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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李文文 徐革锋 黄天晴 谷伟 刘恩慧 王高超 潘玉财 周金鑫 姜再胜 王炳谦
为了挖掘调控乌苏里白鲑(Coregonus ussurinsis Berg)肌肉生长的关键候选基因，本研究对不同生长速度乌苏里白鲑的肌肉组织进行转录组测序，以期为乌苏里白鲑群体选育提供基础数据。首先，在同等条件下(从混合池中)随机选择乌苏里白鲑F_(2)个体进行实验分组(快长组和慢长组)。接着分别从快长组(219.20±38.66) g和慢长组(74.30±17.86) g中随机选取10尾样本，取其背部肌肉进行转录组测序。以FDR1为条件筛选差异表达基因并对其进行GO (gene ontology)和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析，并通过qPCR验证转录组数据的准确性。转录组测序结果显示，共筛选出2 211个差异表达基因，与慢长组相比，快长组中583个差异基因表达上调及1 628个基因表达下调。GO功能注释结果显示，差异基因主要参与细胞过程和结合过程，差异基因显著富集到251条KEGG通路(P
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
楼梦雨 张思欢 郑琪 朱翠云 凌英会
为解析萨湖杂交羊较湖羊肌肉和生长性能提升的关键基因和调控通路，本研究对出生2日龄和8月龄的萨福克和湖羊的杂种F_1代（SH）和纯繁湖羊（H）的体重、体高、体长、胸围和管围等生长数据进行比较分析。选取2日龄和8月龄绵羊每组各3只（共12只），利用RNA-seq对背最长肌进行转录组测序，并对测序数据进行生物信息学分析。随机选取10个差异表达基因，通过qRT-PCR对其表达量进行验证。结果表明：1）出生2日龄和8个月的SH的体重、胸围、管围均极显著高于H(P<0.001）。2）在2日龄和8月龄SH与H中分别筛选得到684和248个基因显著差异表达，包括与骨骼肌生长发育相关的CDH1、GSTA1-1、GPX2、CDH17和MX2等基因。3)GO和KEGG分析结果显示2日龄SH和H差异表达基因主要富集在控制肌肉生长发育的细胞分化、核小体组织、肌动蛋白丝调控等类别中，8月龄SH和H差异表达基因主要富集在细胞-细胞粘附、谷胱甘肽代谢和PPAR信号通路等类别中。4)qRT-PCR试验结果与转录组测序相一致。综上，萨湖杂交羊在生长性能方面优于湖羊，CDH1、GSTA1-1和GPX2等基因通过G蛋白偶联受体、细胞-细胞粘附、谷胱甘肽代谢通路在萨湖杂交羊肌肉发育过程中发挥重要作用，本研究为探究调控杂交绵羊生长性能的关键基因和功能通路提供参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
马波 石连玉 董崇智
2001年10月于黑龙江中游抚远江段捕获野生乌苏里白鲑(Coregonus ussuriensis Berg)30尾,体长30～45 cm。采用淀粉凝胶电泳法对其肝脏、肌肉等组织的LDH、MDH、ME、IDH、G3PDH、ADH、GDH、PGI、CAT、AAT、EST、SOD等同工酶进行电泳,并对其表型进行生化遗传分析。结果表明,LDH同工酶的3个位点上都有基因复制,位点间不杂合;在其他同工酶上未见有位点复制或加倍。在检测到的12种同工酶是由26个基因位点编码;其中 G3pdh-1、Pgi-3和Est-1等基因位点呈多态,其多态座位比例为11.5％,平均杂合度为0.043。与大多数其他鱼类相比...
