夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物。为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR(EST-SSRs)引物,从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中检测到26 564个简单重复序列(SSRs),平均密度为5.18 kb,最丰富的类型是2碱基重复、单碱基重复和3碱基重复,分别占总SSRs的42.43%,29.50%和23.25%,其中主导类型是(AG/CT)_n。利用L_(16)(45)正交试验获得夏蜡梅的最优简单重复序列-聚合酶链式反应(SS

【目的】为解决八角（Illicium verum）缺乏的SSR分子标记，以八角转录组数据为基础，开发EST-SSR分子标记，揭示其在转录组序列中的分布类型及特征，为八角分子生物学研究奠定基础。【方法】应用SSR搜索程序从八角转录组数据中筛选SSR位点，并对SSR重复基序种类、数量、分布特征等进行统计分析。应用在线设计软件对SSR引物进行设计，采用毛细管电泳的方法检测并确定引物多态性，应用筛选到的多态性引物分析不同八角种质间的遗传关系。【结果】从44267条Unigenes中获得8210个SSR位点，含一个EST-SSR 位点的占比为11.11%，含2个或2个以上EST-SSR 位点的占比为3.13%，复合SSR位点的占比为2.09%。SSR 发生频率为14.24%，平均每5.37 kb出现一个SSR。在检索出的SSR位点中，二核、三核苷酸是主要重复类型，二核苷酸重复中以AG/CT占比最高，为46.03%，三核苷酸重复中以GAA/CTT占比最高，为16.58%，四、五、六核苷酸的重复类型及占比相对较少。SSR重复单元的重复次数为4～40次，其中5次重复数最多，占比22.58%，再者为6次重复，占比19.83%；微卫星的长度分布为12～80 bp，其中12～15 bp的最多，占比37.39%。随机挑选的100对引物中扩增筛选出16对多态性较高的引物，其Na为3～8、Ho为0.13～0.88、He为0.54～0.88、Ne为2.03～5.82、I为0.83～1.84、引物多态性信息量指数为0.43～0.81，平均值为0.63，表明所开发的EST-SSR位点具有较高的多态性，遗传关系指出不同八角种质间具有不同的亲缘关系。【结论】基于八角转录组序列开发EST-SSR标记是可行的，其引物具有特异性好、多态性高等优点，开发的SSR标记能为八角遗传多样性分析、功能基因挖掘、遗传连锁图谱构建等提供依据。

本研究旨在了解白三叶(Trifolium repens) SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料。对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组(RNA-seq)测序,并根据转录组测序结果中的SSR位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证,选择多态性高的引物指纹图谱构建。结果表明,白三叶转录组中含有SSR位点的序列有24 960个,出现频率为13.25%,平均约5.29 kb出现1个SSR位点;白三叶转录组SSR重复碱基类型有6种,其中三碱基重复占比最高(33.70%),其次为双碱基(28.26%)和单碱基重复(25.02%),其他碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.01%。A/T (24.85%)、AG/CT (16.48%)和AAG/CTT (8.89%)分别为单碱基到三碱基的优势重复单元;单碱基至六碱基各基元重复次数集中在4～21次,占总数量的98.11%;序列长度变化在12～35 bp,占总数的96.43%;根据SSR位点序列设计出18 594对引物,占总SSR的74.50%;60对随机引物中能扩增出条带的有52对,多态性引物17对,分别占86.7%和32.7%;以多态性较高的5对引物构建的白三叶指纹图谱,能够有效地将20个不同白三叶品种区分开。本研究中白三叶转录组SSR位点分布频率高,类型丰富,具有较高的多态性,在白三叶遗传多样性分析、分子标记辅助育种和指纹图谱构建中具有较大的应用潜力。

为获得更多的梅花SSR引物,本研究筛选了84对梅花近缘物种的引物,并从梅花EST数据库的序列中设计了23对EST-SSR引物,用12个梅花品种对这些引物进行了多态性检测。结果表明,近缘物种的引物有69对能扩增出条带,有效扩增率达82.1%,从中筛选的14对引物共得到85个等位基因,平均值为6个。有效等位基因数在2.072～5.539之间,平均值为4。PIC多态信息指数在0.483～0.786之间,平均值为0.695。Shannon指数的平均值为1.528。12个品种遗传相似系数在0.13～0.60之间,平均值为0.26。‘玉蝶龙游’梅和‘小玉蝶’相似系数最大,为0.60;‘美人’梅和‘黄金’梅...

从蜡梅转录组数据库组装的83 257个Unigene中分析得到11 868个1~6核苷酸重复的EST-SSR候选位点。在所有序列中,10 284个序列存在EST-SSR位点,SSR的发生频率为12.35%,转录组序列中平均每5 kb长度就有1个SSR位点分布,1 370个Unigene含有2个以上的SSR位点,634个位点以复合的重复形式出现。其中2核苷酸重复和3核苷酸数量最多,分别占总数的44.81%和26.20%。重复基元类型共206种,其中最多的类型为2核苷酸重复AGCT,占总数的39.85%,其次为3核苷酸重复AAGCTT,占总数的11.54%。针对所有EST-SSR位点共过滤出7...

