西北太平洋以其独特的地理位置和复杂的海洋环境，孕育了极为丰富的渔业资源，成为全球海洋生物多样性保护和渔业资源管理的热点区域。为了更有效地进行鱼类种类识别和多样性的调查，本研究建立了西北太平洋常见鱼类DNA条形码本地数据库。基于线粒体COⅠ基因，对2023年6—8月在西北太平洋海域所采集的307份样品进行扩增和测序，共获得7目13科20属25种鱼类的COⅠ基因序列。77.96%的COⅠ序列在公共数据库中都能比对到高相似度序列。种间平均遗传距离为0.233，种内平均遗传距离为0.003，种间遗传距离是种内遗传距离的77.67倍，且能够形成明显的条形码间隙，不存在物种区分困难的现象。基于COⅠ基因序列构建的系统发育树显示，同一属的鱼类首先聚为一支，随后与同一科的鱼类聚为一支，最后，同目不同科的鱼类聚为一支。综上所述，COⅠ基因具有物种特异性，能够有效地区分西北太平洋常见鱼类物种，本数据库的初步建立，有利于后期利用环境DNA技术进行西北太平洋鱼类多样性的监测和调查，为西北太平洋海域生物多样性保护、资源管理和种群动态监测提供了技术支持。

为明确中国大陆近海棱鳀属鱼类的分类地位，采用国际通用的ＣＯⅠ基因５＇端６５２ｂｐ序列作为ＤＮＡ条形码，对中国近海棱鳀属全部６种鱼类６２尾标本进行鉴定分析。结果发现，所分析样品的序列碱基组成为Ｔ：２９．０％，Ｃ：２６．３％，Ａ：２５．３％，Ｇ：１９．４％，Ａ＋Ｔ含量（５４．３％）高于Ｇ＋Ｃ含量（４５．７％），转换／颠换率为３．７６。６种棱鳀属鱼类组成５个自展支持率为１００％的分支，除黄吻棱鳀和中颌棱鳀各为单系但聚合为一支外，其余４种均独立成支；分支内与分支间平均遗传距离分别为０．２％（０．０％～０．４％）和１７．７％（１５．７％～１９．０％）。赤鼻棱鳀、汉氏棱鳀、杜氏棱鳀和长颌棱鳀均符合Ｈｅｂｅ．．．

笛鲷属(Lutjanus)鱼类经济价值高,物种数量多,但外部形态保守,传统分类鉴定困难。为了解中国笛鲷属鱼类的物种多样性状况,测定了中国沿海19个地点11种笛鲷73个样本线粒体COⅠ基因5’端序列,并与从GenBank下载中国及邻近海域69条同源序列进行DNA条形码分析。研究表明,勒氏笛鲷(L. russelli)、金焰笛鲷(L. fulviflamma)、奥氏笛鲷(L. ophuysenii)、约氏笛鲷(L. johni)、蓝点笛鲷(L. rivulatus)、五线笛鲷(L. quinquelineatus)、千年笛鲷(L. sebae)、紫红笛鲷(L. argentimaculatus)、白斑笛鲷(L. bohar)、马拉巴笛鲷(L. malabaricus)、黄笛鲷(L. lutjanus)、印度笛鲷(L. indicus)、画眉笛鲷(L. vitta)、星点笛鲷(L. stellatus)、四带笛鲷(L. kasmira)、驼背笛鲷(L. gibbus)、焦黄笛鲷(L. fulvus)、红鳍笛鲷(L. erythopterus)等18种笛鲷142条COⅠ序列组成18个自展数据支持率(bootstrap)为99%～100%的单系分支,分支间平均遗传距离14.4%(2.9%～21.8%)约为分支内平均遗传距离0.17%(0～0.6%)的85倍,其中10种笛鲷独立成支,支持其物种有效性。勒氏笛鲷分成2小支,小支间平均遗传距离(2.9%)是小支内平均遗传距离(0.5%)的5.8倍,未满足"10×法则",其准确的物种分类地位尚待明确。印度笛鲷与勒氏笛鲷、画眉笛鲷与奥氏笛鲷出现混杂,推测从GenBank下载的印度笛鲷序列KF830898和KF830905可能来自勒氏笛鲷;画眉笛鲷序列KU943888可能来自奥氏笛鲷。中国近海星点笛鲷和蓝点笛鲷混杂且种间遗传距离仅为2.1%,接近一般种内遗传距离2%;红鳍笛鲷和马拉巴笛鲷遗传距离种间(0.3%)与种内(0.2%～0.3%)相当,且形态相似,推测是同一物种,也不排除它们存在种间杂交和为近期分化物种的可能。

