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[期刊] 水产学报
[作者]
马冬梅 全迎春 樊佳佳 胡婕 白俊杰 刘浩
大口黑鲈为肉食性鱼类,传统养殖过程中使用大量的冰鲜鱼为饵料,冰鲜鱼的使用不仅增加了养殖成本,而且多余的冰鲜鱼残饵还会给环境带来严重的污染。为了保护环境并降低养殖成本必须减少冰鲜鱼的使用量,本实验以选育适合人工配合饲料饲喂大口黑鲈为研究目标,用人工配合饲料作为饵料驯化大口黑鲈幼鱼,在驯食后14和16 d,测定其体质量、全长、体高等生长指标。同时在大口黑鲈转录组测序分析获得的SNP位点中,选择其所在序列的基因功能与能量代谢有相关性的7个SNP位点进行SNaPshot分型,用SPSS 19.0进行卡方分析标记与生长性状的相关性。结果发现,序列Unigene031044中的C1332G位点、Unigene085384中的A741G位点和Unigene022319中的A284G位点在体质量、全长及体高性状上存在显著差异。这3个SNP位点所在的基因经预测分别与雌二醇17β脱氢酶12B (hsd17b12b)基因、长链酰基辅酶A合成酶家族成员1(acsl1)基因和琥珀酸脱氢酶组装因子2(sdhaf2)基因具有很高的同源性,推测上述3个SNP位点的变异可能影响了基因表达产物对脂肪酸代谢或三羧酸循环的调节功能,与大口黑鲈对人工配合饲料的利用能力存在密切的相关性。本研究筛选得到的与驯食相关的SNP位点为大口黑鲈功能基因多态性的进一步研究,及加快大口黑鲈食性改良与驯化育种的遗传研究提供了科学的参考依据。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李胜杰 白俊杰 赵荦 朱冰 朱新平
为探讨EST-SNP标记的有效性及其与大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性状间的相关性,本研究采用RNA-seq技术进行大口黑鲈生长快个体和生长慢个体肌肉组织的转录组分析,分别检测到15 273和17 376个EST-SNP标记。采用Sna Pshot技术对其中75个EST-SNP标记在大口黑鲈生长性状极端群体中的EST-SNP进行多态性检测,结果显示有37个EST-SNP标记具有多态性,准确性为49.3%。进一步采用一般线性模型分析37个EST-SNP标记与大口黑鲈生长性状的相关
[期刊] 水产学报
[作者]
刘浩 白俊杰 李胜杰 樊佳佳 全迎春
ｇｈｒｅｌｉｎ是脊椎动物的一种脑肠肽，有促进摄食的功能，并能促进生长激素（ｇｈ）释放，参与能量平衡调控和糖类代谢。为探索ｇｈｒｅｌｉｎ基因多态性与大口黑鲈生长性状的相关性，针对大口黑鲈ｇｈｒｅｌｉｎ基因的启动子序列，实验采用直接测序法获得了２个ＳｎＰＳ位点：Ｓ１（Ａ－６４２Ｃ）和Ｓ２（Ａ－６３９Ｃ）。随机选取同批繁殖、同塘养殖的大口黑鲈采用ＳｎＡ ＰＳｈｏｔ方法进行ＳｎＰＳ位点检测和分型。结果显示，实验群体在ｇｈｒｅｌｉｎ基因２个ＳｎＰＳ位点上基本处于哈温平衡，Ｓ１和Ｓ２共组成５种双倍型（Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３、Ｄ４和Ｄ５）。基因型与生长性状的相关性分析结果表明，Ｓ１位点ＡＣ型个体在体高与全长上显著．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
徐磊 白俊杰 李胜杰
选择已经获得的8个与大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性状相关的分子标记,其中4个单核苷酸多态性标记分别位于IGF-I、POU1F1、PSSIII和MSTN基因上,4个微卫星位点分别是JZL60、JZL67、MisaTpw76和MisaTpw117。从养殖群体中筛选出具有4个以上优势基因型数量的大口黑鲈亲鱼20尾进行群体繁殖,其中雌鱼9尾,雄鱼11尾。所产子代进行同塘饲养,9月龄时随机挑选288尾进行体质量测量与STR基因分型。结果显示:子代体质量为103~401 g,含有生长优势基因型的数量在1~6之间,含有1~6个生长优势基因型的个体其平均体质量依次为227.83、...
[期刊] 水产学报
[作者]
于凌云 白俊杰 樊佳佳 李小慧 叶星
采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术对大口黑鲈肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因全序列进行了SNPs位点筛选和分型,共筛选到2个单核苷酸多态性(SNPs)位点(C-1453T和T+33C),其中C-1453T位于启动子E8box和Octamer(+)调控元件之间的区域,T+33C的突变位于第一外显子区域,属于同义突变,氨基酸没有发生变化;利用一般线性模型分析单标记位点与大口黑鲈生长性状(体重、体长、体高、体宽和眼间距)相关性,均未达到显著水平(P>0.05)。将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型(去掉频率小于3%的组合),关联分析表明,双倍型D2在体重、体长、体高...
