛细管电泳检测,应用GeneMarker 2.2.0 (SoftGenetics,USA)读取毛细管电泳数据并用Excel进行整理;使用POPGEN VERSION 1.32计算筛选引物的观测杂合度、期望杂合度、Nei's遗传多样性指数、观测等位基因数、有效等位基因数、Shannon信息指数,并用CERVUS version 3.0计算多态性信息含量。利用Powermarker计算玫瑰及其近缘种各种质之间的遗传距离;采用NTSYSpc 2.10e计算每2个种质之间的遗传相似性系数,并绘制UPGMA聚类树状图。最后采用引物与基因型组合的方式构建玫瑰及其近缘种的指纹图谱。[结果]基于玫瑰样品转录组测序数据,使用MISA共检测出48796个SSR位点,分布于139712条Unigene中,碱基重复类型数量最多的为二核苷酸重复和三核苷酸重复,分别为20628和12828个。使用Primer 3.0以SSR位点两端的保守序列为依据初步设计并合成了144对引物;以10个玫瑰品种的DNA作为模板筛选引物,共筛选出峰值较好的28对引物。以48份玫瑰及其近缘种的DNA为试验材料,28对引物在48份试验材料中均能扩增出峰型良好、多态性高的DNA片段;28对引物的观测杂合度、期望杂合度、Nei's遗传多样性指数、观测等位基因数、有效等位基因数、Shannon信息指数和多态性信息含量的平均值分别为0.4101,0.7505,0.7011,5个,3.5116个,1.3442和0.6526。大多数供试样品间的遗传距离为0.6000～0.8000;聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.571时,48份玫瑰及其近缘种被分为两类。运用核心引物法筛选出的4对核心引物可将48份试验材料全部区分开,并构建了其指纹图谱。[结论]开发并筛选出28对多态性较好的SSR引物,可用于后续玫瑰的遗传多样性分析、遗传图谱构建、遗传稳定性鉴定等方面。
[期刊] 草业科学
[作者]
李进 陈仕勇 李世丹 陈有军 周青平
为了解国内外披碱草属(Elymus)植物研究状况与前沿动态,客观反映不同国家、研究机构、作者以及期刊在该研究领域的影响力,利用软件VOSviewer和CiteSpace对CNKI和Web of Science (WOS)数据库中1980–2020年有关披碱草属植物研究相关文献进行统计与分析。结果表明:披碱草属植物的发文量增长呈初期缓慢、中期迅速、后期平稳的趋势;我国在国际合作中贡献最大,且发文量占WOS数据库中56.6%,表明我国在披碱草属植物领域的研究具有较高的影响力。WOS数据库中发文量和总被引次数最高的机构均为兰州大学,平均被引次数最高的机构为美国农业部。国内机构的发文量、总被引次数、平均被引次数最高的依次为内蒙古农业大学、兰州大学和中国科学院。研究前沿趋势分析和引文分析的关键词突发性检测发现"Species richness"、"青藏高原"和"植被恢复"等关键词的研究是其近年来的研究热点,围绕生态建设及相关研究将是披碱草属植物研究的重点方向。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
许玉凤 闫小风 邵美妮 关萍 陈旭辉 曲波
为探讨北方地区15种鸢尾的遗传多样性和亲缘关系,采用SRAP分子标记的方法对鸢尾遗传多样性的亲缘关系进行评价。结果表明:利用优化的SRAP-PCR反应体系和筛选出的6对引物组合对15种鸢尾扩增,共得到207条清晰稳定的条带,片段大小是50~1500bp,多态位点百分比为100%。多态信息含量为0.3976,遗传多样性参数分别为Na=2.000,Ne=1.6947±0.2416,H=0.3967±0.0941,I=0.5816±0.1065,说明15种鸢尾在种水平上有较高的遗传多样性,并有较大的遗传分化。鸢尾的亲缘关系通过UPGMA聚类分析和主成分分析两种方法进行,在遗传相似性系数为0.589时...
