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[期刊] 水产学报
[作者]
周新倩 杨锐 吴小凯 黄艳花
为研究浙江近海浒苔Ｕｌｖａ ｓｐｐ．（ＥｎｔＥｒｏｍｏｒｐｈａ ｓｐｐ．）外生细菌多样性，采用传统的形态学和１６ｓ ｒＤｎａ测序分析的方法，从舟山朱家尖、宁海国华电厂和奉化南沙３个地区分离到可培养的浒苔外生细菌及其周围海水细菌６５株。根据细菌菌落特征和革兰氏染色结果等将分离到的细菌分为２６种表型。１６ｓ ｒＤｎａ序列测序比对发现：菌株与不动杆菌属（ａｃｉｎＥｔｏｂａｃｔＥｒ）、交替单胞菌属（ａｌｔＥｒｏｍｏｎａｓ）、弧菌属（ｖｉｂｒｉｏ）、假交替单胞菌属（ｐｓＥＵＤｏａｌｔＥｒｏｍｏｎａｓ）、微小杆菌属（ＥｘｉｇＵｏｂａｃｔＥｒｉＵｍ）、芽孢杆菌属（ｂａｃｉｌｌＵｓ）、赤细菌属（Ｅｒｙｔｈｒｏ．．．
关键词：
浒苔 16S rDNA 外生细菌 多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
姚文 朱伟云 韩正康 Antoon D L Akkermans Barbara Williams Seerp Tamminga
以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料,经过DNA抽提和PCR扩增,扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE,一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性.同时利用基因序列分析技术,分析了16个在DGGE胶上有匹配带的克隆的16S rDNA序列,并与现有的数据库进行了比较.结果表明,饲喂基础日粮时3头山羊瘤胃内容物的DGGE图谱有一定的相似性(43%～55%);饲料中添加大豆黄酮一定程度上影响了瘤胃细菌的组成,DGGE 谱带变化程度分别为 1 号 36% 、2 号 46% 、3 号 30%。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
费来华 李赟 陈家鑫
运用PCR扩增10种海参的16SrDNA部分序列,并测序。获得大小为566bp的序列,利用DNAsp4.0软件分析比较10种海参的碱基组成、各碱基变异位点数、插入或缺失位点数,并采用MEGA4.0软件分析彼此间的遗传距离。结果发现,10种海参富含AT碱基,A+T的含量平均为57.0%,不同种海参间发生碱基转换、颠换及发生插入或缺失变异的位点数差异很大,10种海参彼此间的遗传距离在0.007~0.316之间。所得结果与GenBank中10种海参的相应序列进行比对分析,同时用MEGA4.0和PAUP*4.0软件构建进化树,分析其亲缘关系。结果表明,利用16SrDNA序列的差异可以将分属于海参科(H...
关键词：
海参 16SrDNA 系统发生
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王国娟 曹妍 王芳 马焕成 郑艳玲 伍建榕
苏铁为古老孑遗植物，被誉为＂植物界的大熊猫＂和＂活化石＂。为了研究苏铁珊瑚状根内生放线菌的多样性，通过１６Ｓ ｒ ＤＮＡ克隆文库开展了珊瑚状根内生放线菌种群多样性研究，从１６Ｓ ｒ ＤＮＡ克隆文库中随机挑选了１６４个克隆子进行序列测定，对测序结果进行了ＢｌＡＳｔ对比，结果表明，苏铁珊瑚状根中放线菌多样性十分丰富，存在５个目７个科１０个属，主要类群为短小杆菌属ＣｕｒｔｏＢＡＣｔｅｒｉｕｍ、利夫森氏菌属ｌｅｉｆＳｏＮｉＡ、考克氏菌ＫｏＣｕｒｉＡ、鸟氨酸微菌属ｏｒＮｉｔｈｉＮｉｍｉＣｒｏＢｉｕｍ、微球菌属ｍｉＣｒｏＣｏＣＣｕＳ、丙酸杆菌属ＰｒｏＰｉｏＮｉＢＡＣｔｅｒｉｕｍ、链霉菌属ＳｔｒｅＰｔｏｍｙ．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
