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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈小红 张雪 刘家敏 李晶 林标声
以巨菌草根表、根表土壤和根围土壤为材料，采用高通量测序技术分析了各样本的固氮菌群组成，并测定其中主要固氮菌株的促生性能.结果表明，巨菌草根系存在丰富的固氮菌群，蓝藻菌门(Cyanobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)为主要门类，慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、科萨克氏菌属(Kosakonia)为核心属.从巨菌草根表、根表土壤和根围土壤中分别分离到4.5×10~5、4.0×10~4和5.4×10~3 CFU·g~(-1)的固氮菌，经SDS-PAGE全细胞蛋白电泳聚类分析将其分为7个类群；从中筛选得到2株具有良好促生性能的代表菌株，经16S rDNA鉴定分别将其确定为科萨克氏菌(Kosakonia radicincitans)和枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis).与对照组相比，所筛选的2株菌对水培玉米幼苗株高、根长、分根数及盆栽玉米幼苗株高均具有良好的促生作用.
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林标声 汪丽芳 宋昭昭 贾雨雷 林占熺
采用Ashby和Nfb无氮培养基从巨菌草成熟期根部分离得到1株具有高效固氮性能的内生固氮菌GN02,其在分离的菌落中所占比例最高,且酶活性较高.经16S rDNA序列鉴定,该菌株与克雷伯氏菌属各菌株同源性关系可达99%,结合其形态、生理生化特征,初步鉴定为变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola).在含氮源的KP培养基中菌株GN02的生长情况明显优于无氮源的Ashby培养基.菌株GN02在KP培养基中的最优培养条件为:温度37.1℃,pH 5.6,蔗糖25.6 g·L~(-1),在此条件下其D_(600 nm)能达到1.48,比优化前提高了22.31%.响应面优化所得到的培养条件重复性好,准确、可靠.
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林标声 吕正阳 罗茂春 何玉琴 林占熺
采用DNA电泳、qRT-PCR及Western blot技术分析了在无氮和含氮培养条件下,巨菌草内生固氮菌Klebsiella variicola GN02菌株nifH基因序列长度、基因与蛋白表达量的差异.结果表明,GN02菌株在无氮及含氮条件下均有nifH基因表达,其克隆得到的nifH基因与同属禾本科的甘蔗的nifH基因亲缘关系较近;无氮培养条件下nifH基因和蛋白表达量明显高于含氮条件下的表达量.表明无氮条件能诱导GN02菌株nifH基因表达量的增加,而氮源抑制nifH基因的表达.
[期刊] 华北农学报
[作者]
郑红丽 庞保平 樊明寿 刘双平
为了获得禾本科牧草羊草根际土壤固氮菌分布的基本情况及优势菌株,于羊草生长旺盛季节,在内蒙古锡林郭勒天然草地的羊草根际土壤、原土体以及羊草根内进行了固氮细菌的分离,并统计了数量分布。通过分离和筛选共获得14个固氮菌株,这些固氮菌的分布表现为离根系越近,土壤中固氮菌的数量越多。从14个固氮菌株中筛选出4个固氮能力相对较强的菌株,对其进行了形态观察以及碳源、pH值、温度等生长条件的研究,结果表明,在供试的碳源中,4个菌株能很好地利用蔗糖和葡萄糖,但不能利用纤维素;适宜生长的pH范围为7~8;适宜生长的温度范围为25~35℃,其中分离自原土体土壤的2个菌株耐受温度变化的能力相对较强。
关键词：
固氮细菌 分离 形态学特征 生长条件
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李曼 李巧琪 廖真 林标声 鲁国东 林占熺
【目的】检测5种芦竹属菌草绿洲成熟期根样本内生固氮菌的丰度及nifH基因的表达,为nifH基因的快速定量检测及实时监测提供技术手段。【方法】采用实时荧光定量PCR技术(Real-time quantitative reverse transcription PCR, qRT-PCR)分析根样本内生固氮菌nifH基因的拷贝数及相对表达量。【结果】5种芦竹属菌草成熟期根样本内生固氮菌nifH基因表达量及拷贝数均有较大的差异。其中,绿洲2号nifH基因相对表达量最高,呈过表达水平,且绿洲2号样本差异达显著水平(P
