为研究绒山羊绒毛生长周期内皮肤基因表达规律以及皮肤差异表达基因的挖掘,采用Illumina HiSeqTM2000高通量转录组测序平台RNA-Seq技术,对3只成年雌性阿尔巴斯型内蒙古绒山羊全年12个月的皮肤样本进行转录组测序,将无参考基因组de novo拼接组装的unigene运用Nr,GO,COG以及KEGG数据库进行比对注释,并进行差异基因在全年各月份间的变化规律分析。结果显示,测序获得的unigene数为105 854条,比对注释基因55 541个,其中共有51 078条转录本进行了GO注释,21 189条转录本在COG数据库分析得到注释,26 201条预测基因KEGG数据库比对成功。其中皮肤基因GO注释在生物学功能分类中,细胞过程、代谢过程、生物学调控、生物功能调控以及刺激应答方面注释到的转录本比例最大;在分子功能分类中,结合以及催化活性作用方面注释到的转录本比例最大;通过COG数据库的比对注释,看到皮肤表达基因的同源蛋白功能主要集中在基因转录、翻译后修饰、和信号传导机制方面,反而在同工酶转运和代谢、细胞动力、二级代谢生物合成、转运和催化以及核结构方面注释到的基因极少;皮肤转录组数据与KEGG数据库比对,得到皮肤相关转录本较为富集的几条通路分别为MAPK signaling pathway,Wnt signaling pathway,Notch signaling pathway,Hedgehog signaling pathway,TGF-βsignaling pathway,JAK-STAT signaling pathway以及Focal signaling pathway;通过绒山羊不同月份皮肤转录组测序数据进行差异基因分析,得出绒山羊全年皮肤生长周期中基因差异变化规律为绒山羊全年皮肤共有4次较为剧烈的基因差异变化,第1次发生在2月与3月之间,第2次发生在3月与4月之间,第3次发生在6月与7月之间,第4次发生在10月与11月之间,前2次出现的基因差异变化较后2次剧烈得多,说明绒山羊绒毛生长启动时基因变化剧烈,而绒毛生长到休止时的皮肤基因变化较为缓和,是一个基因缓慢变化的过程。

【目的】为获得白芷转录组序列信息,了解不同产地间白芷的差异表达基因情况。【方法】以白芷根为研究对象,采用Illumina HiSeq X Ten平台对不同产地白芷进行高通量转录组测序,并对其差异表达基因进行筛选和分析。【结果】川白芷产地间、亳白芷产地间及川白芷与亳白芷间的差异基因总数分别为2686、1704、11 549条,分别被GO富集注释11 038、434、5604条,差异基因的主要功能与细胞组成、细胞、细胞器、结合、催化活性、细胞过程及代谢过程有关。KEGG通路分类显示,差异表达基因被分为4大类,24个小类,所在通路主要与代谢过程相关。与白芷主要化学成分香豆素和挥发油合成相关的4-香豆酸连接酶、丙氨酸氨解酶、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶在川白芷中表达量升高,1-脱氧-D-木糖-5-磷酸合成酶、脱氢多萜醇焦磷酸合成酶在川白芷中表达量降低。【结论】通过转录组测序分析了不同产地白芷根基因差异表达状况,为白芷药材道地性品质的形成提供了理论依据。

分析梁山慈竹及其体细胞突变体的转录组，挖掘功能基因并对其差异表达基因进行筛选和分析，为梁山慈竹遗传改良提供理论依据。利用ＲＮＡ－Ｓｅｑ技术进行转录组测序，对测序结果进行ｄｅ Ｎｏｖｏ拼接和功能注释；并对差异表达基因进行筛选及ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ数据库中进行比对注释，此外，基于ＳｗｉＳＳ－ＰＲｏｔ功能注释结果，分析纤维素和木质素相关功能基因的表达量差异。测序结果表明，共获得８６ ５７５ ６３１条ＲｅＡｄＳ，ｄｅ Ｎｏｖｏ组装得到８４ ７４１条ｕＮｉＧｅＮｅＳ，共有４９ ８２９条被ＮＲ、ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ、ＳｗｉＳＳ－ＰＲｏｔ注释。从梁山慈竹实生植株（对照）和体细胞突变体Ｎｏ．３０这２个测序．．．

