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[期刊] 林业科学
[作者]
张健 张晓军 任炳忠
对天牛科4亚科32种天牛的28S rDNA基因部分序列进行测定和分析,并结合GenBank数据库中6种天牛的28S rDNA基因部分序列,采用最大简约法和贝叶斯法重建天牛科7亚科38种天牛的系统发育树,探讨它们之间的系统发育关系。在获得的772bp的序列中,保守位点521个,占全部位点的67.5%;简约信息位点136个,占全部位点的17.6%。G+C的平均含量为60.8%,明显高于A+T的平均含量,碱基组成偏向G和C,转换稍高于颠换。系统发育树表明:天牛亚科、锯天牛亚科、花天牛亚科及沟胫天牛亚科均为单系群,与传统形态分类结果一致。28S rDNA序列是一种有效的解析天牛科高级分类阶元系统发育关...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李国庆 于明志 洪晓月
通过研究核糖体28SrRNA的D1～D2部分序列来阐述蜱螨亚纲叶螨科6个属11个物种的系统发生关系。研究结果证实了形态学上定义的叶螨属(Tetranychus)、全爪螨属(Panonychus)、双叶螨属(Amphitetranychus)、裂爪螨属(Schizotetranychus)、缺爪螨属(Aponychus)和岩螨属(Petrobia)等6个属分别形成一个单系,然而在叶螨属内截形叶螨(T.truncatus)、土耳其斯坦叶螨(T.turkestani)、神泽叶螨(T.kanzawai)、朱砂叶螨(T.cinnabarinus)和二斑叶螨(T.urticae),及全爪螨属内苹果全爪螨(...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
马富英 罗信昌
对侧耳属 18个种 5 2个菌株及 3个其它属的菌株的 2 8SrDNA 5’端进行PCR扩增 ,得到长度约为 1.4 6kb的片段。对该片段分别用 7种限制性内切酶AluⅠ、BamHⅠ、HaeⅢ、HhaⅠ、HinfⅠ、MspⅠ、TaqⅠ酶切 ,结果表明 ,MspⅠ酶切片段多态性最高 ,AluⅠ对侧耳属无酶切多态性。聚类分析结果表明 ,菌株间的相似系数为 0 .5 6 9～ 1.0 0 0 ,在 92 %相似水平可将侧耳分为 5大类 :Ⅰ .红平菇和桃红侧耳 ;Ⅱ .鲍鱼菇和囊盖侧耳 ;Ⅲ .具核侧耳 ;Ⅳ .金顶侧耳 ;Ⅴ .其它所有供试侧耳
[期刊] 林业科学
[作者]
尹淑艳 李波 周成刚 张卫光 谢丽霞 刘永杰
【目的】我国经济林树种板栗和杉木上的重要害螨一直被认为是同一种螨——针叶小爪螨,但针叶小爪螨的山东板栗种群和浙江杉木种群间存在生殖隔离,且生殖隔离并非由地理隔离和能调控寄主生殖的内共生菌引起,似乎二者已分化为2个独立的种。本研究目的是明确其成种原因,丰富物种形成理论。【方法】从之前做杂交试验时所采集的针叶小爪螨板栗和杉木种群中各随机取3头雌成螨,提取单头雌成螨的总DNA,使用根据其他小爪螨28S rDNA两端保守序列设计的引物扩增28S rDNA,扩增产物纯化后测序。