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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘敏 王祖华 峥嵘
【目的】研究柄扁桃(Prunus pedunculata)根围丛枝菌根真菌(arbuscular mycorrhizal fungi,AMF)群落组成的季节动态变化,为柄扁桃天然林的保护和恢复提供理论依据。【方法】以春季(5月)、夏季(7月)和秋季(10月)采集的27个柄扁桃根围土壤样本为研究对象,利用AMV4.5NF/AMDGR引物扩增核糖体小亚基(SSU)rDNA特定片段,Illumina MiSeq测序研究AMF群落,分析其组成和多样性的季节差异,并测定土壤理化性质,调查植物群落和植被盖度,利用冗余分析探究季节、植被和土壤因子对AMF群落的影响。【结果】从柄扁桃根围土壤中共检测到153个AMF操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU),其中春季和秋季AMF丰富度显著高于夏季,春季与秋季间不存在显著差异,Shannon多样性、Simpson多样性和Pielou均匀度指数在季节间不存在显著差异。春季与夏季、夏季与秋季间AMF群落组成存在显著差异,但在春季和秋季间差异不显著。从特有和指示AMF OTU数目来看,夏季最多,春季次之,秋季最少。季节差异会影响特定AMF类群,但不会显著影响AMF丰富度和多样性。AMF丰富度与土壤速效磷和土壤含水量呈极显著负相关;AMF多样性与土壤速效氮、速效磷和土壤含水量呈显著负相关,与植物多样性呈极显著正相关。【结论】柄扁桃根围土壤中AMF丰富度及群落组成呈季节性动态变化,且这种变化可能主要受土壤和植被因子季节变化的影响。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
春蕾 峥嵘
【目的】研究柄扁桃根围土丛枝菌根真菌(arbuscular mycorrhizal fungi,AMF)的季节动态变化规律以及AMF群落组成与土壤因子之间的相关性,为内蒙古大青山干旱生态系统的保护及应用菌根生物技术培育濒危植物柄扁桃苗木提供理论依据。【方法】以内蒙古大青山干旱阳坡柄扁桃(Amygdalus pedunculata Pall.)根围土为研究对象,采用湿筛倾析-蔗糖离心法分离根围土中的丛枝菌根真菌(AMF)孢子,用形态学方法进行鉴定与分类,并分析AMF群落的多样性,测定土壤全磷、全氮、全钾、有
[期刊] 西南农业学报
[作者]
汤涤洛 涂修亮 付聪 熊伟 汪红武
【目的】研究不同根型苎麻根际土壤微生物群落结构对了解苎麻与微生物的互作关系具有重要意义。【方法】本研究通过Illumina Miseq测序平台分析了种植不同苎麻的根际土壤的真菌群落结构。【结果】不同根型苎麻的根际土壤真菌组成相似,但是种植苎麻的根际与自然休闲处理(对照)土壤真菌群落存在差异。根际土壤真菌的OUT数量及群落多样性指数表现为CK(自然休闲处理)> R3(中根型)> R2(浅根型)> R1(深根型)。苎麻的根际土壤真菌在门水平包括担子菌门、子囊菌门、壶菌门、接合菌门,其中担子菌门为第一优势门。在属水平丰度较高的有木耳属、梨孢霉属、斜盖伞属。【结论】不同根型苎麻对根际定殖的真菌类群存在选择性,并影响植物与微生物的互作关系。
[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
李斌
长柄扁桃(Amygdalus pedunculata)是我国西北干旱、半干旱地区特有的木本油料资源植物,具有抗寒耐旱、防风固沙等优良特性,花色艳丽,观赏性强,具有较高的生态及经济价值,在改善区域生态环境和促进地方经济发展中具有重要作用。当前,长柄扁桃的苗木生产以播种繁殖为主,然而,该种繁殖方式存在后代性状分化等问题,此外,长柄扁桃自然条件下结实率低、优良种源采集困难,导致播种繁殖不能满足长柄扁桃产业发展要求。为实现对长柄扁桃优良无性系种源的保存和规模化种植,本研究以长柄扁桃当年生半木质化嫩枝为试验材料,通
关键词：
长柄扁桃 嫩枝 扦插 全光喷雾 生根机理
[期刊] 西南农业学报
[作者]
唐运萍 宋艳秋 刘卫红 伏蓉 孙蕊仙 司华新 杨礼莲 隋世燕
