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[期刊] 中国农业科学
[作者]
王红霞 赵书岗 高仪 玄立春 张志华
【目的】构建核桃核心种质以便更好地保存、评价和利用丰富的核桃种质资源。【方法】利用AFLP分子标记,对131份核桃原始种质采用逐步聚类法建立候选核心种质,比较不同候选核心种质的多态性位点数、多态性位点百分率,结合形态学指标及地理来源,最终确定核桃核心种质,并进行评价。【结果】建立的核桃核心种质保留了原始种质10%的样品,分别为河北的天桥1号、陕西的西洛2号和西林1号、山西的晋龙1号、山东的丰辉、辽宁的辽宁8号和辽73013、新疆的温185、河南的绿波、北京的北京746、美国引进品种维纳、日本引进品种清香和朝鲜的品种安边1号。根据遗传多样性评价结果,与原始种质相比,核心种质的多态性位点保留率为7...
关键词：
核桃 核心种质 AFLP 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨美 付杰 向巧彦 刘艳玲
【目的】构建花莲核心种质,以利于对花莲种质资源的保存、研究和利用。【方法】利用AFLP分子标记,对395份花莲原始种质按照种属来源分组后采用组内简单比例法和聚类抽样法建立候选核心种质,比较不同候选核心种质的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数等参数,最终确定花莲核心种质,并进行核心种质与原始种质的遗传多样性比较和t检验。【结果】所获得88个品种的花莲核心种质包括60份中国花莲品种,3份美洲黄莲,16份中美杂交莲和9份日本莲品种。核心种质保留了原始种质22.27%的样品,多态性位点和多态性位点百分率保留率为99.27...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
邹广权 王晓丽 曹现富 李艳 张新洛 曹子林
【目的】通过对比不同抽样比例构建的旱冬瓜种质子集的有效性和代表性，筛选出旱冬瓜核心种质的适宜构建策略。【方法】以旱冬瓜优树同胞子代为试材，设10%、15%、25%、35%、45%和55%共6个抽样比例，采用Nei’s遗传距离和改进的最小距离逐步取样法取样，采用4个遗传多样性指数分析种质子集对原种质的代表性，通过均值t检验和方差F检验分析种质子集与原种质集变异是否同质，利用相关系数分析种质子集与原种质集的相关性，通过遗传距离比较和聚类分析确认核心种质。【结果】25%抽样比例构建的种质子集的多态位点数、多态位点百分率、观测等位基因数和等位基因保留率与原种质集一致，其余4个评价指数皆显著大于原种质集，均值和方差与原种质的相关系数均接近或者等于1，平均遗传距离较原种质提高了16.82%，因此认为在25%抽样比例构建的种质子集能很好的代表原种质。【结论】综合考虑核心种质的有效性、实用性、费用和工作量等，认为25%抽样比例构建的旱冬瓜核心种质能充分代表原种质的遗传多样性。
关键词：
旱冬瓜 SRAP标记数据 核心种质
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘艳阳 梅鸿献 杜振伟 武轲 郑永战 崔向华 郑磊
【目的】便于管理、研究和利用芝麻种质资源,为芝麻育种提供优异基因资源。【方法】利用新收集和种质库保存的5 020份芝麻种质资源为基础,首先基于标准化的表型数据按地理来源分组后采用组内比例法聚类抽样构建初级核心种质,然后基于SSR分子标记应用位点优先取样策略逐步聚类,使用t检验检测每次聚类形成的核心种质与初级核心种质的Nei’s基因多样度(He)和Shannon-Wiener指数(I),直到核心种质的遗传多样性与初级核心种质开始有显著差异时,终止多次聚类取样,选择上一个与初级核心资源没有显著差异的核心种质作
关键词：
芝麻 种质资源 核心种质 代表性检验
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘昔辉 张荣华 张革民 周会 宋焕忠 方位宽 区惠平 杨丽涛 李杨瑞
