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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
崔文涛 刘立芹 李红梅 吕振明 吴常文
为探讨我国近海蛸亚科(Octopodinae)动物的系统进化关系,本研究通过PCR扩增得到了东海区蛸亚科2属12种蛸类的线粒体COⅡ基因部分序列。纯化后测序,利用多个生物软件对序列变异和碱基组成进行分析。Kimura双参数法计算遗传距离,并结合GenBank上相关头足类同源序列构建NJ、UPGMA系统树。结果表明,蛸类COⅡ基因符合一般线粒体基因A+T含量较高的特点,有较为明显的反G偏倚。其变异位点较多的集中在第三位,编码的氨基酸序列变异位点较少。遗传距离分析表明,所得物种的遗传距离介于0.000与0.2323之间,且大多位于0.1400～0.2000之间。聚类分析表明,所研究蛸类被明显地聚为...
关键词：
蛸亚科 COⅡ基因 分子系统进化
[期刊] 水产学报
[作者]
郑文娟 朱世华 邹记兴 杨迎春 沈锡权
通过PCR扩增获得了中国海域的鲹科(Carangidae)8属9种的线粒体16S rRNA序列片段约598bp碱基,结合来自GenBank的3种鲹科鱼类的相应片段序列,并以大斑石鲈为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA version3.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比和转换/颠换值等,应用最大简约法和邻接法构建系统树。结果显示:(1)鲹科鱼类的16S rRNA序列片段生成的序列矩阵中发现有碱基的插入和缺失,共有146bp变异位点,转换/颠换值为2.17,表明基因序列的突变未达到饱和,碱基平均差异为8.22%;(2)支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,亚科,鲳鲹亚科,鲹亚科)阶元的分...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
谌微 马春艳 冯春雷 王伟 王鲁民 马凌波
为探讨磷虾目物种的系统进化关系,以磷虾目的 50种磷虾为研究对象,分析其线粒体COI基因序列的分子变异,构建系统发育树,初步探讨了磷虾种属间亲缘关系。所分析COI基因可比序列长度为519 bp,共包含258个变异位点,全部为碱基替换,无插入/缺失位点。四种碱基含量分别为A 27.58%、T 35.47%、G 18.88%、C 18.07%,碱基A+T含量(63.05%)显著高于G+C含量(36.95%),表现出明显的T偏倚特点。50种磷虾的种间遗传距离为0.065~0.306,其平均值为0.186;而种内遗传距离为0~0.071,其平均值为0.017,平均种间距离约为种内距离的11倍。根据物种鉴定最小种间遗传距离0.020的观点,COI基因序列间的差异能够很好地区分各磷虾种。基于COI基因分别构建了4种系统进化树:邻接树(neighbor-joining,NJ)、极大似然树(maximum likelihood,ML)、最大简约树(maximum parsimony,MP)及UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)树。它们拓扑结构基本一致,均可分为三大支系:假磷虾属处于系统树的基部,是磷虾目中最早分化出来的一支;而包含磷虾种类最多的磷虾属则最后分化出来,表明其为磷虾类中相对较新的一个属。本研究较全面地阐述了磷虾目的系统进化关系,结果表明磷虾目的线粒体COI序列变异可以用来研究磷虾属、种的分类单元及其系统进化问题,具有较好的理论和应用价值。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张永 马春艳 马凌波 倪勇 沈盎绿
石首鱼科鱼类种类繁多,形态相似,难以确定种属界限,一些种类的归属尚未确定。本文获得了中国沿海石首鱼科9属13个种合计48个线粒体16SrRNA基因片段,序列长约484 bp,共检测到28个单倍型,170个变异位点。结合来自GenBank的5种石首鱼科鱼类的相应片段序列通过模式验证后构建最大似然进化树。根据所得分子生物学数据并结合已知形态学理论,分析得出如下结果:银牙鱼或和红牙鱼或同属于一个亚科,而尖头黄鳍牙鱼或不属于牙鱼或亚科,并推测尖头黄鳍牙鱼或可能属于拟牙鱼或属或者黄唇鱼亚科;叫姑鱼亚科和石首鱼亚科是石首鱼亚科中较早分化的种类;黄姑鱼属有可能不属于白姑鱼亚科,而可能归于一个新的亚科。本文的...
关键词：
石首鱼类 16SrRNA 系统进化
[期刊] 中国水产科学
[作者]
梁日深 王超 邹青 周爱国 邹记兴
测定了7种金线鱼属(Nemipterus)及2种锥齿鲷属(Pentapus)鱼类S7核糖体蛋白基因(S7基因)内含子1部分序列,以二线眶棘鲈(Scolopsis bilineatus)做为外类群初步探讨了其分子进化关系。测序所得S7部分序列为734-746 bp,序列比对后得到同源序列743 bp。其中保守位点386个,变异位点351个,简约性信息位点289个。A+T含量(54.1%)高于G+C含量(45.9%)。基于Kimura 2-Parameter模型计算出7种金线鱼的遗传距离为0.042-0.294。S7序列存在大量碱基插入与缺失,其中日本金线鱼(Nemipterus japonicu...
