【目的】了解昆明地区冬草莓主要栽培品种白粉病病原菌的种类和离体后病原菌种群的变化。【方法】2019年2-4月在昆明市草莓白粉病爆发区3个不同地点取样,基于Illumina MiSeq高通量测序,对昆明地区3个冬草莓主要栽培品种章姬、红颜、桃香的白粉病患病部位表面的真菌群落组成与结构进行了分析,并将离体白粉病样品在人工气候箱中培养,温度25℃,光强1500 lx,光照时间12 h·d~(-1),培养7 d,检测长出的真菌群落组成,进而对比两类样品真菌群落组成与结构的变化。【结果】6个样品的真菌群落组成与结构分析结果基本相同,即在属水平上进行真菌群落组成与结构分析均显示98.8%以上是叉丝单囊壳属Podosphaera。2个离体白粉病样品在灭菌培养皿内培养7 d后,HL(地点3的红颜白粉果实和叶片)样品上长出许多浅绿色的粉状霉菌,其真菌群落组与结构分析显示为Penicillium(88.80%)、Cladosporium(9.38%)、Acremonium(1.44%)、others(0.25%);而ZH(地点2的章姬果实和叶片)样品上长出许多黑色粉层的霉菌,真菌群落组成与结构为Aspergillus(86.87%)、Acremonium(4.11%)、Cladosporium(1.25%)、others(0.23%)。实验结果表明,样品培养之后真菌群落组成与结构发生了显著变化。【结论】昆明地区冬草莓栽培种的白粉病病原菌为叉丝单囊壳属Podosphaera,不同草莓品种和感染部位的白粉病病原菌相同,是首次报道中国西南地区草莓白粉病病原菌种类。草莓白粉病病原菌感病的部位离开母体植株后,感染部位表面很快生长出其他真菌菌落,原白粉病原菌不再是优势菌群,说明草莓白粉病病原菌是活体营养寄生菌。该病原菌还表现出侵染周期长、侵染不同品种的不同组织的特性。

为了应用分子特征确定黄瓜霜霉病和白粉病的病原菌种类,扩增、测定了上海地区黄瓜霜霉病菌和白粉病菌的核糖体DNA内转录间隔区(rDNA-ITS)序列,依据rDNA-ITS序列特征分析了两种病原菌种类,以及与近缘种的差异性。结果显示,黄瓜霜霉病菌的rDNA-ITS1和rDNA-ITS2长度分别为141和406 bp,rDNA-ITS1 GC含量为41.13%,rDNA-ITS2 GC含量为46.80%(闵行区株和金山区株)或46.55%(浦东新区株),rDNA-ITS序列在种内保守性很高,种间差异性与亲缘关系呈正相关,分子特征证实研究的黄瓜霜霉病病原菌为古巴拟霜霉菌;黄瓜白粉病菌的rDNA-ITS1...

高通量测序技术是近年来发展起来的一种重要的分子生物学技术，能一次对几十万至几百万条ＤＮＡ分子进行序列测定，在基因组解析、转录组分析、基因变异位点筛查等方面广泛应用。探讨通过对感染病毒的草莓材料进行转录组测序来解析病毒基因组的可行性。以怀疑感染病毒的草莓叶片为试材，利用ＩｌｌｕｍＩＮＡ测序技术进行转录组测序分析。通过对组装得到的单基因序列进行注释分析，筛选出１２个注释为草莓病毒的单基因序列，它们源自４种草莓病毒，分别是草莓轻型黄边病毒、草莓坏死休克病毒、草莓镶脉病毒及草莓皱缩病毒。利用ＲＴ－ＰＣＲ技术对转录组测序结果进行了验证，表明利用高通量测序技术解析草莓病毒基因组序列的可靠性。本研究探索出解．．．

对宁夏银川市收集的番茄白粉病病叶上的病原菌进行分离、纯化，分别进行形态学和分子生物学鉴定。形态学鉴定结果表明：银川市番茄白粉病病原菌分生孢子单生，呈卵圆形或腰鼓状；其顶端位置萌发出芽管，芽管末端生有乳突状附着胞，附着胞亦着生于菌丝上；分生孢子梗直立不分支；未发现闭囊壳。对病原菌的内部转录间隔区序列进行比对，其与新番茄粉孢菌(Oidiumneolycopersici)的一致性达99%以上。形态学鉴定结合分子生物学鉴定结果表明，引起银川市番茄白粉病的病原菌为新番茄粉孢菌。