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
董萌 施龙清 解振兴 连玲 吴春珠 张居念 张数标 姜照伟
[目的]研究不同生育期水稻根系内生固氮菌的多样性,分离鉴定内生固氮菌并筛选具有促生作用的菌株,为水稻生产中固氮菌的应用提供理论依据。[方法]采用无氮培养基培养方法,从拔节期和抽穗期佳辐占根系中分离内生固氮菌,通过扩增16S rRNA方法进行分子鉴定和系统进化分析;采用透明圈法进行溶磷解钾能力验证;采用乙炔还原法测定固氮酶活性。将分离的内生固氮菌株单独接种盆栽水稻幼苗,测定其对株高、根长、鲜质量的影响;将内生固氮菌混合菌液接种水稻品种佳辐占和台粳8号,于齐穗期测定倒1、倒2和倒3叶片的叶绿素含量(SPAD值)。[结果]从拔节期和抽穗期水稻根系中分别分离出10和20株内生固氮菌,且两个时期水稻根系内生固氮菌群多样性存在差异,拔节期以克雷伯氏菌属为主,而抽穗期以假单胞菌属为主。筛选出7株具有溶解无机磷能力的菌株,分别是J3 J10、J23、H27、H30、H33和H37。乙炔还原法测定结果表明,分离的内生固氮菌均具有弱固氮活性,其中H33和H40-2菌株固氮能力相对较强。将固氮菌回接水稻幼苗,H40-2和J3菌株对水稻株高、地上鲜质量、根长均有显著影响,可促进水稻生长。将固氮菌混合回接水稻根系,发现佳辐占叶片叶绿素含量与对照差异不显著,而台粳8号显著提高。[结论]分离的内生固氮菌株H40-2和J3在水稻苗期具有明显促生作用,可作为功能性内生固氮菌开发利用。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张振荣 田云霞 董琼娥 谭海燕 张丽芳 冯德党 赖泳红 杨俊誉 苏代发 崔晓龙 童江云
【目的】了解昆明地区冬草莓主要栽培品种白粉病病原菌的种类和离体后病原菌种群的变化。【方法】2019年2-4月在昆明市草莓白粉病爆发区3个不同地点取样,基于Illumina MiSeq高通量测序,对昆明地区3个冬草莓主要栽培品种章姬、红颜、桃香的白粉病患病部位表面的真菌群落组成与结构进行了分析,并将离体白粉病样品在人工气候箱中培养,温度25℃,光强1500 lx,光照时间12 h·d~(-1),培养7 d,检测长出的真菌群落组成,进而对比两类样品真菌群落组成与结构的变化。【结果】6个样品的真菌群落组成与结构分析结果基本相同,即在属水平上进行真菌群落组成与结构分析均显示98.8%以上是叉丝单囊壳属Podosphaera。2个离体白粉病样品在灭菌培养皿内培养7 d后,HL(地点3的红颜白粉果实和叶片)样品上长出许多浅绿色的粉状霉菌,其真菌群落组与结构分析显示为Penicillium(88.80%)、Cladosporium(9.38%)、Acremonium(1.44%)、others(0.25%);而ZH(地点2的章姬果实和叶片)样品上长出许多黑色粉层的霉菌,真菌群落组成与结构为Aspergillus(86.87%)、Acremonium(4.11%)、Cladosporium(1.25%)、others(0.23%)。实验结果表明,样品培养之后真菌群落组成与结构发生了显著变化。【结论】昆明地区冬草莓栽培种的白粉病病原菌为叉丝单囊壳属Podosphaera,不同草莓品种和感染部位的白粉病病原菌相同,是首次报道中国西南地区草莓白粉病病原菌种类。草莓白粉病病原菌感病的部位离开母体植株后,感染部位表面很快生长出其他真菌菌落,原白粉病原菌不再是优势菌群,说明草莓白粉病病原菌是活体营养寄生菌。该病原菌还表现出侵染周期长、侵染不同品种的不同组织的特性。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王琦 李文涛 张沛东 张秀梅
为了解鳗草(Zostera marina)根际微生物的共生固氮功能,并分离得到对海草有潜在促生效果的功能微生物,以山东荣城天鹅湖鳗草为研究对象,采用选择性固氮培养基从其根际分离得到了两株具较高固氮酶活性的菌株(3A和4G),从形态学、生理生化特性、16S rDNA和固氮基因nifH等方面对菌株进行筛选和鉴定,探讨菌株的最佳培养条件并获得了菌株典型生长曲线。结果表明,菌株3A为海旋菌(Thalassospira),革兰氏阳性菌,菌落圆形桔黄色,可利用的碳源:D-甘露糖,D-松三糖,L-鼠李糖等,最佳培养条件
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈瑞 杨德强 赵长林
