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[期刊] 西南农业学报
[作者]
尤科梅 孟科 田彦梅 宋昀静 冯登侦
【目的】通过RNA-Seq技术筛选不同性别滩羊肌肉生长发育相关的候选基因，初步揭示滩羊背最长肌差异形成的分子机理，为其肌肉生长发育研究提供理论依据。【方法】以相同饲养条件下的8月龄滩羊为研究对象，通过转录组测序对滩羊背最长肌肉品质进行分析比较，采用Illumina HiSeqTM4000平台进行mRNA转录组测序和分析，发掘对肌肉生长发育有差异影响的相关调控基因，并对筛选的差异基因进行RT-qPCR验证。【结果】利用RNA-Seq技术测序共筛选出37个差异表达基因，其中上调基因10个，下调基因27个。对差异基因进行GO功能注释分析结果显示，其显著富集在41个GO条目中（P <0.05）；同时KEGG富集分析表明DEGs富集在28条通路中，包括FoxO、PI3K-Akt、调控干细胞多能性、嘌呤代谢、肌动蛋白细胞骨架的调节、Notch信号、蛋白质消化吸收和钙信号等通路，进一步筛选出6个基因(KSR2、ENAH、COL9A1、IFIT1、B3GAT2和TACR1)。取6个差异基因进行实时荧光定量PCR验证，结果与转录组测序表达趋势一致，说明测序结果可靠。【结论】研究获得的KSR2、ENAH、COL9A1、IFIT1、B3GAT2和TACR1候选基因为肌肉生长发育提供更多参考资料，从而为后续宁夏优质肉羊肌肉生长发育的研究奠定理论基础。
关键词：
滩羊 候选基因 转录组 qRT-PCR
[期刊] 西南农业学报
[作者]
夏敏 徐楠 朱倩锋 陈彦超 杜丽桦 汪启明 夏新界 饶力群
【目的】研究巨型稻幼苗期响应盐胁迫差异基因的表达特异性，解析巨型稻耐盐机理及分子机制，为水稻耐盐性遗传改良提供理论依据。【方法】以湘巨1号为材料，设置对照和1个盐浓度水平(0.5%NaCl)，处理72 h，随后应用转录组测序技术分析盐胁迫下响应基因的动态变化与主要富集途径。【结果】盐处理后湘巨1号幼苗的苗高和鲜重均受到低于30%的胁迫损害。每个样本共获得的干净片段为58.93 G Clean bases，平均GC含量为53.51%，平均Q20和Q30分别为97.84%和93.89%。基因差异表达分析筛选出2327个差异基因，其中1363个上调表达基因，964个下调表达基因。对差异基因进行功能注释分析发现，GO富集分析结果显示差异基因显著富集在166个GO条目中，其中最显著富集的条目分别是生物过程中的氧化还原过程、核代谢过程、转录调控等；细胞组分中的膜组分；分子功能中的氧化还原酶活性、单氧酶活性、转录因子活性等。KEGG分析结果表明，差异基因显著富集在次生代谢物合成、植物激素信号转导、苯丙烷生物合成、谷胱甘肽代谢等途径。【结论】湘巨1号具有较强耐盐性，GO分析表明湘巨1号通过调控抗氧化酶活性和转录因子表达来响应盐胁迫。KEGG分析表明植物激素信号转导、苯丙烷生物合成、谷胱甘肽代谢等途径在响应盐胁迫中起主导作用。本研究利用RNA-Seq测序技术筛选了水稻响应盐胁迫的候选基因，为深入研究巨型稻耐盐调控机制提供了基础，也为后续新品种研发培育提供了重要的理论依据。
关键词：
巨型稻 苗期 耐盐性 转录组
[期刊] 华北农学报
[作者]
宋昀静 田彦梅 孟科 尤科梅 冯登侦
旨在从基因水平分析LncRNA对公母滩羊肌肉发育的影响，因肌肉的生长发育是养殖业经济效益的重要指标，而骨骼肌的发育与产肉性能显著相关。为初步揭示影响肌肉发育差异的分子机理，从而进行转录组测序分析，筛选与绵羊肌肉发育相关的LncRNA。通过对公母滩羊各3头(8月龄)的背最长肌组织进行全转录组测序(RNA-seq)和分析，从而筛选出可能与滩羊肌肉发育相关的LncRNA。结果显示：鉴定到的8 513个LncRNAs中共筛选出45个组间差异表达LncRNAs,其中18个上调，27个下调。