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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
倪守胜 杨钰 柳淑芳 庄志猛
为全面了解虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星分布频率和数量,深化对虾夷扇贝基因组的认识,本研究运用第二代高通量测序技术,进行虾夷扇贝简化基因组测序(RAD-seq),从基因组水平阐明虾夷扇贝基因组微卫星特征。结果显示,简化基因组测序共获得序列总长为92,551,435 bp,经过滤筛选,获得259,535个contig,其中,包含微卫星序列3618条,经引物设计共获得3460对微卫星引物。统计微卫星序列的重复类型,其中,三核苷酸重复单元数量最多(1587个,45.87%),其
关键词：
虾夷扇贝 二代测序 基因组 微卫星
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
邓丽丽 李德龙 蔡年辉 周军 孙琪 唐红燕 王大玮 许玉兰
以思茅松针叶为材料，采用ＩｌｌｕｍＩｎａ ＨＩｓｅｑ２０００平台测序，得到１２１ ８８２条无冗余的序列，对这些序列进行ｓｓＲ位点搜索，共获得３５３４个ｓｓＲ位点，出现频率为２．９％，分布平均距离２５ｋｂ。所搜索的ｓｓＲ以单核苷酸重复类型最多，其次为三核苷酸和二核苷酸，而四、五、六核苷酸重复类型较少（＜１％．．．
关键词：
思茅松 高通量测序 微卫星
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵莹莹 朱晓琛 孙效文 梁利群
采用生物素—磁珠吸附微卫星富集法,筛选虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星分子标记,并用同位素法进行二次筛选。结果在筛选的192个菌落中获得136个阳性克隆,经测序分析,获得微卫星序列179个,其中完美型占50.8%,非完美型43.0%,混合型占6.1%。除探针中使用的CA重复外,还得到TC、AG、ACA、CTAT的重复序列。用引物设计软件Primer Premier5.0设计引物85对,挑选其中的40对合成并进行筛选
关键词：
磁珠富集 虾夷扇贝 微卫星
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李春艳 丁君 常亚青 孙效文
采用新型生物素-磁珠吸附微卫星与同位素杂交相结合的方法筛选出15对微卫星引物,并对大连地区3个虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)养殖群体(黑石礁海区、小长山岛海区、广鹿岛海区)的遗传结构进行分析。获得175个阳性克隆并测序,得到160个含微卫星的序列,其中完美型,非完美型和混合型分别占42.69%(73)、46.20%(79)和11.11%(19),经筛选得到15个微卫星标记。虾夷扇贝3个群体的有效等位基因数在1.0000～8.8573之间;期望杂合度在0.0211～0.9111之间;观测杂合度在0.0000～0.8778之间。表明这几个群体遗传多样性水平较高。群体间遗...
关键词：
虾夷扇贝 微卫星 养殖群体 遗传结构
[期刊] 淡水渔业
[作者]
曾晓芸 杨宗英 田辉伍 汪登强
利用Mi-Seq高通量测序法,分析长江上游特有鱼类裸体异鳔鳅鮀(Xenophysogobio nudicorpa)的基因组微卫星序列,观察其微卫星的组成及其特征。结果显示:在所测得的2到5碱基微卫星重复单元中,两碱基重复所占比例最多(83.15%),其中又以AC/TG类型为主。AAT和ATC是三碱基重复单元出现频率最多的,比例分别为56.01%和13.46%,高于其他六种类型的总和。四碱基重复单元占所有微卫星序列比例的2.73%,AAAG、AAAT和AGAT三种类型出现的次数最多。五碱基重复单元中,只发现3种重复序列,并且重复次数仅在1~2次内。使用引物设计软件Primer Premier V...