为研究控制光周期对绒山羊绒毛生长相关激素的影响,从短光照试验和对照组绒山羊中选择2周岁6对双胞胎绒山羊母羊,采集血液样品利用酶联免疫法进行激素含量测定,利用SAS9.0软件进行显著性检验和相关性分析。结果发现:一天24h当中,绒山羊进入棚圈后褪黑激素MLT(melatonin,mLT)和IGF-1含量显著增加,PRL含量显著减少,EGF和GH含量在2组中差异不显著;一年当中,进入光控棚圈后6月份绒山羊血液中的MLT(P0.05)含量均增加,PRL含量显著降低;9月份试验组绒山羊MLT、IGF-1和GH含量

【目的】通过高通量RNA测序技术,初步探究云南松腋芽生长分子机制,为后续克隆云南松腋芽重要基因及其功能验证研究奠定基础。【方法】以无腋芽与有腋芽2种生长状态的云南松幼苗为研究材料,构建其茎部组织c DNA文库并进行转录组测序,从中筛选出差异表达基因(DEGs),利用生物信息学方法对DEGs进行GO和KEGG分析;从激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢与糖酵解/糖异生代谢通路中选出6个与腋芽萌发和生长相关的基因,并采用RT-q PCR技术进行验证分析。【结果】比较无腋芽与有腋芽云南松的转录组文库,共鉴定到1 420个DEGs,其中上调基因与下调基因分别有524和896个。GO富集分析结果表明,在细胞组分类别中,差异基因数量最多的前3个亚类从多到少依次为胞外区、膜和细胞解剖实体部分;在分子功能中,注释为催化活性的差异基因数量最多,其次为电子传递活性、氧化还原酶和抗氧化活性;在生物学过程中,差异基因主要集中注释在细胞杀伤和刺激响应过程中。KEGG分析结果表明,云南松基因可能通过玉米素生物合成及糖酵解/糖异生显著富集通路参与对腋芽生长的响应。此外,在激素信号转导及淀粉和蔗糖代谢、糖酵解/糖异生代谢通路上共发现12个DEGs,从中筛选出6个候选基因,对其进行RT-q PCR验证,显示各基因表达趋势与转录组分析结果一致。【结论】通过分析植物激素代谢及糖代谢通路上相关基因表达的变化,筛选出6个与腋芽生长发育相关的基因,可用于进一步揭示云南松腋芽生长机制及云南松的遗传改良。

为分析chi-miR-107-3p及相关基因在不同品系绒山羊皮肤毛囊生长发育周期中的表达情况，本研究分别在毛囊休止期（4月）、兴盛前期（7月）、兴盛期（9月）和退行期（1月）采集了阿拉善型绒山羊（季节性长绒）和敏盖绒山羊（常年长绒）体侧皮肤组织，通过组织切片比较分析组织形态，实时荧光定量PCR法检测chi-miR-107-3p及ADCK5、DSBC1、ARSA、FMAP4、RHBDF2和ALDH3A2等6个相关基因表达量。结果表明：1）两种品系的绒山羊毛囊在形态特征上基本一致，但在同一时期生长规律不同；2)chi-miR-107-3p和RHBDF2基因在两种品系绒山羊皮肤毛囊不同发育周期的表达量呈相反趋势。在次级毛囊重建初期，chi-miR-107-3p表达量较高，而RHBDF2基因的表达量极低，随着次级毛囊重建逐步完成，chi-miR-107-3p表达量显著降低，RHBDF2基因的表达量逐渐增高。进入退行期，chi-miR-107-3p的表达量逐渐增高，而RHBDF2基因的表达量逐渐降低，休止期，chi-miR-107-3p的表达量达到最大值，此时RHBDF2基因的表达量最小，推测chi-miR-107-3p可能负向调控RHBDF2基因的表达；3）相关性分析表明，chi-miR-107-3p和RHBDF2基因表达水平均与皮肤毛囊性状显著相关（P<0.05），说明chi-miR-107-3p和RHBDF2基因均为两品系绒山羊皮肤毛囊生长发育的重要影响因子；4)ALDH3A2基因的表达量在皮肤毛囊休止期至兴盛期的过程中逐渐降低，由退行期至休止期的过程中逐渐增高。ALDH3A2基因与皮肤毛囊各性状均显著相关（P<0.05），表明高表达的ALDH3A2可能抑制两品系绒山羊毛囊的生长发育，是调控皮肤毛囊生长发育的重要影响因子，其他基因对绒山羊皮肤组织生长均无影响。本研究证实羊绒生长发育过程离不开miRNA及其相关基因参与调控，为进一步研究毛囊发育分子机理提供了参考，为实际生产中进行羊绒增产提供理论依据。