预测DELncRNA的co＿location靶基因并进行GO功能富集分析结果显示：靶基因显著富集在268个GO条目中，其中有促生长激素分泌细胞分化、典型的Wnt受体信号通路参与对细胞凋亡过程的负向调节、对生长激素分泌的正向调节、cAMP介导的信号传递等条目；KEGG通路富集分析结果表明，DEGs富集在AMPK、NF-KB、PI3K-AKT、MAPK、cAMP、FOXO等信号通路，进一步筛选出TCONS＿00017263、TCONS＿00147966、TCONS＿00163484、TCONS＿00079802、TCONS＿00079803这5个可能参与肌肉发育相关的LncRNA。对随机挑选的6个DELs进行实时荧光定量PCR验证，其结果的表达趋势与转录组测序结果趋势一致，进一步验证了测序结果的准确性。研究获得的这些DELncRNA可能造成了滩羊公母肌肉生长发育上的差异，同时这些相关LncRNA为调控肌肉发育提供了更多信息，并为今后宁夏地区不同性别滩羊肉用性能的分子育种提供了科学依据。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王利宏 王庆增 鲍建军 于嘉瑞 陈玲 方明 袁文龙 孙伟
[目的]探究Hippo信号通道中Lats2基因与湖羊肌肉生长发育的关联性。[方法]以湖羊作为试验材料,用RT-qPCR技术分析Lats2基因在不同性别、不同生长阶段(2、60、180日龄)、不同肌肉组织(比目鱼肌、背最长肌、腓肠肌和趾长伸肌)的时空表达规律,及其与Lats1、YAP1(Yes相关蛋白1)基因和肌肉生长相关基因在不同生长阶段的相关性。[结果]根据Hippo信号通道中Lats2基因的时空表达规律可以发现:在不同肌肉组织中,Lats2基因在趾长伸肌中相对表达量最高;在不同生长阶段,Lats2基因在60日龄的表达量最高;在不同性别中,Lats2基因的表达表现为公羊高于母羊。相关性分析结果表明:在2日龄肌肉组织中,Lats2基因的表达与MSTN基因间正相关(P<0.05);在60日龄的肌肉组织中,Lats2基因的表达与Lats1基因正相关(P<0.05);在180日龄肌肉组织中,Lats2基因的表达与MyoG基因间极显著正相关(P<0.01),与YAP1基因间显著负相关(P<0.05)。[结论]Hippo信号通道中Lats2基因的表达受不同性别、年龄和肌肉组织的影响,可能通过下调YAP1基因的表达抑制肌肉生长发育,可作为肌肉生长发育调控研究的候选基因。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙伟 唐中林 谭林 雷初朝 李奎
【目的】研究HMGCS1基因对猪骨骼肌生长发育的影响及其靶标的验证。【方法】采用real-time PCR对通城猪不同组织以及背最长肌不同发育时间点的HMGCS1基因的表达变化进行检测。【结果】①HMGCS1基因在成年猪肺组织中的表达量最高;②在背最长肌发育中,该基因分别在胚胎期33和65 d高表达,出生后20、30、40和60 d低表达;③双荧光素酶试验显示,转染miR-18a/b minics组荧光素酶活性低于对照组。【结论】HMGCS1参与了猪骨骼肌生长发育过程,并受miR-18a/b的调控,是猪的产肉性状的潜在候选基因。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
祝倩 李宸健 程雅婷 李锐煊 刘雅婷 孔祥峰
[目的]为了研究母猪饲粮添加益生菌和合生元对子代巴马香猪肌肉氨基酸组成及相关基因表达的影响，[方法]选用64头妊娠巴马香猪，随机分为对照组（基础饲粮）、抗生素组（50 g·t~(-1)维吉尼亚霉素纯品）、益生菌组（200 mL·d~(-1)益生菌发酵液）和合生元组（500 g·t~(-1)低聚木糖+200 mL·d~(-1)益生菌发酵液），每组16头母猪，单栏饲养。母猪在整个妊娠期和哺乳期饲喂相应试验饲粮；仔猪断奶后，每窝选取2头仔猪，每组32头（8栏，每栏4头），饲喂基础饲粮。分别于65、95和125日龄每组选取8头采集股二头肌和腰大肌样品，测定其水解氨基酸组成和相关基因的表达量。