比较2种群的28S rDNA序列,并基于28S rDNA序列构建小爪螨属系统发育树,结合已有研究分析两种群分化原因。【结果】每个种群的3个个体的28S rDNA序列完全一致,无种群内变异。2种群的28S rDNA序列一致性为98. 3%,遗传距离为1. 7%。在基于28S rDNA序列构建的小爪螨属系统发育树上,浙江杉木种群与采自日本的日本柳杉上的本岛小爪螨亲缘关系最近,山东板栗种群与采自日本的日本栗上的栗小爪螨的亲缘关系最近。【结论】板栗和杉木上的叶螨并非由同一种叶螨因适应不同寄主植物分化而成,很可能是2个独立的物种。
[期刊] 林业科学
[作者]
张星耀
外担子菌属（Ｅｘｏｂａｓｉｄｉｕｍ）的真菌引起树木的细胞增生性和肥大性病害。本研究基于ＰＳＡ培养基上菌落的形态和性状的模糊解析，以及分离菌株在不同温度、ｐＨ值、氮源、碳源下生长曲线的模糊解析和２８ＳｒＤＮＡＰＣＲＲＦＬＰ解析，分布于日本的１２个种和１个变种的外担子菌属真菌的３５个分离菌株被分类为１８个菌群。其中９个菌群和传统分类的种是一致的，这些种包括：坏损外担子菌（Ｅ．ｖｅｘａｎｓＭａｓ）、网状外担子菌（Ｅ．ｒｅｔｉｃｕｌａｔｕｍＩｔｏｅｔＳａｗａｄａ）、山茶外担子菌（Ｅ．ｃａｍｅｌｉａｅＳｈｉｒａｉ）、Ｅ．ｃｙｌｉｎｄｒｏｓｐｏｒｉｕｍＥｚｕｋａ、Ｅ．ｓｈｉｒａｉａｎｕｍＰ．Ｈｅｅｎ．...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
叶碧欢 李海波 叶卫邦 陈友吾
【目的】基于分子生物学手段,探讨可快速准确鉴别锈色粒肩天牛Apriona swainsoni幼虫与其他天牛幼虫的目标基因,为该保健昆虫的食药用安全提供保障。【方法】利用线粒体COⅠ、 COⅡ、 Cytb基因和28S细胞核基因的通用引物分别克隆获得4种基因片段,并进行同源序列检索、多重比对、序列信息分析及进化树构建。【结果】基因克隆最终获得锈色粒肩天牛4种基因序列的片段大小分别为817、 545、 434和1 088 bp。特殊位点分布结果显示:28S的保守位点占比最高,其后依次为Cytb、 COⅠ和COⅡ,变异率则正好相反。COⅠ、 COⅡ和Cytb基因片段的碱基组成和替换信息特点均表现为A+T含量>G+C含量,颠换高于转换,28S基因片段则表现为A+T含量
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李佳 彭德良 黄文坤
采用线虫通用引物D2A和D3B对9个香蕉穿孔线虫种群的核糖体DNA28S大亚基的D2/D3区进行了扩增,获得的片段长度约为780bp,克隆测序后使用UPGMA法进行聚类分析和构建系统发育树。结果表明9个线虫种群D2/D3区核苷酸序列相似性为99.13%,其中8个群体的序列与越南报道的香蕉穿孔线虫近源种(Radopholus sp.7B VietNam)的D2/D3区核苷酸序列(DQ328712)相似性为97.46%,说明香蕉穿孔线虫D2/D3区具有较大的保守性。聚类分析结果表明,RSHN12r、RSSH、RSHL、RSHK、RSLZ、RSSZ、RSHN13、RSHN12p等8个种群聚为一类,亲...