对宁夏银川市收集的番茄白粉病病叶上的病原菌进行分离、纯化，分别进行形态学和分子生物学鉴定。形态学鉴定结果表明：银川市番茄白粉病病原菌分生孢子单生，呈卵圆形或腰鼓状；其顶端位置萌发出芽管，芽管末端生有乳突状附着胞，附着胞亦着生于菌丝上；分生孢子梗直立不分支；未发现闭囊壳。对病原菌的内部转录间隔区序列进行比对，其与新番茄粉孢菌(Oidiumneolycopersici)的一致性达99%以上。形态学鉴定结合分子生物学鉴定结果表明，引起银川市番茄白粉病的病原菌为新番茄粉孢菌。

【目的】揭示天麻种植土壤真菌群落组成结构，天麻种植前后土壤真菌群落结构的变化及种完天麻种方竹后土壤真菌群落结构的变化，为研究天麻根际土壤微生态提供理论依据并为解决天麻连作障碍提供技术支持。【方法】基于高通量测序方法对采集的3组土样（原壤charlle 001、一麻壤charlle 002、方竹壤charlle 006）进行基因组DNA提取，PCR扩增，产物检测、纯化和定量，建库测序，数据分析，物种组成多样性分析及差异分析。【结果】3组土样中真菌主要类群为Ascomycota、Basidiomycota和Mortierellomycota三门真菌，其中Ascomycota真菌丰度普遍最大；3组样本特有真菌OTU：一麻壤>方竹壤>原壤；种水平下分析原壤charlle 001中主要优势真菌为Clitocybe sp.、Solicoccozyma sp.和Spirosphaera sp.，一麻壤charlle 002中主要优势真菌为Clavulinopsis sp.和Rosellinia sp.，方竹壤charlle 006中主要优势真菌为Trichoderma sp.；Clavulinopsis和Rosellinia在一麻壤charllle002中丰度极大在charllle001和charllle006中丰度极小；charlle001和charlle002组间真菌Mortierella相对丰度差异显著，charlle001和charlle006组间真菌Penicillium相对丰度差异显著；charlle002和charlle006组间物种差异Penicillium相对丰度差异显著。种植收获一茬天麻后土壤中真菌种类数量递增，群落结构发生变化，一麻壤中真菌ASV、特有真菌数目明显增大；一麻壤种植方竹后木霉菌显著增多；Clavulinopsis和Rosellinia部分真菌易引起天麻病害，而方壤中Trichoderma多用于病原菌生物防治。【结论】天麻不同种植土壤的真菌群落结构不同，种过一年天麻后土壤中病原菌增多，再种植方竹呈现修复作用，但具体修复机制还有待后续深入研究。

以巨菌草根表、根表土壤和根围土壤为材料，采用高通量测序技术分析了各样本的固氮菌群组成，并测定其中主要固氮菌株的促生性能.结果表明，巨菌草根系存在丰富的固氮菌群，蓝藻菌门(Cyanobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)为主要门类，慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、科萨克氏菌属(Kosakonia)为核心属.从巨菌草根表、根表土壤和根围土壤中分别分离到4.5×10~5、4.0×10~4和5.4×10~3 CFU·g~(-1)的固氮菌，经SDS-PAGE全细胞蛋白电泳聚类分析将其分为7个类群；从中筛选得到2株具有良好促生性能的代表菌株，经16S rDNA鉴定分别将其确定为科萨克氏菌(Kosakonia radicincitans)和枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis).与对照组相比，所筛选的2株菌对水培玉米幼苗株高、根长、分根数及盆栽玉米幼苗株高均具有良好的促生作用.

【目的】揭示苹果感染根腐病后,根际土壤细菌群落结构、多样性变化。【方法】分别对感染根腐病和健康苹果植株根际土壤中细菌的16S rRNA基因V3～V4区进行扩增,并利用Illumina Hiseq高通量测序技术进行测序,分析苹果根腐病病株和健株根际土壤细菌物种组成及多样性。【结果】健康、患病苹果根际土壤共获得2526个OTU,主要分为31个门、70个纲、284个科、533个属,其中患病土壤特有260个OTU,健康土样特有103个OTU。α多样性分析显示,患病土壤中细菌多样性显著高于健康土壤。健康土样中,Actinobacteria的相对丰度显著高于患病土样,Acidobacteria显著低于患病土样。苹果根际土壤中,存在Pseudomonas、Bacillus、Arthrobacter、Erwinia、Flavobacterium、Rhizobium、Serratia和Microbacterium等促生微生物,健康土样中,有益菌Arthrobacter的相对丰度显著高于患病土样。【结论】苹果感染根腐病后,根际土壤细菌的物种多样性、群落多样性显著升高。放线菌门和酸杆菌门的平衡,可能对苹果根际土壤的健康有重要作用。苹果根际土壤中,存在大量的潜在植物促生细菌,是将来筛选土著生防菌的潜在资源。