【目的】揭示天麻种植土壤真菌群落组成结构，天麻种植前后土壤真菌群落结构的变化及种完天麻种方竹后土壤真菌群落结构的变化，为研究天麻根际土壤微生态提供理论依据并为解决天麻连作障碍提供技术支持。【方法】基于高通量测序方法对采集的3组土样（原壤charlle 001、一麻壤charlle 002、方竹壤charlle 006）进行基因组DNA提取，PCR扩增，产物检测、纯化和定量，建库测序，数据分析，物种组成多样性分析及差异分析。【结果】3组土样中真菌主要类群为Ascomycota、Basidiomycota和Mortierellomycota三门真菌，其中Ascomycota真菌丰度普遍最大；3组样本特有真菌OTU：一麻壤>方竹壤>原壤；种水平下分析原壤charlle 001中主要优势真菌为Clitocybe sp.、Solicoccozyma sp.和Spirosphaera sp.，一麻壤charlle 002中主要优势真菌为Clavulinopsis sp.和Rosellinia sp.，方竹壤charlle 006中主要优势真菌为Trichoderma sp.；Clavulinopsis和Rosellinia在一麻壤charllle002中丰度极大在charllle001和charllle006中丰度极小；charlle001和charlle002组间真菌Mortierella相对丰度差异显著，charlle001和charlle006组间真菌Penicillium相对丰度差异显著；charlle002和charlle006组间物种差异Penicillium相对丰度差异显著。种植收获一茬天麻后土壤中真菌种类数量递增，群落结构发生变化，一麻壤中真菌ASV、特有真菌数目明显增大；一麻壤种植方竹后木霉菌显著增多；Clavulinopsis和Rosellinia部分真菌易引起天麻病害，而方壤中Trichoderma多用于病原菌生物防治。【结论】天麻不同种植土壤的真菌群落结构不同，种过一年天麻后土壤中病原菌增多，再种植方竹呈现修复作用，但具体修复机制还有待后续深入研究。
关键词：
高通量测序 物种丰度 天麻土壤 连作障碍
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨光柱 黄文静 郑丽萍 何英云 张宴 孔宝华 李云国 赵升文 王顺富 李坤明 赵丛艳 李帆 马钧
【目的】揭示苹果感染根腐病后,根际土壤细菌群落结构、多样性变化。【方法】分别对感染根腐病和健康苹果植株根际土壤中细菌的16S rRNA基因V3～V4区进行扩增,并利用Illumina Hiseq高通量测序技术进行测序,分析苹果根腐病病株和健株根际土壤细菌物种组成及多样性。【结果】健康、患病苹果根际土壤共获得2526个OTU,主要分为31个门、70个纲、284个科、533个属,其中患病土壤特有260个OTU,健康土样特有103个OTU。α多样性分析显示,患病土壤中细菌多样性显著高于健康土壤。健康土样中,Actinobacteria的相对丰度显著高于患病土样,Acidobacteria显著低于患病土样。苹果根际土壤中,存在Pseudomonas、Bacillus、Arthrobacter、Erwinia、Flavobacterium、Rhizobium、Serratia和Microbacterium等促生微生物,健康土样中,有益菌Arthrobacter的相对丰度显著高于患病土样。【结论】苹果感染根腐病后,根际土壤细菌的物种多样性、群落多样性显著升高。放线菌门和酸杆菌门的平衡,可能对苹果根际土壤的健康有重要作用。苹果根际土壤中,存在大量的潜在植物促生细菌,是将来筛选土著生防菌的潜在资源。
关键词：
根腐病 苹果 根际土壤 多样性
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
董胜奇 王格 张涛 葛向阳
为了揭示豆粕发酵过程真菌群落的变化情况,为发酵豆粕的稳定性和安全性评价提供依据,采用MiSeq高通量测序技术分别检测2批发酵豆粕在0、24、48h时的真菌群落组成。结果表明:酵母菌属(Saccharomyces)是2批发酵豆粕在24h和48h时共有的唯一优势真菌属(相对丰度≥1%),它在发酵0h时相对丰度均值不足1%,但在发酵24h时的相对丰度均值为98.30%,48h时的相对丰度均值为89.56%。并且在发酵豆粕中检测不到有害真菌,证明发酵豆粕具有很好的安全性。2批发酵豆粕在3个时间点的真菌群落变化具有相似性,酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)的相对丰度先不断上升,然后维持在较高水平。在发酵过程中酿酒酵母不断消耗、钝化豆粕中的抗营养因子,并产生多种有益代谢产物,提高了发酵豆粕的品质。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李传海 尚健 聂文芳 李立峰 曹慧