[期刊] 林业科学
[作者]
张星耀 赵仕光 吕全 贾秀贞 刘会香
BotryosphaeriaCes.etdeNot .(无性阶段是DothiorellaSacc .)属病原真菌能引起多种林木溃疡病的发生 ,在我国分布区域十分广泛。病原菌因较大的寄主范围和地理分布区域表现出明显的分子遗传分化 ,通过对来自 5个区 1 4个寄主种 (品种 )的 30个菌株进行 2 8SrDNA PCR RFLP和RAPD解析 ,结果表明 ,所有供试菌株都能扩增出稳定一致的 2 8SrDNA条带 ,6种内切酶不能区分该属内部的 2 8SrDNA差异。RAPD结果表现出该属丰富的多样性 (92 81 % ) ,在 0 845相似系数的水平上所有菌株被识别为 1 3类 ,其...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
窦红霞 张彤晴 许志强 陈婵娟 张鑫 葛家春 黄亚红
分析了日本沼虾(Macrobrachium nipponense)线粒体基因16S rDNA部分序列,并将其与GenBank中的相关4属8个种的16S rDNA序列进行了同源性比对,探讨其系统发育关系。结果显示,在分析的442个比对位点中,变异位点188个,简约信息位点125个,碱基转换与颠换值比为1.134。以鼓虾(Alpheus cylindricus)为外群,分别用MP法、NJ法及ML法构建的长臂虾亚科4属的系统发育关系分支图显示:白虾属(Exopalaemon)首先与长臂虾属(Palaemon)以及小长臂虾属(Palaemonetes)聚在一起,然后与沼虾属(Macrobrachium...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
耿荣庆 王兰萍 冀德君 常洪 李永红 常春芳
【目的】探讨中国牛亚科家畜物种间的系统发育关系,为牛亚科家畜的系统演化历史提供分子证据。【方法】采用PCR产物直接双向测序法,获得普通牛、瘤牛、牦牛、大额牛、沼泽型亚洲水牛和河流型亚洲水牛共6个物种的线粒体DNA Cyt b基因全长序列,运用分子进化软件分析物种间的系统发育关系。【结果】6个牛种的Cyt b基因序列长度均为1 140 bp,没有观察到插入/缺失突变,共检测到220个变异位点,包含213个简约信息位点;Cyt b基因序列变异中转换数明显高于颠换数,转换数和颠换数的比值为5.2,突变没有达到饱和状态。由遗传距离可知,普通牛与瘤牛的亲缘关系最近,而它们与大额牛、牦牛、沼泽型亚洲水牛、...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
赵子明 刘新华 赵媛莉 袁圣 章晋勇
本实验利用现行主流分类衍征,重新对荆州碘泡虫(Myxobolus kinchowensis)进行了详细描述,其分类特征如下:包囊圆形,寄生于鲫肌肉与肾脏,肌肉包囊大小(126.7±1.8)μm,肾脏包囊直径为94.2μm;两寄生部位各形态参数无显著差异,成熟孢子正面观呈梨形,缝面观呈纺锤形,含一大一小两梨形极囊;无明显囊间突起,孢子后端无褶皱,无粘液膜。组织病理显示在两寄生部位均未引起严重的炎性反应,且感染强度不高,推测该种对宿主无显著影响。基于18S r DNA进化分析发现荆州碘泡虫与寄生在肌肉部位的碘
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈海港 朱新平 李伟 刘毅辉 赵建 叶朝阳 公月月
本文选择COI基因片段作为分子标记,对部分鲇形目鱼类(Siluriformes)进行系统发育研究。应用通用引物PCR扩增得到13种鲇形目鱼类的134条COI基因,并与Gen Bank中获得15种鲇形目鱼类的51条COI基因进行比对分析。结果显示:鲇形目鱼类COΙ基因存在碱基插入缺失现象较少,为越南隐鳍鲇(Pterocryptis cochinchinensis)、丝尾鳠(Hemibagrus wyckioides)和黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)3种共计5个位点;平均碱基含量A+T(55.5%)显著高于G+C(44.5%)。利用Kimura’s 2-parameter计算28个物种的种间平均遗传距离为0.195,23个物种的种内平均遗传距离为0.006。系统发育树的分析结果表明,Neighbour-Joining(NJ)树较Maximum Likelihood(ML)树更为适合鲇形目鱼类的遗传发育分析;COI基因在科及其以下水平的系统进化关系与传统分类方法所认同的结果一致性较高,达到82.9%以上;在目水平的一致性的可信度较低,仅为71%;半鲿属聚为单系类群,黄颡鱼属、属和拟鲿属三者聚为一支,黄颡鱼属与拟鲿属的亲缘关系较近。
关键词：
鲇形目 线粒体COI基因 系统发育
[期刊] 淡水渔业
[作者]
冯晓宇 谢楠 冯建彬 许宝青 赵金良
采用特异性引物PCR扩增获得了鲌亚科7属10种鱼类细胞色素b基因的全长序列,初步构建了鲌亚科鱼类的系统发育关系。NJ树和MP树一致表明,鲌亚科鱼类种内所有个体均单独聚群,支持率高;同一属内,除蒙古鲌(Culter mogolicus mongolicus)未能与同属的翘嘴鲌(Culter alburnus)、青梢鲌(Culter dabryi dabryi)单独聚为一支外,团头鲂(Megalobrama amblycephala)与三角鲂(Megalobrama terminal)、翘嘴鲌与青梢鲌均为姐妹种。NJ、MP树显示鲌亚科鱼类属间关系的支持率都较低,鲂属(Megalobrama)与鳊属...
