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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
柳娟娟 杨建全 陈家骅
利用18S rDNA的V4区序列对蚜茧蜂科部分物种的分子系统进化关系进行了分析.利用MEGA3.1软件NJ、ME、MP和UPGMA 4种方法构建蚜茧蜂的分子系统,从总体上看,NJ树、ME树、MP树和UPGMA树基本一致,按照大的分类阶元,聚类大体上遵循了Aphidiini、Trioxini、Praini、Ephedrini等的界限,这与传统的形态分类结果大致相符.根据这些树所得的一致性指数(CI)和存留指数(RI)都较大,表明整棵树的置信度较高.其中,UPGMA树的CI值和RI值最大,分别为0.8092和0.7126.
[期刊] 淡水渔业
[作者]
赵子明 刘新华 赵媛莉 袁圣 章晋勇
本实验利用现行主流分类衍征,重新对荆州碘泡虫(Myxobolus kinchowensis)进行了详细描述,其分类特征如下:包囊圆形,寄生于鲫肌肉与肾脏,肌肉包囊大小(126.7±1.8)μm,肾脏包囊直径为94.2μm;两寄生部位各形态参数无显著差异,成熟孢子正面观呈梨形,缝面观呈纺锤形,含一大一小两梨形极囊;无明显囊间突起,孢子后端无褶皱,无粘液膜。组织病理显示在两寄生部位均未引起严重的炎性反应,且感染强度不高,推测该种对宿主无显著影响。基于18S r DNA进化分析发现荆州碘泡虫与寄生在肌肉部位的碘
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
郑俊斌 张凤英 马凌波 陆亚男
对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18S rDNA及其转录间隔(ITS)区序列PCR扩增并测序,获得18S rDNA和ITS基因序列长度分别为1 690 bp和654 bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系。遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum)等分类学上较近的藻种18S rDNA序列相似度为97%~99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum...
[期刊] 水产学报
[作者]
应成琦 张婷 李信书 田千桃 霍元子 马家海 徐韧 王金辉 何培民
2008年6-7月在青岛近海海域再次发生大量浒苔漂浮现象,并且江苏连云港、如东近海海域也发生了浒苔漂浮现象。实验分别对青岛、连云港、如东海域采集样本进行了nrDNA的ITS全长序列和18S rDNA序列分析及相似性比对。结果表明,青岛、连云港、如东海域主要漂浮种类QD-01(青岛)、QD-02(青岛)、QD-03(青岛)、LY-01(连云港)、RD-02(如东)5个样品的ITS全长序列相似性为100%,表明青岛、连云港、如东三地沿海浒苔漂浮主要种类为同一种浒苔。18S rDNA序列分析结果也支持这个判断。根据相似性比对和BLAST分析结果,如东海域浒苔漂浮种类还发现少量另外2种绿藻(RD-01...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
窦红霞 张彤晴 许志强 陈婵娟 张鑫 葛家春 黄亚红