【目的】筛选出辽宁绒山羊皮肤成纤维细胞中与绒毛生长相关的LncRNA,为绒毛生长相关LncRNA的功能及机制研究提供基础性数据。【方法】提取MT和FGF5处理的辽宁绒山羊皮肤成纤维细胞总RNA,通过样品总RNA电泳检测、测序数据质量评估、Mapping比对、样品间相关性检查对提取的总RNA进行质量检测。筛选出差异表达的LncRNA并预测其靶基因,通过GO和KEGG富集分析,筛选出与绒毛生长相关的LncRNA,并通过Real-time PCR对目标LncRNA进行表达验证。【结果】(1)样品总RNA质量检测结果显示:RNA完整性良好、GC含量相对较高,序列较稳定、样品间表达水平相关性均较高、符合测序要求。(2)差异表达LncRNA的筛选结果显示:1.0g·L~(-1) 24h组差异表达LncRNA有32个,其中4个表达上调,28个表达下调;0.2g·L~(-1) 24h组差异表达LncRNA有10个,其中4个表达上调,6个表达下调;0.2g·L~(-1) 72h组差异表达LncRNA有113个,其中5个表达上调,108个表达下调。10~(-4) g·L~(-1) 24 h组差异表达LncRNA有164个,其中有70个上调,94个下调;10~(-4)g·L~(-1) 72 h差异表达LncRNA有189个,其中有78个上调,111个下调;10~(-6) g·L~(-1) 24 h组差异表达的LncRNA有123个,其中有27个上调,96个下调。(3)靶基因GO富集分析结果显示:1.0g·L~(-1) 24h组差异表达LncRNA靶基因富集在GO的negative regulation of transcription from RNA polymerase Ⅱ promoter;0.2g·L~(-1) 24h组无差异表达LncRNA靶基因富集的GO term;0.2g·L~(-1) 72h组差异表达LncRNA靶基因富集在GO的cellular metabolicprocess biological_process,binding molecular_function,FGF5处理组中只有10~(-4) g·L~(-1) 72 h组差异表达LncRNA靶基因富集在cell cellular_component、cell part cellular_component、intracellular cellular_component、binding molecular_function等6个条目。(4)靶基因KEGG富集分析结果显示:1.0g·L~(-1) 24h组差异表达LncRNA靶基因富集在Steroid biosynthesis pathway;0.2g·L~(-1) 24h组无差异表达LncRNA靶基因富集的Pathway term;0.2g·L~(-1) 72h组差异表达LncRNA靶基因富集在Cell cycle,DNA replication,Steroid biosynthesis,TNF,Nod-likereceptor,NF-kappa B等信号通路,其中TNF和NF-kappa B信号通路与绒毛生长相关。FGF5处理组中,10~(-4) g·L~(-1)72 h组差异表达的LncRNA靶基因显著富集到Fanconi anemia pathway,Huntington’s disease,Metabolic pathway,Aminoacyl-tRNA biosynthesis等9个pathway term,其中Metabolic信号通路与绒毛生长相关;10~(-4) g·L~(-1) 24 h组差异表达的LncRNA靶基因无显著富集的pathway term;10~(-6) g·L~(-1) 24 h组差异表达的LncRNA靶基因只富集在Taste transduction pathway。(5)NF-κB和TNF两个信号通路中富集的靶基因TNFα、TNFAIP3(A20)、NFKBIA(IkBα)、NFKB2、IL8所对应的LncRNA有2个,分别为(Gene ID):XLOC_005914;XLOC_018763;Metabolic信号通路中靶基因所对应的LncRNA有4个,分别为(Gene ID):XLOC_011424、XLOC_009522、XLOC_009063、XLOC_01115。Real-time PCR结果显示:LncRNA XLOC_011424、XLOC_011157、LncRNA XLOC_005914和XLOC_018763与高通量测序结果一致。【结论】LncRNA XLOC_011424、XLOC_011157、LncRNA XLOC_005914和XLOC_018763可能通过调控与绒毛生长相关的NF-κB、TNF或Metabolic信号通路,提高羊绒密度和长度,进而提高辽宁绒山羊绒产量及品质。