[结果]结果表明：与对照组相比，合生元组股二头肌粗蛋白质、Gly、Ser、Ala、Asp、Glu、Pro和Ile含量，腰大肌Gly、Glu、Ser和His含量显著增加（P<0.05）；益生菌组股二头肌肌肉萎缩F-box蛋白32和生肌调节因子（MyoG）、腰大肌生肌因子5（Myf5）的表达显著上调（P<0.05），腰大肌肌球蛋白重链Ⅱb（MyHCⅡb）、股二头肌和腰大肌肌肉生长抑制素（MSTN）的表达显著下调（P<0.05）；合生元组股二头肌Myf6、生肌分化因子和MyoG以及腰大肌Myf5和MyoG的表达显著上调（P<0.05），股二头肌MSTN的表达显著下调（P<0.05）；益生菌组和合生元组股二头肌MyHCIIx的表达显著下调（P<0.05）；抗生素组腰大肌MyHCⅡx的表达显著上调（P<0.05），而股二头肌MyHCI和腰大肌MyHCIIa的表达显著下调（P<0.05）。[结论]总之，母猪饲粮添加益生菌和合生元可改变子代巴马香猪肌肉氨基酸组成、调控生肌因子相关基因表达、促进肌纤维类型由酵解型向氧化型转化，有利于肉品质的改善。
[期刊] 华北农学报
[作者]
梁鹏 张稳 冯登侦 强浩 荣轩 孟科
旨在分析滩羊与杜泊羊和小尾寒羊肉品质变化和肌肉内基因的表达情况，初步揭示它们肉质性状差异的分子机理，为其他绵羊品种选育与改良提供理论依据。通过对8月龄杜泊羊、滩羊和小尾寒羊的肉品质分析比较，并采用Illumina HiSeq~(TM) 4000平台对背最长肌组织进行转录组测序和分析，挖掘它们肉质性状差异的相关调控基因。结果显示：共筛选出820个差异表达基因，其中杜泊羊与滩羊之间99个，杜泊羊与小尾寒羊之间436个，滩羊与小尾寒羊之间552个。对差异基因进行GO功能富集分析结果显示，各比较组分别显著富集在224,517,657个GO条目中；KEGG通路富集分析表明，DEGs富集在cAMP、MAPK、AMPK、嘌呤代谢、甘油磷脂代谢、氨基酸和脂肪酸代谢以及糖酵解/异生等信号通路，进一步筛选出FOS、PLA2G4E、LPIN1、AMPD1、AMPD3、NT5C1A、GPI、PFKM和PKM等与肉品质调控和风味物质代谢有关的候选基因。对随机挑选的几个差异基因进行实时荧光定量PCR验证，结果显示，与转录组测序结果表达趋势一致，说明测序结果可靠，研究获得的这些差异基因可作为宁夏优质肉羊新品种(系)培育的基础资料。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
周驰宇 孔迪 徐骏飞 郑超凡 孙赫 李瑞连 陈林 蔡年辉 许玉兰 唐军荣
【目的】通过高通量RNA测序技术,初步探究云南松腋芽生长分子机制,为后续克隆云南松腋芽重要基因及其功能验证研究奠定基础。【方法】以无腋芽与有腋芽2种生长状态的云南松幼苗为研究材料,构建其茎部组织c DNA文库并进行转录组测序,从中筛选出差异表达基因(DEGs),利用生物信息学方法对DEGs进行GO和KEGG分析;从激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢与糖酵解/糖异生代谢通路中选出6个与腋芽萌发和生长相关的基因,并采用RT-q PCR技术进行验证分析。【结果】比较无腋芽与有腋芽云南松的转录组文库,共鉴定到1 420个DEGs,其中上调基因与下调基因分别有524和896个。GO富集分析结果表明,在细胞组分类别中,差异基因数量最多的前3个亚类从多到少依次为胞外区、膜和细胞解剖实体部分;在分子功能中,注释为催化活性的差异基因数量最多,其次为电子传递活性、氧化还原酶和抗氧化活性;在生物学过程中,差异基因主要集中注释在细胞杀伤和刺激响应过程中。KEGG分析结果表明,云南松基因可能通过玉米素生物合成及糖酵解/糖异生显著富集通路参与对腋芽生长的响应。此外,在激素信号转导及淀粉和蔗糖代谢、糖酵解/糖异生代谢通路上共发现12个DEGs,从中筛选出6个候选基因,对其进行RT-q PCR验证,显示各基因表达趋势与转录组分析结果一致。【结论】通过分析植物激素代谢及糖代谢通路上相关基因表达的变化,筛选出6个与腋芽生长发育相关的基因,可用于进一步揭示云南松腋芽生长机制及云南松的遗传改良。
关键词：
云南松 腋芽 差异表达基因 转录组测序
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李文文 徐革锋 黄天晴 谷伟 刘恩慧 王高超 潘玉财 周金鑫 姜再胜 王炳谦
