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[期刊] 淡水渔业
[作者]
张灿灿 张丹丹 王志强 罗福广 文衍红 蒋明 李艳和
以养殖的铜锈环棱螺(Bellamya aeruginosa)为研究对象，采用镜检和高通量测序技术分析其胃含物情况。结果显示：铜锈环棱螺的摄食率为86.87%,其胃含物以浮游植物和碎屑为主，其中胃内主要的食物成分是小球藻(Chlorella)和裸藻(Euglena),后肠中则以隐藻和颤藻为主；铜锈环棱螺胃内微生物菌群主要由变形菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门等23门和盐单胞菌属(Halomonas)、乳球菌属(Lactococcus)、肉杆菌属(Carnobacterium)等88属组成，其中真菌类群主要由子囊菌门、担子菌门等5门和马拉色氏霉菌属(Malassezia)、曲霉菌属(Aspergillus)、被孢霉属(Mortierella)等50属组成。研究结果可为铜锈环棱螺饵料生物学和生态食物网研究提供基础资料，为开展其人工养殖提供基础生物学基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙陆宇 温晓蔓 禹娜 陈立侨
利用室内模拟实验研究了环境因子(温度和盐度)对中华圆田螺(Cipangopaludina cathayensis)和铜锈环棱螺(Bellamya aeruginosa)标准代谢的影响。结果表明,在10~35℃范围内,两种螺的耗氧率、CO2排放率和排氨率均随温度的升高而升高,至30℃达到最大值。从Q10值来看,铜锈环棱螺的代谢水平对水温的响应较中华圆田螺更为敏感。呼吸熵和氧氮比结果表明,25℃时两种螺体内的蛋白质消耗最少,由此初步判断二者的最适温度在25℃左右。盐度升高至1.8时两种螺的耗氧率等代谢指标显著提高,同时二者对温度变化的敏感性降低。但从动物呼吸熵和氧氮比的测定结果来看,该盐度下机体仍...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
朱苗骏 柏如法 张彤晴 周刚 朱清顺
在平均水温为 14 8℃、同一鱼池底质的条件下 ,用自来水、养鱼池水作为实验用水进行铜锈环棱螺改善水质的研究 ,结果 :投放 1kg/m2 铜锈环棱螺 (Bellamyaaeruginosa) ,两水体中的铵盐、硝酸盐、亚硝酸盐、化学耗氧量的去除率分别为 :11 2 3%、 33 32 % ;5 0 %、 5 8 33% ;39 79%、 32 2 6 % ;17 14 %、2 4 2 4 % ;投放 2kg/m2 铜锈环棱螺的去除率分别为 :7 82 %、 2 8 38% ;6 5 %、 80 % ;83 5 4 %、 6 0 98% ;17 77%、 30 88%。实验表明 :在...
关键词：
铜锈环棱螺 密度 水体环境 影响效果
[期刊] 长江流域资源与环境
[作者]
苏溪阳 张敏 于晨 李超 徐军
气候变暖已成为近几十年研究的热点，但是有关温度升高对螺类形态变化的研究还为数不多。利用中型室外模拟控制系统（ＭｅｓｏｃｏｓＭ）模拟百年之后长江中下游地区浅水湖泊水生态系统，实验设置对照组与升温组两个处理，以此探求水体温度升高对铜锈环棱螺（ＢｅｌｌａＭｙａ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）形态的影响。应用几何形态测量学得到铜锈环棱螺壳高、壳宽、轮廓面积与周长４个形态参数，并分别与质量进行回归分析。通过协方差分析比较两种处理回归方程的差异，发现螺类周长随温度升高发生显著变化，同时升温增加了螺类春季个体增补数量。升温对于螺类形态变化影响体现在以下３方面：升温显著增加了铜锈环棱螺的密度，加剧了种群个体间竞争，促．．．
[期刊] 长江流域资源与环境
[作者]
邓可伟 蒋豫 李颖 宋翠萍 邹亮华 龚志军 蔡永久 鲁顺保
对太湖流域6个水系铜锈环棱螺腹足肌肉团Cu、Zn、Pb、Cr、Cd、As、Hg富集量进行分析，运用单因子污染指数法评价其受污染程度，并分别采用平均每周/每月摄入量法和目标危害系数法(THQ)对其膳食风险进行评估，旨在为居民铜锈环棱螺消费安全提供参考。结果表明，洮滆水系的Cu、Zn、Pb、Cr元素富集量平均值最高，分别为112.108、248.625、4.422、7.791 mg/kg,苕溪水系Cd、As、Hg元素富集量平均值最高，分别为0.290、2.943、0.059 mg/kg。THQ评价结果显示各水系铜锈环棱螺除了As外无单一重金属潜在健康风险，但多种重金属复合暴露的健康风险(TTHQ)结果显示各水系铜锈环棱螺重金属TTHQ值均大于1,As的贡献率均超过80%,表明居民长期食用环棱螺具有重金属复合暴露健康风险及As单一重金属潜在健康风险，重金属复合暴露风险来源于As元素的污染。五个水系潜在重金属复合暴露风险排序为：洮滆水系>苕溪水系>沿江水系>黄浦江水系>杭州湾-长江口水系。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李凤雪 杜美荣 高亚平 王军威 张义涛 张志新 蒋增杰