[期刊] 水产学报
[作者]
李胜杰 姜鹏 樊佳佳 白俊杰 李锐 朱新平
肌球蛋白是肌肉细胞的重要组成成分,影响肌纤维的组成和肌肉生长。为了研究肌球蛋白重链(MYH)基因多态性与大口黑鲈生长性状的相关性,本研究采用PCR技术扩增得到编码区序列全长为9759 bp的大口黑鲈MYH基因,该基因包含37个外显子和36个内含子,编码1940个氨基酸。采用直接测序法在MYH基因上筛选到8个单核苷酸多态性标记(SNP)位点(A-305G、G-558C、A-2784C、A-2816G、T-4765A、C-6206T、C-6811T和G-6935T),有4个位于外显子上,其中2个属于同义突变。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘德武 杜颖军 张豪 吴珍芳 张细权 杨关福
根据猪Leptin基因的已知序列设计引物(序列号:U66254、AF026976),PCR扩增产物用变性高效液相色谱技术(DHPLC)和直接测序法进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,对其中的4个SNP位点(C3469T、C3952G、C4115T和C4227T)进行基因型与生长性状的关联分析。结果共获得35个多态位点,其中C4115T和C4227T位点在长蓝F2资源群中分别缺少1个基因型,且与各性状相关不显著;C3469T位点与猪的平均日增重存在极显著相关(P<0.01),TT型和CC型显著高于TC型;C3952G位点与猪的体长和眼肌面积等存在一定相关(P<0.1)。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
窦亚琪 梁旭方 高俊杰 何珊 石林杰 史登勇
以鳜(Siniperca chuatsi)选育群体为实验材料,在易驯食与不易驯食鳜转录组Unigene数据库中共预测到4809个SNP位点,其中胃蛋白酶基因(pepsinoge, pep)和生长激素基因(growth hormone, gh)均为转录组筛选获得的鳜驯食性状候选基因,本研究将候选基因上的多态SNP位点在易驯食和不易驯食鳜群体中进行基因分型,并与鳜驯食性状进行关联分析。在易驯食与不易驯食的鳜群体中共发现5个单核苷酸(SNP)多态性位点,有效等位基因(N_e)在1.1959～1.7001,观测杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)分别分布于0.1800～0.3585和0.1655～0.4160,多态信息含量(PIC)为0.2477,全部位点都属于中度多态性位点。结果表明SNP位点pep-A T/C中2种基因型TT和CT与鳜驯食性状呈高水平显著相关(P<0.05),显著影响鳜驯食性状表型,其中Genotype2相关性最高,可作为最优基因型个体进行选育。本研究在鳜pep和gh基因中鉴定出与驯食性状呈显著关联的SNP分子标记,为加快易驯食鳜新品种的基因辅助选育提供有效的SNP分子标记。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
肖涛 李辉 罗韦 叶涛 余欢 陈友波 石钰仕 赵德鹏 吴芸
【背景】绿壳蛋深受消费者喜爱，蛋壳绿色的深浅在市场上是影响绿壳蛋定价销售的重要参考指标。绿壳蛋的形成受多基因共同调控，蛋壳绿色深浅不一，其分子机理尚不清楚。通过对赤水乌骨鸡蛋壳腺组织进行转录组测序，挖掘其调控绿壳蛋蛋壳颜色深浅的候选基因以及关键信号通路，探究影响蛋壳颜色遗传性，以期发展绿壳蛋的选种选育和提高经济效益。【目的】探讨赤水乌骨鸡的遗传基础，并通过SLCO1B3基因分型对其进行鉴定和筛选，以期通过分子标记在青壳鸡育种规划中提供新的见解，并在后期的选择策略中帮助控制和提高赤水乌骨鸡蛋壳品质的同质性。【方法】以纯系的280日龄赤水乌骨鸡为研究对象，屠宰产浅绿色蛋（QL）和深绿色蛋（SL）的母鸡各3只，采集蛋壳腺以RNA-seq技术检测分析，筛选与蛋壳颜色密切相关的差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs），并对这些DEGs进行GO和KEGG富集分析。利用qRT-PCR技术检测与蛋壳颜色相关的6个候选基因的转录水平变化以验证转录组数据可靠性。【结果】在深绿组与浅绿组中共筛选到93个显著DEGs，有59个基因在深绿组中显著上调，34个显著下调。DEGs注释到GO数据库进行比对，主要显著性富集的是钠离子转运、负离子结合、肌质网膜等。KEGG分析富集程度最显著的是醛固酮调节钠的重吸收，以及富集的矿物质吸收、亚油酸的新陈代谢等信号通路。通过qRT-PCR验证，结果显示这些基因的表达趋势与转录组的测序结果一致。【结论】经功能分析，TF基因、SCNN1家族基因、CYP450家族基因、SLC家族基因和FAM家族基因，以及醛固酮调节钠的重吸收信号通路参与蛋壳色素合成、转运和沉积。上述基因和信号通路可能是影响赤水乌骨鸡蛋壳绿色深浅不一的候选基因和关键信号通路。
[期刊] 水产学报
[作者]
曹婷婷 白俊杰 于凌云 樊佳佳