代晓航 魏超 郭灵安
采用16Sr DNA分子检测方法对番茄中细菌分布进行调查研究,寻找可能存在于番茄中的危害因子。结果表明,5个属的细菌分别是克雷伯菌属,假单胞菌属,泛菌属、肠杆菌属和欧文菌属,其中多数为软腐类细菌,该菌类对番茄本身造成腐烂,同时软腐细菌与人病原菌也存在协同作用。建议加强相关领域的研究并制定控制办法。
关键词：
16Sr DNA 番茄 细菌 调查
[期刊] 西南农业学报
[作者]
魏超 郭灵安 代晓航 杨文婷
按照草莓生长的3个阶段对四川草莓主产区某生产基地进行2年度连续抽样,对分离的草莓表面微生物进行生化鉴定和16SrDNA测序鉴定;假单胞菌、阴沟肠杆菌2种出现率较高的微生物采用最大简约法(MP)进行同源性分析;并对致软腐微生物进行附着和清洗试验。结果表明,沙雷菌,泛菌属泛菌,少动鞘氨醇单胞菌在草莓青果期出现率较高,假单胞菌,阴沟肠杆菌在各个时期不同地域的草莓均有检出;采摘时间及成熟程度不同草莓表面分离的假单胞及阴沟肠杆菌具有同源性但分子水平仍有差异;清洗试验表明10%的盐水和含氮清洗剂可以改变微生物的渗透压
[期刊] 西南农业学报
[作者]
魏超 郭灵安 代晓航 杨文婷
研究草莓表面微生物分布状况,分析其附着能力为草莓安全食用提供保障。按照草莓生长的3个阶段进行2年度连续抽样,对分离草莓的表面典型微生物进行生化分析及16SrDNA测序鉴定,对分离种最多的泛菌采用最大简约法(MP)进行系统进化分析,并观察沙雷菌和泛菌附着能力。结果表明,3种典型的沙雷菌属微生物在草莓表面均有检出,泛菌属微生物检出种类较多,且基因型差异较明显。在电镜下,能明显观察到泛菌属泛菌和粘质沙雷菌对草莓表皮的附着,含氯清洗剂和10%生理盐水可对其有效祛除。草莓表面附着多种属微生物,有效的清洗方法可以清除
关键词：
草莓 微生物 同源性 食用安全控制
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张艳 李秋芬 孙雪梅 陈聚法 赵俊
通过生态模拟实验,利用分子生态学技术,对浒苔(Enteromorpha prolifera)腐烂过程中水体细菌群落结构的变化进行了研究。将3.0 kg完全死亡的浒苔置于容积为500 L的实验容器中,定期取水样,进行化学需氧量(COD)、溶解氧(DO)、好氧性异养菌数量测定及细菌种群结构的分析。实验结果表明,随着浒苔腐烂程度的增加,水中的DO呈逐渐减少趋势,COD和好氧性异养菌数量均呈先增加后减少的变化趋势;水体细菌主要由拟杆菌门黄杆菌纲和变形菌门α-、γ-、ε-变形菌纲的细菌组成,其优势菌群在浒苔腐烂不同时期有较大程度的改变,初期黄杆菌纲细菌为主要优势细菌,后期则以α-、γ-、ε-变形菌纲细菌...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈芸 刘旗 邓俊良 任志华 杨颜铱 高爽
采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张剑 侯晓强 付亚娟
【目的】从分子水平上对珍稀濒危药用植物大花杓兰根际土壤细菌群落多样性进行初步探讨。【方法】通过Illumina Miseq高通量测序技术对大花杓兰根际土壤细菌16S rRNA基因的V3V4高变区片段进行测序,而后进行生物信息学分析。【结果】共得到166,847条16S rRNA基因序列。基于≥97%的相似度水平,通过聚类共获得1549个可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)。大花杓兰根际土壤细菌在门、纲、目、科和属分类水平上的优势类群分别为变形菌门Proteob
[期刊] 中国农业科学
[作者]
翁佩芳 陈希 沈锡权 吴祖芳 任静