关键词：
乌苏里白鲑 同工酶 多态座位
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李培伦 刘伟 王继隆 战培荣 王臣
2013年和2014年的10–11月,在黑龙江抚远江段采集成熟度为IV期的雌性乌苏里白鲑(Coregonus ussurinsis)133尾,鉴定年龄(A),测量叉长(L)、体重(W)、净体重(Wn)和卵巢重(Wo)等生物学指标。计算了绝对繁殖力(F)、叉长相对繁殖力(FL)、体重相对繁殖力(FW)、性成熟系数(GSI)和肥满度(K),并运用6种数学模型及多元线性逐步回归方程拟合了乌苏里白鲑个体繁殖力与生物学指标之间的关系。结果表明,用于统计繁殖力的样本由4+~8+龄5个年龄组组成,乌苏里白鲑F分布范围在1.161×104~5.921×104粒,平均为3.027×104粒;FL分布在307.1...
关键词：
乌苏里白鲑 个体繁殖力 黑龙江
[期刊] 中国水产科学
[作者]
梁利群 常玉梅 董崇智
本研究从50对虹鳟(Oncrhynchus mykiss Walbaum)的微卫星标记中筛选出在黑龙江乌苏里白鲑(Coregonus usssru-ensis Berg)基因组中扩增出的多态性SSLP标记12对。用其中的6对微卫星标记对15尾黑龙江乌苏里白鲑基因组DNA进行遗传检测。用2％的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星引物的PCR扩增产物,计算6个SSLP基因座的等位基因频率、多态信息含量等。结果显示,最高等位基因频率的范围在0.3750-0.5385,最低为0.0250,说明这个群体为多态群体(群体具有遗传多样性)。多态信息含量(PIC值)的范围在0.4620-0.7069,说明基因座为高度多态...
关键词：
黑龙江 乌苏里白鲑 种群 遗传多样性
[期刊] 淡水渔业
[作者]
田希文 陈春山 于信勇 孙晓鹏 李淑清 金梅
本文以发育到第Ⅳ期的乌苏里白鲑鱼卵巢为材料，利用胰蛋白酶使固着在卵巢上的卵粒脱离下来，并研究了不同温度、盐度和胰蛋白酶浓度对鱼卵分离速度和效果的影响。结果表明，当温度为３７℃，盐度为２０％时，胰蛋白酶对固着在卵巢上的卵粒具有分离作用，分离速度为８分钟．分离率达到１００％，破损率为０．与原始搓制法相比；出籽率提高２５％以上。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
尤科梅 孟科 田彦梅 宋昀静 冯登侦
【目的】通过RNA-Seq技术筛选不同性别滩羊肌肉生长发育相关的候选基因，初步揭示滩羊背最长肌差异形成的分子机理，为其肌肉生长发育研究提供理论依据。【方法】以相同饲养条件下的8月龄滩羊为研究对象，通过转录组测序对滩羊背最长肌肉品质进行分析比较，采用Illumina HiSeqTM4000平台进行mRNA转录组测序和分析，发掘对肌肉生长发育有差异影响的相关调控基因，并对筛选的差异基因进行RT-qPCR验证。【结果】利用RNA-Seq技术测序共筛选出37个差异表达基因，其中上调基因10个，下调基因27个。对差异基因进行GO功能注释分析结果显示，其显著富集在41个GO条目中（P <0.05）；同时KEGG富集分析表明DEGs富集在28条通路中，包括FoxO、PI3K-Akt、调控干细胞多能性、嘌呤代谢、肌动蛋白细胞骨架的调节、Notch信号、蛋白质消化吸收和钙信号等通路，进一步筛选出6个基因(KSR2、ENAH、COL9A1、IFIT1、B3GAT2和TACR1)。取6个差异基因进行实时荧光定量PCR验证，结果与转录组测序表达趋势一致，说明测序结果可靠。【结论】研究获得的KSR2、ENAH、COL9A1、IFIT1、B3GAT2和TACR1候选基因为肌肉生长发育提供更多参考资料，从而为后续宁夏优质肉羊肌肉生长发育的研究奠定理论基础。
关键词：
滩羊 候选基因 转录组 qRT-PCR
[期刊] 中国农业科学
[作者]
姬改革 陈智武 单艳菊 刘一帆 屠云洁 邹剑敏 章明 巨晓军 束婧婷 张海涛 唐燕飞 蒋华莲