为探究线粒体CO I和Cytb基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C. recurviceps)、尖头鲌(C. oxycephalus)、蒙古鲌(C. mongolicus)、拟尖头鲌(C. oxycephaloides)和翘嘴鲌(C. alburnus)六种鲌属鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome C oxidase subunit I,CO I)和细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)的基因片段,并对六种鲌属鱼类同源序列的碱基组成、种内与种间遗传距离以及系统进化分别进行分析。结果表明:长度为645 bp的COI基因片段中,A、T、G、C 4种碱基平均含量分别为25.65%、28.18%、18.33%和27.84%;长度为970 bp的Cytb序列片段中,A、T、G、C碱基平均含量分别为27.97%、27.93%、14.53%和29.57%。基于CO I基因序列的种间平均遗传距离为3.54%,种内平均遗传距离为0.17%,种间遗传距离为种内遗传距离的20.82倍;基于Cytb基因序列的种间平均遗传距离为5.92%,种内平均遗传距离为0.18%,种间遗传距离为种内遗传距离的32.89倍。基于COI基因的系统进化关系显示除尖头鲌与拟尖头鲌外,其余4种鲌均形成独立分支,而基于Cytb基因的系统发育关系显示六种鲌属均能独立形成分支,鲌属六种鱼能够进行有效区分,将CO I和Cytb作为DNA条形码进行鲌属鱼类的物种鉴定是可行的,联合使用可以获得更好的鉴定效果。

为研究DNA条形码技术在遭遇瓶颈的仔稚鱼种类鉴定中的适用性,2015年7月17―20日采集福建近海仔稚鱼样品,并挑选80尾进行DNA条形码分析。获得仔稚鱼的CO I基因序列73条,鉴定仔稚鱼26种,隶属于7目22科25属,另有5个物种仅鉴定到属,2个物种仅鉴定到科。种内平均遗传距离为0.0023,属内种间遗传距离为0.1797,约为种内遗传距离的78倍,说明利用CO I基因可以进行有效的仔稚鱼物种鉴定。科内属间、目内科间的遗传距离分别为0.1937、0.2420,遗传距离随着分类阶元的提高而增大。在系统进

为明确中国马■科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马■科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马■科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,是种内平均遗传距离0.9%的22倍;其中14种形成了单系分支,支持其物种有效性。四指马■(Eleutheronema tetradactylum)和多鳞四指马■(E.rhadinum)种间遗传距离(16.0%)是种内平均遗传距离(1.2%)的13倍,支持将二者作为2个独立物种的分类处理。多鳞四指马■种内遗传距离(2.3%)大于2%,形成了2个自展数据支持率为99%的分支,分支间遗传距离(4.8%)是分支内平均遗传距离(0.1%)的48倍,表明在中国沿海分布的多鳞四指马■有可能存在2个亚种或隐藏种。黑斑多指马■(Polydactylus sextarius)与马达加斯加多指马■(P.malagasyensis)外部形态极为相似,种间遗传距离仅为1.0%,且在分子系统树上镶嵌混杂为一支,仅根据分子数据结果,推测二者可能为同一物种;但由于没有可检视的标本,也不能排除GenBank序列种名注释中形态鉴定出错的可能。马伦氏多指马■(P.mullani)与七丝指马■(Filimanus heptadactylus)也混为1支,分支内遗传距离仅为0.1%;如果不是GenBank序列种名注释出错,则二者应为同一物种。GenBank序列中来源于北部湾的六丝多指马■(P.sexfilis),则可能是黑斑多指马■的错误鉴定。