[期刊] 水产学报
[作者]
黄纬杰 郭向召 张子豪 董强 熊雪梅 高泽霞
为分析草鱼全基因组微卫星特征并开发高多态性微卫星标记亲子鉴定平台，实验利用已发布的草鱼全基因组序列，开发高度多态、准确度高、重复单元在4～6碱基范围的微卫星标记。结果显示，在草鱼900.51 Mb基因组序列中共筛选到微卫星序列677 363个，总长度12 835 407 bp，占全基因组长度的 1.425 4%，平均跨度为1 329.43bp。其中单碱基重复序列出现最多，占比52.85%；二碱基重复序列其次，占比31.44%；再次是四碱基重复，占比8.05%，三碱基重复序列占比6.47%，五碱基重复序列占比1.12%；六碱基重复出现最少，仅占比0.07%。1～6碱基重复类型中优势重复单位分别是A/T、AC/GT、AAT/ATT、AGAT/ATCT、AATAT/ATATT、AACCCT/AGGGTT。随机挑选重复序列为4～6个碱基的110个位点设计引物，在草鱼繁殖亲本群体中扩增，筛选出15对多态性引物，经CERVUS 3.0软件分析15个位点平均期望杂合度0.802～0.959，模拟分析结果鉴定准确率为100%，置信度为95%。通过对20个家系子代192个个体进行亲本来源鉴定，所有子代均成功匹配到正确父母本，鉴定准确率达到100%。本研究分析了草鱼全基因组微卫星特征，并利用多态性微卫星位点进行草鱼亲子鉴定，为草鱼微卫星的功能和应用研究以及草鱼的育种工作奠定基础。
关键词：
草鱼 全基因组 微卫星 亲子鉴定
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王蕾 刘继红 张立冬 孙效文
通过磁珠富集法筛选牙鲆(Paralichthys olivaceus)的微卫星分子标记,采用限制性内切酶Sau3A I对牙鲆完整基因组DNA进行酶切;通过蔗糖溶液梯度离心,收集400～900bp大小的片段,连接Brown接头,构建牙鲆基因组文库。用生物素标记的微卫星探针(CAG)15对基因组文库进行杂交,利用磁珠富集含有微卫星的DNA单链序列,并对其进行PCR扩增;将扩增产物连接到pMD18-T载体后转入感受态大肠杆菌DH5α中,得到微卫星序列文库。利用大量质粒检测法进行二次筛选,成功地从牙鲆基因组中分离出含有CAG重复的微卫星序列,测序其中的3000个单菌落,获得2805个(占93.5%)含...
关键词：
牙鲆 微卫星 磁珠富集
[期刊] 中国水产科学
[作者]
宋来鹏 刘萍 李健 刘振辉
对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)部分基因组DNA文库测序,获得了总长度为622409个碱基的基因组DNA序列,从中找到微卫星重复序列(1~6bp重复)697个。统计微卫星重复类型,以两碱基重复数目最多,为445个,占微卫星序列总数目的63.84%;其次是三碱基重复152个,占21.81%;再次分别是单碱基重复45个,占6.46%;四碱基重复31个,占4.45%;五碱基重复14个,占2.01%;六碱基重复10个,占1.43%。在单碱基重复类型中,重复拷贝类别全部为A;两碱基重复类型中,AG重复数目最多,其次是AC和AT;三碱基重复类型中以ACT最多,其次是AGG和...
关键词：
三疣梭子蟹 基因组 微卫星
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
白翠翠 柳淑芳 庄志猛
为了解虾虎鱼科（Ｇｏｂｉｉｄａｅ）鱼类基因组遗传结构特征，本研究自主开发矛尾复虾虎鱼（ＳｙｎｅｃｈｏＧｏｂｉｕＳ ｈａＳｔａ）微卫星序列１５３条，结合从Ｇｅｎ ｂａｎｋ中筛选出的虾虎鱼科微卫星序列５３５条，合计６８６条微卫星序列，隶属于１９种虾虎鱼，序列总长度为２９５０６２ ｂｐ，包含４７３个微卫星位点，微卫星位点累计长度为３３３７０ ｂｐ。统计微卫星重复类型，发现在所有微卫星重复类型中以二碱基重复出现次数最多，位点数为３６１个，占总微卫星的７６．３２％，其中，重复拷贝类别最多的是ａｃ（３４０个），占全部微卫星的７１．８８％，占二碱基重复微卫星的９４．１８％，在二碱基重复类型中没有发现ａｔ和Ｇ．．．
关键词：
虾虎鱼科 微卫星 基因组
[期刊] 水产学报
[作者]
栾生 孔杰 王清印 高焕 王伟继 张庆文
为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记,构建了日本囊对虾随机基因组文库,对其中片段长度为400-1 000bp的3 395个克隆测序,共获得总长度为1 606 711bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中,筛选到487个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的3.97%。小卫星序列中,以12bp重复单位的序列数量最多(8.62%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少(R=-0.826,P<0.01)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8bp重复单位最广(3.1-47.6),其次是10bp(2.5-44),再次是12bp(2.2-28)。平均拷贝...
[期刊] 林业科学
[作者]
马秋月 戴晓港 陈赢男 张得芳 廖卓毅 李淑娴
利用454高通量测序技术对枣基因组进行部分测序。经序列拼接,共获得总长约为8.4 Mb的基因组序列,从中找到15 036个微卫星重复序列。其中六碱基重复类型的重复数目最丰富,共6 033个,占重复序列总数的40.1%;其次是复合型碱基2 707个和单碱基2 575个,分别占重复序列总数的18.0%和17.1%。另外,二碱基重复1 118个,三碱基1 050个,四碱基1 218个,五碱基335个,分别占重复序列总数的7.5%,7.0%,8.1%,2.2%。通过分析发现六碱基重复类型所占比例最多,但微卫星重复单元的重复次数变化却是二碱基微卫星显著高于其他各重复类型。在单碱基重复和二碱基重复这2种类...
