Myostatin (Mstn)即肌肉生长抑制素，在脊椎动物中是胚胎期肌肉形成和成体肌肉生长的主要调控因子之一，通过抑制肌细胞的扩增和分化而抑制肌肉的生长和发育。为了筛选在中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)中Mstn调控的肌肉生长相关的基因，为肌肉生长调控机理奠定基础，本研究利用RNA-Seq技术对PBS对照组和Mstn表达抑制组进行了测序分析。结果显示，Mstn表达被抑制后共筛选到1657个差异表达基因，其中，805个显著上调，852个显著下调。参考脊椎动物Mstn调控的肌肉生长经典信号通路TGF-β/Smad和MAPK通路和差异基因功能的已有报道，初步筛选出29个Mstn调控的与肌肉生长相关的基因。在涉及TGF-β/Smad和Mapk通路的16个基因中，除ActRI被检测到略微上调外，其他基因均表现出不同程度的下调；在另外13个涉及蜕皮、肌肉生长等过程的基因中，促进肌肉生长的基因显示为上调。前期的研究表明，Mstn可能同脊椎动物功能类似，在中国对虾中负向调控肌肉生长，而本研究结果提供了进一步的证据，为阐明对虾的肌肉发育调控机制提供了重要基础。

【背景】苹果分枝数量的多少对于树体适应环境、生长生存、竞争资源都具有十分重要的作用。在实际生产过程中，多分枝的苹果品种更能满足整形修剪的需求，其不仅有利于果农因地制宜适时调整树体结构，塑造便于机械化采收的树形；而且对于调整结果枝均匀分布、保证结果量和果实品质都至关重要。【目的】本研究拟通过对同一发育时期的多分枝品种‘华星’和少分枝品种‘华硕’的顶芽、侧芽分别进行转录组测序，挖掘影响苹果分枝能力的关键基因，解析候选基因通过介导激素通路调控苹果分枝能力的潜在机理，为提高苹果分枝能力及产量提供理论依据。【方法】分别对‘华硕’和‘华星’的侧芽及顶芽进行转录组测序，通过差异表达基因（DEG）分析并借助加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）等生物信息学手段，筛选引起分枝数量差异的核心候选基因，并通过在拟南芥中异源过表达候选基因对筛选结果准确性进行验证。【结果】在‘华硕’和‘华星’的顶芽之间比对共得到2 920个差异表达基因，而‘华硕’和‘华星’侧芽间比较共筛选到5 127个差异表达基因。DEGs主要富集在植物激素信号传导通路中，生长素信号通路和独脚金内酯信号通路与苹果分枝能力关系最密切，相关编码MdIAA3、MAX2、TCP、JAZ等家族的基因在两个品种侧芽间的差异十分显著。编码CYC(cyclins)、CDK(cyclin-dependent kinase)、EXPA(expansin)等细胞周期、细胞壁修饰相关基因家族的DEGs也与苹果分枝能力呈正相关。进一步通过WGCNA分析得到候选基因CAD、EXPA、CYC、JAZ、SAUR的互作网络关系，这些基因可能在苹果分枝能力的调控过程中具有一定作用。对MdIAA3异源转化拟南芥后，发现MdIAA3明显增加了拟南芥长势、结荚数、分枝数。【结论】通过转录组分析，筛选到13个调控基因可作为苹果分枝能力控制的潜在基因，MdIAA3在拟南芥中异位表达，明显促进了植株长势和分枝能力；苹果分枝能力的调控主要涉及细胞的分化与发育，细胞壁修饰，生长素、独脚金内酯信号传导等过程。

凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)是中国主要的对虾养殖品种之一,对低温的耐受性较差,低于18℃就会停止摄食。为了探究凡纳滨对虾耐低温性状相关基因,选用凡纳滨对虾低温胁迫组(18℃)和常温组(24℃)肝胰腺组织为实验材料,进行Illumina HiSeq 2500测序,对测序原始数据进行拼接、注释,以及筛选分析低温胁迫下的差异表达基因。结果显示,测序共获得50921条基因(unigene),平均长度为828 bp, N50为1589 bp,其中28.13%为已知基因。基因差异表达分析共筛选得到243个低温胁迫相关基因,其中89个上调表达, 154个下调表达。功能富集分析发现,差异表达基因多富集在生物结合和催化过程、过氧化物酶、溶酶体、精氨酸和脯氨酸的代谢以及氨基酸的生物合成途径中。进一步根据Q-值共筛选出10个差异表达最显著的基因,其中ATP结合盒B亚家族6转运蛋白基因(ATP-binding cassette sub-family B member 6, ABCB6)、C型凝集素基因(C type lectin)、谷氨酰胺合成酶基因(glutamine synthetase, GS)在低温胁迫下均呈下调表达,推测可能参与了凡纳滨对虾低温应答反应。利用Real time RT-PCR验证转录组数据,结果证明基于转录组测序筛选低温胁迫下的差异表达基因是可行的。本研究为揭示凡纳滨对虾耐低温分子调控机制提供了基础数据和理论依据。