滤食性贝类的食物来源广泛，包括浮游植物、有机碎屑、浮游动物等。为了更加细致地甄别滤食性贝类的食物组成，于2019年8月，以北方规模化典型养殖海湾——桑沟湾养殖的长牡蛎(Crassostrea gigas)为研究对象，运用Illumina高通量测序技术对长牡蛎的胃含物及所处养殖水体中的真核生物进行分析研究。结果显示，扩增18S rDNA V4区平均得到111359个有效序列短片段，在97%相似性水平上划分OTUs (Operat ional taxonomic units)，聚类后得到239个类别。其中，长牡蛎胃含物中的真核生物分属于34个门：绿藻门(Chlorophyta)、甲藻门(Pyrrophyta)、链形植物(Streptophyta)、硅藻门(Bacillariophyta)和原生动物(Protozoa)等为主要类群；所处养殖水体中的真核生物分属于37个门：绿藻门、脊索动物门(Chordata)、节肢动物门(Arthropoda)、甲藻门和硅藻门等为其主要类群。分析结果表明，浮游植物是长牡蛎的主要食物来源，链型植物和原生动物也有一定的贡献，分别占总食物贡献量的10.43%和4.11%。研究结果为深入认识滤食性贝类的摄食生态学及其在养殖生态系统物质循环和能量流动中发挥的作用提供了数据支撑。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
周密密 周欣 孙民琴 李彬 吴翠萍 蔡磊
[目的]利用高通量测序技术对进口美国和澳大利亚的高粱种子真菌多样性进行分析,以期为筛查进口高粱携带真菌种类及检疫风险的评估提供科学依据。[方法]收集美国和澳大利亚的高粱种子24份,提取DNA,对ITS1区进行Illumina Hiseq高通量测序,通过真菌通用数据库(UNITE database)及自行构建的高粱病原真菌核心数据库,应用USEARCH 10.0软件对高通量测序数据进行生物信息学分析。[结果]质量控制后得到1 794 895条优化序列,聚类得到901个OTU(operational taxonomic units),测序已覆盖样品中绝大部分的真菌类群。多样性分析表明:2个国家的高粱种子携带的真菌数量相对稳定,但2个国家的高粱种子真菌群落结构差异显著,美国高粱主要真菌群落分布比澳大利亚均匀。2个国家进口高粱种子携带的真菌种类(属水平上)有:链格孢属、曲霉属、隐球菌属、附球菌属、镰刀菌属、戴维氏属、汉纳酵母属、球梗孢属、茎点霉属、耐干霉菌属、尾孢菌属、枝孢属、麦角菌属、旋孢腔菌属、刺盘孢属、弯孢霉属等。采用通用数据库有29个OTU比对到种水平;而采用高粱病原真菌核心数据库有47个OTU比对到种水平。[结论]通过高通量测序技术全面筛查进境高粱携带的病原真菌种类,一次性检出了多种重要的高粱病原真菌;并且构建高粱核心病原真菌数据库,可以显著提高鉴定到种的准确率,为快速筛查高粱病原真菌提供科学依据,为口岸科学评估进口高粱检疫风险提供技术支持。
关键词：
高通量测序 进境高粱 真菌 多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
董章辉 朱青竹 赵丽芬 眭书祥 李增书 张艳丽 王虎 郭永召 姚则羊 赵国忠
棉花中miRNA的数量仍较少,miRNA在棉花早熟发育中的作用有待证明和揭示。为丰富棉花中miRNA的数量,同时,为揭示miRNA在早熟棉发育中的作用,以早熟棉花品种石早1和中熟棉花品种冀棉958为材料,利用高通量测序技术构建了2个小RNA文库,鉴定新的miRNA,比较早熟棉花和中熟棉花中miRNA表达的差异、特点。结果共鉴定到131个miRNA,包括41个不同家族的64个已知miRNA和67个新的miRNA;新miRNA中,54个miRNA属于已知miRNA家族,13个miRNA属于新的miRNA家族。比较2个品种中miRNA表达的差异,共发现39个miRNA在2个品种中的表达差异超过2倍,占总miRNA数的29. 8%,主要为中低量表达的miRNA。15个高表达miRNA中,只有miR398家族的ghr_21在2个品种中的表达差异超过2倍(达到3. 4倍);比较相同家族的不同miRNA在两品种中的表达差异,发现相同家族的miRNA在2个品种中表达差异可以不同,推测有不同的生物学功能。揭示了miRNA在早熟棉发育过程中,对其早熟性具有重要作用,为进一步研究miRNA在棉花早熟性调控中的作用提供依据。
关键词：
棉花 miRNA 高通量测序 早熟
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴萍 王晓宇 李青苗 郭俊霞 张松林 方清茂