研究根据草莓基因组和月季基因组的同线性关系，高通量开发月季ＳＳＲ共显性标记。利用ＭＩＳＡ软件对总长２０６．８Ｍｂ的草莓基因组序列进行扫描，共识别４９ ０２９个ＳＳＲ位点，平均每４．２ ｋｂ包含１个ＳＳＲ位点。利用ｐＲＩＭｅＲ３软件成功对２１ ２８８个ＳＳＲ位点设计引物。利用中国古老月季品种‘月月粉’（ＲｏＳＡ ｃｈＩｎｅｎＳＩＳ‘ｏｌｄ ｂｌｕＳｈ’）和园艺品种‘无刺光叶蔷薇’（ＲｏＳＡ ｗＩｃｈｕＲＩＡｎＡ‘ｂＡＳｙｅ’Ｓ ｔｈｏＲｎｌｅＳＳ’），随机选取３００对ＳＳＲ引物进行ｐｃＲ扩增，４０对引物获得清晰条带，扩增率为１３．３％，发现其中８个可转移的ＳＳＲ位点位于草莓基因组第六染色体６３ ．．．

【目的】从分子水平上对珍稀濒危药用植物大花杓兰根际土壤细菌群落多样性进行初步探讨。【方法】通过Illumina Miseq高通量测序技术对大花杓兰根际土壤细菌16S rRNA基因的V3V4高变区片段进行测序,而后进行生物信息学分析。【结果】共得到166,847条16S rRNA基因序列。基于≥97%的相似度水平,通过聚类共获得1549个可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)。大花杓兰根际土壤细菌在门、纲、目、科和属分类水平上的优势类群分别为变形菌门Proteob

【目的】探究不同地区魔芋根际土壤真菌群落多样性情况。【方法】通过Illumina Miseq高通量测序技术对昆明、南平、南阳地区魔芋根际土壤真菌群落的多样性进行高通量测序和比较分析。【结果】测序共获得3770个OTUs，平均长度231 bp，南阳地区样品的香农指数较高，辛普森指数较低，说明该样品的真菌群落多样性较高，南阳地区样品的Chao指数和ACE指数均高于其他两地区样品，说明南阳地区样品真菌群落丰富度较高。昆明地区样品真菌群落在属水平上共有13个真菌优势菌属，主要包含被孢霉属（Mortierella）20.13%、赤霉属（Gibberella）6.07%、截盘多孢霉属（Truncatella）3.91%、镰刀霉属（Fusarium）3.25%等。南平地区样品真菌群落在属水平上共有22个真菌优势菌属，主要包含赤霉属（Gibberella）17.77%、亡革菌属（Thanatephorus）7.79%、隐囊菌属（Aphanoascus）4.22%、节担菌属（Wallemia）3.96%等。南阳地区样品真菌群落在属水平上共有25个真菌优势菌属，主要包含Paraboeremia属6.46%、被孢霉属（Mortierella）5.26%、新赤壳属（Neocosmospora）3.68%、木霉属（Trichoderma）3.60%等。并且通过比较分析，发现赤霉属、木霉属真菌群落丰度在3组样品中存在显著性差异（P＜0.05）。【结论】与昆明和南平地区采集样品对比分析发现，南阳地区魔芋根际土壤真菌群落多样性和丰富度最高。种植年限对魔芋种魔芋根际土壤真菌群落多样性影响较大，而海拔高度和经纬度对其影响较小。