为了挖掘调控乌苏里白鲑(Coregonus ussurinsis Berg)肌肉生长的关键候选基因，本研究对不同生长速度乌苏里白鲑的肌肉组织进行转录组测序，以期为乌苏里白鲑群体选育提供基础数据。首先，在同等条件下(从混合池中)随机选择乌苏里白鲑F_(2)个体进行实验分组(快长组和慢长组)。接着分别从快长组(219.20±38.66) g和慢长组(74.30±17.86) g中随机选取10尾样本，取其背部肌肉进行转录组测序。以FDR1为条件筛选差异表达基因并对其进行GO (gene ontology)和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析，并通过qPCR验证转录组数据的准确性。转录组测序结果显示，共筛选出2 211个差异表达基因，与慢长组相比，快长组中583个差异基因表达上调及1 628个基因表达下调。GO功能注释结果显示，差异基因主要参与细胞过程和结合过程，差异基因显著富集到251条KEGG通路(P
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李丰银 陶勇 李运生 曹鸿国 刘亚
将12日龄小鼠卵巢移植到8～10周龄去势雄性小鼠的背部肌肉中,分别于移植后7、26和40d观察移植体周围血管再生状况,分离并观察移植体上的卵泡和卵母细胞发育情况,并观察移植体的组织学结构及变化。结果发现:卵巢移植后7d,卵巢內大量卵泡发生退行性变化,卵泡数量骤减;移植后26d,移植体周围有明显的血管发生,移植体直径增加到1908μm,极显著大于12日龄小鼠卵巢(P<0.01),移植体边缘可见到各阶段的卵泡,卵巢的皮质和髓质界限模糊;移植后40d,移植体直径增加到2739μm,极显著大于12日龄小鼠卵巢(P<0.01),有明显的卵泡,从移植体中分离得到卵丘卵母细胞复合体(COCs)和卵母细胞,形...
关键词：
卵巢移植 小鼠 卵泡 卵母细胞
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨爱馥 周遵春 高杉 孙红娟 潘泳嘉 陈仲 董颖
为了寻找仿刺参(Apostichopus japonicus)养殖期间的"化皮病"关键调控基因,并分析这些基因所参与的信号通路,对本课题组前期已获得的仿刺参"化皮"I期(早期)、II期(中期)和III期(后期)3个阶段的病变及其同一个体正常体壁组织之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行进一步分析。主成分分析(principal component analysis,PCA)结果显示,"化皮"II期病变组织与正常组织之间的差异最小,"化皮"I期与III期表达关系比较接近,"化皮"II期是一个"转折期"。KEGG富集分析结果显示,补体与凝血级联(Complement and coagulation cascades)通路和细胞外基质受体(ECM-receptor interaction)通路在"化皮"3个阶段都显著改变。通过构建"化皮"过程关键差异表达基因调控网络,发现Ig GFc-binding protein(Fc GBP)基因和Tenascin(TN)蛋白家族基因在"化皮"不同阶段参与到发生显著变化的信号通路。q RT-PCR验证结果显示,5个DEGs在仿刺参"化皮"不同阶段表达趋势与RNA-Seq结果一致,皮尔逊相关系数r值为0.7714。"化皮"过程关键调控基因的筛选将为抗逆品种选育以及"化皮病"的防控提供科学依据。
关键词：
仿刺参 化皮 差异表达基因 调控网络
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
管峰 刘守仁 程瑞禾 代蓉 石国庆 艾君涛 杨利国
以绵羊BMPRIB基因为候选基因,采用PCRRFLP方法分析湖羊、夏洛来、陶赛特、萨福克、罗米丽、中国美利奴羊以及中国美利奴肉用多胎品系共553只个体的基因单核苷酸多态性,以及BMPRIB基因多态性与产羔数和生长发育的关系。实验结果显示,BMPRIB基因在不同绵羊品种(系)中共有3种基因型(BB、B+和++),但基因型频率分布在各品种(系)间差异极显著(P<0.01)。在湖羊中仅有BB基因型;在中国美利奴肉用多胎品系中BB、B+和++基因型频率分别为51%、30%和19%;而其他品种(系)羊中则仅有++基因型。对中国美利奴羊肉用多胎品系的研究发现:BB、B+和++基因型群体第一胎产羔数分别为2...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨芩 付燕 刘雅兰 张婷渟 彭舒 邓洁