为筛选大型迪庆藏猪不同生长阶段肌肉生长差异的关键基因并分析其调控途径，以40、80和120kg的大型迪庆藏猪为对象，基于RNA-seq技术对背最长肌组织进行转录组测序，对获得的测序数据进行拼接、比对、注释和差异分析，筛选与肌肉生长相关的差异基因进行STEM趋势分析、功能分析并构建差异基因互作网络。结果表明：1)10～40kg阶段与40～80kg阶段、40～80kg阶段与80～120kg阶段比较共检测到730个、981个基因显著差异表达；2）差异表达基因STEM趋势分析显示，共有4个差异显著模块，模块11和14的差异基因先上调表达后轻微下调；模块9和10的差异基因先上调后下调表达；3）差异基因互作网络显示，10～40kg vs 40～80kg,FOS基因位于调控网络核心，与EGRs、CCL2和NOR-1等基因有互作关系，NOR-1基因上调导致肌肉生长速度加快，FOS基因下调抑制肌源性分化，EGRs基因下调导致胶原纤维束减少，CCL2基因下调导致肌肉再生受损；40～80kg vs 80～120kg,FOXO1、PDK4和PPARD等基因位于网络中心，SFRPs基因上调阻止成肌细胞终末分化，FZD7基因下调减缓肌纤维肥大速度，FOXO1下调导致肌生长抑制素mRNA下降减缓肌肉萎缩进程，PPARD与FOXO1均降低PDK4含量从而使肌肉丙酮酸脱氢酶复合物活性增强，对碳水化合物氧化和葡萄糖摄取增加，肌纤维变粗，与大型迪庆藏猪40至80kg生长速度显著快于10至40kg阶段，而80kg之后缓慢下降的规律吻合；4）挑选了12个差异基因进行qPCR验证，EGR1、SFRP1和FOXO1等12个基因定量验证结果与转录组测序结果一致。综上，本研究利用RNA-seq技术筛选出12个影响大型迪庆藏猪不同生长阶段肌肉生长的差异基因，可为解析地方猪肌肉生长的遗传调控机制、应用分子标记辅助选择提高迪庆藏猪瘦肉产量提供参考。

为了挖掘调控乌苏里白鲑(Coregonus ussurinsis Berg)肌肉生长的关键候选基因，本研究对不同生长速度乌苏里白鲑的肌肉组织进行转录组测序，以期为乌苏里白鲑群体选育提供基础数据。首先，在同等条件下(从混合池中)随机选择乌苏里白鲑F_(2)个体进行实验分组(快长组和慢长组)。接着分别从快长组(219.20±38.66) g和慢长组(74.30±17.86) g中随机选取10尾样本，取其背部肌肉进行转录组测序。以FDR1为条件筛选差异表达基因并对其进行GO (gene ontology)和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析，并通过qPCR验证转录组数据的准确性。转录组测序结果显示，共筛选出2 211个差异表达基因，与慢长组相比，快长组中583个差异基因表达上调及1 628个基因表达下调。GO功能注释结果显示，差异基因主要参与细胞过程和结合过程，差异基因显著富集到251条KEGG通路(P

【目的】通过RNA-Seq技术筛选不同性别滩羊肌肉生长发育相关的候选基因，初步揭示滩羊背最长肌差异形成的分子机理，为其肌肉生长发育研究提供理论依据。【方法】以相同饲养条件下的8月龄滩羊为研究对象，通过转录组测序对滩羊背最长肌肉品质进行分析比较，采用Illumina HiSeqTM4000平台进行mRNA转录组测序和分析，发掘对肌肉生长发育有差异影响的相关调控基因，并对筛选的差异基因进行RT-qPCR验证。【结果】利用RNA-Seq技术测序共筛选出37个差异表达基因，其中上调基因10个，下调基因27个。对差异基因进行GO功能注释分析结果显示，其显著富集在41个GO条目中（P <0.05）；同时KEGG富集分析表明DEGs富集在28条通路中，包括FoxO、PI3K-Akt、调控干细胞多能性、嘌呤代谢、肌动蛋白细胞骨架的调节、Notch信号、蛋白质消化吸收和钙信号等通路，进一步筛选出6个基因(KSR2、ENAH、COL9A1、IFIT1、B3GAT2和TACR1)。取6个差异基因进行实时荧光定量PCR验证，结果与转录组测序表达趋势一致，说明测序结果可靠。【结论】研究获得的KSR2、ENAH、COL9A1、IFIT1、B3GAT2和TACR1候选基因为肌肉生长发育提供更多参考资料，从而为后续宁夏优质肉羊肌肉生长发育的研究奠定理论基础。

翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)是中国重要的经济水产养殖品种,对翘嘴鳜基因表达模式进行研究有助于筛选优势个体,培育生长特性优良的品种。为了解体重明显差异翘嘴鳜个体的差异基因表达信息,为翘嘴鳜培育提供基因指导,本研究从同一家系中挑选体重明显差异的3月龄翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)个体进行肌肉转录组测序,研究不同体型个体间基因表达模式差异。结果显示,来自同一家系的翘嘴鳜个体在相同养殖条件下仍出现明显体重差异,养殖3个月后,极大个体(overweight)平均体重可达到极小个体(underweight)的4倍。分别对极大个体和极小个体的肌肉组织进行转录组测序,共获得73353个非重复序列基因(unigenes),通过基因表达量比较共获得8942个差异基因,对差异表达基因进行定义发现,GHR2、IGFR1、4ebp、Mhc、Mlc、Troponin等基因在极小个体中具有更高的表达水平。通过KEGG通路富集显示,蛋白质生成、蛋白质消化、RNA转运通路富集了大量差异表达基因。本研究发现体重差异明显的翘嘴鳜个体具有不同基因表达模式,转录组测序获得了大量差异表达基因信息,为翘嘴鳜生长研究提供了丰富的基因资源。

为解析萨湖杂交羊较湖羊肌肉和生长性能提升的关键基因和调控通路，本研究对出生2日龄和8月龄的萨福克和湖羊的杂种F_1代（SH）和纯繁湖羊（H）的体重、体高、体长、胸围和管围等生长数据进行比较分析。选取2日龄和8月龄绵羊每组各3只（共12只），利用RNA-seq对背最长肌进行转录组测序，并对测序数据进行生物信息学分析。随机选取10个差异表达基因，通过qRT-PCR对其表达量进行验证。结果表明：1）出生2日龄和8个月的SH的体重、胸围、管围均极显著高于H(P<0.001）。2）在2日龄和8月龄SH与H中分别筛选得到684和248个基因显著差异表达，包括与骨骼肌生长发育相关的CDH1、GSTA1-1、GPX2、CDH17和MX2等基因。3)GO和KEGG分析结果显示2日龄SH和H差异表达基因主要富集在控制肌肉生长发育的细胞分化、核小体组织、肌动蛋白丝调控等类别中，8月龄SH和H差异表达基因主要富集在细胞-细胞粘附、谷胱甘肽代谢和PPAR信号通路等类别中。4)qRT-PCR试验结果与转录组测序相一致。综上，萨湖杂交羊在生长性能方面优于湖羊，CDH1、GSTA1-1和GPX2等基因通过G蛋白偶联受体、细胞-细胞粘附、谷胱甘肽代谢通路在萨湖杂交羊肌肉发育过程中发挥重要作用，本研究为探究调控杂交绵羊生长性能的关键基因和功能通路提供参考。

为筛选miR-133a-5p影响鸡肌肉发育的关键靶基因，本研究利用在线数据库预测miR-133a-5p靶基因，并对靶基因进行富集分析和构建蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction, PPI)网络，寻找网络图中有意义的模块。通过单因素方差分析，比较分析肌肉和其他组织中的miR-133a-5p表达量；再依据microRNA与靶基因负相关的作用机制，将miR-133a-5p靶基因与肌肉中相对下调基因取交集，筛选关键靶基因。最后，通过RNA22 v2对筛选结果进行评估。结果表明：1)共获得157个靶基因；2)GO富集分析显示，靶基因参与多个生物合成过程的调控和代谢过程；KEGG富集结果包括MAPK信号通路等多种信号通路，也包括肌动蛋白细胞骨架等与肌肉发育直接相关的通路；3)PPI网络图共筛选到4个有意义模块，涉及17个基因；4)miR-133a-5p在肌肉中表达显著上调(相对肺、肝脏和肾脏),与肌肉相对下调基因取交集后，筛选到SOX5(SRY-box 5)、PRTFDC1(Phosphoribosyl transferase domain containing 1)、THRB(Thyroid hormone receptor beta)、THBS2(Thrombospondin 2)和ARRDC3(Arrestin domain containing 3)5个基因；5)在GSE93855的表达谱中，PRTFDC1和THRB在肌肉中表达量最低，而RNA22 v2评估结果显示，仅SOX5和THRB存在P<0.05的结合位点。综上，miR-133a-5p很可能是通过SOX5、PRTFDC1、THRB、THBS2和ARRDC3影响肌肉发育，其中SOX5和THRB尤为重要。本研究为进一步研究鸡miR-133a-5p提供了理论基础和数据支撑。

为了解草鱼GH基因多态性与早期生长性状及肌肉成分的相关性,实验利用直接测序法从156尾草鱼GH基因的3′部分序列中共筛选到9个变异位点(分别命名为SNP1SNP9:G2825A、G2914T、T2966G、A3002T、T3022C、A3301G、C3463T、C3547T、C3620T)。卡方检验结果显示,9个位点均未显著偏离Hardy-Weinberg平衡,且均表现为中等多态性(0.25

关键词： 草鱼  GH基因  多态性  生长性状  肌肉成分