分析了日本沼虾(Macrobrachium nipponense)线粒体基因16S rDNA部分序列,并将其与GenBank中的相关4属8个种的16S rDNA序列进行了同源性比对,探讨其系统发育关系。结果显示,在分析的442个比对位点中,变异位点188个,简约信息位点125个,碱基转换与颠换值比为1.134。以鼓虾(Alpheus cylindricus)为外群,分别用MP法、NJ法及ML法构建的长臂虾亚科4属的系统发育关系分支图显示:白虾属(Exopalaemon)首先与长臂虾属(Palaemon)以及小长臂虾属(Palaemonetes)聚在一起,然后与沼虾属(Macrobrachium...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李红梅 王珣章 林进添
以线粒体16S rDNA基因作为分子标记,对蝽总科8个科23种昆虫进行了系统发育的分析,并采用最大简约法、最大似然法和邻接法构建了分子系统树。结果表明:利用16S rDNA分子研究蝽总科的系统发育关系是适合的,能够重建蝽总科的单系性;土蝽科的位置不稳定,在蝽总科各科进化过程中处于中间位置;龟蝽科与蝽科在MP树和ML树中都形成姊妹群关系,在NJ树中2个科的亲缘关系也比较近;异蝽科是最早分支出来的,表明异蝽科是所研究类群中最为原始的类群。本研究从分子水平上支持了将荔蝽亚科、盾蝽亚科和兜蝽亚科从蝽科中分立出来提升为科的观点。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
赵金良 李思发 蔡完其 王伟伟
为验证鳜类系统分类位置的各种假说,对部分鳜类鱼类线粒体16S rDNA基因片段进行PCR扩增和测序,利用其与GenBank中科以及鲈形目其它科鱼类的同源序列,初步构建了鳜类与部分低等鲈形目鱼类的分子系统关系。结果表明,鳜类为单系类群,但未与科聚合成单系群体,与目前假设的暖鲈科、狼鲈科、锯盖鱼群、花鲈等亲缘关系相对较远。由于鳜类为淡水特化类群,系统演化上较晚发生,因而,支持将其独立为一科鳜科。本研究结果可为理解低等鲈形目鱼类的系统进化关系提供分析资料。
[期刊] 林业科学
[作者]
张健 张晓军 任炳忠
对天牛科4亚科32种天牛的28S rDNA基因部分序列进行测定和分析,并结合GenBank数据库中6种天牛的28S rDNA基因部分序列,采用最大简约法和贝叶斯法重建天牛科7亚科38种天牛的系统发育树,探讨它们之间的系统发育关系。在获得的772bp的序列中,保守位点521个,占全部位点的67.5%;简约信息位点136个,占全部位点的17.6%。G+C的平均含量为60.8%,明显高于A+T的平均含量,碱基组成偏向G和C,转换稍高于颠换。系统发育树表明:天牛亚科、锯天牛亚科、花天牛亚科及沟胫天牛亚科均为单系群,与传统形态分类结果一致。28S rDNA序列是一种有效的解析天牛科高级分类阶元系统发育关...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
许志强 葛家春 李晓晖 霍光明 潘建林
通过测定核糖体转录间隔区ITS1以及ITS2序列研究了江苏地区蚌科(Unionidae)6种常见贝类——褶纹冠蚌(Cristaria plicata)、三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)、背角无齿蚌(Anodneta woodiana woodiana)、扭蚌(Arconaialanceolata)、圆顶珠蚌(Unio douglasiae)以及背瘤丽蚌(Lamprotula leai)的系统发生关系。结果显示:6种蚌的ITS1序列长度介于354~439 bp之间,平均G+C百分含量为52.7%;ITS2序列长度介于287~354 bp之间,平均G+C百分含量为51.2%。对6种...