运用高通量技术对杂交鳢进行转录本测序和数据分析,经拼接与组装,最终获得52 065条unigenes,长度范围201～12 407 bp,序列平均长度为710 bp。从长度分布、GC含量和基因表达量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量较好。进一步的数据分析,共鉴定出20 535个CDS,37 324个SNP位点和7 830个微卫星。用6大数据库Swiss–Prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO注释杂交鳢转录组unigenes,分别对应有20 955、28 938、19 339、14 052、19 358和18 635条unigenes获得注释。根据GO数据库的注释,可将这些unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共50亚类。KEGG代谢通路分析表明,这些unigenes参与了5大类30亚类共268个代谢通路,其中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,有1 716条。

【目的】发掘尼罗罗非鱼响应光周期变化的重要功能基因,为研究光周期变化对罗非鱼产生影响的分子机制提供参考。【方法】采用新一代高通量测序RNA-seq技术分析24L∶0D、12L∶12D和0L∶24D 3个光周期条件下尼罗罗非鱼脑组织基因表达变化情况。【结果】转录组测序结果显示:3个组别分别产生55 524 504、61 410 946和58 855 762个Clean reads。12L∶12D光周期与0L∶24D光周期文库比较发现279个差异表达基因,12L∶12D光周期与24L∶0D光周期文库比较发现304个差异表达基因,24L∶0D光周期与0L∶24D光周期文库比较发现383个差异表达基因。GO分类分析表明,差异表达基因属于生物学过程、细胞定位和分子功能的42个类别。KEGG通路显著性富集分析差异表达基因共涉及143条代谢途径,包括单纯疱疹感染、ECM-受体相互作用、细胞因子-细胞因子与受体相互作用、肠道IgA生成免疫网络、细胞粘附分子(CAMs)、Wnt信号等通路。【结论】光周期变化影响尼罗罗非鱼脑组织基因表达水平,表达差异基因主要富集在单纯疱疹感染、细胞因子-细胞因子与受体相互作用、Wnt信号通路等信号通路。

【目的】以襄麦冬(Liriope spicata var.prolifera Y. T. Ma)为对象，通过转录组学技术筛选、发掘相关功能基因，以期解析襄麦冬块根中甾体皂苷的生物合成。【方法】选取襄麦冬始见期块根样本和膨大期块根样本，使用转录组测序、序列注释分析、RT-qPCR等技术，验证并筛选多个与甾体皂苷合成相关的关键基因。【结果】共获得2个襄麦冬转录组的多条高质量序列(始见期样本59 405 731条；膨大期样本71 478 348条),共88 239条被注册到GO、COG、KOG、KEGG等数据库中。其中，通过GO数据库注释了42 388条拼接序列(分为3大类60个功能亚类),并在2个襄麦冬转录组中发现5563个差异表达基因；通过比对COG/KOG数据库，发现10 077条序列可注释到23个COG类群，8187条序列可注释到25个KOG类群，均与襄麦冬块根的生长及代谢有关。基于KEGG数据库的代谢通路分析表明，26 626条拼接序列可映射到不同的KEGG途径中，1981个差异表达基因被映射到227条KEGG途径；进一步筛选出43个可能参与甾体皂苷生物合成的差异表达基因后，并选取其中8个关键基因进行qRT-PCR验证。8个基因在襄麦冬不同生长时期表现出不同的表达量，与甾体皂苷合成有关的基因表达上调，且表达差异与转录组分析结果一致。该结果进一步验证了甾体皂苷在襄麦冬块茎中的生物合成途径，同时说明甾体皂苷的合成代谢与襄麦冬生长阶段性之间的相关性。【结论】初步揭示与襄麦冬甾体皂苷生物合成有潜在关联的基因和代谢通路，为今后进一步研究襄麦冬甾体皂苷的主要关联基因及代谢通路的功能以阐明其合成机理奠定了基础。