关键词：
鲌亚科鱼类 细胞色素b序列 系统发育
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李红梅 王珣章 林进添
以线粒体16S rDNA基因作为分子标记,对蝽总科8个科23种昆虫进行了系统发育的分析,并采用最大简约法、最大似然法和邻接法构建了分子系统树。结果表明:利用16S rDNA分子研究蝽总科的系统发育关系是适合的,能够重建蝽总科的单系性;土蝽科的位置不稳定,在蝽总科各科进化过程中处于中间位置;龟蝽科与蝽科在MP树和ML树中都形成姊妹群关系,在NJ树中2个科的亲缘关系也比较近;异蝽科是最早分支出来的,表明异蝽科是所研究类群中最为原始的类群。本研究从分子水平上支持了将荔蝽亚科、盾蝽亚科和兜蝽亚科从蝽科中分立出来提升为科的观点。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李启少 屈亚亚 辛雅萱 唐军荣 曹正英 余青富 辛培尧
【目的】樟科Lauraceae檬果樟属Caryodaphnopsis Airy Shaw植物种子含油量丰富，果实和木材极具开发潜力。由于该属亚洲类群种间差异小、种间关系混乱、现存标本量少，人们对该属植物了解甚少，极大地阻碍了檬果樟属物种的开发利用，因此，构建檬果樟属亚洲类群的系统发育关系迫在眉睫。【方法】为了深入了解檬果樟属亚洲类群，采用二代测序技术分别获得44个檬果樟属植物的核糖体基因组（nrG）序列构建高支持的系统发育关系，并综合系统发育结果与形态性状比较论证。【结果】使用nrDNA序列矩阵构建ML树和贝叶斯树，ML树和贝叶斯树的分组完全一致。对比ITS树发现除檬果樟和宽叶檬果樟外的系统发育结构基本一致，老挝檬果樟、缘毛檬果樟和河口檬果樟依然共同聚成在一个大分支下，且宽叶檬果樟和檬果樟2个物种也聚在一起。ITS序列和nrDNA序列树都表明：宽叶檬果樟和檬果樟亲缘关系较近；老挝檬果樟、河口檬果樟和缘毛檬果樟的亲缘关系较近，推测这2个物种之间可能发生过杂交或基因交流。综合形态性状辅助论证，将44个檬果樟属样本分为9组，依次为小花檬果樟C. henryi、赤毛檬果樟C. poilanei、二药室檬果樟C. bilocellata、麻栗坡檬果樟C. malipoensis、宽叶檬果樟C. latifolia、檬果樟C. tonkinensis、河口檬果樟C. hekouensis、缘毛檬果樟C. metallica和老挝檬果樟C. laotica。【结论】研究结果不仅揭示了檬果樟属亚洲类群的种间亲缘关系，还对檬果樟属系统发育关系和性状的研究具有重要的生态意义和经济意义。
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