关键词：
蚌科 核糖体转录间隔区 系统发生
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李玉龙 董婧 孙明 王彬 王文波
由于钵水母类生物地理学研究的缺乏以及不同时期形态变异较大等原因,对其分类鉴定比较混乱和困难。为弥补形态学分类的缺陷,采用通用引物PCR扩增法,测定了分布于黄海北部和辽东湾海域海蜇(Rhopilema esculentum)、沙蜇(Nemopilema nomurai)、海月水母(Aurelia sp.)、白色霞水母(Cyanea nozakii)4种大型水母的ITS-5.8S rDNA序列,同时利用Gen Bank数据库中已有的钵水母纲(Scyphomedusae)ITS1(the Ribosomal First Internal Transcribed Spacer)同源序列对其进行序列分析...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郭照辉 单世平 张德元 刘清术 魏小武 杜东霞
采用梯度浓度驯化方法,从重金属镉污染土壤中分离、纯化1株具有较强镉抗性的菌株(编号为6–5)。经形态观察和生理生化分析、16S rDNA序列同源性比较以及系统发育分析,鉴定该菌株为贪铜菌属细菌,能耐受镉离子的最高浓度为20 mmol/L,在0.54 mmol/L镉离子LB培养基中,该菌株对镉离子的吸附量达72.18%。最低抑制浓度试验结果表明,该菌株对铅、铜、铬、锰、锌也表现出了一定的抗性。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李云 秦萌 徐春玲 李俊毅 刘淑婷 吴文佳 谢辉
为揭示传入中国的香蕉穿孔线虫群体间的遗传差异,分析其亲缘和进化关系,明确中国香蕉穿孔线虫的来源和传入途径,分别扩增了多雌繁殖群体和相应种群的单雌繁殖群体后代rDNA-ITS,对扩增产物进行测序,通过序列比对分析其遗传变异,并构建系统发育树研究其亲缘和进化关系。结果表明:供试香蕉穿孔线虫20个种群的rDNA-ITS序列大小为705713bp,序列同源性比较高,相似性在95%以上,序列变异率为07.5%;各群体ITS1和ITS2序列大小分别为273276bp和151152bp,各种群间的序列相似性分别达到98
关键词：
香蕉穿孔线虫 系统发育 ITS
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
马富英 罗信昌
对侧耳属 18个种 5 2个菌株及 3个其它属的菌株的 2 8SrDNA 5’端进行PCR扩增 ,得到长度约为 1.4 6kb的片段。对该片段分别用 7种限制性内切酶AluⅠ、BamHⅠ、HaeⅢ、HhaⅠ、HinfⅠ、MspⅠ、TaqⅠ酶切 ,结果表明 ,MspⅠ酶切片段多态性最高 ,AluⅠ对侧耳属无酶切多态性。聚类分析结果表明 ,菌株间的相似系数为 0 .5 6 9～ 1.0 0 0 ,在 92 %相似水平可将侧耳分为 5大类 :Ⅰ .红平菇和桃红侧耳 ;Ⅱ .鲍鱼菇和囊盖侧耳 ;Ⅲ .具核侧耳 ;Ⅳ .金顶侧耳 ;Ⅴ .其它所有供试侧耳
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
邹寰 喻子牛 孙明
蜡状芽胞杆菌群主要包括炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)、蜡状芽胞杆菌(Bacillus cereus)、苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis)。GenBank已有这个群的8个菌株完成了全基因组序列测定。对这8株蜡状芽胞杆菌群菌株中98条16S rDNA的序列进行相互BLAST比较,发现在同一基因组内各个16S rDNA拷贝全局相似度最低为96.47%,在不同基因组间16S rDNA局部片段比对最小相似度达到99.72%,对应片段长度也有1 417 bp。这点充分说明,该群的细菌完全共用同一种16S rDNA,根据16S rDNA给细菌分类的特点,它们...
[期刊] 水产学报
[作者]
张健鹏 王铜毅 骆轩 游伟伟 柯才焕 蔡明夷
为了研究皱纹盘鲍、西氏鲍、绿鲍和杂色鲍等4种鲍的核型特征,实验利用荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization, FISH)技术比较定位了上述4种鲍的45S rDNA位点。皱纹盘鲍中约83%的中期细胞均检出2对45S rDNA位点,分别位于13号和16号染色体的长臂端部。西氏鲍中约75%的中期细胞均检出3对45S rDNA位点,分别位于6号染色体短臂端部、14号和17号染色体长臂端部。绿鲍中约85%的中期细胞均检出3对45S rDNA位点,分别位于4号、6号和8号染色体长臂的端部。杂色鲍中约65%的中期细胞均检出3对45S r DNA,位点,分别位于3号、4号和12号染色体短臂的端部。此外,4种鲍均有少数中期相的45S rDNA位点数高于众数,这提示,除了明确的45S rDNA位点外,4种鲍可能均有若干个不稳定的45S rDNA位点。实验结果丰富了鲍细胞遗传学研究资料,同时为鲍的遗传育种研究提供了基础数据。
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