关键词：
枣 基因组 454测序 微卫星
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
魏琦琦 林青 贾宝光 吴炼 李承想 张琳
运用Illumina测序平台的RNA-seq技术对中秋酥脆枣的花、果实和枣吊进行了转录组测序,并对测序获得的Unigene进行微卫星特征分析。经序列组装和拼接,共获得34 587个Unigene,运用Misa软件分析发现12 624个微卫星。在所得转录组序列的单碱基至五碱基微卫星中,以单碱基微卫星最多(6 314个,50.02%),并以A/T(6 217个,98.46%)为主要重复单元;二碱基微卫星(3 335个,26.42%)次之,其中以AG/CT(2532个,75.92%)类型最多;再次是三碱基微卫星(2 871个,22.74%);最后是四碱基和五碱基微卫星,二者仅占所有微卫星信息的0.8...
关键词：
枣 转录组测序 RNA测序 微卫星特征
[期刊] 林业科学
[作者]
张新叶 张亚东 彭婵 宋丛文 杨彦伶
微卫星(microsatellite)又称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),是指以少数几个核苷酸为单位,多次串联重复的DNA序列,其普遍存在于真核生物及一些原核生物基因组中。基因组序列中微卫星重复序列变异最快,在群体间和不同个体间通常表现出很高的序列多态性,且呈共显性遗
关键词：
水杉 基因组 微卫星 标记开发
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵蕊蕊 徐胜勇
绒杜父鱼(Hemitripterusvillosus)为西北太平洋近海重要的经济鱼类,近年来其渔业资源呈现过度开发及衰退的趋势。为评估绒杜父鱼基因组基本信息,开发基因组范围内遗传标记,以期为资源管理和保护工作提供参考,本研究对绒杜父鱼开展全基因组survey分析, k-mer分析表明绒杜父鱼基因组大小约为713.18 Mb,杂合率为0.26%,重复序列的比例为38.61%。基因组初步组装结果显示, Contig N50和Scaffold N50分别为7433 bp、19388 bp。在整个基因组范围内,总共检测到583498个微卫星位点,相对丰度为1010个/Mb。其中二碱基重复比例最高(55.61%),单碱基重复次之(33.39%)。在二、三碱基重复中主要是AC/GT和AGG/CCT类型,微卫星重复拷贝数主要集中在5～17次。研究结果表明,绒杜父鱼基因组为简单基因组,可以用“Illumina+PacBio+Hi-C”的测序策略组装出高质量全基因组序列,而经过筛选的微卫星位点也能为后续的遗传学研究提供有效的分子标记。本研究结果可以为绒杜父鱼进化生物学和遗传学研究提供基础资料。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
徐宇辉 马志杰 郭卫兴 莫延新 陈生梅
为探究牦牛全基因组中重复序列的组成特征，本研究以染色体水平的牦牛全基因组（BosGru3.1）为研究对象，利用生物信息学方法对牦牛基因组中的单纯型SSRs序列进行了检测，并对其分布特征进行综合分析。结果表明：1）在牦牛全基因组（2.83 Gb）中，共筛选出778 413个单纯型SSRs，总长度为14.42 Mb，占全基因组序列总长的0.51%，相对频率和相对密度分别为274.92 loci/Mb和5 094.43 bp/Mb。2）牦牛31条染色体中，1号染色体所含的SSRs数量最多（48 592个，6.24%）,29号染色体所含的SSRs数量最少（11 758个，1.51%），染色体DNA序列长度与其所含SSRs数量呈显著正相关（P<0.001）。3)6种重复类型的单纯型SSRs在牦牛基因组中分布不均匀，其中单碱基重复类型的SSRs数量最多（320 592个，41.19%），其次是两碱基（197 824个，25.41%）、三碱基（130441个，16.76%）、五碱基（75 056个，9.64%）、四碱基（52 523个，6.75%）和六碱基（1 977个，0.25%）。4）各重复类型分别以A、AC、AT、AGC、AAC、AAAT、AAAC、AACTG、AGATC和AACCCT类别的SSRs分布较多，表现出明显的A(T)碱基组成优势。5）各重复类型的SSRs其重复拷贝数分别集中在12～25次（单碱基）、7～26次（两碱基）、5～13次（三碱基）、4～8次（四碱基）、4～7次（五碱基）和4～6次（六碱基）。综上，本研究揭示了牦牛全基因组中单纯型SSRs的分布特征，表明各重复类型的SSRs其频率、密度、优势碱基类别及重复拷贝数均存在差异，呈现出一定的规律性。本研究为深入了解牦牛基因组中重复序列特别是单纯型SSRs的组成和分布特征提供参考，也为后续发掘牦牛特异性SSRs标记、构建遗传图谱及开展标记与性状间的关联分析等研究奠定基础。
关键词：
牦牛 基因组 单纯型微卫星 丰度
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