【目的】揭示在低盐浓度条件下榨菜不同盐度腌制体系细菌种群分布及优势菌变化规律,为进一步确定微生物类型与榨菜腌制质量品质之间的相关性提供微生物学基础。【方法】采用16S rDNA基因克隆文库及克隆子分析方法,对5%和7%盐度条件下榨菜腌制体系的微生物多样性、优势种群及其变化规律进行分析。【结果】5%盐度腌制体系的中前期优势种群为乳杆菌属(Lactobacillus)、明串珠菌属(Leuconostoc)和魏斯氏菌属(Weissella);7%盐度腌制体系的中前期优势乳酸菌为希腊魏斯氏菌(Weissella hellenica);腌制后期,起主导作用的种群均变成了植物乳杆菌(Lactobacill...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
吕品 亓倩 杨璞 陈航 陈晓鸣
[目的]探明白蜡虫二龄雌雄若虫共生菌的种类和结构。[方法]利用高通量测序技术,对白蜡虫二龄雌雄虫16S rRNA的V3-V4区进行高通量测序,使用Uparse软件对有效标签进行聚类,使用Mothur方法与SILVA的SSUrRNA数据库进行物种注释,分析雌雄间共生菌物种丰度及多样性的差异。[结果]共得到了1 798 646条有效标签,以97%相似度为标准进行聚类分析,得到1 334个OTUs,其中,有14个门,29个纲,60个目,109个科,165个属,55个种得到注释。与其他昆虫明显不同,白蜡虫二龄若虫中立克次氏体属为优势菌(雌85.740%,雄95.462%),缺乏布赫纳氏菌和沃尔巴克氏体。[结论]白蜡虫与其它昆虫的共生菌有很大差异,立克次氏体在白蜡虫二龄若虫中占绝对优势,具有固氮作用的根瘤菌目和芽孢杆菌目、能合成类胡萝卜素的鞘脂单胞菌目为次优势菌,在共生菌中占有一定比例。白蜡虫若虫共生菌独特的现象可能与白蜡虫独特的生物习性、生态学特征和营养相关。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘妮 于永翔 王印庚 张正 王春元 廖梅杰 荣小军 庞明海 李京泽
自2008年，浒苔(Ulva prolifera)暴发给海洋环境生态、水产养殖业、旅游业和公共卫生带来严重影响。为进一步探究浒苔暴发对近岸环境中细菌群落结构与生态因子的影响，本研究对浒苔暴发前后青岛沿岸主要滨海区域水体、浒苔藻体中可培养细菌群落的组成与丰度及环境理化指标进行了比较分析。结果表明，浒苔暴发后青岛沿岸水体的化学需氧量(COD)、氨氮、无机氮、砷离子和活性磷酸盐含量均显著升高(P<0.05)，溶解氧、Cd、Pb、Cr、Cu等金属离子的含量显著降低(P<0.05)；聚集地浒苔藻体中有机碳含量低于非聚集地(P<0.05)，大肠菌群、粪大肠菌群、硫化物、Hg、Cd、Zn和Cu离子含量高于非聚集地(P<0.05)。可培养细菌分析结果表明，浒苔暴发后青岛市沿岸水体与藻体中可培养细菌的数量增长超1个数量级，弧菌占比增加了38%；基于16S rDNA的细菌鉴定结果表明，浒苔暴发前青岛市沿岸海水中的主要优势菌为长巨牡蛎弧菌(Vibrio gigantis)、塔斯玛尼亚弧菌(Vibrio tasmaniensis)和大西洋弧菌(Vibrio atlanticus)，浒苔暴发后青岛市沿岸海水中的主要优势菌为强壮弧菌(Vibrio fortis)、溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)和欧文斯氏弧菌(Vibrio owensii)。优势弧菌的毒力基因与耐药基因携带风险检测结果表明，浒苔暴发后弧菌携带毒力基因(VAC、vhh、chxA、tlh、flaA)和耐药基因(strA、strB、QnrVC、sul2)的类别和检出率均增高。研究结果初步揭示了浒苔暴发对青岛市沿岸环境中细菌群落结构及环境生态的影响，查明了浒苔暴发产生的有害微生物种类及其携带的毒力基因、耐药基因风险，为黄渤海近岸海域浒苔绿潮防控、海洋生态保护、水产健康养殖和公共卫生治理提供了理论依据。
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