以广西地区的１５份河八王无性系为材料，采用ＡＦＬＰ标记结合毛细管电泳进行分析，计算多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性条带比率。进行遗传相似系数和ＵＰＧＭＡ聚类分析，并建立分子身份证。２５对ＡＦＬＰ引物组合在１５份河八王种质资源中共扩增出２ ２０８个位点，其中多态性位点１ ９１４个，多态性比率（ＰＰＢ）为８７．１１％。ＵＰＧＭＡ聚类分析表明，供试的１５份河八王种质资源其遗传相似系数变化范围在０．６５６～０．８７８，在相似系数为０．７０６时，可划分为３个类群。结合特征带和不同引物组合方法可有效建立河八王种质资源特异分子身份证，置信概率达到９９．９９％。所供试河八王种质具有较丰富的遗传多．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘警 李扬 刘金利 张馨方 白仲奎 于秋香
为研究核桃种质资源涩味的遗传多样性,以4个不同核桃涩味群体共118份种质资源为材料,利用SSR毛细管电泳荧光标记技术进行遗传多样性研究,并构建树状聚类图。结果表明:12对引物共检测到93个等位变异位点,变异范围为2～18,平均每对SSR引物可检测到7.75个等位位点;多态性信息量(PIC)为0.357 9～0.785 2,平均0.541 1。4个群体的多态位点数Np为91、多态位点百分率PPB为97.85%、观测等位基因数Na为1.978 5、有效等位基因数Ne为1.198 5、Shannon′s信息指数I为0.209 7、Nei′s多样性指数H为0.126 3、总遗传多样性指数Ht为0.126 7、群体内遗传多样性指数Hs为0.122 2,说明4个核桃群体的遗传多样性和变异度不高。群体间遗传分化系数Gst为0.035 5,说明群体内遗传变异占总变异的96.45%。其中稍涩群体多态性位点百分率最大,为72.04%,说明稍涩群体在4个群体中遗传多样性最丰富。UPGMA聚类分析表明,4个群体的遗传相似系数在0.989 8～0.997 1,群体的整体相似系数高,说明这4个群体的遗传距离很近。当相似系数为0.993 4时,可将4个群体分成2组。其中,第1组包括不涩、稍涩和较涩3个群体,剩余涩群体单独为一组。通过计算不同群体93个位点的基因频率,发现12对引物的41个位点可将不同涩味等级的资源区分开。利用SSR分子标记技术对4个核桃群体进行与涩味相关的遗传多样性分析,根据转录组测序结果筛选出12对引物用于SSR分析,共扩增出93个SSR位点,多态位点百分率为97.85%,说明引物的多态性高,适用于核桃的遗传多样性分析,为培育轻涩味的优良品种提供技术指导,可用于后续核桃涩味的遗传多样性及育种研究。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
娄永峰 朱柯帆 宋晓琛 冷春晖 陈兴彬 肖复明
[目的]分析江西杉木种质资源的遗传多样性，构建其核心种质；在此基础上，构建核心种质分子身份证，为江西杉木种质的进一步研究与利用提供理论依据和核心材料。[方法]以江西地区的杉木种质为材料，利用SSR标记开展遗传多样性分析，并基于等位基因数最大化原则(M策略)构建核心种质，通过遗传多样性参数及其保留比例进行核心种质评价，结合遗传多样性参数的t检验和主坐标分析(PCoA)验证和确认核心种质的代表性。基于最少标记鉴定最多种质的原则，选择高效SSR标记，构建江西杉木核心种质的SSR分子指纹图谱和分子身份证。[结果]20个SSR标记在495份种质中共检测到122个等位基因数(N_a)，平均Shannon's信息指数(I)、平均Nei's遗传多样性指数(H)、平均观测杂合度(H_o)和平均期望杂合度(H_e)分别为0.762、0.400、0.394和0.400，表明江西杉木种质的遗传多样性较丰富。采用M策略构建了含有52份材料的江西杉木核心种质，10.5%的核心种质保留了原种质100.0%的N_a、107.4%的有效等位基因数(N_e)、115.1%的I、109.0%的H、104.1%的H_o、110.0%的H_e和111.2%的PIC; t检验表明以上遗传多样性参数与原种质均没有显著差异，主坐标分析(PCoA)显示核心种质在原种质的主坐标图分布均匀，说明构建的核心种质具有代表性。按多态性信息含量(PIC)值高低顺序，依次增加标记数量，结合UPGMA聚类，发现4个SSR分子标记，H97与H286、CLSSR9、CLSSR37相结合，可将52份江西杉木核心种质鉴别，据此构建了52份核心种质的SSR分子指纹图谱、分子身份证条形码和二维码。[结论]江西杉木种质资源的遗传多样性较丰富，构建的江西52份杉木核心种质具有代表性，选择上诉4个高效SSR标记可有效鉴别核心种质，并成功绘制了江西杉木核心种质的分子身份证。
[期刊] 林业科学
[作者]
杨汉波 张蕊 王帮顺 徐肇友 周志春