【目的】研究角蛋白相关蛋白9.2基因(KAP9.2)和Hoxc13基因在羊绒生长不同阶段皮肤组织中的表达量对产绒量的影响,为羊绒生长的调控机理研究奠定基础。【方法】以陕北白绒山羊为研究对象,以奶山羊作为对照,利用qRT-PCR方法,检测羊绒生长期和休止期高产、低产绒量陕北白绒山羊皮肤组织中KAP9.2和Hoxc13基因的表达量。【结果】对于KAP9.2基因,在羊绒生长期高产绒量陕北白绒山羊的相对表达量极显著低于低产绒量陕北白绒山羊(P<0.01),而在羊绒休止期高产绒量陕北白绒山羊的相对表达量却显著高于低产绒量陕北白绒山羊和奶山羊(P<0.05);对于Hoxc13基因,在羊绒休止期高产和低产绒...

【目的】通过不同生理状态牛卵泡高通量测序筛选与卵泡发育相关的基因。【方法】母牛同期发情后,B超声波连续监测并适时采集第一卵泡波出现偏差前的最大卵泡(the largest follicle at predeviation,PDF1)和第二大卵泡(the second largest follicle at predeviation,PDF2),构建RNA文库后Illumina平台测序,经数据库比对,设定参数筛选高表达基因、差异表达基因并进行GO分析,Genecards基因功能查询进一步筛选与卵泡发育直接相关的调控基因,q RT-PCR对筛选的基因进行表达量验证分析。【结果】两个转录本中共获得263个差异表达基因;GO功能聚类分析共分为三大类90组:其中生物学过程占64.4%,细胞组分占17.8%,分子功能占17.8%;获得一些重要的功能富集通路,如调控信号转导和细胞因子应答的生物途径;基因表达量分析筛选出10个高表达的上调和下调基因,获得参与雌激素合成和胎儿性别发育的CYP17A1、参与类固醇激素合成的LOC785462、细胞发育过程中调节细胞凋亡的DACH1以及调节ERK和MEK1/2信号通路的MAP3K3。Genecards功能查询共获得6个基因与卵泡发育关系较为密切,其中上调基因分别为PRSS35,PTGRF,ARID4B,GPR116;下调基因为APOA1和CPXM1;q RT-PCR结果显示,PRSS35和ARID4B在DF中的表达量显著高于SF(P<0.05),CPXM1在SF中的表达量极显著高于DF(P0.05),但其表达变化趋势与高通量测序结果相一致。【结论】转录组测序结果真实可靠,PRSS35和ARID4B在卵泡发育过程中发挥正调控作用,CPXM1在卵泡发育过程中发挥负调控作用,获得的牛卵泡发育相关基因和重要调节途径,对后期深入探讨卵泡发育调控机理的研究具有重要意义。

通过对油茶成花过程的转录组测序及其成花相关基因的表达分析,结果表明:转录组测序总共获得28 448 847个reads,5 742 023 480 bp数据量,GC含量为46.52%;拼接成大于200 bp以上的Unigenes有94 476条,N50长度为806 bp,其中1 kbp以上的Unigenes共12 643条,占Unigene总数的13.38%;Unigenes在各数据库中功能注释数目,在COG中有9 095条,在GO中有27 201条,在KEGG中有6 431条,在Swissprot中有24 534条,在TrEMBL中有36 393条,在Nr中有36 400条,在Nt中有30 ...

为研究不同剂量ＬｉＣＬ对绒山羊毛囊生长和β－连环蛋白（β－Ｃａｔｅｎｉｎ）ｍ Ｒｎａ表达的影响，将分离的绒山羊初级毛囊随机分为５组，每组２４个重复，对照组为ＷｉＬＬｉａｍ＇ｅ基础培养液。试验组在基础培养液中依次添加２，５，１０和２０ｍｍｏＬ·Ｌ～（－１）的ＬｉＣＬ，培养期为７ｄ，每日测量毛囊生长长度。运用荧光定量ＰＣＲ技术测定各组β－Ｃａｔｅｎｉｎｍ Ｒｎａ表达水平。结果表明：２～１０ ｍｍｏＬ·Ｌ～（－１）ＬｉＣＬ组的β－Ｃａｔｅｎｉｎ ｍ Ｒｎａ表达水平和生长长度极显著高于对照组（Ｐ