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[期刊] 西南农业学报
[作者]
王秋实 李江凌 赵素君 张金灵 刘锐
【目的】探究调控具有不同产仔数的川乡黑猪和藏猪的猪子宫内膜妊娠过程的相关miRNA、lncRNA及靶基因，进一步揭示影响不同品种猪子宫内膜妊娠相关的非编码RNA富集的信号通路。【方法】对平均产仔数为11.35和6.7的川乡黑猪和藏猪第2、第5胎次的子宫内膜进行分离，提取RNA，质检合格后进行转录组测序，测序数据经过拼接、比对到miRNA和lncRNA、以及预测其靶基因，进一步进行GO和KEGG富集分析筛选到调控川乡黑猪和藏猪不同产仔数的候选基因以及信号富集通路。【结果】不同胎次的川乡黑猪和藏猪之间存在多个miRNA、lncRNA及靶基因的差异表达，其中第2胎次具有1571个miRNA和2042个lncRNA差异表达，第5胎次具有1042个miRNA和2096个lncRNA差异表达。进一步根据靶基因的GO和KEGG富集分析发现川乡黑猪在促性腺激素释放激素(GnRH)分泌、ECM受体互作以及Wnt信号通路等的富集程度高于藏猪。同时发现川乡黑猪相比于藏猪有醛固酮调节钠重吸收、谷胱甘肽代谢、果糖和甘露糖代谢等过程的富集。此外，已鉴定的关键候选调控基因包括FSHR(Follicle stimulating hormone receptor)、DBX1（Developing brain homeobox 1）、ARID2（AT-rich interaction domain 2）、TNC(Tenascin C)、NT5C2（Neuropilin 2）、LAMC3(Laminin subunit gamma 3)、MADD（MAP kinase activating death domain）等。【结论】高产仔数的川乡黑猪相比于低产仔数的藏猪在子宫内膜妊娠过程中有更高的促性腺激素释放激素(GnRH)分泌、ECM受体互作以及Wnt信号通路富集（GO分析结果），同时也有代谢途径的参与（KEGG分析结果）。涉及到的关键调控基因主要有FSHR、DBX1等，并且这些基因的表达差异进行了qPCR验证。总的来说，本研究为探究非编码RNA在猪子宫内膜妊娠过程中的功能及其分子调控机制提供了新的思路。
关键词：
猪子宫 产仔数 转录组测序 调控通路
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
徐浩 徐锡文 周茜 陈松林
以抗病家系与易感家系半滑舌鳎为材料,进行哈维弧菌感染实验,并对易感家系感染前(CsSU)、易感家系感染后(CsSC)、抗病家系感染前(CsRU)、抗病家系感染后(CsRC)4组进行转录组测序,根据RNA-seq数据挖掘半滑舌鳎长链非编码RNA信息;通过生物信息学分析,筛选出与抗哈维弧菌病相关的差异长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)。结果显示,共识别出4 584个lncRNA座位,包含5 714个转录本;其基本特征与编码基因的比较分析,lncRNA的GC含量低于编码基因,单外显子基因数多于编码基因,转录本的平均长度长于编码基因,基因表达量低于编码基因。对4组样品进行两两比较(CsRU vs CsSU、CsRC vs CsSC、CsRC vs CsRU、CsSC vs CsSU)分别筛选出818、813、261、140个差异表达lncRNA,其中CsRU与CsSU之间、CsRC与CsSC之间lncRNA数目差异最多,通过聚类分析确定了各实验组的表达模式之间的联系,CsRU与CsSU之间的表达模式最为相近。通过共表达分析,预测出lncRNA和274个编码基因可能存在14 539种相互关系,并进行了功能注释,进而筛选出7个关键lncRNA。qRT-PCR结果显示,差异表达lncRNAs的表达模式和转录组数据得到的基本一致。研究结果为揭示lncRNA在半滑舌鳎抗哈维弧菌免疫调控反应中的作用提供重要的参考数据。
[期刊] 华北农学报
[作者]
姚妮 罗仍卓么 包斌武 杨易 王兴平
