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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
曹波 杨红 许强华 刘榕磊
基于2007年12月与2008年6月长江口上海附近海域采集的海水样品,使用27F和1492R两种通用引物对海洋微生物16S rRNA基因片段进行直接扩增,克隆并测序,构建细菌16S rRNA文库,通过NCBI数据库的基因比对,区分微生物种群,并使用Mega 4.0软件利用16S rRNA序列建立微生物的分子发育树。通过直接提取DNA进行扩增的方法,共检测出17个属的53种不同微生物,微生物种群结构随温度变化明显,优势种随温度变化有所不同,在不同季节水温下,微生物优势种优势明显;冬季以不动杆菌属为优势种群,分子发育树体现的遗传差异性较小;夏季微生物种群结构较复杂,其中以希瓦氏菌属及假单胞菌属为优...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
吕杨 宋超 刘媛媛 赵峰 张涛 高宇 庄平
为了确定线粒体１６Ｓ ｒｒＮＡ基因在长江口虾虎鱼科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用，采用１６Ｓ ｒｒＮＡ基因特异扩增测序及ＧｅＮ ＢＡＮｋ已有序列联合配对分析的方法，对长江口虾虎鱼科９属１１种鱼类３４个１６Ｓ ｒｒＮＡ基因片段的序列进行比较和系统分类研究。统计分析显示，虾虎鱼科鱼类该片段的Ａ含量明显高于其它３个碱基含量，Ａ＋Ｔ的平均含量高于Ｇ＋Ｃ的平均含量，第３密码子位点Ｇ＋Ｃ含量最高，其平均值为５１．１％，变化范围为４９．８％～５３．２％。全部转换位点多于颠换位点，转换／颠换比值为１．４５。依据ＭＡｘｉＭｕＭ ＣｏＭｐｏＳｉＴｅ ＬｉｋｅＬｉｈｏｏｄ模型，得出１１种虾虎鱼科鱼类种间遗传距离平均．．．
关键词：
虾虎鱼科 16S rRNA 分子系统分类
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
吕成龙 田雨 陈芳慧 刘小军 李丽丽 吕林雪 葛继文 顾晨浩 邹彦 王根林 蔡亚非
[目的]本研究以16S rRNA为分子标记,采用高通量测序技术分析探讨3种水平体细胞鲜奶样品中细菌种类、菌群多样性和菌群结构。[方法]选取江苏某牧场45头奶牛鲜奶样品,分为健康、亚临床乳腺炎型和临床乳腺炎型3组,并对临床型奶样进行细菌培养鉴定,同时分别提取各组鲜奶样品中细菌总DNA,根据16S rRNA V4—V5区设计引物进行扩增测序,利用生物信息学软件对测序结果进行分析。[结果]对体细胞数>1×10~6 mL~(-1)的奶样进行细菌培养,鉴定出奶牛乳腺炎致病菌为无乳链球菌。对序列进行相似性聚类分析,得到394个可操作分类单位(OTU)。通过对OTU的聚类分析发现3组样品之间部分OUT水平存在明显差异。物种及丰度分析显示,门水平上的优势门为厚壁菌门(Firmicutes)、蓝藻门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobactice);属分类水平上的优势属为芽胞杆菌属(Bacillus)、乳球菌属(Lactococcus)、海洋杆菌属(Oceanobacillus)、沙雷菌属(Serratia)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)和vadinBC27 wastewater-sludge group。其中临床组沙雷菌属和鞘氨醇单胞菌属显著高于其他2组,而海洋杆菌属的相对丰度降低。[结论]该牧场奶牛乳腺炎致病菌为无乳链球菌,为乳腺炎临床的抗生素选择和治疗提供了依据和借鉴。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
文菁 胡超群 张吕平 范嗣刚
基于570bp左右的线粒体16SrRNA基因片段,利用3种核酸内切酶(DdeI,Hae Ⅲ和Sty Ⅰ)对16种海参PCR产物进行酶切,分别产生10种、5种和5种单倍型,通过单倍型的组合,即能有效区分16种海参的种类。运用此方法对19种商品海参(包括冻品和干品)进行鉴定,结果表明,9种产品属于错误贴标。本研究建立的PCR-RFLP方法方便、有效,可靠,可为海参产品评估、进出口种类鉴定提供实用高效的方法。本研究旨在为市场海参产品贴标情况的评估提供技术支撑。
[期刊] 华北农学报
[作者]
高书晶 李东伟 刘爱萍 闫志坚 王宁 魏云山
为了解内蒙古草原优势害虫亚洲小车蝗(Oedaleus asiaticus)的种群状况,采用线粒体DNA(mtDNA)16SrRNA基因测序技术对7个不同地理种群的亚洲小车蝗的种群结构和遗传变异进行研究。通过对亚洲小车蝗28个个体的线粒体16S rRNA基因进行测序,获得1个长度为289 bp的同源序列,通过编辑,剪切有267 bp的序列基可用于这28个个体的比较。在267 bp的序列中,A+T约占69.9%,A+T含量明显高于G+C含量。其中有20个变异位点,约占所测核苷酸总数的7.49%,密码子第3位点上的变异最多。共检测出18个单倍型。以斑腿蝗科的鼓翅皱膝蝗Angaracris barab...
