为研究DNA条形码技术在遭遇瓶颈的仔稚鱼种类鉴定中的适用性,2015年7月17―20日采集福建近海仔稚鱼样品,并挑选80尾进行DNA条形码分析。获得仔稚鱼的CO I基因序列73条,鉴定仔稚鱼26种,隶属于7目22科25属,另有5个物种仅鉴定到属,2个物种仅鉴定到科。种内平均遗传距离为0.0023,属内种间遗传距离为0.1797,约为种内遗传距离的78倍,说明利用CO I基因可以进行有效的仔稚鱼物种鉴定。科内属间、目内科间的遗传距离分别为0.1937、0.2420,遗传距离随着分类阶元的提高而增大。在系统进

笛鲷属(Lutjanus)鱼类经济价值高,物种数量多,但外部形态保守,传统分类鉴定困难。为了解中国笛鲷属鱼类的物种多样性状况,测定了中国沿海19个地点11种笛鲷73个样本线粒体COⅠ基因5’端序列,并与从GenBank下载中国及邻近海域69条同源序列进行DNA条形码分析。研究表明,勒氏笛鲷(L. russelli)、金焰笛鲷(L. fulviflamma)、奥氏笛鲷(L. ophuysenii)、约氏笛鲷(L. johni)、蓝点笛鲷(L. rivulatus)、五线笛鲷(L. quinquelineatus)、千年笛鲷(L. sebae)、紫红笛鲷(L. argentimaculatus)、白斑笛鲷(L. bohar)、马拉巴笛鲷(L. malabaricus)、黄笛鲷(L. lutjanus)、印度笛鲷(L. indicus)、画眉笛鲷(L. vitta)、星点笛鲷(L. stellatus)、四带笛鲷(L. kasmira)、驼背笛鲷(L. gibbus)、焦黄笛鲷(L. fulvus)、红鳍笛鲷(L. erythopterus)等18种笛鲷142条COⅠ序列组成18个自展数据支持率(bootstrap)为99%～100%的单系分支,分支间平均遗传距离14.4%(2.9%～21.8%)约为分支内平均遗传距离0.17%(0～0.6%)的85倍,其中10种笛鲷独立成支,支持其物种有效性。勒氏笛鲷分成2小支,小支间平均遗传距离(2.9%)是小支内平均遗传距离(0.5%)的5.8倍,未满足"10×法则",其准确的物种分类地位尚待明确。印度笛鲷与勒氏笛鲷、画眉笛鲷与奥氏笛鲷出现混杂,推测从GenBank下载的印度笛鲷序列KF830898和KF830905可能来自勒氏笛鲷;画眉笛鲷序列KU943888可能来自奥氏笛鲷。中国近海星点笛鲷和蓝点笛鲷混杂且种间遗传距离仅为2.1%,接近一般种内遗传距离2%;红鳍笛鲷和马拉巴笛鲷遗传距离种间(0.3%)与种内(0.2%～0.3%)相当,且形态相似,推测是同一物种,也不排除它们存在种间杂交和为近期分化物种的可能。

为明确中国大陆近海棱鳀属鱼类的分类地位，采用国际通用的ＣＯⅠ基因５＇端６５２ｂｐ序列作为ＤＮＡ条形码，对中国近海棱鳀属全部６种鱼类６２尾标本进行鉴定分析。结果发现，所分析样品的序列碱基组成为Ｔ：２９．０％，Ｃ：２６．３％，Ａ：２５．３％，Ｇ：１９．４％，Ａ＋Ｔ含量（５４．３％）高于Ｇ＋Ｃ含量（４５．７％），转换／颠换率为３．７６。６种棱鳀属鱼类组成５个自展支持率为１００％的分支，除黄吻棱鳀和中颌棱鳀各为单系但聚合为一支外，其余４种均独立成支；分支内与分支间平均遗传距离分别为０．２％（０．０％～０．４％）和１７．７％（１５．７％～１９．０％）。赤鼻棱鳀、汉氏棱鳀、杜氏棱鳀和长颌棱鳀均符合Ｈｅｂｅ．．．