为探究干扰素刺激外切酶基因20(ISG20)在肉牛子宫内膜上皮细胞容受态形成中的表达及功能分析。采用RT-PCR结合测序技术获得肉牛ISG20基因的CDS区，利用生物信息学在线工具进行了ISG20基因及其所编码的蛋白质的序列分析，并利用qRT-PCR检测了ISG20基因及其相关基因在肉牛子宫内膜上皮细胞容受态形成中的表达量。结果显示，ISG20基因的CDS区长度为516 bp,可编码一条由176个氨基酸组成的无跨膜结构域且不稳定的碱性亲水性单体蛋白质。该蛋白质含有1个DEDD核酸外切酶超家族结构域，与ISG15和MX2等10种蛋白质相互作用，主要在细胞质中发挥作用。此外，qRT-PCR结果表明，与对照组相比，ISG20基因及其相关的ISG15和MX2在孕酮(P4)联合干扰素-tau(IFN-τ)诱导的肉牛子宫内膜上皮细胞容受态形成中的表达量均显著上调。ISG20可能参与肉牛子宫内膜上皮细胞容受态的形成，并在早期妊娠等生物学过程中发挥作用。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
姬改革 陈智武 单艳菊 刘一帆 屠云洁 邹剑敏 章明 巨晓军 束婧婷 张海涛 唐燕飞 蒋华莲
【目的】通过比较干毛和未干毛羽毛毛囊的形态学和基因表达差异，挖掘调控黄羽肉鸡羽毛干毛性状的重要候选基因和信号通路。【方法】分别采集背部未干毛和干毛羽毛皮肤组织样本各3个，运用组织切片技术，比较干毛和未干毛羽毛毛囊形态学差异；运用RNA-seq技术，比较两组样本之间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs），并对其进行功能富集分析和蛋白互作网络构建；采用荧光定量PCR技术（RT-qPCR）对测序结果准确性进行验证。【结果】证实未干毛羽毛的毛囊处于生长期，已干毛的羽毛毛囊处于静止期。以未干毛毛囊（生长期）皮肤样本为对照，在干毛毛囊（静止期）皮肤样本中发现了942个DEGs(|fold-change|>2和P<0.05)，其中384个基因表达下调，558个基因表达上调。Go功能分析显示细胞分裂、周期调控等相关生物过程被显著富集(P<0.05)。KEGG分析发现，MAPK、TGF-β、p53及DNA复制等相关信号通路被显著富集(P<0.05)。构建差异蛋白相互作用（PPI）网络，通过CytoHubba分析获得6个hub基因，分别为CDK1、MAD2L1、BUB1、CCNB2、PLK1和BUB1B。GSEA富集分析筛选到紧密连接、胰岛素、MAPK、TGF-β和细胞周期等信号通路与鸡羽毛毛囊生长周期显著关联（|NES|>1, FDR<0.25）。RT-qPCR结果显示8个DEGs表达趋势与RNA-seq结果基本一致。【结论】鸡羽毛的干毛性状与毛囊周期发育相关，MAPK和TGF-β等信号通路可能通过调控细胞周期相关基因的表达在羽毛生长发育中发挥重要作用；结果为进一步深入了解黄羽肉鸡羽毛干毛性状分子调控机制提供了基础资料。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
肖成 胡进 纪红军 牛亚茹 焦建桥 戴玉健 徐银学
［目的］本文旨在研究转录因子同源框Ａ１０基因（ＨＯＸＡ１０）结合动力蛋白基因（ＤＮＭ１Ｌ）启动子区域绑定位点，并调控ＤＮＭ１Ｌ基因的表达机制。［方法］通过转录因子网站（ＴＦＳＩＴＥＳＣＡＮ）预测ＤＮＭ１Ｌ启动子区域存在ＨＯＸＡ１０的结合位点。分离怀孕１～７ Ｄ的小鼠子宫内膜，采用ＲＴ－ｑ ＰＣＲ检测其ＨＯＸＡ１０和ＤＮＭ１Ｌ ＭＲＮＡ表达量的变化规律。结合ＨＯＸＡ１０过表达和ＳＩＲＮＡ干扰试验，分析小鼠子宫内膜基质细胞中ＨＯＸＡ１０ ＭＲＮＡ表达量的变化如何影响ＤＮＭ１Ｌ表达。构建ＤＮＭ１Ｌ野生型和绑定位点突变型启动子区域（－１ ７４９～－２ ０３３ ｂＰ）荧光素酶报告载体，分别与ＨＯＸＡ１０．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
郝艳阳 王春江 赵宝 齐雪峰 赵献军
【目的】建立大鼠子宫内膜炎模型,为子宫内膜炎的发病机理及其预防治疗研究提供合适的动物病理模型。【方法】将30只清洁级雌性大鼠随机分为感染组(22只)和对照组(8只),采用手术法给大鼠子宫腔内感染致病性大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、无乳链球菌(菌液体积比为2∶1∶1)的混合菌液,对照组大鼠未感染致病菌的混合菌液。分别于感染后第3,6,9,12天剖杀大鼠,检测其大体剖检病变和组织病理学变化,计算子宫指数,并对子宫内容物病原菌进行分离鉴定。【结果】感染后3~12 d,感染组大鼠子宫指数均较对照组大鼠极显著增加(P<0.01),感染大鼠子宫出现急性卡他性炎症(感染后第3天和第6天)、化脓性炎症(感染后第...