为探讨ＣＯⅠ基因作为ＤＮＡ条形码对绯鲤属（ＵｐｅＮｅＵｓ）鱼类鉴定的有效性，明确物种的分类地位，通过ＣＯⅠ基因５＇端６５２ ｂｐ序列研究中国南海绯鲤属的黑斑绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｔｒＡｇＵｌＡ）、马六甲绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｍＯｌＵＣＣｅＮｓｉｓ）、纵带绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｓＵｂｖｉｔｔＡｔＵｓ）、黄带绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｓＵｌｐｈＵｒｅＵｓ）、吕宋绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｌＵｚＯＮｉＵｓ）以及条尾绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｂｅＮｓＡｓｉ）６个种５６ ｉＮＤ标本的标准ＤＮＡ条形码序列的种内种间遗传距离，并构建分子系统树。研究表明：所测样品的碱基组成为ｔ：２９．２％，Ｃ：２９．６％，Ａ：２１．４％．．．

本文基于监督式学习算法的BP神经网络模型，综合多源卫星遥感观测获取得到的海表温度（sea surface temperature；SST）、叶绿素a质量浓度（chlorophyll-a concentration；Chl.a）、海表面高度距平（sea surface height anomaly；SSHA）、海水质量变化和地转流等海洋环境因子，对西北太平洋柔鱼资源丰度的时空分布进行了模拟和预测。以上海海洋大学中国远洋渔业数据中心2004—2017年的西北太平洋海域的柔鱼历史渔业捕捞数据为参考值，对基于多源卫星遥感观测的多海洋环境因子的柔鱼资源丰度的模拟和预测结果进行了精度评定。结果表明，与仅采用SST、Chl.a和SSHA等进行柔鱼资源丰度时空分布预测的传统方案相比，进一步加入海水质量变化和地转流后，可有效提高利用BP神经网络对西北太平洋柔鱼资源丰度进行模拟和预测的精度：改进方法模拟的标准差（standard deviation; STD）和均方根误差（root mean square error; RMSE）均提高了22%；且预测的STD提高了31%，RMSE减少了26%。

为深入了解柔鱼食性，探明其在食物网中的位置和生态功能价值，本研究根据2022年6—8月于西北太平洋公海采集的15尾柔鱼样本，采用高通量测序技术分析其食物组成。结果显示，15尾样品的高质量序列为646980条，通过聚类分析共得到624个运算分类单元（OTU），经筛选比对检测到的饵料类别共计65种，分属6门11纲22目37科51属。研究表明，柔鱼主要摄食头足类、鱼类以及多种浮游动物（包括磷虾类、介形类、水母类等）。优势饵料包括拟沙丁鱼、日本爪乌贼、北方拟黵乌贼、萤乌贼、尾棘背灯鱼等。柔鱼摄食范围广，饵料物种与海区的天然饵料有关；不同胴长组柔鱼表现出不同的摄食偏好。本研究通过柔鱼胃含物的全组成分析，对深度挖掘摄食与柔鱼生长、洄游、繁殖等生活史的关系有重要作用，同时为基于生态系统角度的柔鱼资源可持续开发和养护提供科学依据。

为了研究海洋环境因子对西北太平洋秋刀鱼渔场的影响机制,利用2013—2014年我国大陆秋刀鱼渔船的渔业统计资料和美国NOAA网站的海洋环境数据建立MAXENT模型,使用受试者工作特征曲线(ROC)验证MAXENT模型的精度,用刀切法(Jackknife)评价海洋环境因子的重要性,Arcgis软件制作秋刀鱼潜在渔场分布图。结果表明:MAXENT模型的预测精度较高,结果可靠。秋刀鱼盛渔期8—10月的主要渔场集中在北海道和千岛群岛东部附近海域,海表温(SST)是影响秋刀鱼渔场分布的最重要因子,对模型的平均贡献百分比为64.3%,叶绿素(Chl.a)的平均贡献百分比为20.6%,盐度(SSS)的平均贡献百分比为15.2%,8—9月叶绿素(Chl.a)比盐度(SSS)对秋刀鱼渔场分布的影响高,10月叶绿素(Chl.a)对秋刀鱼渔场分布的影响比盐度(SSS)低。