【目的】了解滇龙胆根际土壤微生物群落结构，为充分利用微生物资源，培育品质优良的滇龙胆提供科学有效的理论依据。【方法】利用高通量测序技术比较分析不同产地滇龙胆根际土壤微生物的多样性和群落结构差异，并结合土壤理化性质含量，分析阐明滇龙胆根际土壤微生物群落丰度变化与土壤养分含量间的相关性。【结果】不同地区滇龙胆根际土壤微生物的多样性和丰富度存在差异，其中以样品BS2的Chao1、Ace、Shannon指数最大。群落组成分析发现，细菌域微生物分属于136门86纲188目409科1793属，其中样品DL2、LC的优势菌门为变形菌门，相对丰度分别为64.74%、56%；样品DL1、BS1、BS2、GZ的优势菌门为酸杆菌门，相对丰度分别为42.02%、24.4%、41.44%、71.3%。真菌分属于5门28纲63目124科181属，其中样品BS2的优势菌门为担子菌门（42.65%），其余5个样品优势菌门均为子囊菌门（48.5%～88.92%）。经根际微生物与土壤理化性质的相关性分析发现，土壤pH与链霉菌属的相对丰度呈显著正相关，与Candidatus-Sulfotelmatobacter呈极显著负相关；有机质含量与Edaphobacter、Granulicella的相对丰度呈显著正相关；水解性氮、有效磷、速效钾等土壤养分与罗河杆菌属的相对丰度呈显著或极显著正相关。【结论】产地因素对滇龙胆根际土壤微生物多样性及群落结构有一定的影响。综合比较，样品BS2根际土壤微生物的丰富度和多样性最高。变形菌门、酸杆菌门、放线菌门和绿弯菌门是各样品中均存在的优势细菌，而子囊菌门和担子菌门为优势真菌群落。
[期刊] 华北农学报
[作者]
姜伟 白红梅 薛国萍 杜金伟 高婧 李杰 慕宗杰 胡玉珍 宋庆成
为了揭示设施连作不同果类菜根际土壤细菌群落结构和多样性变化,采用Illumina MiSeq测序平台进行细菌16S rRNA高通量测序分析,研究设施连作5 a的番茄、黄瓜、辣椒和茄子之间的根际土壤和露地土壤细菌群落结构和多样性差异,探讨设施连作的不同作物对土壤细菌群落结构和多样性的影响。结果表明:设施连作土壤中细菌多样性丰富,包括44个门、150个纲、364个目、575个科和1 046个属,其中变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、放线菌门、拟杆菌门和芽单胞菌门是土壤样品中细菌物种丰富度较高的6个门类,占所有细菌群落总数为露地84.56%、番茄83.02%、黄瓜82.21%、辣椒80.67%、茄子79.25%,4种作物根际土壤优势菌门丰富度占比均有显著差异并低于露地土壤;其中连作黄瓜变形菌门最高,放线菌门最低,分别占所有细菌群落总数31.53%,4.95%,根际土壤有益菌群高于其他果类菜和露地;连作番茄变形菌门丰度最高,酸杆菌门丰度最低,分别占所有细菌群落总数23.56%,5.16%,相对土壤质量最差。4种不同连作果类菜之间根系土壤细菌群落多样性均没有显著性差异,与露地相比连作黄瓜细菌群落多样性有显著性差异,表明不同果类菜根际土壤微生物多样性没有显著差异。为设施连作在内的许多农作物领域提供参考和可持续种植提供理论基础。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
黄思娟 黄崇银 曹俊杰 王永 刘兆颖
为研究饲喂钩吻对仔猪肾脏的影响,将10头健康雄性去势二元杂种(长白猪×大白猪)断奶仔猪,随机分为对照组和给药组,每组5只.对照组仔猪饲喂不含抗菌药物的全价日粮,给药组仔猪饲喂不含抗菌药物的全价日粮+2%钩吻全草粉末,连续饲喂45 d后,分别采集两组猪的肾组织,对其进行高通量测序,并对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分类及京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库分析.结果显示,两组肾脏中共有301个差异表达基因.与对照组相比,给药组有180个基因显著下调,121个基因显著上调,其中与代谢、转运相关的基因,如溶质载体家族2成员13(SLC2A13)、溶质载体家族35成员5(SLC35A5)、含黄素单氧化酶2(FMO2)、醛氧化酶1(AOX1)等出现显著下调(P<0.05).荧光定量PCR对差异表达基因进行验证,其结果与转录组学结果基本一致.表明饲喂钩吻对仔猪肾脏的物质转运和药物代谢有一定影响.