【目的】筛选蓝莓花粉败育相关基因，为其克隆、蓝莓花粉败育研究和育种提供参考依据。【方法】用Illumina NovaSeq 6000对来源于相同母本且花粉活力有显著差异的‘灿烂(BT)’、‘杰兔(PM)’和‘粉蓝(PB)’3个兔眼蓝莓品种花粉的转录组进行测序，基于差异表达基因的基因本体数据库(GO)、Pathway显著性富集(KEGG)和蛋白家族数据库(Pfam)分析，筛选参与蓝莓花粉败育的相关基因。【结果】‘杰兔’花粉活力显著低于‘灿烂’和‘粉蓝’，‘灿烂’vs‘杰兔’与‘粉蓝’vs‘杰兔’2个对比组合分别筛选到2 717个和3 208个差异表达基因。‘灿烂’vs‘杰兔’对比组合的2 717个差异表达基因在GO、KEGG和Pfam数据库中分别已注释1 124个、1 020个和1 791个。‘粉蓝’vs‘杰兔’对比组合的3 208个差异表达基因在GO、KEGG和Pfam数据库中分别已注释1 350个、1 144个和2 197个。对差异表达基因的GO和Pfam注释结果进一步筛选，获得与花粉败育相关的差异表达基因27个，其中，22个上调表达，5个下调表达。【结论】经GO和Pfam注释，花粉败育相关差异表达基因功能主要集中在花粉发育、花穗发育、孢粉素生物合成过程、花粉外壁形成、花药壁绒毡层细胞分化、细胞分裂素的正向调节、有丝分裂纺锤体组织调节和油菜素内酯介导信号途径等通路，可作为深入探索蓝莓花粉败育机制及筛选蓝莓花粉败育关键基因的参考依据。
关键词：
蓝莓 花粉败育 转录组 基因筛选 育种
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
闫允君 卢霞 孟宪红 栾生 陈宝龙 孔杰
Myostatin (Mstn)即肌肉生长抑制素，在脊椎动物中是胚胎期肌肉形成和成体肌肉生长的主要调控因子之一，通过抑制肌细胞的扩增和分化而抑制肌肉的生长和发育。为了筛选在中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)中Mstn调控的肌肉生长相关的基因，为肌肉生长调控机理奠定基础，本研究利用RNA-Seq技术对PBS对照组和Mstn表达抑制组进行了测序分析。结果显示，Mstn表达被抑制后共筛选到1657个差异表达基因，其中，805个显著上调，852个显著下调。参考脊椎动物Mstn调控的肌肉生长经典信号通路TGF-β/Smad和MAPK通路和差异基因功能的已有报道，初步筛选出29个Mstn调控的与肌肉生长相关的基因。在涉及TGF-β/Smad和Mapk通路的16个基因中，除ActRI被检测到略微上调外，其他基因均表现出不同程度的下调；在另外13个涉及蜕皮、肌肉生长等过程的基因中，促进肌肉生长的基因显示为上调。前期的研究表明，Mstn可能同脊椎动物功能类似，在中国对虾中负向调控肌肉生长，而本研究结果提供了进一步的证据，为阐明对虾的肌肉发育调控机制提供了重要基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
单艳菊 徐文娟 陈剑 宋卫涛 束婧婷 陶志云 李慧芳
为探讨不同鸭种胚胎期和初生早期胸肌和腿肌中甲状腺激素受体(TRα)基因表达水平的发育性变化及其对胸肌质量、腿肌质量和胚质量(或体质量)的影响,选用生长速度差异较大的高邮鸭和金定鸭为研究材料,采用实时荧光定量PCR方法检测两鸭种13、17、21、25、27胚龄和出雏后7日龄时胸肌和腿肌中TRαmRNA的表达水平。结果表明:在鸭胚胎期和初生早期,两鸭种肌肉TRαmRNA的表达趋势较为一致,即在胸肌中呈"W"形,在腿肌中呈前高后低的表达规律。在13、17和21胚龄时两鸭种胸肌TRαmRNA的表达量均极显著低于腿肌(P<0.01),而在25、27胚龄和7日龄时则均高于腿肌。相关性分析表明:两鸭种胸肌中...
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