从ＧｅｎＢａｎｋ下载到１３目５０科７３属７７种山东近海鱼类的线粒体细胞色素ｃ氧化酶Ｉ（ｃＯ Ｉ）序列，通过分析其遗传距离及系统进化，并基于ｃＯ Ｉ序列筛选物种特异性探针来分析Ｄｎａ芯片技术在进行物种鉴定时的可行性。结果表明，在ｃＯ Ｉ基因Ｄｎａ条形码的分析中，７７种鱼类的种间遗传距离（平均０．１１７）明显大于种内遗传距离（平均０．００３４），且每个物种的不同个体在进化树上都能聚在一起，提示Ｄｎａ条形码能全部区分７７个物种；根据ｃＯ Ｉ基因设计的用于芯片的特异性探针中，７７个物种最终有６４个可以筛选出物种特异性探针，占总物种数的８３．１％，本研究旨在为山东近海鱼类物种鉴定提供了技术支持。

为详细了解鱼类早期生活史阶段的食物组成,以黄海北部海水池塘养殖环境下不同发育阶段的沙氏下鱵(Hyporhamphus sajori)幼鱼为对象,提取其胃含物及水环境样品DNA,选用18SrDNA V4区作为分子标记进行扩增,通过DNA宏条形码技术(DNA metabarcoding)鉴定其食物组成及摄食选择性。结果显示, 33日龄沙氏下鱵幼鱼胃含物样品中共检出17个物种门类,其中节肢动物门(45.29%)序列数占比最高,其他物种序列数占比超过1%的门类依次为绿藻门(20.34%)、硅藻门(12.35%)、甲藻门(12.42%)、纤毛虫门(2.41%)、链形植物门(1.75%)、鞭毛虫门(1.24%)和子囊菌门(1%),同期水环境样品中甲藻门序列数占绝对优势(76.64%),其次分别为纤毛虫门(2.52%)、刺胞动物门(1.50%)、异鞭藻门(1.34%)、丝足虫门(1.12%); 63日龄沙氏下鱵幼鱼胃含物样品中共检出18个物种门类,其中节肢动物门序列数占绝对优势(97.31%),其他门类物种序列数占比均小于1%,同期水环境样品中甲藻门(57.92%)为优势门类,其他物种序列数占比超过1%的门类依次为纤毛虫门(10.97%)、硅藻门(8.05%)、金藻门(4.54%)、隐藻门(3.88%)、异鞭藻门(3.85%)、刺胞动物门(2.30%)、节肢动物门(1.61%)、绿藻门(1.07%)。不同发育阶段的沙氏下鱵幼鱼食物组成存在差异,说明沙氏下鱵的食性随着生长发育可能存在由浮游生物为主的杂食性向浮游动物食性的转变。此外,通过DNA宏条形码技术还检测出传统胃含物检测方法未鉴定到的真菌、纤毛虫类以及链形植物等食物种类。研究结果表明,DNA宏条形码技术作为一种新兴的食性分析方法,适用于幼鱼阶段鱼类的食性分析,且比基于传统形态学的食性分析具有更高的鉴别潜力。

为探索DNA条形码在沼虾属(Macrobrachium)种类鉴定中的可行性,对21种沼虾(亚洲群体7种和美洲群体14种)的COⅠ基因片段序列进行分析。结果显示:沼虾COⅠ基因组成偏倚明显,AT含量(57.74%)高于GC(42.26%),GC在各个密码子位点的含量由高到低分别为第1密码子位点(49.24%)、第2密码子位点(40.72%)、第3密码子位点(36.82%);基于Kimura2–Parameter模型分析21种沼虾的种间和种内平均遗传距离分别为0.753和0.005,种间平均遗传距离是种内遗传距离的150.6倍,符合HEBERT所推荐的鉴定不同物种的最小有效种间遗传距离为0.02以及种间遗传距离大于或等于10倍种内遗传距离的标准;在分子系统发育树中,NJ树和ML树的拓扑结构基本一致,亚洲种群和美洲种群分别以100%和82%的置信度形成2个姐妹支,并且同种沼虾都以较高的置信度聚集在同一分支内。研究结果证明,线粒体COⅠ基因能有效地对沼虾属的种类进行鉴别。