[期刊] 水产学报
[作者]
郑文娟 朱世华 邹记兴 杨迎春 沈锡权
通过PCR扩增获得了中国海域的鲹科(Carangidae)8属9种的线粒体16S rRNA序列片段约598bp碱基,结合来自GenBank的3种鲹科鱼类的相应片段序列,并以大斑石鲈为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA version3.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比和转换/颠换值等,应用最大简约法和邻接法构建系统树。结果显示:(1)鲹科鱼类的16S rRNA序列片段生成的序列矩阵中发现有碱基的插入和缺失,共有146bp变异位点,转换/颠换值为2.17,表明基因序列的突变未达到饱和,碱基平均差异为8.22%;(2)支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,亚科,鲳鲹亚科,鲹亚科)阶元的分...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙明媛 朱锐 孙晓晴 张研 李尚琪 王红伟 李炯棠
本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073)。基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318)。其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系。最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16Sr DNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍。以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
任桂静 唐峰华 马春艳 张凤英 马凌波
测定了柔鱼亚科(Ommastrephinae)中的柔鱼(Ommastrephes bartramii)、茎柔鱼(Dosidicus gigas)、鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)、发光柔鱼(Eucleoteuthis luminosa)的线粒体COI和16S rRNA基因的部分序列,结合从Gen Bank中获得的玻璃乌贼(Hyaloteuthis pelagica)、鸟柔鱼(Ornithoteuthis volatilis)、大西洋鸟柔鱼(Ornithoteuthis antillarum)的同源序列,以太平洋褶柔鱼(Todarodes pacificus)、阿根廷滑柔鱼(Illex argentinus)为外群,运用贝叶斯法(BI)构建了分子系统树,同时联合了2个基因片段序列,运用贝叶斯联合模型综合探讨了柔鱼亚科种类的系统发育关系。研究发现,除16S rRNA基因外,COI基因片段和联合模型所构建的系统树拓扑结构完全一致;结合形态学资料,发现玻璃乌贼、发光乌贼和鸢柔鱼亲缘关系较近,且形态上都出现了外套膜大型发光器,是柔鱼亚科中分化较晚的种类;其次茎柔鱼、柔鱼与其它种类存在较大的遗传距离,形态上丢失了内脏和眼球发光器,可能预示着柔鱼亚科种类一个新的进化方向;鸟柔鱼属两个种为柔鱼亚科中最原始种类,且为褶柔鱼亚科向柔鱼亚科进化过程中的过渡物种。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈世春 王晓庆 彭萍 胡翔 段小凤 林强
假眼小绿叶蝉Empoasca vitis(Gthe)是我国危害最为严重的茶园害虫。本研究对假眼小绿叶蝉11个地理种群的101个个体的16S rRNA序列片段进行了扩增和测序,以此分析11个地理种群间的遗传多样性、分子变异和种群遗传结构。结果表明:假眼小绿叶蝉16S rRNA基因序列片段全长493 bp,A+T含量为77%。101个个体中共检测出变异位点11个,形成单倍型13个,单倍型进化网络关系显示四川群体具有的单倍型与原始单倍型(H2)距离较远。群体单倍型多样性指数为0.68812,种群内部单倍型多样性在0~0.80556之间,且总群体和各地理种群的中性检验结果均为不显著,表示假眼小绿叶蝉...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
马春艳 马凌波 倪勇 沈盎绿 张永 张凤英 赵云龙
对6种棱鳀属(ThryssaCuvier1829)鱼类共21个个体的16SrRNA基因进行PCR扩增,经比对校正得到572bp的基因片段,共检测到8个单倍型,棱鳀属6个种所有单倍型之间共存在8个插入/缺失;此外有99个变异位点,其中简约信息位点87个;多态位点比例为17.3%;序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.6;A+T含量(53.6%)明显高于C+G含量(46.4%),序列表现出明显的T偏倚。基于Kimura双参数法,计算的种间遗传距离介于0.4%[黄吻棱鳀(T.vitrirostris)与中颌棱鳀(T.mystax)]到11.33%[黄吻棱鳀与赤鼻棱鳀(T.kammalensis)]...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈世春 王晓庆 彭萍 胡翔 段小凤 林强