关键词：
金线鱼属 系统发育 S7核糖体蛋白基因
[期刊] 水产学报
[作者]
凌去非 李思发
采用PCR技术获得了23种鲤科鱼类线粒体DNA细胞色素氧化酶(COⅡ)基因部分序列,将所得的COⅡ基因序列与2种取自GenBank的鲤科鱼类同一基因序列采用CLUSTAL X排序后,序列间未见插入和缺失,在实际分析的600 bp序列中,共有变异位点250个。以台湾缨口鳅作为外类群,用PAUP 4.0软件对序列结果进行统计和分支分析,分别用邻接法和最大似然法构建分子系统树。Kimura双因素模型计算25种鲤科鱼类遗传距离范围为0.018 5~0.237 5,其中,遗传距离值最小是与似(0.018 5),最大是似刺鳊与大鳍(0.237 5)。分子系统树显示鲤科雅罗鱼亚科、亚科、鲤亚科、亚科和亚科均...
[期刊] 水产学报
[作者]
吴仁协 李超 刘静
为探讨鲳亚目鱼类的系统进化关系,通过测定中国沿海8种鲳亚目鱼类的线粒体16SrRNA基因部分序列,并结合GenBank上其他鲳亚目鱼类的同源序列,对其序列变异和分子系统进化树进行分析。结果表明,鲳亚目5科13属32种鱼类的16S rRNA基因序列的碱基组成为T 22.2%、C 24.5%、A 30.0%、G 23.3%;科间遗传距离为0.060～0.120,属间遗传距离为0.009～0.125,种间遗传距离为0.000～0.163;长鲳科位于系统进化树的基部,鲳科的鲳属处于系统进化树的顶端,无齿鲳科、方尾鲳科、双鳍鲳科与鲳科的低鳍鲳属和真鲳属聚类。结合形态学研究结果,认为:长鲳科是鲳亚目中最先...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邱凡 苏永全 傅蒙娜 王军
鲭科(Scombridae)由15属51种表层洄游性海洋鱼类组成,广泛分布于热带和亚热带海域,是重要的经济鱼类。目前关于鲭科鱼类系统发生学的研究主要基于形态学特征。为了从分子水平上阐明鲭科鱼类的分类与系统进化关系,本研究扩增了鲭科7种鱼类的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1个含311个碱基的序列区和转录间隔区1(ITS1)的1个含644～692个碱基的序列区。采用多个生物软件对序列碱基组成进行分析,计算了Kimura-2parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数。Cyt b和ITS1序列4种碱基平均含量分别是:A为22.8%、G为16.4%、C为31.2%、T为29.5%和A为1...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
马春艳 沈盎绿 马凌波 倪勇 张永
以鳀科鱼类为研究对象,分析其线粒体16S rRNA基因片断序列,探讨了5属11种中国鳀科鱼类的亲缘关系。得到16S rRNA可比序列长度为472~501 bp,共存在20个插入/缺失,125个变异位点。总体上看,序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。根据16S rRNA基因片段差异计算的种间遗传距离从0.22%(黄吻棱鳀和中颌棱鳀,刀鲚和凤鲚)到18.54%(长颌棱鳀和康氏侧带小公鱼),以金色小沙丁鱼作为外群构建的系统树,棱鯷属依次与鲚属、黄鲫属相聚,再与棱鳀属的赤鼻棱鳀相聚;最后与鳀属和侧带小公鱼属形成的分支相聚。赤鼻棱鳀自成单独的一支,建议将赤鼻棱鳀从棱鳀属中划分出来。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
江世贵 刘红艳 苏天凤 龚世园
从鲷科鱼类中黄鳍鲷(Sparus latus)、黑鲷(S.macrocephalus)、真鲷(Pagrosomus major)和平鲷(Rhabdosargussarba)的线粒体DNA扩增出约430 bp的细胞色素b(Cytb)基因,经Clastal X同源排序后得408 bp序列,对该序列进行分析并结合GeneBank中黄鲷(Taius tumifrons)、灰鳍鲷(S.berda)、犁齿鲷(Evynnis japonica)和高背四长棘鲷(Argyrops spinifer)的该区段DNA序列比较,共发现126个核苷酸位点存在变异(30.7％),序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生在密码...