通过佛山市白金水产良种选育场提供的草鱼EST库的醛缩酶B基因重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到C+687G、C+1042A和A117C等3个颠换SNPs位点。C+687G位于醛缩酶B基因外显子6的63 bp处,为同义突变;C+1042A位于外显子8的43 bp处,为错义突变;A117C位于内含子7的117 bp处。采用Snapshot方法对同一群体的296尾草鱼的这3个SNPs位点进行检测和分型,并统计基因型频率。3个SNPs位点中AA的频率分别为42.9%、32.8%、32.8%;AB的频率分别为42.9%、45.9%、45.6%;BB的频率分...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
彭娜 曾丹 王晓清 王佩 罗志嘉 李潇 周先文
采用四引物扩增受阻突变体系PCR法对中华鳖的2个SNP位点进行验证,并统计其基因型频率。采用方差分析法分析2个SNP位点与中华鳖6个生长性状(体质量、背甲长、背甲宽、腹甲长、体高和裙边宽度)的差异。结果显示,只有A–1609G位点上的体高和裙边宽度有显著差异;这2个SNP位点的不同基因型共组成6种双倍型(去掉频率小于3%的双倍型D1、D6和D9),ANOVA分析结果表明这6种双倍型的6个生长性状间均存在显著差异,D4双倍型6个生长性状的均值最大,属于生长优势双倍型。筛选到的IGF2基因上的2个SNP位点具
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
杜改改 孙鹏 索玉静 韩卫娟 刁松锋 傅建敏 李芳东
为深入开发柿SSR和SNP分子标记,进而推动柿品种鉴定和遗传多样性等研究,以‘禅寺丸’柿的雌雄花芽转录组序列为基础,对SSR和SNP位点进行发掘。结果表明:转录组测序获得了154 741条unigene,其中有38.49%unigene在数据库中得到注释。利用MISA软件进行SSR位点的搜索,共得到44 304个SSR,包含83种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(20 006个,占47.63%),其次是以AG/CT类型为主的二核苷酸重复(16 055个,占38.23%),再次是以
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李镕 白俊杰 李胜杰 叶星
利用17个大口黑鲈(Micropterus salmoides)家系在4月龄和6月龄的生长数据,对大口黑鲈全长、体长、头长、尾柄长、体高和尾柄高6个性状进行相关分析和主成分分析。结果表明:6个形态性状之间均呈高表型正相关,其值在0.565~0.990之间;4月龄和6月龄全长对形态性状的贡献率分别为92.29%和86.40%,可作为大口黑鲈形态性状的选择指标;4月龄全长/体高和尾柄长/尾柄高对体型的贡献率分别为65.94%和34.06%,6月龄全长/体高和尾柄长/尾柄高的贡献率分别为69.08%和30.92%,这两个指标均可作为大口黑鲈体型的选择标准。另外,采用方差分析对大口黑鲈各家系的全长、绝...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李镕 白俊杰 李胜杰 王解香 叶星
采用最佳线性无偏差预测法(BLUP法)对大口黑鲈(Micropterus salmoides)体质量、体长和体高的遗传参数和育种值进行估计。4月龄和6月龄的体质量遗传力分别为0.29±0.08和0.28±0.10、体长遗传力分别为0.31±0.08和0.26±0.10,6月龄的体高遗传力为0.29±0.10。这些性状的遗传力都属于中度遗传力(P<0.01),表明在加性效应控制下,大口黑鲈生长性状具有较大的遗传改良潜力。6月龄的体质量与体长、体质量与体高及体长与体高的遗传相关分别为0.790±0.094、0.820±0.081和0.990±0.001,这些性状之间均表现为高的正遗传相关性(P<0...
关键词：
大口黑鲈 生长性状 遗传参数 育种值
[期刊] 中国水产科学
[作者]
窦亚琪 梁旭方 高俊杰 何珊 石林杰 史登勇
在易驯食与不易驯食鳜转录组Unigene数据库中共预测到4809个SNP位点，其中胃蛋白酶基因 (pepsinoge, pep) 和生长激素基因 (growth hormone, gh) 均为转录组筛选获得的鳜 (Siniperca chuatsi) 驯食性状候选基因，本研究将候选基因上的多态SNP位点在易驯食和不易驯食鳜群体中进行基因分型，并与鳜驯食性状进行关联分析。在易驯食与不易驯食的鳜群体中共发现5个单核苷酸 (SNP) 多态性位点，有效等位基因 (N_(e)) 在1.1959到1.7001之间，观测杂合度 (H_(o)) 和期望杂合度 (H_(e)) 分别分布于0.1800～0.3585和0.1655～0.4160，多态信息含量 (PIC) 为0.2477，全部位点都属于中度多态性位点。结果表明SNP位点pep-A T/C中2种基因型TT和CT与鳜驯食性状成高水平显著相关 (P<0.05)，显著影响鳜驯食性状表型，其中Genotype2相关性最高，可作为最优基因型个体进行选育。本研究以鳜选育群体为实验材料，在鳜pep和gh基因中鉴定出与驯食性状呈显著关联的SNP分子标记，为加快易驯食鳜新品种的基因辅助选育提供有效的SNP分子标记。
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