假眼小绿叶蝉Ｅｍｐｏａｓｃａ ｖｉｔｉｓ（ＧｔｈＥ）是我国危害最为严重的茶园害虫。本研究对假眼小绿叶蝉１１个地理种群的１０１个个体的１６ｓ ｒｒＮａ序列片段进行了扩增和测序，以此分析１１个地理种群间的遗传多样性、分子变异和种群遗传结构。结果表明：假眼小绿叶蝉１６ｓ ｒｒＮａ基因序列片段全长４９３ ｂｐ，ａ＋ｔ含量为７７％。１０１个个体中共检测出变异位点１１个，形成单倍型１３个，单倍型进化网络关系显示四川群体具有的单倍型与原始单倍型（ｈ２）距离较远。群体单倍型多样性指数为０．６８８１２，种群内部单倍型多样性在０～０．８０５５６之间，且总群体和各地理种群的中性检验结果均为不显著，表示假眼小绿叶蝉．．．
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
李曦婷 王超 薛彦杰 李化生 张翔 尹荣兰 董俏 刘梦志 李睿 尹荣焕
在沈阳某规模化养猪场疑似感染副猪嗜血杆菌的病猪肺脏中分离到一株革兰氏阴性多形态杆菌，根据培养特性、生化试验结果、副猪嗜血杆菌１６ｓ ｒ ｒＮＡ的ＰＣｒ检测以及对ＰＣｒ产物进行测序，测序结果比对显示该分离株与ＧｅＮ ＢＡＮｋ中的ＨＰｓ同源性为９９％，因此将分离菌株鉴定为副猪嗜血杆菌。抗生素药物敏感试验结果表明：分离株对羧苄西林、氨苄西林、头孢唑啉、头孢曲松、头孢哌酮药物较敏感；对卡那霉素、复方新诺明、头孢他啶、四环素耐药。１６ｓ ｒ ｒＮＡ遗传进化关系显示：分离株与副猪嗜血杆菌２株血清５型的１６ｓ ｒ ｒＮＡ序列位于一个分支上，遗传进化关系比较相近，核苷酸同源性在９７．４％～１００％之间，可初步．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
朱小宁 余兴龙 李润成 颜运秋 刘俊琦 罗维 杨大为 葛猛 王亚 李薇
从湖南省内送检的疑似患多发性浆膜炎与关节炎的猪病料中分离到12株细菌,细菌学试验证明12株细菌均符合副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)形态、培养和生化特性.根据HPS16SrRNA序列设计引物对12株细菌进行PCR扩增,均得到预期目的条带,将扩增片段测序并运用DNAStar软件与GenBank中不同血清型HPS基因序列进行比对,表明其与Genbank中已公布的不同血清型HPS菌株16SrRNA序列的同源性为90.4%～99.9%,其中与血清5型同源性最高,对所测序列与参考序列进行遗传进化树分析,结果表明其中11株属于血清5型HPS.
[期刊] 林业科学研究
[作者]
吕品 亓倩 杨璞 陈航 陈晓鸣
[目的]探明白蜡虫二龄雌雄若虫共生菌的种类和结构。[方法]利用高通量测序技术,对白蜡虫二龄雌雄虫16S rRNA的V3-V4区进行高通量测序,使用Uparse软件对有效标签进行聚类,使用Mothur方法与SILVA的SSUrRNA数据库进行物种注释,分析雌雄间共生菌物种丰度及多样性的差异。[结果]共得到了1 798 646条有效标签,以97%相似度为标准进行聚类分析,得到1 334个OTUs,其中,有14个门,29个纲,60个目,109个科,165个属,55个种得到注释。与其他昆虫明显不同,白蜡虫二龄若虫中立克次氏体属为优势菌(雌85.740%,雄95.462%),缺乏布赫纳氏菌和沃尔巴克氏体。[结论]白蜡虫与其它昆虫的共生菌有很大差异,立克次氏体在白蜡虫二龄若虫中占绝对优势,具有固氮作用的根瘤菌目和芽孢杆菌目、能合成类胡萝卜素的鞘脂单胞菌目为次优势菌,在共生菌中占有一定比例。白蜡虫若虫共生菌独特的现象可能与白蜡虫独特的生物习性、生态学特征和营养相关。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
陈慧斌 孙钧政 王梅英 石丽荣 林祥志
【目的】对真空和非真空包装不同温度贮藏的鲢鱼片的腐败菌群进行研究,为真空包装冷藏鲢鱼片腐败菌群及货架期的确定提供参考。【方法】应用16SrDNA V3区变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析方法,研究不同温度(4,10,20℃)条件下,真空和非真空包装鲢鱼片的腐败菌群。【结果】鲢鱼片贮藏终点的微生物具有多样性,真空包装鲢鱼片的主要腐败菌为少食嗜酵母菌(Zymophilus paucivorans)、假单胞菌属(Pseudomonas)细菌、梭状芽孢杆菌(Clostridium frigidicarnis)、乳杆菌(Lactobacillus oligofermentans);不同温度下假单胞菌属细菌...
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