关键词：
高通量测序 钩吻 猪 肾脏
[期刊] 华北农学报
[作者]
董艳辉 于宇凤 温鑫 王亦学 聂园军 侯丽媛 李亚莉 刘江 任元 王育川 曹秋芬 吴慎杰 王斌 秦永军
为了揭示连作藜麦土壤细菌群落结构和多样性的变化,采用高通量测序技术(Illumina-MiSeq)对不同处理(种植1 a、种植2 a)的连作藜麦根际土壤细菌进行16S rRNA基因V4区测序。结果表明,种植1 a较种植2 a的藜麦根际土壤细菌群落丰度和多样性指数都要高,其中,种植1 a较种植2 a的藜麦Chao1指数平均值增加16.4%,ACE指数平均值增加22.9%,Shannon指数平均值增加2.3%;菌群的分类学组成分析结果表明,重茬种植后,伦茨氏菌属、溶杆菌属、中慢生根瘤菌属、丛毛单菌属多样性增多;分枝杆菌属、藤黄单胞菌属、芽单胞菌属、浮霉状菌属等细菌多样性减少。功能预测分析表明,重茬种植后,编码细胞膜转运的功能基因、编码翻译、复制和修复的功能基因、编码外源性物质降解和代谢、多糖生物合成和代谢的功能基因大量减少,编码核苷酸代谢、萜类化合物的代谢、辅因子和维生素的代谢等功能基因少量减少;而编码信号转导和脂类代谢的功能基因有少量增加。
[期刊] 林业科学
[作者]
邓敏捷 董焱鹏 赵振利 张晓申 范国强
利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa对泡桐进行转录组测序和数据denovo组装,并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析。结果表明,N50值为2278bp、平均长度为1410bp的泡桐unigene共有188019条,将其与NCBI的Nr和Swiss-Prot数据库比对后发现,分别有120808条和85880条unigene与其他物种的基因具有同源性。利用COG数据库可将有关的41914条泡桐unigene分成25类,KEGG数据库分析发现共有43553个unigene参与215种代谢通路。找到与木质素合成相关的泡桐unigene。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
梅楚刚 王洪程 昝林森 成功 李安宁 赵春平 王洪宝
动物基因组学研究是进行动物遗传资源保护和利用以及分子育种的一项重要基础工作，高通量测序技术的出现为动物基因组学研究带来了革命性飞跃。文章对基于高通量测序技术的动物基因组从头测序、重测序、简化基因组测序等基因组学研究进行了综述，总结了相关的生物信息分析内容，并对不同分析工具及方法进行了比较分析。最后，讨论了当前高通量测序技术存在的问题，对该技术未来发展方向进行了展望。
关键词：
高通量测序 动物基因组 数据处理
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张剑 侯晓强 付亚娟
【目的】从分子水平上对珍稀濒危药用植物大花杓兰根际土壤细菌群落多样性进行初步探讨。【方法】通过Illumina Miseq高通量测序技术对大花杓兰根际土壤细菌16S rRNA基因的V3V4高变区片段进行测序,而后进行生物信息学分析。【结果】共得到166,847条16S rRNA基因序列。基于≥97%的相似度水平,通过聚类共获得1549个可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)。大花杓兰根际土壤细菌在门、纲、目、科和属分类水平上的优势类群分别为变形菌门Proteob
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王佰涛 杨文玲 雷高 李珊珊 刘德海
【目的】探究不同地区魔芋根际土壤真菌群落多样性情况。【方法】通过Illumina Miseq高通量测序技术对昆明、南平、南阳地区魔芋根际土壤真菌群落的多样性进行高通量测序和比较分析。【结果】测序共获得3770个OTUs，平均长度231 bp，南阳地区样品的香农指数较高，辛普森指数较低，说明该样品的真菌群落多样性较高，南阳地区样品的Chao指数和ACE指数均高于其他两地区样品，说明南阳地区样品真菌群落丰富度较高。昆明地区样品真菌群落在属水平上共有13个真菌优势菌属，主要包含被孢霉属（Mortierella）20.13%、赤霉属（Gibberella）6.07%、截盘多孢霉属（Truncatella）3.91%、镰刀霉属（Fusarium）3.25%等。南平地区样品真菌群落在属水平上共有22个真菌优势菌属，主要包含赤霉属（Gibberella）17.77%、亡革菌属（Thanatephorus）7.79%、隐囊菌属（Aphanoascus）4.22%、节担菌属（Wallemia）3.96%等。