为探究线粒体CO I和Cytb基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C. recurviceps)、尖头鲌(C. oxycephalus)、蒙古鲌(C. mongolicus)、拟尖头鲌(C. oxycephaloides)和翘嘴鲌(C. alburnus)六种鲌属鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome C oxidase subunit I,CO I)和细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)的基因片段,并对六种鲌属鱼类同源序列的碱基组成、种内与种间遗传距离以及系统进化分别进行分析。结果表明:长度为645 bp的COI基因片段中,A、T、G、C 4种碱基平均含量分别为25.65%、28.18%、18.33%和27.84%;长度为970 bp的Cytb序列片段中,A、T、G、C碱基平均含量分别为27.97%、27.93%、14.53%和29.57%。基于CO I基因序列的种间平均遗传距离为3.54%,种内平均遗传距离为0.17%,种间遗传距离为种内遗传距离的20.82倍;基于Cytb基因序列的种间平均遗传距离为5.92%,种内平均遗传距离为0.18%,种间遗传距离为种内遗传距离的32.89倍。基于COI基因的系统进化关系显示除尖头鲌与拟尖头鲌外,其余4种鲌均形成独立分支,而基于Cytb基因的系统发育关系显示六种鲌属均能独立形成分支,鲌属六种鱼能够进行有效区分,将CO I和Cytb作为DNA条形码进行鲌属鱼类的物种鉴定是可行的,联合使用可以获得更好的鉴定效果。

DNA条形码基因已经广泛应用在海洋贝类的分类鉴定、系统发育进化、种群遗传分析等领域的研究。为进一步研究评估不同DNA条形码基因在海洋贝类鉴定中的作用,本研究利用从Gen Bank数据库随机下载的帘蛤目COI、16S r RNA、18S r RNA和28S r RNA基因序列,通过传统距离法和单系聚类法结合分析,比较了上述DNA条形码基因在鉴定物种及系统发育进化中的鉴定效率,并以本实验室已获得的部分贝类DNA序列进行了验证。结果表明,根据"10倍法则"和"2%"阈值标准,本研究中COI能够鉴定57.1%物种,16S r RNA能够鉴定60.9%,18S r RNA鉴定16.7%,而28S r RNA无法有效鉴定;多数种COI和16S r RNA基因序列的种间遗传距离和种内遗传距离存在"条形码间隙",而18S r RNA和28S r RNA序列的种间和种内的遗传距离存在显著重叠,没有明显"条形码间隙";聚类分析结果表明,基于COI基因序列,87.9%的个体与同种聚为单系,以16S r RNA序列,65.6%的个体与同种聚为单系,未聚成单系的个体则形成姐妹系,未出现不同种聚为单系现象,能够呈现与形态分类基本一致的系统发生关系;但18S r RNA和28S r RNA呈现的聚类关系相对混乱。相对而言,在鉴定帘蛤目物种时,COI和16S r RNA都能够作为条形码基因,且COI有效性更高,18S r RNA和28S r RNA基因由于种内变异较大,不适于作为条码基因。研究结果为科学选用DNA条形码基因进行帘蛤目贝类的鉴定提供了参考资料。