关键词：
子宫内膜炎 大鼠模型 手术法 组织病理学
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
于永生 罗晓彤 金海国 赵越超
利用鸟氨酸脱羧酶(ODC)siRNA干涉、ODC过表达、添加特异性ODC抑制剂二氟甲基鸟氨酸(DFMO)处理小鼠子宫内膜上皮细胞和基质细胞,采用实时定量PCR对多胺代谢相关酶类mRNA水平进行检测。结果显示:在子宫内膜上皮和基质细胞中,ODC siRNA转染后可导致SSAT mRNA水平下降为对照组的71.78%和54.36%(P<0.01)...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
吴庆侠 丰艳妮 楚元奎 吴瑞 崔贞亮 靳亚平
对山羊子宫内膜基质细胞进行分离与体外培养,研究其生长特性,并对其进行免疫细胞化学染色鉴定。结果表明,山羊子宫内膜在37℃条件下,以2 g／L的胶原酶Ⅰ型消化3～4 h效果最好;采用过滤—低速离心—沉降相结合的方法分离山羊子宫内膜基质细胞效果较好,所得细胞在培养后0．5 h开始贴壁,培养12 h后,可见梭形和多角形2种形态的细胞,3～4 d呈网状铺满皿底,有明显的重叠生长现象;免疫细胞化学染色显示这2种形态的细胞均表达波形蛋白,阳性率可达95％以上,不表达角蛋白。说明采用本文所述的消化和分离方法可获得高纯度的子宫内膜基质细胞。
关键词：
山羊 子宫内膜 基质细胞 免疫细胞化学
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈春 魏岳 黄聪 黎观红 谢金防 武艳平
旨在通过对崇仁麻鸡背部皮肤毛囊组织的转录组学分析，筛选关键的差异表达基因和信号通路，探讨鸡皮肤毛囊性状的分子调控机制。采用TRIzol法提取皮肤毛囊组织总RNA,通过Illumina平台进行转录组高通量测序(RNA-Seq)。最后采用实时荧光定量的方法对转录组测序进行验证。研究结果如下：共筛选出了3 856个差异表达基因，在公鸡(BGB vs YGB)比较组合中筛选出了971个差异表达基因，其中274个表达上调，697个表达下调。在母鸡(BMB vs YMB)比较组合中筛选出了3 529个差异表达基因，其中1 477个上调，2 052个下调。在公鸡、母鸡共同的差异表达基因中筛选出了3个与皮肤毛囊性状有关的高表达基因KRT75、KRT6A和KRT14。在GO功能显著富集中，BGB vs YGB比较组合富集到了516个GO term, BMB vs YMB比较组合富集到了1 020个GO term,基因主要集中参与细胞黏附等活动。显著富集了多条KEGG通路，在BGB vs YGB比较组合中富集了8条显著的KEGG通路，在BMB vs YMB比较组合中富集了20条显著的KEGG通路，筛选出了3条关键通路Wnt信号传导途径、神经活性配体-受体调控通路和TGF-β调控通路。荧光定量结果显示，随机选取的5个差异基因在皮肤毛囊中的表达与RNA-Seq走向趋势一致。综上所述，筛选的KRT75、KRT6A、KRT14基因可能影响鸡皮肤毛囊性状；神经活性配体-受体调控通路、Wnt信号通路和TGF-β信号通路均是调控鸡皮肤毛囊性状的重要通路。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张洪波 杨宏军 何洪彬 杨少华 王长法 高运东 仲跻峰 葛利江
【目的】对奶牛产后子宫内膜炎致病菌进行16S rRNA序列鉴定。【方法】从产后子宫内膜炎患牛子宫分泌物中分离致病菌,通过细菌培养、纯化、分离、革兰氏染色和生化试验进行初步鉴定。选取代表性菌株11株,利用细菌通用引物,通过PCR方法,对其16S rRNA基因的核苷酸序列进行扩增,将扩增产物与pMD19-T载体连接构建克隆载体,经PCR和双酶切鉴定正确后测序,测序结果与GenBank中已注册菌株的16S rRNA基因序列进行比对。【结果】共分离到致病菌株60株,有代表性的11株细菌归类为:SD01为琼氏不动杆菌,SD02为粪肠球菌,SD03为金黄色葡萄球菌,SD04为中间葡萄球菌,SD05为溶血葡...
