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[期刊] 华北农学报
[作者]
高静 卢萍 王金妞 金凤 恩和巴雅尔
提取小花棘豆(Oxytropis.glabra DC.)、小叶小花棘豆(O.glabravar.tenuis)、刺叶柄棘豆(O.aciphyllaLedeb.)、砂珍棘豆(O.racemusaTurcz.)、多叶棘豆(O.verticillaris(L.)J.N)、黄毛棘豆(O.ochranthaTurcz.)基因组DNA,扩增其5.8SrDNA/ITS序列并测序,将所测序列与GenBank中疏毛棘豆(O.pilosa)和长白棘豆(O.anertii)5.8SrDNA/ITS序列进行同源性比对,利用MEGA4.0软件采用Neighbor-joining法构建系统发育树,旨在为棘豆属下种间及种下...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李云霞 兰芙蓉 常朝阳 郭泽坤
【目的】探讨青藏高原棘豆属植物的系统学关系,为该属植物的研究提供分子系统学方面的资料。【方法】以青藏高原16种棘豆属植物27个地理种群标本为试材,提取其总DNA后,分别对ITS序列和trnL-F序列进行PCR扩增、纯化及测序,并对所测序列进行同源性比对,用Kimura 2-parameter距离模型计算各序列间的进化距离,以乌拉特黄耆(Astragalus hoantchy)和多枝黄耆(A.polycladus)为外类群,利用MEGA软件构建基于ITS序列和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物的系统发育进化树。【结果】ITS序列对位后长度为710bp,有58个简约信息位点,G+C平均含量为54...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈仕江 鲁增辉 廖玉凤 黄戈 殷幼平
以我国重要的中药资源芫菁科7种斑蝥为研究对象,分析线粒体COI基因序列,探讨COI基因作为DNA条形码在鉴定药用斑蝥基源方面的可行性。采用MEGA 5.0软件分析了不同种之间的碱基组成、遗传距离,利用邻位相连法(NJ)和最大简约法(MP)分别构建了系统发育树。结果显示,PCR扩增获得长约700 bp,GC含量为37.8%~41.4%的COI基因片段。7种斑蝥种间遗传距离较大,介于0.10~0.23之间。系统进化树显示,不同属各自聚为一支,同属不同物种的个体也形成各自独立的分支,基于COI基因的DNA条形码在识别芫菁物种方面和形态学一致。本研究表明以COI基因作为芫菁DNA条形码进行物种鉴定具有...
关键词：
斑蝥 COI DNA条形码
[期刊] 西南农业学报
[作者]
康红梅 白娟 陈康 王刚
以锦鸡儿属11个系29种为代表材料,选择性扩增nrITS序列并双向测序,结合黄耆亚族Astralinae (Adens) Benth其他6属7个代表种的nrITS序列进行最大简约性(MP)和最小进化(ME)的系统发育分析。结果显示:锦鸡儿植物ITS序列长度在611~614 bp之间,与外类群排序后长度为655 bp,共有170个可变位点,其中107个简约信息位点,简约信息位点在总排序序列中达16.3%,可以为属内及属间系统关系提供有力的分子证据;锦鸡儿属在系统发育上不是一个单系类群,与丽豆属(Calophaca Fish. ex DC.)植物具有极为相近的亲缘关系;Sect.tragacant...
关键词：
锦鸡儿 ITS 系统关系
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王彤 刘静 郭月 袁娜 杜建厂
[目的]为探究江苏地方豆类植物之间的亲缘关系,从分子水平上对14种豆科植物进行了深入分析,旨在为后续豆类植物的种质创新和遗传改良提供理论依据。[方法]对14种豆类植物的mat K基因和ITS序列的扩增片段进行PCR产物直接测序,并结合Gen Bank数据库中的大豆(Glycine max)、菜豆(Phaseolus vulgaris)、红小豆(Vigna angularis)和绿豆(Vigna radiata)4种豆类植物基因组序列,利用Clustal W、MEGA 6.0、Bio Edit软件对这18种
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
杨绪勤 邓传良 刘丽盈 沙涛 于美玲 卢龙斗
以流苏树属的流苏树,女贞属的女贞和木犀榄属的木犀榄作为外类群,利用叶绿体matK基因序列,对木犀属19个种进行种间亲缘关系及系统分类学研究。结果表明:①木犀属植物叶绿体matK基因序列较为保守,特别表现在3′端;②木犀属植物是一单系类群;③19种木犀属植物可以分为3个分支:香花木犀和华东木犀各单独聚为一个分支;其余聚为一个分支;其中美洲木犀、牛矢果和厚边木犀聚为一个亚分支,都属于圆锥花序组;木犀组的红柄木犀、毛木犀、石山桂、狭叶木犀和管花木犀组的山桂花5种植物聚为一个亚分支;其余的9种木犀组植物聚为一个亚分支;④经典的基于形态学的P.S.Green分类系统没有得到分子数据的支持,圆锥花序组聚在...