【目的】通过对比分析与评价以确定木荷核心种质构建的最适取样策略和比例,并构建木荷核心种质;在此基础上,进一步建立核心种质分子身份信息,为木荷种质资源的深入研究和加强利用、发掘优异基因资源提供理论依据和核心材料,同时也可为其他多年生木本植物核心种质的构建提供参考。【方法】利用13对SSR引物,以来自7个省(市)29个地区的754份木荷种质资源为材料,利用M策略(M)、随机取样法(R)、遗传多样性最大化法(SAGD)和等位基因最大化法(SANA)分别构建核心种质。采用等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)
关键词：
木荷 SSR标记 核心种质 分子身份信息
[期刊] 华北农学报
[作者]
张馨方 张树航 李颖 郭燕 王广鹏
探讨分子水平构建燕山板栗核心种质的适宜方法,以利于燕山种质的保存、保护和研究利用。基于SSR标记,采用非加权算数平均聚类(UPGMA)法对燕山地区10个市(县)的161份板栗种质进行多次聚类抽样分析,比较使用3种遗传相似系数(SM系数、Dice系数和Jaccard系数)和2种取样方法(随机取样法和位点优先取样法)相组合确定的不同样本群的有效等位基因数(Ne)、Nei′s多样性指数(H)和Shannon′s信息指数(I)的大小,确定构建燕山板栗核心种质的适宜方法;再分别对核心种质与原种质、核心种质与保留种质的遗传多样性指标进行t检验,以评价核心种质的代表性;通过绘制主坐标分布图观察核心种质和原种质的分布情况,并结合表型特征对构建的核心种质进行确认。结果表明:应用位点优先取样法取得的样本群比随机取样法具有更高的Ne、H和I,应用SM系数取得的样本群,其遗传多样性指标要优于Dice系数和Jaccard系数,综合利用位点优先取样法和SM系数筛选了46份燕山板栗核心种质,保留了原种质28.57%的样品,Ne、H和I分别为1.531 7,0.321 8和0.491 0。t检验表明,核心种质的遗传多样性指标显著大于原种质,经主坐标分析和表型特征确认,核心种质在原种质的主坐标图中分布均匀,能够较全面地代表整个板栗种质资源的遗传多样性。采用位点优先取样法和SM相似性系数进行多次聚类,是构建燕山板栗核心种质较适宜的方法,构建的容量为46份的板栗核心种质,能充分代表原种质的遗传多样性。
关键词：
燕山板栗 核心种质 SSR 遗传多样性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
燕丽萍 吴德军 毛秀红 姚俊修 任飞 李善文 王开芳 王因花 刘翠兰
白蜡为中国北方重要的盐碱地造林树种,研究其遗传多样性,进一步构建核心种质,对白蜡优异种质的筛选及开发利用具有重要作用,为广泛开展白蜡种质资源的保存评价、挖掘优异基因资源提供核心材料,同时也为白蜡育种提供优良基因资源。本研究运用SSR标记的方法,选取田间表型性状差异较大的4个白蜡品种华雄、鲁蜡5号、金叶白蜡和金枝白蜡,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳从500对SSR引物中筛选出扩增条带清晰、多态性好、扩增稳定的42对引物。从筛选出的每对引物5′端添加荧光标记后,采用毛细管法通过DNA分析仪检测202个样品不同等位变异的扩增片段,从42对SSR引物中筛选出17对扩增稳定的引物,建立基于高通量荧光SSR标记的白蜡种质鉴定体系。研究了来自全国22个地区的具有代表性的202份白蜡种质资源的遗传多样性,通过R语言包Genetic Subsetter构建出了40份白蜡核心种质。结果表明:选用的17对引物都表现出多态性,共检测出142个等位变异,平均每对引物等位基因数为8.353个;平均有效等位基因数为3.342;平均多态性信息含量为0.635。可见白蜡属植物种间变异较大,具有丰富的遗传多样性。构建了40份白蜡核心种质,占原始种质的20%,t检测表明,所构建的核心种质遗传多样性丰富,其代表的遗传多样性指标与原始种质资源差异不显著,说明获得的核心种质资源能够充分、最大程度地代表原始种质。研究结果为白蜡种质资源的收集、保护、评价及利用提供了宝贵的理论依据和物质基础。利用17对高效引物构建了白蜡属植物SSR高通量鉴定体系,构建的40份白蜡核心种质能够最大程度的代表其遗传多样性。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张春雨 陈学森 张艳敏 苑兆和 刘遵春 王延龄 林群