【目的】通过比较干毛和未干毛羽毛毛囊的形态学和基因表达差异，挖掘调控黄羽肉鸡羽毛干毛性状的重要候选基因和信号通路。【方法】分别采集背部未干毛和干毛羽毛皮肤组织样本各3个，运用组织切片技术，比较干毛和未干毛羽毛毛囊形态学差异；运用RNA-seq技术，比较两组样本之间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs），并对其进行功能富集分析和蛋白互作网络构建；采用荧光定量PCR技术（RT-qPCR）对测序结果准确性进行验证。【结果】证实未干毛羽毛的毛囊处于生长期，已干毛的羽毛毛囊处于静止期。以未干毛毛囊（生长期）皮肤样本为对照，在干毛毛囊（静止期）皮肤样本中发现了942个DEGs(|fold-change|>2和P<0.05)，其中384个基因表达下调，558个基因表达上调。Go功能分析显示细胞分裂、周期调控等相关生物过程被显著富集(P<0.05)。KEGG分析发现，MAPK、TGF-β、p53及DNA复制等相关信号通路被显著富集(P<0.05)。构建差异蛋白相互作用（PPI）网络，通过CytoHubba分析获得6个hub基因，分别为CDK1、MAD2L1、BUB1、CCNB2、PLK1和BUB1B。GSEA富集分析筛选到紧密连接、胰岛素、MAPK、TGF-β和细胞周期等信号通路与鸡羽毛毛囊生长周期显著关联（|NES|>1, FDR<0.25）。RT-qPCR结果显示8个DEGs表达趋势与RNA-seq结果基本一致。【结论】鸡羽毛的干毛性状与毛囊周期发育相关，MAPK和TGF-β等信号通路可能通过调控细胞周期相关基因的表达在羽毛生长发育中发挥重要作用；结果为进一步深入了解黄羽肉鸡羽毛干毛性状分子调控机制提供了基础资料。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李雨 凌乐妍 金鸿浩 李哲 高源 刘蕃 罗辉 叶华
为挖掘我国名优鱼类长吻（鱼危）(Leiocassis longirostris)生长相关基因，本研究运用Illumina高通量测序技术比较分析了快速生长组[平均体质量为(534.02±53.68)g]和缓慢生长组[平均体质量为(108.41±4.96) g]各9尾长吻（鱼危）的脑组织基因表达谱。测序共获得267 404 674个高质量测序片段(clean reads)，通过2种不同生长速率长吻（鱼危）脑组织转录组比较筛选出518个差异表达基因，其中，412个基因表达量上调，106个基因表达量下调。对12个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证的结果与转录组测序结果一致。GO功能分类显示，大量差异表达基因富集到生长(growth)、生长因子活性(growth factor activity)和激素介导的信号通路(hormone-mediated signaling pathway) GO条目中。KEGG富集分析显示，一些差异表达基因在MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、转化生长因子β信号通路(TGF-beta signaling pathway)、钙离子信号通路(calcium signaling pathway)和神经活性配体–受体相互作用(neuroactiveligand-receptorinteraction)等途径中富集。根据GO功能注释和KEGG富集分析，筛选出gnrh、thr、egr1、fgf18、sst、gipr、cart和crf等基因是调控长吻（鱼危）生长发育的关键候选基因。本研究结果为后续深入研究长吻（鱼危）生长调控机制提供了重要的参考资料。
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈春 魏岳 黄聪 黎观红 谢金防 武艳平