蚊虫是最为重要的医学昆虫之一，准确鉴定其种类是防控的重要基础，但基于形态学鉴定困难较多。线粒体基因组序列获取便捷、已公布数据全面，作为DNA条形码开展分子鉴定具有突出优势。为进一步评估不同线粒体基因序列作为DNA条形码在蚊科昆虫鉴定中的作用，本研究以按蚊属为例，选取在GenBank数据库中线粒体全基因组序列公布最多的5种，每种随机下载5条序列，通过进化速率、遗传距离、条形码间隙和系统发育分析，比较了线粒体全部13个蛋白质编码基因分别作为DNA条形码鉴定种类的可靠性。结果表明按蚊线粒体的13个蛋白质编码基因中，ND5基因进化速率最快，而COI基因最为保守。除COIII基因外，其余基因均可作为DNA条形码开展分子鉴定，但其中ND4L基因的条形码间隙不显著，可能存在鉴定不准确的情况。剩余线粒体基因中，ATP8、COI、COII、CytB和ND5基因间隙显著且在种内和种间均具有较强的稳定性，优先推荐选用为DNA条形码，ATP6、ND1、ND2、ND3、ND4和ND6基因则存在种内或（和）种间不保守的情况，可以作为备选序列。研究结果为科学选用DNA条形码序列进行蚊科昆虫的鉴定提供了参考依据。

DNA条形码旨在通过PCR技术获得一段DNA序列,在物种水平上对现存生物类群和未知生物材料进行识别和鉴定。线粒体细胞色素C氧化酶I(COI)基因是常用DNA条形码基因之一,为研究COI基因作为DNA条形码在贝类系统进化中的评估效果,本文利用PCR技术扩增获得了60个贝类物种的353条COI基因序列,通过聚类法构建了neighbor-joining(NJ)进化树,同时还对7个物种不同地理群体的遗传进化情况进行了分析。结果表明,选用的COI基因引物在大多数贝类中通用性较强,除在珍珠贝目中的扩增效率只有10%以外,在整个研究中扩增效率达到82.7%;60个物种中除太平洋潜泥蛤(Panopea abrupta)、沼蛤(Limnoperna fortunei)和魁蚶(Scapharca broughtoni)等8个物种在进化树中的进化地位与传统系统分类具有一定差别外,其他物种的聚类关系与传统分类基本一致;对7个物种、共26个地理群体的聚类分析发现,COI基因基本能对同一物种的不同地理群体进行聚类,只有极个别群体或群体中的某个个体存在聚类混乱现象。综上所述,COI基因在一定程度上适用于贝类物种鉴别和系统发育研究,丰富了COI基因在物种鉴别应用中的科学数据。

现有研究表明，中国台湾省分布的台湾光唇鱼（Acrossocheilus paradoxus）与闽江分布的武夷光唇鱼（A. wuyiensis）为近源种，二者在形态鉴别特征上也难以区分，因此，这两个物种的有效性问题目前尚存在着争议。本研究以线粒体COI基因全序列为分子标记分析了台湾光唇鱼（Acrossocheilus paradoxus）和武夷光唇鱼（A.wuyiensis）的物种有效性。光唇鱼属（Acrossocheilus）6个种76尾样本的COI基因全序列共获得21个单倍型，采用最大简约法（MP）、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建的系统发育树表明，台湾光唇鱼和武夷光唇鱼构成单系群。K 2-P遗传距离分析显示台湾光唇鱼与武夷光唇鱼之间平均遗传距离仅为0.853%，远小于COI条形码在物种间的2%遗传距离阈值。以ASAP物种界定法分析结果显示台湾光唇鱼和武夷光唇鱼为同一物种。因此，闽江分布的武夷光唇鱼与台湾光唇鱼应为同一物种，武夷光唇鱼为台湾光唇鱼的同物异名。

以线粒体COⅠ基因全序列为分子标记分析中国台湾省分布的台湾光唇鱼(Acrossocheilus paradoxus)和闽江分布的武夷光唇鱼(A.wuyiensis)的物种有效性。光唇鱼属(Acrossocheilus)6个种76尾样本的COⅠ基因全序列共获得21个单倍型，采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建的系统发育树表明，台湾光唇鱼和武夷光唇鱼构成单系群。K 2-P遗传距离分析显示台湾光唇鱼与武夷光唇鱼之间平均遗传距离仅为0.853%,远小于COⅠ条形码在物种间的2%遗传距离阈值。以ASAP物种界定法分析结果显示台湾光唇鱼和武夷光唇鱼为同一物种。因此，闽江分布的武夷光唇鱼与台湾光唇鱼应为同一物种，武夷光唇鱼为台湾光唇鱼的同物异名。