【目的】为获得白芷转录组序列信息,了解不同产地间白芷的差异表达基因情况。【方法】以白芷根为研究对象,采用Illumina HiSeq X Ten平台对不同产地白芷进行高通量转录组测序,并对其差异表达基因进行筛选和分析。【结果】川白芷产地间、亳白芷产地间及川白芷与亳白芷间的差异基因总数分别为2686、1704、11 549条,分别被GO富集注释11 038、434、5604条,差异基因的主要功能与细胞组成、细胞、细胞器、结合、催化活性、细胞过程及代谢过程有关。KEGG通路分类显示,差异表达基因被分为4大类,24个小类,所在通路主要与代谢过程相关。与白芷主要化学成分香豆素和挥发油合成相关的4-香豆酸连接酶、丙氨酸氨解酶、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶在川白芷中表达量升高,1-脱氧-D-木糖-5-磷酸合成酶、脱氢多萜醇焦磷酸合成酶在川白芷中表达量降低。【结论】通过转录组测序分析了不同产地白芷根基因差异表达状况,为白芷药材道地性品质的形成提供了理论依据。
关键词：
白芷 转录组测序 差异表达基因
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
黄勇 龚望宝 陈海刚 孙西红
运用高通量技术对杂交鳢进行转录本测序和数据分析,经拼接与组装,最终获得52 065条unigenes,长度范围201～12 407 bp,序列平均长度为710 bp。从长度分布、GC含量和基因表达量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量较好。进一步的数据分析,共鉴定出20 535个CDS,37 324个SNP位点和7 830个微卫星。用6大数据库Swiss–Prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO注释杂交鳢转录组unigenes,分别对应有20 955、28 938、19 339、14 052、19 358和18 635条unigenes获得注释。根据GO数据库的注释,可将这些unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共50亚类。KEGG代谢通路分析表明,这些unigenes参与了5大类30亚类共268个代谢通路,其中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,有1 716条。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈瑞 杨德强 赵长林
【目的】揭示天麻种植土壤真菌群落组成结构，天麻种植前后土壤真菌群落结构的变化及种完天麻种方竹后土壤真菌群落结构的变化，为研究天麻根际土壤微生态提供理论依据并为解决天麻连作障碍提供技术支持。【方法】基于高通量测序方法对采集的3组土样（原壤charlle 001、一麻壤charlle 002、方竹壤charlle 006）进行基因组DNA提取，PCR扩增，产物检测、纯化和定量，建库测序，数据分析，物种组成多样性分析及差异分析。【结果】3组土样中真菌主要类群为Ascomycota、Basidiomycota和Mortierellomycota三门真菌，其中Ascomycota真菌丰度普遍最大；3组样本特有真菌OTU：一麻壤>方竹壤>原壤；种水平下分析原壤charlle 001中主要优势真菌为Clitocybe sp.、Solicoccozyma sp.和Spirosphaera sp.，一麻壤charlle 002中主要优势真菌为Clavulinopsis sp.和Rosellinia sp.，方竹壤charlle 006中主要优势真菌为Trichoderma sp.；Clavulinopsis和Rosellinia在一麻壤charllle002中丰度极大在charllle001和charllle006中丰度极小；charlle001和charlle002组间真菌Mortierella相对丰度差异显著，charlle001和charlle006组间真菌Penicillium相对丰度差异显著；charlle002和charlle006组间物种差异Penicillium相对丰度差异显著。种植收获一茬天麻后土壤中真菌种类数量递增，群落结构发生变化，一麻壤中真菌ASV、特有真菌数目明显增大；一麻壤种植方竹后木霉菌显著增多；Clavulinopsis和Rosellinia部分真菌易引起天麻病害，而方壤中Trichoderma多用于病原菌生物防治。【结论】天麻不同种植土壤的真菌群落结构不同，种过一年天麻后土壤中病原菌增多，再种植方竹呈现修复作用，但具体修复机制还有待后续深入研究。
关键词：
高通量测序 物种丰度 天麻土壤 连作障碍
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵刚 龚全 刘亚 赖见生 陈叶雨 杜军