[目的]研究家鸽粪便细菌群落组成与结构特征,明确鸽粪中病原微生物主要类群,探究鸽粪微生物多样性与环境风险之间的关系。[方法]以规模化养殖场家鸽粪便为试验材料,采用Illumina Mi Seq高通量测序方法分析了3个养殖场鸽粪(HP、WB和HH)细菌16S rDNA(V3V4)多样性及其环境意义。[结果]3个鸽粪样品共获得大约12万条有效序列,在Cutoff值为0.03水平上进行可操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)归类,HP、WB、HH分别有4 215、3 672
关键词：
鸽粪 高通量测序 细菌多样性 致病性细菌
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘荣昌 李凤汀 郝正然 汪文燕 杨则瑗 张春莉
在自然条件下,小麦接种联合固氮菌(土生克雷伯氏菌)43菌株、获得了显著增产效果.本研究结果表明.其增产的主要原因是菌株与小麦根系结合.在根毛细胞、表皮细胞、皮层细胞的间隙及输导组织中存在大量的菌体细胞.在小麦抽穗期固氮酶活性达到148.8n mol C_2H_4株~(-1)h(-1),~(15)N稀释法测定固氮量占植株总氮量的15.3%～22.1%.由于菌株产酸,在砂培条件下,速效磷增加16.1%～39.7%.提高了植株磷素营养水平.同时菌株代谢物中存在生长素、赤霉素和细胞分裂素,可刺激植株生长发育.显然,小麦接种43菌株增产是因菌株固氮、解磷和产生多种激素综合作用的结果.
关键词：
小麦 联合固氮 土生克雷伯氏菌 产量
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张剑 侯晓强 付亚娟
【目的】从分子水平上对珍稀濒危药用植物大花杓兰根际土壤细菌群落多样性进行初步探讨。【方法】通过Illumina Miseq高通量测序技术对大花杓兰根际土壤细菌16S rRNA基因的V3V4高变区片段进行测序,而后进行生物信息学分析。【结果】共得到166,847条16S rRNA基因序列。基于≥97%的相似度水平,通过聚类共获得1549个可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)。大花杓兰根际土壤细菌在门、纲、目、科和属分类水平上的优势类群分别为变形菌门Proteob
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王佰涛 杨文玲 雷高 李珊珊 刘德海
【目的】探究不同地区魔芋根际土壤真菌群落多样性情况。【方法】通过Illumina Miseq高通量测序技术对昆明、南平、南阳地区魔芋根际土壤真菌群落的多样性进行高通量测序和比较分析。【结果】测序共获得3770个OTUs，平均长度231 bp，南阳地区样品的香农指数较高，辛普森指数较低，说明该样品的真菌群落多样性较高，南阳地区样品的Chao指数和ACE指数均高于其他两地区样品，说明南阳地区样品真菌群落丰富度较高。昆明地区样品真菌群落在属水平上共有13个真菌优势菌属，主要包含被孢霉属（Mortierella）20.13%、赤霉属（Gibberella）6.07%、截盘多孢霉属（Truncatella）3.91%、镰刀霉属（Fusarium）3.25%等。南平地区样品真菌群落在属水平上共有22个真菌优势菌属，主要包含赤霉属（Gibberella）17.77%、亡革菌属（Thanatephorus）7.79%、隐囊菌属（Aphanoascus）4.22%、节担菌属（Wallemia）3.96%等。南阳地区样品真菌群落在属水平上共有25个真菌优势菌属，主要包含Paraboeremia属6.46%、被孢霉属（Mortierella）5.26%、新赤壳属（Neocosmospora）3.68%、木霉属（Trichoderma）3.60%等。并且通过比较分析，发现赤霉属、木霉属真菌群落丰度在3组样品中存在显著性差异（P＜0.05）。【结论】与昆明和南平地区采集样品对比分析发现，南阳地区魔芋根际土壤真菌群落多样性和丰富度最高。种植年限对魔芋种魔芋根际土壤真菌群落多样性影响较大，而海拔高度和经纬度对其影响较小。
关键词：
魔芋 真菌群落 高通量测序 多样性分析
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