[目的]本研究通过对蒙古沙棘"向阳"品种的转录组序列进行SSR引物开发,为沙棘亲本分析、遗传多样性和遗传育种等研究提供支持。[方法]利用已测得的转录组序列进行分析和筛选,整理具有SSR位点的序列,进行引物设计,随机挑选179条引物进行验证。[结果]得到具有SSR位点的EST序列17 383条,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元分别占62.77%、21.82%和13.77%;二核苷酸重复基元类型以AT和AG为主,三核苷酸重复基元类型以AAG、ATC和ATA为主。9 291条序列设计出扩增EST-SS

简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),又称微卫星,是广泛存在于真核和原核生物基因组中的1～6个核苷酸串联重复单元,研究发现基因组中平均每50kb就有1个SSR(Morgante et al.,1993;Kalia et al.,2011),SSR标记主要包括基因组SSR和表达序列标签SSR(EST-SSR)。SSR标记具

为拓展分子标记在花椒种质资源分析中的应用、开发花椒EST-SSR功能性分子标记、分析花椒DNA指纹图谱,利用凤县大红袍花椒的茎尖节点转录组c DNA数据库中45 057条长度大于200 bp的非冗余Unigene序列,使用MIcro SAtellite(MISA)软件搜索SSR位点,分析花椒c DNA序列中SSR位点的频率和密度、SSR重复基元种类及比例、SSR重复次数与数量等分布特征;用Primer 3.0软件在线设计SSR引物并经PCR扩增筛选适合的多态性引物;用Quantity One软件统计多态性

【目的】通过对楠木转录组数据的分析，开发楠木ＳＳＲ分子标记技术，为楠木遗传多样性分析和资源保护提供保障。【方法】将楠木高通量转录组测序获得的６７ ３３１条Ｕｎｉｇｅｎｅ进行简单重复序列（ＳＳＲ）位点挖掘和分析，并结合引物验证，初步证明其可行性。【结果】通过软件分析，共获得９ ４０５个ＳＳＲ位点，出现频率为１３．９７％，涉及序列数量为６ ６６７条，发生频率为９．９０％。ＳＳＲ序列中包括１６６种重复基元类型，其中，单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型，ＳＳＲ位点数分别为３ ８９０（４１．３６％），２ ８８５（３０．６８％），２ ４８９（２６．４６％）。ＳＳＲ位点重复次数差别较大，其中重复１０．．．

基于龙眼基因组和转录本数据，共鉴定了260 204个SSR位点，平均每1 Mb含有538.24个SSR位点.在全基因组中，二核苷酸重复基序所占比例最大，为36%;在转录本中，三核苷酸重复基序所占比例最大，达50%.在基因组序列和转录本中，发现不同长度基序的SSR重复次数的分布规律基本相似，均表现为基序越短，重复次数越多，出现频率越高.在全基因组中，共有20 761个基因含有SSR位点，16 381个基因不含SSR位点，SSR位点多分布于基因的内含子区域.此外，龙眼及其近缘种全基因组SSR分布规律比较分析表明，龙眼SSR的分布规律与荔枝最为相似，龙眼与荔枝的近缘关系也高于其他物种；在本研究所有物种的SSR序列中，A+T含量均显著高于G+C含量，表明含有A/T核苷酸的SSR位点在无患子科植物中的含量尤为丰富.

[目的]对直立型扁蓿豆转录组简单重复序列(SSR)特征进行分析,为开发扁蓿豆新的分子标记奠定基础。[方法]以直立型扁蓿豆叶片为材料,通过Illumina HiSeq X Ten测序平台进行高通量测序,利用MISA软件对转录组数据进行SSR位点搜索,并对SSR位点的分布及其序列特征进行分析。[结果]在直立型扁蓿豆中得到308449条参考序列(Unigene),从中挖掘到89 688个SSR位点,SSR出现频率为29.08%,平均分布距离3.17 kb。SSR重复基元数量以单核苷酸为主(53 710个SSR,占比59.89%),三核苷酸(18 586个SSR,占比20.72%)、二核苷酸(15 446个SSR,占比17.22%)次之。在159种重复基元中,单核苷酸A/T类型占比最高(58.50%),其次为二核苷酸AG/CT基元(8.29%)。直立型扁蓿豆转录组SSR以6～15次重复为主,6种核苷酸重复类型数量总体表现为随着基元重复次数的增加而减少。SSR长度主要集中在12～120 bp,此长度范围SSR数量占SSR总数的41.62%,具有较高多态性潜能的SSR(长度>20 bp)位点数为20 557,占比22.92%。[结论]直立型扁蓿豆SSR位点出现频率高、基元重复类型丰富、多态性潜能高,在扁蓿豆遗传多样性与品种分子鉴定及新的分子标记开发等方面具有较大的应用价值。