利用2007—2016年Argo温度剖面浮标资料,计算西北太平洋柔鱼作业渔场垂直剖面海水温度和温跃层特征参数,并结合西北太平洋公海柔鱼(Ommastrephes bartramii)同期渔获数据,分析其中心渔场与垂直水温结构的季节性变化关系。结果表明:柔鱼渔汛期为每年的5—11月,其中8、9月是盛渔期,渔场位置相对集中,为150°E～160°E、39°N～45°N, CPUE超过2 t/(d·v);8月前和9月之后渔场相对分散,CPUE相对较低。渔场海洋温跃层上下界对应的海水温度,0～50 m和0～100 m水层温差具有明显的季节性变化。不同水层的水温温差从7月份开始逐步拉大,ΔT_(0-50 m)的平均温差达到了5.17℃,ΔT_(0-100 m)的温差为7.68℃;温差幅度最大值中ΔT_(0-50 m)出现在9月,为9.89℃;ΔT_(0-100 m)出现在9月,为12.64℃;10月和11月ΔT_(0-50 m)、ΔT_(0-100 m)逐步减小。在160°E以西海域,西部传统渔场海域温跃层上界深度处在20～50 m,对应海水温度范围在4～17℃;下界深度位于150～230 m,得出对应的温跃层下界的海水温度范围为3～11℃。渔场垂直水温结构ΔT_(0-50 m)、ΔT_(0-100 m)的值越大,CPUE越高,表明在温跃层水温降低幅度越大,柔鱼资源集聚密度越高,渔获量越好。对渔场垂直水温结构变化特征的研究为西北太平洋柔鱼的渔情预报和渔业生产提供了参考依据。

为探究西北太平洋海域日本鲭的个体生长规律，利用基于地标点的几何形态测量方法对2021—2022年“淞航”号调查船在西北太平洋海域采集的210尾日本鲭样本进行形态学分析。与其他方法相比，利用地标点方法能够有效揭示鱼体表型多样性，反映不同阶段鱼体的变化情况，揭示其个体生长规律。结果发现不同叉长组的日本鲭的外部形态存在显著差异。主成分分析和多元回归分析均显示，叉长组越小的个体，其分区越明显，3个叉长组间的分区位置存在重叠，不同叉长组具有相同的生长模式，日本鲭形态生长速率随叉长的增加而逐渐减小。薄板样条变形网格结果表明，叉长越小的日本鲭个体，其腹部，尾部越小，日本鲭的外部形态随着叉长的改变而发生变化。结论认为，西北太平洋日本鲭生长形态随着叉长的增加而逐渐发生改变。

可持续利用评价是确保渔业资源可持续开发的基础。本文根据联合国粮农组织提供的1950-2010年西北太平洋渔获生产统计数据,结合Fishbase提供的相关鱼种的营养级(TL)以及Sea Around Us Project Database提供的海洋无脊椎动物的营养级,探讨61年期间西北太平洋渔获物平均营养级的变化情况,以此来判定其渔业资源可持续利用状况。研究认为,西北太平洋渔获物平均营养级大体可分为5个阶段:1950-1961年,其渔获物平均营养级基本保持不变,稳定在3.40~3.45间;1962-1973年,平均营养级呈振荡上升并达到历史最高值的3.58;1974-1987年,平均营养级由最高...

CPUE标准化方法通常都假设名义CPUE之间是相互独立且没有相关性,然而鱼类集群分布通常存在着空间相关性,为此本研究以西北太平洋柔鱼的CPUE标准化为例,采用1999—2012年6—11月中国鱿钓生产数据以及对应的海表面温度和叶绿素浓度的环境数据,将空间相关性加入广义线性模型(general linear model,GLM)中。在空间GLM模型中运用4个距离模型(指数模型、球面模型、线性模型和高斯模型),进行标准GLM模型和4种空间GLM模型的CPUE标准化结果比较。结果发现,4种空间GLM模型均比标准GLM模型的最小信息准则(akaike information criterion,AIC...

利用基于贝叶斯统计方法的Schaefer模型分均匀分布、正态分布和随机分布3种方案,对西北太平洋柔鱼资源量进行评估,并对其管理策略做了风险分析。研究认为,在均匀分布的基准方案下,参数r、K和q的后验概率分布与先验概率分布存在较大差异,这表明本研究采用的年渔获量和CPUE数据为贝叶斯资源评估模型提供了足够多的信息。正态分布和随机分布2种方案下模型参数的预测值及估算的最大可持续产量较接近,但小于基准方案。研究认为,3种方案下,1996—2004年捕捞死亡率都远低于限制参考点F0.1,1996—2004年渔获量也小于最大可持续产量,这表明目前西北太平洋柔鱼资源处于良好状况,没有遭受过度捕捞。决策分析...