关键词：
木犀属 matK基因 系统发育分析
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
崔文涛 刘立芹 李红梅 吕振明 吴常文
为探讨我国近海蛸亚科(Octopodinae)动物的系统进化关系,本研究通过PCR扩增得到了东海区蛸亚科2属12种蛸类的线粒体COⅡ基因部分序列。纯化后测序,利用多个生物软件对序列变异和碱基组成进行分析。Kimura双参数法计算遗传距离,并结合GenBank上相关头足类同源序列构建NJ、UPGMA系统树。结果表明,蛸类COⅡ基因符合一般线粒体基因A+T含量较高的特点,有较为明显的反G偏倚。其变异位点较多的集中在第三位,编码的氨基酸序列变异位点较少。遗传距离分析表明,所得物种的遗传距离介于0.000与0.2323之间,且大多位于0.1400～0.2000之间。聚类分析表明,所研究蛸类被明显地聚为...
关键词：
蛸亚科 COⅡ基因 分子系统进化
[期刊] 中国水产科学
[作者]
梁日深 王超 邹青 周爱国 邹记兴
测定了7种金线鱼属(Nemipterus)及2种锥齿鲷属(Pentapus)鱼类S7核糖体蛋白基因(S7基因)内含子1部分序列,以二线眶棘鲈(Scolopsis bilineatus)做为外类群初步探讨了其分子进化关系。测序所得S7部分序列为734-746 bp,序列比对后得到同源序列743 bp。其中保守位点386个,变异位点351个,简约性信息位点289个。A+T含量(54.1%)高于G+C含量(45.9%)。基于Kimura 2-Parameter模型计算出7种金线鱼的遗传距离为0.042-0.294。S7序列存在大量碱基插入与缺失,其中日本金线鱼(Nemipterus japonicu...
关键词：
金线鱼属 系统发育 S7核糖体蛋白基因
[期刊] 林业科学
[作者]
李潞滨 胡陶 唐征 庄彩云 刘振静 杨凯 彭镇华
rDNA internal transcribed spacer analysis(rDNA ITS)was used to study diversity of 12 representative mycorrhizal Rhizoctonia strains,which were isolated from Chinese orchids(Cymbidium)distributed in different sites and belonged to different ecologic types.The Blast results indicated that all these st...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
江世贵 刘红艳 苏天凤 龚世园
从鲷科鱼类中黄鳍鲷(Sparus latus)、黑鲷(S.macrocephalus)、真鲷(Pagrosomus major)和平鲷(Rhabdosargussarba)的线粒体DNA扩增出约430 bp的细胞色素b(Cytb)基因,经Clastal X同源排序后得408 bp序列,对该序列进行分析并结合GeneBank中黄鲷(Taius tumifrons)、灰鳍鲷(S.berda)、犁齿鲷(Evynnis japonica)和高背四长棘鲷(Argyrops spinifer)的该区段DNA序列比较,共发现126个核苷酸位点存在变异(30.7％),序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生在密码...
关键词：
鲷科鱼类 细胞色素b 分子系统学
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
马富英 罗晶 罗信昌
对侧耳属18个种52个菌株以及双孢蘑菇、香菇和亚侧耳各1个菌株的28S rDNA 5’端、ITS和IGS1进行PCR扩增,扩增4个属的28S rDNA 5’端均得到一长度为1.46 kb的片段,侧耳属ITS扩增片段长680 bp,亚侧耳700 bp,双孢蘑菇和香菇720 bp,侧耳属IGS1扩增片段长度发生变异,红平菇和桃红侧耳为1.1 kb,其他侧耳为1.0 kb,亚侧耳700 bp,双孢蘑菇和香菇1.3 kb。对扩增片段分别用7种限制性内切酶酶切后进行聚类分析,结果表明双孢蘑菇、香菇和亚侧耳可与侧耳分开,18种侧耳分为五大类:具核侧耳,红平菇和桃红侧耳,鲍鱼菇和囊盖侧耳,金顶侧耳,其他侧耳...