西北太平洋以其独特的地理位置和复杂的海洋环境，孕育了极为丰富的渔业资源，成为全球海洋生物多样性保护和渔业资源管理的热点区域。为了更有效地进行鱼类种类识别和多样性的调查，本研究建立了西北太平洋常见鱼类DNA条形码本地数据库。基于线粒体COⅠ基因，对2023年6—8月在西北太平洋海域所采集的307份样品进行扩增和测序，共获得7目13科20属25种鱼类的COⅠ基因序列。77.96%的COⅠ序列在公共数据库中都能比对到高相似度序列。种间平均遗传距离为0.233，种内平均遗传距离为0.003，种间遗传距离是种内遗传距离的77.67倍，且能够形成明显的条形码间隙，不存在物种区分困难的现象。基于COⅠ基因序列构建的系统发育树显示，同一属的鱼类首先聚为一支，随后与同一科的鱼类聚为一支，最后，同目不同科的鱼类聚为一支。综上所述，COⅠ基因具有物种特异性，能够有效地区分西北太平洋常见鱼类物种，本数据库的初步建立，有利于后期利用环境DNA技术进行西北太平洋鱼类多样性的监测和调查，为西北太平洋海域生物多样性保护、资源管理和种群动态监测提供了技术支持。

为探讨ＣＯⅠ基因作为ＤＮＡ条形码对绯鲤属（ＵｐｅＮｅＵｓ）鱼类鉴定的有效性，明确物种的分类地位，通过ＣＯⅠ基因５＇端６５２ ｂｐ序列研究中国南海绯鲤属的黑斑绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｔｒＡｇＵｌＡ）、马六甲绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｍＯｌＵＣＣｅＮｓｉｓ）、纵带绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｓＵｂｖｉｔｔＡｔＵｓ）、黄带绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｓＵｌｐｈＵｒｅＵｓ）、吕宋绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｌＵｚＯＮｉＵｓ）以及条尾绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｂｅＮｓＡｓｉ）６个种５６ ｉＮＤ标本的标准ＤＮＡ条形码序列的种内种间遗传距离，并构建分子系统树。研究表明：所测样品的碱基组成为ｔ：２９．２％，Ｃ：２９．６％，Ａ：２１．４％．．．

为明确中国马■科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马■科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马■科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,是种内平均遗传距离0.9%的22倍;其中14种形成了单系分支,支持其物种有效性。四指马■(Eleutheronema tetradactylum)和多鳞四指马■(E.rhadinum)种间遗传距离(16.0%)是种内平均遗传距离(1.2%)的13倍,支持将二者作为2个独立物种的分类处理。多鳞四指马■种内遗传距离(2.3%)大于2%,形成了2个自展数据支持率为99%的分支,分支间遗传距离(4.8%)是分支内平均遗传距离(0.1%)的48倍,表明在中国沿海分布的多鳞四指马■有可能存在2个亚种或隐藏种。黑斑多指马■(Polydactylus sextarius)与马达加斯加多指马■(P.malagasyensis)外部形态极为相似,种间遗传距离仅为1.0%,且在分子系统树上镶嵌混杂为一支,仅根据分子数据结果,推测二者可能为同一物种;但由于没有可检视的标本,也不能排除GenBank序列种名注释中形态鉴定出错的可能。马伦氏多指马■(P.mullani)与七丝指马■(Filimanus heptadactylus)也混为1支,分支内遗传距离仅为0.1%;如果不是GenBank序列种名注释出错,则二者应为同一物种。GenBank序列中来源于北部湾的六丝多指马■(P.sexfilis),则可能是黑斑多指马■的错误鉴定。