关键词：
鲷科鱼类 细胞色素b 分子系统学
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵跃 王锐 霍金龙 刘丽仙 霍海龙 朱国琪 曾养志
分别提取版纳微型猪近交系18种组织的RNA,反转录为cDNA,利用RT-PCR方法扩增肿瘤坏死因子(TNF-α)基因编码区全长序列,将纯化的片段与pMD18-T载体连接,转化大肠杆菌DH 5α,筛选阳性克隆并测定其序列,利用生物信息学方法分析其序列特征,并与其他15个物种构建系统进化树。同时采用半定量RT-PCR方法分析TNF-α基因在版纳微型猪近交系18种组织中的表达情况。结果显示,版纳微型猪近交系TNF-α基因编码区全长699 bp(GenBank登录号:JF831365),编码232个氨基酸。氨基酸序列同源性分析表明,与猫等12个物种具有80%以上的相似性,分子系统进化表明与牛、山羊、绵...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈仕江 鲁增辉 廖玉凤 黄戈 殷幼平
以我国重要的中药资源芫菁科7种斑蝥为研究对象,分析线粒体COI基因序列,探讨COI基因作为DNA条形码在鉴定药用斑蝥基源方面的可行性。采用MEGA 5.0软件分析了不同种之间的碱基组成、遗传距离,利用邻位相连法(NJ)和最大简约法(MP)分别构建了系统发育树。结果显示,PCR扩增获得长约700 bp,GC含量为37.8%~41.4%的COI基因片段。7种斑蝥种间遗传距离较大,介于0.10~0.23之间。系统进化树显示,不同属各自聚为一支,同属不同物种的个体也形成各自独立的分支,基于COI基因的DNA条形码在识别芫菁物种方面和形态学一致。本研究表明以COI基因作为芫菁DNA条形码进行物种鉴定具有...
关键词：
斑蝥 COI DNA条形码
[期刊] 华北农学报
[作者]
高静 卢萍 王金妞 金凤 恩和巴雅尔
提取小花棘豆(Oxytropis.glabra DC.)、小叶小花棘豆(O.glabravar.tenuis)、刺叶柄棘豆(O.aciphyllaLedeb.)、砂珍棘豆(O.racemusaTurcz.)、多叶棘豆(O.verticillaris(L.)J.N)、黄毛棘豆(O.ochranthaTurcz.)基因组DNA,扩增其5.8SrDNA/ITS序列并测序,将所测序列与GenBank中疏毛棘豆(O.pilosa)和长白棘豆(O.anertii)5.8SrDNA/ITS序列进行同源性比对,利用MEGA4.0软件采用Neighbor-joining法构建系统发育树,旨在为棘豆属下种间及种下...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
万全 郑将臣 程起群 赵金良
为研究龟鳖类的系统进化关系,以期为龟鳖类的保护和合理开发利用提供基础资料,测定了15种龟类线粒体12SrRNA基因片段的序列。比对后获得一致序列长为433 bp,有191个变异位点,总变异率为43.2%,其中简约信息位点108个。A、T、G、C的平均含量分别为21.46%、34.42%、25.85%和18.27%。A+T含量(55.9%)高于G+C含量(44.2%)。在433个核苷酸位点中,有插入/缺失35个,转换为34,颠换为21,转换/颠换比率为1.67。与NCBI上其它一些龟鳖的序列进行比对后,得到414 bp的一致序列,其中236个为变异位点,总变异率为57.00%;简约信息位点181...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
程静 陈玉佩 叶嘉文 陈厚桦 陈震翰 梁日深
为从分子水平分析我国蓑鲉亚科（Pteroninae）鱼类分类关系，本研究通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COI基因部分序列，结合GenBank下载的6种蓑鲉，最后共14种40个个体线粒体COI基因序列，利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离，利用基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果表明：除盔蓑鲉（Ebosia bleekeri）和安狭蓑鲉（Pteroidichthys amboinensis）只有一个样本外，其余12种蓑鲉亚科鱼类的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的69.17倍，显示COI基因可作为蓑鲉亚科鱼类的有效DNA条形码基因。进化树上，蓑鲉亚科部分属并未能聚成属间单系，其中蓑鲉属（Pterois）与短鳍蓑鮋属（Dendrochirus）在进化树上形成多个分支。在蓑鲉属中，翱翔蓑鲉（Pterois volitans）与斑鳍蓑鲉（Pterois miles）聚为一支，两者关系较近，但COI遗传距离为0.042，大于Hebert推荐的0.020作为最小区分物种的遗传距离，支持两者为独立物种的观点。触须蓑鲉（Pterois antennata）、辐蓑鲉（Pterois radiate）和黑颊蓑鲉（Pteois mombasae）聚为一支，独立于翱翔蓑鲉与斑鳍蓑鲉的分支之外，并与短鳍蓑鮋属（Dendrochirus）的花斑短鳍蓑鮋(Dendrochirus zebra)以及盔蓑鲉属Ebosia的种类聚在一起，与近期有关蓑鲉亚科各种属分子聚类研究结果相似。但这三种蓑鲉是否可以从蓑鲉属中独立出来归为Pteropterus属，还需要后续更多的蓑鲉亚科鱼类样品共同研究验证。
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