旨在通过对崇仁麻鸡背部皮肤毛囊组织的转录组学分析，筛选关键的差异表达基因和信号通路，探讨鸡皮肤毛囊性状的分子调控机制。采用TRIzol法提取皮肤毛囊组织总RNA,通过Illumina平台进行转录组高通量测序(RNA-Seq)。最后采用实时荧光定量的方法对转录组测序进行验证。研究结果如下：共筛选出了3 856个差异表达基因，在公鸡(BGB vs YGB)比较组合中筛选出了971个差异表达基因，其中274个表达上调，697个表达下调。在母鸡(BMB vs YMB)比较组合中筛选出了3 529个差异表达基因，其中1 477个上调，2 052个下调。在公鸡、母鸡共同的差异表达基因中筛选出了3个与皮肤毛囊性状有关的高表达基因KRT75、KRT6A和KRT14。在GO功能显著富集中，BGB vs YGB比较组合富集到了516个GO term, BMB vs YMB比较组合富集到了1 020个GO term,基因主要集中参与细胞黏附等活动。显著富集了多条KEGG通路，在BGB vs YGB比较组合中富集了8条显著的KEGG通路，在BMB vs YMB比较组合中富集了20条显著的KEGG通路，筛选出了3条关键通路Wnt信号传导途径、神经活性配体-受体调控通路和TGF-β调控通路。荧光定量结果显示，随机选取的5个差异基因在皮肤毛囊中的表达与RNA-Seq走向趋势一致。综上所述，筛选的KRT75、KRT6A、KRT14基因可能影响鸡皮肤毛囊性状；神经活性配体-受体调控通路、Wnt信号通路和TGF-β信号通路均是调控鸡皮肤毛囊性状的重要通路。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
闫允君 卢霞 孟宪红 栾生 陈宝龙 孔杰
Myostatin (Mstn)即肌肉生长抑制素，在脊椎动物中是胚胎期肌肉形成和成体肌肉生长的主要调控因子之一，通过抑制肌细胞的扩增和分化而抑制肌肉的生长和发育。为了筛选在中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)中Mstn调控的肌肉生长相关的基因，为肌肉生长调控机理奠定基础，本研究利用RNA-Seq技术对PBS对照组和Mstn表达抑制组进行了测序分析。结果显示，Mstn表达被抑制后共筛选到1657个差异表达基因，其中，805个显著上调，852个显著下调。参考脊椎动物Mstn调控的肌肉生长经典信号通路TGF-β/Smad和MAPK通路和差异基因功能的已有报道，初步筛选出29个Mstn调控的与肌肉生长相关的基因。在涉及TGF-β/Smad和Mapk通路的16个基因中，除ActRI被检测到略微上调外，其他基因均表现出不同程度的下调；在另外13个涉及蜕皮、肌肉生长等过程的基因中，促进肌肉生长的基因显示为上调。前期的研究表明，Mstn可能同脊椎动物功能类似，在中国对虾中负向调控肌肉生长，而本研究结果提供了进一步的证据，为阐明对虾的肌肉发育调控机制提供了重要基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
赵文 高峰英 石振广
为发掘达氏鳇的功能基因,采用新一代高通量测序技术对达氏鳇肌肉组织转录组进行测序。结果获得原始数据14 447 211 200 bp,拼接获得了55 531条单基因序列(unigene),长度范围300~32 613 bp,平均长度941 bp。利用生物信息学方法对unigene进行了非冗余蛋白质数据库(Nr)相似搜索,此外还进行了GO的功能注释和KEGG代谢通路分析。结果一共有20 735条unigene(37.34%)与Nr数据库中的己知基因同源;根据GO功能可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类56分支;依据KEGG代谢通路分析可以分成290类。
关键词：
达氏鳇 肌肉组织 基因 转录组
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王继隆 刘伟 唐富江 宋洪建
对乌苏里江大麻哈鱼生殖洄游群体样本进行年龄鉴定和生物学测定,推算了各年龄段的叉长,并分析了性成熟年龄组间个体的生长差异性。年龄鉴定结果显示大麻哈鱼由2+,3+,4+龄群体组成,雌、雄大麻哈鱼平均年龄分别为3.43和3.24龄。采用Von Bertalanffy生长方程(VBGF)拟合了大麻哈鱼各性成熟年龄组个体的叉长生长。基于VBGF生长方程的拟合结果,采用残差平方和(analysis of the residual sum of squares,ARSS)分析各年龄组间大麻哈鱼的生长差异性,结果显示不同性成熟年龄组间的大麻哈鱼生长的差异性显著(P<0.05)。大麻哈鱼低龄组个体叉长生长速度较...
关键词：
大麻哈鱼 性成熟年龄 生长差异
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