关键词：
奶牛 子宫内膜炎 16S rRNA
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
吴庆侠 董海龙 刘忠艳 朱洪云
为建立永生化山羊子宫内膜上皮细胞系并研究其生物学特性,将人端粒酶逆转录酶催化亚单位(Human telomerase reverse transcrip tase,hTERT)导入原代培养的山羊子宫内膜上皮细胞(Endometrium epithelial cells,EECs),经G418筛选培养,以获得一株永生化山羊子宫内膜上皮细胞(hTERT-EECs);利用流式细胞仪检测其生长周期、凋亡情况及倍体情况;利用MTT法检测其血清依赖性;软琼脂克隆形成试验检测其在半固体培养基中的克隆形成能力;裸鼠致瘤实
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
胡元亮 宋大鲁 徐福南 张宝康 陈小慧
通过光镜、电镜观察和显微测量分析,比较研究了促孕灌注液及其主要组分药红花、淫羊藿和益母草对成年去卵巢小白鼠子宫内膜的显微和超微结构的影响。结果表明,各中药均能引起实验鼠子宫内膜持续增生,证实它们具有雌激素样作用。其中,促孕灌注液的作用明显强于其各组分单味药。3种单味药相比,淫羊藿的作用稍强于红花和益母草。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
贾知锋 王纯洁 敖日格乐 贺美玲 徐进 高瑞娟 阿琪玛
为研究乳酸链球菌素(nisin)及大黄复方对患大鼠子宫内膜炎血清中基质金属蛋白酶-2、基质金属蛋白酶-9(MMP-2、MMP-9)的作用,构建大鼠子宫内膜炎模型,将280只SD大鼠随机分为nisin组、低、中、高剂量大黄复方组、阳性对照组、生理盐水组以及模型组,建子宫内膜炎模型前0h和建模后24、48、72h,用ELISA试剂盒检测各试验组中基质金属蛋白酶(MMPs)和基质金属蛋白抑制物(TIMPs)的变化情况来确定治疗效果。结果表明:1)在072h之间,模型组中,MMP-9和TIMP-1的质量浓度显著低
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张欣 敖日格乐 贾知锋 王纯洁
为研究姜黄素(Curcumin)及细菌素(nisin)对患大鼠子宫内膜炎血清中基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、基质金属蛋白酶-1(TIMP-1)、环氧合酶-2(COX-2)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)的作用,构建大鼠子宫内膜炎模型,将160只SD大鼠随机分为细菌素组、姜黄素组、阳性对照组及生理盐水组,建模型前0h和试验后24、48、72h,用ELISA试剂盒检测各试验组中MMP-9、基质金属蛋白抑制物-1(TIMP-1)、环氧合酶-2(COX-2)及TNF-α的变化情况来监测治疗效果。结果表明:1)在
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张辰 谭秀文 魏晨 张相伦 靳青 刘桂芬 刘晓牧 万发春
【目的】利用虾青素较强的抗氧化特性,通过探讨黏膜屏障重塑对脂多糖(LPS)诱导的牛子宫内膜细胞炎症的影响,为牛子宫内膜细胞炎的预防和治疗提供理论基础。【方法】培养液中添加1μg·mL~(-1) LPS,培养子宫内膜细胞6 h,检测培养液中炎症因子TNF-α和IL-6含量,建立细胞的体外炎症模型。在此基础上去掉培养液,重新加入含1×10~(-6) mol·L~(-1)虾青素的新鲜培养液,继续培养细胞24 h。对照组为不添加LPS或AST,LPS组为仅添加LPS,AST组为添加LPS和AST。采用ELISA法检测培养液中TNF-α和IL-6炎症因子分泌量以及细胞SOD和CAT酶活性,利用流式细胞仪检测细胞内活性氧簇(ROS)水平,利用免疫荧光染色检测细胞紧密连接蛋白Claudin、CDH1、TJP1的分布情况,利用荧光定量RT-PCR法和Western Blot法分别检测Claudin、CDH1、TJP1基因的m RNA表达水平和蛋白表达水平。【结果】利用1μg·mL~(-1) LPS培养子宫内膜细胞6 h,检测发现培养液中炎症因子IL-6和TNF-α分泌水平显著高于对照组(P<0.05),说明LPS诱导子宫内膜细胞产生炎症反应。与对照组相比,细胞内ROS水平显著增加(P<0.05),SOD和CAT酶活性都显著降低(P<0.05),同时ROS阳性细胞比率显著下降(P<0.05),SOD和CAT酶活性都显著升高(P<0.05)。【结论】虾青素通过降低子宫内膜细胞因炎症反应产生的氧化损伤,减轻炎症导致的子宫内膜细胞紧密连接结构损伤,对子宫内膜的物理免疫屏障起保护作用,为牛子宫内膜炎的预防和治疗提供理论借鉴意义。
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