[目的]利用高通量测序技术对进口美国和澳大利亚的高粱种子真菌多样性进行分析,以期为筛查进口高粱携带真菌种类及检疫风险的评估提供科学依据。[方法]收集美国和澳大利亚的高粱种子24份,提取DNA,对ITS1区进行Illumina Hiseq高通量测序,通过真菌通用数据库(UNITE database)及自行构建的高粱病原真菌核心数据库,应用USEARCH 10.0软件对高通量测序数据进行生物信息学分析。[结果]质量控制后得到1 794 895条优化序列,聚类得到901个OTU(operational taxonomic units),测序已覆盖样品中绝大部分的真菌类群。多样性分析表明:2个国家的高粱种子携带的真菌数量相对稳定,但2个国家的高粱种子真菌群落结构差异显著,美国高粱主要真菌群落分布比澳大利亚均匀。2个国家进口高粱种子携带的真菌种类(属水平上)有:链格孢属、曲霉属、隐球菌属、附球菌属、镰刀菌属、戴维氏属、汉纳酵母属、球梗孢属、茎点霉属、耐干霉菌属、尾孢菌属、枝孢属、麦角菌属、旋孢腔菌属、刺盘孢属、弯孢霉属等。采用通用数据库有29个OTU比对到种水平;而采用高粱病原真菌核心数据库有47个OTU比对到种水平。[结论]通过高通量测序技术全面筛查进境高粱携带的病原真菌种类,一次性检出了多种重要的高粱病原真菌;并且构建高粱核心病原真菌数据库,可以显著提高鉴定到种的准确率,为快速筛查高粱病原真菌提供科学依据,为口岸科学评估进口高粱检疫风险提供技术支持。

【目的】比较温室大棚中患白粉病的草莓(DRZ)与健康草莓(HRZ)植株根际土壤原核生物(细菌和古菌)群落的多样性与结构差异。【方法】基于土壤原核生物16S rRNA基因V3～V4变异区通用引物序列,应用高通量测序技术进行比较分析。【结果】在97%的相似水平下2个样本共获得OTU个数为2631,涵盖了2域2界39门82纲161目326科600属的原核生物;与健康样本相比,患病土壤原核生物的OTU数目及多样性指数均较低;在门分类水平上,变形菌门、放线菌门、酸杆菌门和拟杆菌门均为2个样本的优势菌群,两者群落种类大致相同,但群落相对丰度均发生显著变化(P<0.01),其中假单胞菌属、链霉菌属和"norank类群"可能是潜在的拮抗菌类群,沃尔巴克氏体属和立克次体属可能是寄生于温室草莓白粉病传播媒介中的类群。【结论】阐明了温室中患白粉病草莓与健康草莓根际原核生物的多样性变化,并解释了病害发生和传播的原因及草莓食用的安全问题,对防控白粉病的发生和快速筛选草莓白粉病拮抗菌提供理论依据。

【目的】为获得白芷转录组序列信息,了解不同产地间白芷的差异表达基因情况。【方法】以白芷根为研究对象,采用Illumina HiSeq X Ten平台对不同产地白芷进行高通量转录组测序,并对其差异表达基因进行筛选和分析。【结果】川白芷产地间、亳白芷产地间及川白芷与亳白芷间的差异基因总数分别为2686、1704、11 549条,分别被GO富集注释11 038、434、5604条,差异基因的主要功能与细胞组成、细胞、细胞器、结合、催化活性、细胞过程及代谢过程有关。KEGG通路分类显示,差异表达基因被分为4大类,24个小类,所在通路主要与代谢过程相关。与白芷主要化学成分香豆素和挥发油合成相关的4-香豆酸连接酶、丙氨酸氨解酶、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶在川白芷中表达量升高,1-脱氧-D-木糖-5-磷酸合成酶、脱氢多萜醇焦磷酸合成酶在川白芷中表达量降低。【结论】通过转录组测序分析了不同产地白芷根基因差异表达状况,为白芷药材道地性品质的形成提供了理论依据。

运用高通量技术对杂交鳢进行转录本测序和数据分析,经拼接与组装,最终获得52 065条unigenes,长度范围201～12 407 bp,序列平均长度为710 bp。从长度分布、GC含量和基因表达量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量较好。进一步的数据分析,共鉴定出20 535个CDS,37 324个SNP位点和7 830个微卫星。用6大数据库Swiss–Prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO注释杂交鳢转录组unigenes,分别对应有20 955、28 938、19 339、14 052、19 358和18 635条unigenes获得注释。根据GO数据库的注释,可将这些unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共50亚类。KEGG代谢通路分析表明,这些unigenes参与了5大类30亚类共268个代谢通路,其中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,有1 716条。