[期刊] 实验技术与管理
[作者]
任瑶瑶 郑颖 柯家伟 姚雨庭 谢浈 蒋合众
利用DNA条形码分子诊断技术对几种虎耳草科药用植物进行鉴定并评价ITS2序列对虎耳草科植物鉴定的有效性，为虎耳草科植物鉴定提供一种新思路。于不同区域采集13份虎耳草科植物样本，提取基因组DNA后，利用ITS2序列扩增引物进行PCR扩增及测序，并从GenBank数据库中下载11条同属及同科序列。基于HHMer注释方法去掉两端区段获得ITS2序列，采用MEGA7.0软件进行序列长度、碱基含量对比，并基于K2P模型计算并分析种内、种间遗传距离，采用邻接法构建NJ系统进化树，采用靴带检验法（1000次重复）检验各分支的支持率，于ITS2数据库网站预测并比较ITS2序列的二级结构。结果显示，虎耳草科植物种间遗传距离大于种内遗传距离，能将各物种区分；系统进化树中各属分别聚为一支，同属内各物种大多分别聚为一小支，部分物种的鉴定需要进一步研究；各物种ITS2二级结构均存在不同差异，可对物种鉴定进行辅助分析。利用ITS2序列作为DNA条形码可有效地区分鉴别几种虎耳草科药用植物。
[期刊] 林业科学
[作者]
贾继文 麻文俊 王军辉 张金凤 张守攻 张建国 赵鲲
梓属(Catalpa),紫葳科(Bignoniaceae),乔木,全世界约13种,分布于美洲及亚洲东部。我国包括引入种共5种及1变型(中国植物志编委会,2005),包括楸树(Catalpa bungei)、灰楸(Catalpa fargesii)、滇楸(Catalpa fargesii f.duclouxii)、藏楸(Catalpa tibetica)、黄金树(Catalpa speciosa)、梓树(Catalpa ovata),其中黄金树是引入种,滇楸是灰楸的变型。从形态构造、亲缘关系和开花结果规律分析,可将5个种分为楸树组和梓树组2个组,楸树、灰楸和滇楸属于楸树组,藏楸、梓树和黄金树属于...
关键词：
梓属 花粉形态 四合花粉 分类学意义
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邱凡 苏永全 傅蒙娜 王军
鲭科(Scombridae)由15属51种表层洄游性海洋鱼类组成,广泛分布于热带和亚热带海域,是重要的经济鱼类。目前关于鲭科鱼类系统发生学的研究主要基于形态学特征。为了从分子水平上阐明鲭科鱼类的分类与系统进化关系,本研究扩增了鲭科7种鱼类的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1个含311个碱基的序列区和转录间隔区1(ITS1)的1个含644～692个碱基的序列区。采用多个生物软件对序列碱基组成进行分析,计算了Kimura-2parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数。Cyt b和ITS1序列4种碱基平均含量分别是:A为22.8%、G为16.4%、C为31.2%、T为29.5%和A为1...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
邹志文 陈芬 夏斌 吴瑜 张宇
【目的】通过分析比较钝绥螨ITS基因片段,探讨其作为分子手段应用于种类鉴定,同时应用此分子标记来分析钝绥螨的亲缘关系,为研究其系统发育和完善分类系统提供参考。【方法】对采自江西桔园的尼氏真绥螨、江原钝绥螨、津川钝绥螨和东方钝绥螨进行总DNA提取,PCR扩增,测序,并从GenBank中下载5种钝绥螨的ITS序列,应用软件分析ITS片段长度、A+T%含量、变异位点和进化关系。【结果】得到总长度为644—655 bp的ITS序列片段,序列中A+T碱基比例较高,为58.2%。整个ITS基因片段存在204个碱基变异位点(ITS1:172;ITS2:22;5.8S:10)和32个碱基插入/缺失。真绥螨属的...
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钝绥螨 ITS 序列分析
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