为获得岩原鲤转录组信息，发掘功能基因，本研究采用ＩｌｌｕｍＩｎａ高通量测序技术对岩原鲤全组织转录组进行测序。结果获得６４ ２５７ ９１８个ＥＳＴ序列，经拼接和组装得到８３ ２５２条单基因序列（ｕｎＩｇＥｎＥ），平均长度７８７ ｂｐ，长度范围２０１～１６ ５７２ ｂｐ。利用ｎＣｂＩ的蛋白质非冗余数据库（ｎｒ）对所有ｕｎＩｇＥｎＥ进行相似性搜索，共有３７ １５７条ｕｎＩｇＥｎＥ（４４．６３％）与数据库中的已知序列同源。利用ｂｌａＳＴ２ｇＯ ｖ２．５软件对ｕｎＩｇＥｎＥ进行注释，共得到２９ ９１９条（３５．９３％）注释基因，根据ｇＯ功能分类将其分为生物过程、细胞组分和分子功能３大类５６亚类。经ＫＯｇ．．．
关键词：
高通量测序 岩原鲤 转录组
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李秋桦 夏体渊 任禛 裴妍 尹敏 陈泽斌 唐佐芯 字学庆
【目的】探究三七不同部位内生细菌群落多样性。【方法】采用高通量测序技术对三七内生细菌16S rRNA基因V5～V7区进行序列测定,并对三七不同部位内生细菌多样性进行生物信息学分析。【结果】在三七的根、茎和叶中分别获得了385、206和226个OTU,3个部位中相同的OTU数为167个,占比19.04%。归类物种分类结果表明,叶部内生细菌种类归属于16门27纲74目134科222属,优势属为Cutibacterium和劳尔氏菌属(Ralstonia),分别占28.70%和14.57%;茎部内生细菌种类归属于12门20纲58目108科178属,优势属为假单胞菌属(Pseudomonas),占45.50%;根部内生细菌种类归属于19门24纲75目137科202属,优势属为Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia和埃希氏-志贺菌属(Escherichia-Shigella),分别占24.78%和21.94%。从整体结果看,根部物种的丰度高于茎部和叶部。【结论】三七不同部位的内生细菌含有丰富的群落多样性,但不同部位的丰度不同,整体表现为根>叶>茎,且各部位的优势属并不相同,部分优势属细菌具有一定的功能作用,可进一步的开发利用。通过对三七不同部位内生细菌多样性进行研究,为后续筛选生防菌株奠定基础。
关键词：
三七 多样性 内生细菌 高通量测序
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨光柱 黄文静 郑丽萍 何英云 张宴 孔宝华 李云国 赵升文 王顺富 李坤明 赵丛艳 李帆 马钧
【目的】揭示苹果感染根腐病后,根际土壤细菌群落结构、多样性变化。【方法】分别对感染根腐病和健康苹果植株根际土壤中细菌的16S rRNA基因V3～V4区进行扩增,并利用Illumina Hiseq高通量测序技术进行测序,分析苹果根腐病病株和健株根际土壤细菌物种组成及多样性。【结果】健康、患病苹果根际土壤共获得2526个OTU,主要分为31个门、70个纲、284个科、533个属,其中患病土壤特有260个OTU,健康土样特有103个OTU。α多样性分析显示,患病土壤中细菌多样性显著高于健康土壤。健康土样中,Actinobacteria的相对丰度显著高于患病土样,Acidobacteria显著低于患病土样。苹果根际土壤中,存在Pseudomonas、Bacillus、Arthrobacter、Erwinia、Flavobacterium、Rhizobium、Serratia和Microbacterium等促生微生物,健康土样中,有益菌Arthrobacter的相对丰度显著高于患病土样。【结论】苹果感染根腐病后,根际土壤细菌的物种多样性、群落多样性显著升高。放线菌门和酸杆菌门的平衡,可能对苹果根际土壤的健康有重要作用。苹果根际土壤中,存在大量的潜在植物促生细菌,是将来筛选土著生防菌的潜在资源。
关键词：
根腐病 苹果 根际土壤 多样性
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
董胜奇 王格 张涛 葛向阳
为了揭示豆粕发酵过程真菌群落的变化情况,为发酵豆粕的稳定性和安全性评价提供依据,采用MiSeq高通量测序技术分别检测2批发酵豆粕在0、24、48h时的真菌群落组成。结果表明:酵母菌属(Saccharomyces)是2批发酵豆粕在24h和48h时共有的唯一优势真菌属(相对丰度≥1%),它在发酵0h时相对丰度均值不足1%,但在发酵24h时的相对丰度均值为98.30%,48h时的相对丰度均值为89.56%。并且在发酵豆粕中检测不到有害真菌,证明发酵豆粕具有很好的安全性。2批发酵豆粕在3个时间点的真菌群落变化具有相似性,酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)的相对丰度先不断上升,然后维持在较高水平。在发酵过程中酿酒酵母不断消耗、钝化豆粕中的抗营养因子,并产生多种有益代谢产物,提高了发酵豆粕的品质。
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