分析云南金花茶转录组中的SSR位点信息及其序列分布特征,为SSR引物的大量开发奠定前期基础。利用MISA软件分析了云南金花茶转录组数据155 011条Unigenes的SSR位点信息,在云南金花茶转录组中共检测到30 435个SSR位点,出现频率为19.63%,平均3.46 kb就出现1个SSR位点。而重复基元类型从二核苷酸到六核苷酸均有出现,其中二核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的71.44%;其次是三核苷酸,占SSR总数的25.48%;四核苷酸到六核苷酸仅占3.08%。AG/TC与CT/GA是二核苷酸的优势重复基元,分别占总基元的26.75%与25.17%;CTT/GAA与AGA/TCT是三核苷酸的优势重复基元,分别占总数的2.64%与2.23%。根据云南金花茶转录组测序结果,云南金花茶转录组的SSR位点出现的频率较高,具有丰富的基元类型,并且有较高的重复次数,具有较高的多态性潜力。随机选出50对设计的SSR引物用于检测,其中有14对引物能扩增出清晰且单一的谱带。对云南金花茶转录组数据中SSR位点信息进行分析,可为其SSR引物的设计与筛选、SSR遗传多样性分析以及种质资源的保护提供理论依据。

【目的】探究从前苏联引进的簇毛麦No.1026(Dv#4)的EST-SSR序列特征及其在染色体的分布,分析它们在不同簇毛麦间及与小麦间的多态性,为其进一步的研究与利用提供依据。【方法】通过Illumina HiSeq测序获得No.1026植株的转录组序列,利用MISA软件分析转录组SSR序列及特征,采用Primer 3设计SSR引物,随机合成238对引物,对小麦中国春与簇毛麦Dv#4和引自英国剑桥的簇毛麦Dv#2的基因组DNA进行扩增,在琼脂糖凝胶上分离评价扩增产物的多态性,并利用一套小麦-簇毛麦异染色体系进行扩增分析。【结果】检测了No.1026总长62.76 Mb的转录组序列,发现10 497个SSR位点,它们分布于8 735条Unigene上。在1—6个核苷酸的重复单元中,单、双、三碱基的重复占95.85%,其中三核苷酸串联重复数量最多,占SSR总数的50.33%,而CCG/CGG基序的重复占三核苷酸串联重复的41.66%;单核苷酸重复是第二大类型,出现频率为27.13%,其中A/T重复占单核苷酸重复的74.58%。二核苷酸重复类型的数量位列第三,占SSR总数的18.39%。在238对EST-SSR引物中,88对在中国春与簇毛麦(包括Dv#2和Dv#4)之间的扩增产物显示多态性;8对只在簇毛麦和单一异染色体系扩增;4对可在簇毛麦和多个异染色体系中特异扩增;但多数可在簇毛麦中清晰扩增的引物不能在任何异染色体系中扩增,推测可能与簇毛麦基因组及染色体导入小麦过程中的变异有关;47对(19.74%)在2份不同来源的簇毛麦Dv#2和Dv#4之间的扩增产物呈现多态性。利用1对EST-SSR引物和1个EST-PCR标记检测48个簇毛麦植株,证明多态性的SSR引物可有效用于检测簇毛麦的异质性。【结论】簇毛麦No.1026(Dv#4)的转录组中存在丰富的SSR序列,其中CCG/CGG、A/T和AG/CT等三核苷酸、单核苷酸和二核苷酸是其最主要的串联重复基序。部分EST-SSR的侧翼保守序列与单一或若干外源染色体特异相关联,据此开发特异的分子标记,可用于跟踪检测小麦背景中特异的簇毛麦染色体或染色体片段。Dv#4与Dv#2间的部分EST-SSR具有多态性,提示2份不同来源簇毛麦的表达序列间存在一定程度的遗传差异,因此,簇毛麦Dv#4值得进一步的发掘研究。

对31 308条来自NCBI的芭蕉属(Musa)EST序列进行拼接得到全长为13.51 Mb的21 129条无冗余EST序列(含3 818条contigs及17 311条singletons),其中,4 944条(23.40%)EST序列含有5 416条SSRs,SSR的出现频率为25.63%,平均分布距离2.49 Kb,有234条(1.11%)含有1个以上的SSR。在所检测的SSR中,二、三、四核苷酸重复是主导重复类型,分别占EST-SSR总数的21.80%(1 181条)、52.55%(2 846条)和14.55%(788条)。AG/CT、AAG/CTT与AGG/CCT和AAAG/CTTT...