关键词：
鸢尾 SRAP 遗传多样性 亲缘关系
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘秀云 李慧 刘志国 赵锦 刘孟军
【目的】枣原产中国，种质资源丰富。对来自中国２２个省区不同用途的２５５个枣品种进行ＳＳＲ分析，揭示这些不同产地来源的枣种质资源之间的亲缘关系和群体遗传结构，为枣种质资源的科学管理和分子标记辅助育种提供参考。【方法】利用改良ＣＴＡＢ提取供试枣种质的基因组ＤＮＡ，以前期枣基因组测序挖掘出的ＳＳＲ引物为基础，进行高效率引物筛选，并利用ＳＳＲ分子标记技术对２５５份枣种质资源的基因组ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增，然后利用８％聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，银染后显色。根据条带有无统计数据，计算出多态性位点百分率（ＰＩＣ），用ＮＴＳＹＳ软件进行ＵＰＧＭＡ聚类分析；利用ＳＴＲＵＣＴＵＲｅ软件分析群体遗传结构，计算出最适群体．．．
[期刊] 草业科学
[作者]
王燕茹 袁秉琛 孙郁婷 李承臻 王志勇 虞道耿
对75份蝴蝶豆(Centrosema pubescens)种质的38个植物学性状进行观测,通过植物学性状的频率分布和变异性分析、性状间的相关性分析、聚类分析,得到蝴蝶豆种质遗传多样性特点并筛选优质材料。结果表明,38个植物学性状中旗瓣颜色(79.68%)、茎的毛况(46.03%)、叶背面毛况(42.18%),变异系数较大,表明其在遗传多样性中起着关键作用;对27个标准差不为0的蝴蝶豆植物学性状指标分析发现,多组性状间存在极显著相关关系(P <0.01),其中茎毛况、叶片腹毛况、叶的大小与自然高度呈极显著关系,说明自然高度是决定茎、叶性状的主要因素;聚类分析表明,在欧氏距离10处可将75份蝴蝶豆种质资源分为11类,第7类为叶片较大、叶片柔毛少、自然高度较高,其中050319012距瓣豆、CIAT25118草地蝴蝶豆、060301016蝴蝶豆表现最优。本研究表明蝴蝶豆种质遗传多样性丰富,并筛选出3份优质材料,为蝴蝶豆种质营养价值评价和筛选提供了参考。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张蕊 于琳 李国庆 张静
采用RAPD分子标记对我国15个地区2种寄主植物(铁苋菜和蓖麻)上分离得到的葡萄孢属类似真菌Amphobotrys ricini的81个菌株以及来自美国的1个A.ricini菌株进行了遗传多样性分析。结果显示:筛选出的8条RAPD引物共扩增出63条DNA带,其中有49条DNA条带为多态性条带,多态性条带比率(PPB)为77.8%。多态性信息含量(PIC)值变化范围在0.47~0.84,平均值为0.72,观测等位基因数(Na)的均值为2.000 0、有效等位基因数(Ne)的均值为1.357 7、Nei’s基因多样性指数(H)的均值为0.227 5,Shannon信息指数(I)的均值为0.363 1。UPGMA聚类分析表明,遗传相似系数变化范围在0.55~1.00,以遗传相似系数0.70为阈值时,可分为5个类群(A、B、C、D、E),在遗传相似系数0.74处,B类群又可以分为B1和B2两个亚群。分析结果表明,A.ricini群体内遗传变异与菌株地理来源、寄主植物有一定相关。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
黄元贞 刘海平 马良 吴沙沙 张一鸣 翟俊文
采用层次分析法对福建农林大学森林兰苑引种的12种兰科虾脊兰属植物的观赏性、生长适应性、潜在价值进行分析与评价.结果表明:(1)在观赏性方面,大黄花虾脊兰、三褶虾脊兰、银带虾脊兰评价得分分别为24.679 2、24.091 6、22.328 8分.(2)在生长适应性方面,三褶虾脊兰、银带虾脊兰、大黄花虾脊兰评价得分分别为12.936 0、12.936 0、12.289 2分,生长适应性最强.(3)在潜在利用价值方面,Ⅰ级(>33.885 0分)、Ⅱ级(32.330 0～33.880 0分)、Ⅲ级(
关键词：
虾脊兰属 层次分析法 综合评价 园林应用
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
杨晨阳 于超 马玉杰 罗乐 潘会堂 张启翔
【目的】通过深入分析中国产野生蔷薇属植物的遗传背景,为其品种演化、系统分类提供分子学依据,也为种间杂交亲本的选择提供一定的指导,从而为进一步开发我国丰富的野生蔷薇属植物资源提供理论基础。【方法】本研究以50份蔷薇属植物样本、42个种或品种为研究对象,运用SSR标记及单拷贝核基因GAPDH对其遗传多样性进行分析。利用MAC-PR理论预测不同倍性蔷薇属植物的SSR基因型。【结果】在29个SSR位点上共计检测出382个等位基因变异,多态性信息含量介于0. 413 9至0. 934 0之间,平均值为0. 798 9。计算Bruvo遗传距离并构建了邻接树,解决了SSR标记在不同倍性样本之间应用困难的问题。同时基于GAPDH基因序列片段构建了50个样本的贝叶斯树。基于SSR标记构建的系统发生树显示,50个样本聚成了6个分类群,月季组、桂味组样本聚类效果较好,而其他种类与现有分类系统差异较大。通过测序及克隆成功获得了所有样本的GAPDH基因序列片段,其中,比对后的序列长度为841 bp,变异位点数164个;基于GAPDH基因的聚类结果与现有的分类系统也有较大的差异。【结论】蔷薇属植物基于遗传关系的分类体系与现有的植物学分类系统有较大的差别。月季组、合柱组间遗传关系十分紧密;芹叶组、桂味组没有形成单系类群,这两组间可能存在着基因交流事件;小叶组中两个种没有很近的亲缘关系。
关键词：
蔷薇属 SSR 单拷贝核基因 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘振 姚明哲 王新超 陈亮
【目的】通过对福建地区茶树资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,为今后茶树亲本选择或遗传改良等提供依据。【方法】利用中国农业科学院茶叶研究所茶树分子生物学实验室新开发的23对和他人3对共26对EST-SSR引物对福建省的42份茶树种质资源进行PCR扩增,在所得相似系数的基础上进行UPGMA聚类,并绘制亲缘关系树状聚类图。【结果】26对引物共检测到等位位点86个,每个引物为2～5个,平均3.31个;遗传多态性信息含量(PIC)在0.05～0.75,平均值为0.56。期望杂合度(He)大小在0.02～0.81,平均值为0.60;观测杂合度(Ho)在0.02～0.97,平均值为0.55;群体内的Shan...
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