南阳地区样品真菌群落在属水平上共有25个真菌优势菌属，主要包含Paraboeremia属6.46%、被孢霉属（Mortierella）5.26%、新赤壳属（Neocosmospora）3.68%、木霉属（Trichoderma）3.60%等。并且通过比较分析，发现赤霉属、木霉属真菌群落丰度在3组样品中存在显著性差异（P＜0.05）。【结论】与昆明和南平地区采集样品对比分析发现，南阳地区魔芋根际土壤真菌群落多样性和丰富度最高。种植年限对魔芋种魔芋根际土壤真菌群落多样性影响较大，而海拔高度和经纬度对其影响较小。
关键词：
魔芋 真菌群落 高通量测序 多样性分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
罗树伟 郭春会 张国庆 张应龙
【目的】研究长柄扁桃的光合能力,为长柄扁桃资源的利用及大面积栽植提供理论参考。【方法】以不同树龄的毛乌素沙漠长柄扁桃为研究对象,利用Li-6400光合作用测定仪,在长柄扁桃野生种质资源地进行其光合生理生态特性及影响因子研究。【结果】①长柄扁桃叶片净光合速率(Pn)的日变化呈双峰型曲线,主峰值在12:00且具有明显"午休"现象。②长柄扁桃幼龄树生态因子日变化幅度较大,2年生长柄扁桃叶片Pn峰值提前。③在长柄扁桃叶片Pn影响因子中,气孔导度(Gs)、蒸腾速率(Tr)、光合有效辐射(PAR)作用呈显著直接正效应。④在导致光合"午休"的原因中,气孔限制因素占主导地位,各生态因子间存在显著相关性。⑤长柄...
关键词：
长柄扁桃 净光合速率 光响应 CO2响应
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李秋桦 夏体渊 任禛 裴妍 尹敏 陈泽斌 唐佐芯 字学庆
【目的】探究三七不同部位内生细菌群落多样性。【方法】采用高通量测序技术对三七内生细菌16S rRNA基因V5～V7区进行序列测定,并对三七不同部位内生细菌多样性进行生物信息学分析。【结果】在三七的根、茎和叶中分别获得了385、206和226个OTU,3个部位中相同的OTU数为167个,占比19.04%。归类物种分类结果表明,叶部内生细菌种类归属于16门27纲74目134科222属,优势属为Cutibacterium和劳尔氏菌属(Ralstonia),分别占28.70%和14.57%;茎部内生细菌种类归属于12门20纲58目108科178属,优势属为假单胞菌属(Pseudomonas),占45.50%;根部内生细菌种类归属于19门24纲75目137科202属,优势属为Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia和埃希氏-志贺菌属(Escherichia-Shigella),分别占24.78%和21.94%。从整体结果看,根部物种的丰度高于茎部和叶部。【结论】三七不同部位的内生细菌含有丰富的群落多样性,但不同部位的丰度不同,整体表现为根>叶>茎,且各部位的优势属并不相同,部分优势属细菌具有一定的功能作用,可进一步的开发利用。通过对三七不同部位内生细菌多样性进行研究,为后续筛选生防菌株奠定基础。
关键词：
三七 多样性 内生细菌 高通量测序
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张灿灿 张丹丹 王志强 罗福广 文衍红 蒋明 李艳和
以养殖的铜锈环棱螺(Bellamya aeruginosa)为研究对象，采用镜检和高通量测序技术分析其胃含物情况。结果显示：铜锈环棱螺的摄食率为86.87%,其胃含物以浮游植物和碎屑为主，其中胃内主要的食物成分是小球藻(Chlorella)和裸藻(Euglena),后肠中则以隐藻和颤藻为主；铜锈环棱螺胃内微生物菌群主要由变形菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门等23门和盐单胞菌属(Halomonas)、乳球菌属(Lactococcus)、肉杆菌属(Carnobacterium)等88属组成，其中真菌类群主要由子囊菌门、担子菌门等5门和马拉色氏霉菌属(Malassezia)、曲霉菌属(Aspergillus)、被孢霉属(Mortierella)等50属组成。研究结果可为铜锈环棱螺饵料生物学和生态食物网研究提供基础资料，为开展其人工养殖提供基础生物学基础。
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