【目的】探讨分子水平构建核心种质的方法,为新疆野苹果核心种质的构建提供方法。【方法】以109个新疆野苹果实生株系的128个SSR位点为材料,根据Nei&Li、SM和Jaccard遗传距离,采用UPGMA聚类法进行多次聚类,以随机取样策略为对照取样策略,应用位点优先取样策略,研究新疆野苹果核心种质构建的方法。采用丢失的等位基因数以及对Nei’s基因多样度和香农信息指数进行t检验来评价核心种质的代表性。【结果】与对照随机取样策略比较,位点优先取样策略能构建一个更有代表性的核心种质。SM、Jaccard和Nei&Li遗传距离构建的新疆野苹果核心种质无明显区别。采用SRAP数据和表型数据分析显示,位点...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘娟 廖康 赵世荣 曹倩 孙琪 刘欢
【目的】通过对不同取样策略和遗传距离相结合的组合结果进行分析对比,以此探讨分子水平构建新疆野杏核心种质的方法,确定最适核心种质资源,以利于种质的保护与利用。【方法】以分布于新疆伊犁地区霍城县大西沟、新源县博尔赛和巩留县伊依克台3个分布区的135个新疆野杏实生株系为材料,根据SM、Jaccard和Nei&Li遗传距离,采用UPGMA聚类法对新疆野杏整体进行多次聚类抽样,直到其中某个采样点再次聚类时无种质被抽取;以随机取样策略为对照取样策略,应用位点优先取样策略,研究新疆野杏核心种质构建的方法;采用丢失的等位基因数以及多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
李顺福 胡恒康 张秋露 徐艳玲 张启香
用简单序列重复区间扩增(inter-simple sequence repeat,ISSR)DNA分子标记技术对山核桃Carya cathayensis不同发育阶段幼胚(第9周至13周)的DNA进行甲基化状态检测。结果表明:17个引物在各个发育时期山核桃幼胚样品中共扩增检测到的128个甲基化位点。甲基化比例随着幼胚的发育逐渐升高,5个时期幼胚甲基化比例依次为23.44%,25.78%,28.90%,40.62%和42.19%。进一步研究表明:5个时期均存在全甲基化位点和半甲基化位点,其中,全甲基化位点所占比例分别为7.81%,8.59%,16.40%,24.22%和25.00%;半甲基化位点所...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王淋 敖敦 包文泉 张淑宁 陈俊兴 李凤鸣 孟繁庆 杨钰莹 白玉娥
【目的】基于SSR分子标记分析桃主栽品种的遗传多样性和遗传背景,构建桃主栽品种的SSR分子指纹图谱。【方法】利用15个多态性高、重复性强的SSR分子标记,对我国26个桃主栽品种进行PCR扩增、毛细管荧光电泳检测,分析其遗传多样性,构建桃主栽品种的SSR分子指纹图谱。【结果】15对SSR引物在供试26个桃主栽品种中共检测到259个等位基因(Na)和213.41个有效等位基因(Ne),每个位点的平均Na和Ne分别为17.27个和14.23个;其中,位点BPPCT-025上检测到的Na和Ne数量最多,分别为23个和20.94个,而位点pchgms-54和UDP97-402上的Na(均12个)和Ne(10.31和10.04个)数量最少;期望杂合度和观察杂合度分别介于0.24～0.63和0.29～0.79之间,其平均值分别为0.43和0.54;多态性信息指数(PIC)在0.76～0.91之间,平均值为0.83。所采用15对SSR引物中,引物pchgms25的鉴别能力最强,能够将10个桃主栽品种鉴别开;而将引物pchgms25与PceGA25、UDP96-003、UD98-412-50、UDP98-409、UDP98-406、UDP97-402、Pchgms4-54和BPPCT-001相结合,可将供试26个桃主栽品种鉴别开,据此构建了26个桃主栽品种的SSR分子指纹图谱。26个桃主栽品种的遗传相似度较高(0.64～0.94),在遗传相似度系数0.70时,可将供试26个桃主栽品种分为3组,同一品系品种优先聚在一起,其分组聚类结果与品种来源基本一致。【结论】桃主栽品种的遗传多样性水平适中,遗传背景较狭窄,遗传相似度较高,不同品系间基因交流较少。本研究结果可为后期桃种质资源的创新、桃核心种质资源库的建立以及桃种质资源的保护与利用提供技术与理论支撑。
关键词：
桃 SSR 品种鉴定 指纹图谱
[期刊] 华北农学报
[作者]
王红霞 张志华 赵书岗 赵悦平 玄立春
以亲缘关系较近的辽宁1号、辽宁2号、辽宁3号、辽宁6号、辽宁8号为试材,将AFLP技术体系在核桃研究上进行优化,并筛选出20对多态性高的AFLP引物组合,用于核桃种质遗传多样性分析。
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