【背景】畜禽育种工作的核心是基因组估计育种值的准确性。不同水平的遗传标记密度对估计育种值的影响较大，随着基因分型技术的发展和高通量测序价格的下降，基于重测序数据的基因组选择研究不断涌现。理论上，标记密度更高可获得更高准确性的估计育种值。因为影响目标性状的数量性状基因座（quantitative trait loci, QTL）至少与覆盖全基因组范围的高密度标记中的一个标记处于连锁不平衡状态。所以，较高密度的标记水平，理论上标记与QTL之间的紧密连锁更好，从而保证了较高的预测准确性。但也有研究表明，填充测序数据与芯片数据相比，基因组预测的准确性提升并不明显。【目的】利用GBLUP方法，通过比较填充测序数据和芯片数据在肉鸡屠宰性状的基因组选择准确性，为肉鸡基因组选择育种的基因分型策略提供理论依据。【方法】依据芯片数据和填充测序(whole-genome sequence, WGS)数据，利用GBLUP方法，针对白羽肉鸡胸肌重、屠体重和腿肌重性状进行基因组预测，对其在基因组预测的准确性进行比较。首先，使用“京芯一号”鸡55 K SNP芯片对3 362只鸡进行基因分型，并从第7世代的第9批次中随机选取230只鸡进行全基因组重测序，然后利用Beagle 5.1软件将55 K SNP芯片数据填充至重测序数据水平。为避免染色体大小对填充准确性的影响，将选择鸡较大的3号染色体和较小的14号染色体来进行计算等位基因准确率（allele correct rate, CR）和基因型相关系数（correlation,Cor），并以此判断填充准确性。利用填充测序数据对3个屠宰性状的基因组育种值进行预测，并采用5-折交叉验证的方法评价预测结果的准确性、秩相关和无偏性。【结果】两条染色体的平均等位基因准确率为0.924，平均基因型相关系数为0.885，填充准确率较高，可以用于后期基因组预测研究。SNP芯片数据基因组育种值的预测准确性在0.2194—0.2629之间，填充测序数据基因组育种值的预测准确性在0.2110—0.2695之间。与55 K SNP芯片的结果相比，填充测序数据的基因组育种值预测的准确性差异不显著。【结论】与SNP芯片的结果相比，利用填充后的基因组数据对白羽肉鸡的3个屠宰性状（胸肌重、屠体重和腿肌）的基因组育种值预测准确性提升并不显著，该结论为畜禽遗传育种工作中的数据类型选择提供参考。

【目的】育种值估计是畜禽育种的核心内容,准确的育种值估计是提高选种准确性的重要手段。屠宰性状是肉鸡重要的经济性状,且无法活体测量,利用基因组信息进行育种值估计的基因组选择是十分有力的工具。文章通过比较GBLUP和BayesB方法对肉鸡屠宰性状的基因组预测的准确性,为肉鸡育种值估计的策略提供依据。【方法】用本课题组前期收集的3 362只白羽肉鸡的表型记录,性状包括胸肌率(BrR)、胸肌重(BrW)、屠体重(CW)、腿肌率(ThR)和腿肌重(ThW)。利用中国农业科学院自主研发的"京芯一号"鸡55 K SNP芯片对所有个体进行了基因分型,采用PLINK软件对芯片的基因型数据进行质量控制,基因组选择的GBLUP和BayesB方法分别由基于R语言的ASReml包和hibayes包实施,并采用世代验证法评估两种方法的基因组育种值的预测准确性。【结果】研究发现基因组选择的准确性与性状的遗传力大致呈正相关。结果显示,在使用GBLUP方法时,预测准确性最高的性状为胸肌率。胸肌率、胸肌重、屠体重、腿肌率和腿肌重的基因组预测的准确性分别为0.3262、0.2871、0.2780、0.2153、0.2126;在使用BayesB方法时,预测准确性最高的性状为胸肌率。5个性状的基因组预测的准确性分别为0.3765、0.2257、0.1376、0.2525、0.2844。结果表明,对于白羽肉鸡屠宰性状的基因组选择研究,BayesB方法的预测准确性略高于GBLUP方法。对于3000的样本量和55 K的标记密度,GBLUP方法的计算时间大约为1h,BayesB方法的计算时间大约为7h。【结论】对于胸肌率、腿肌率和腿肌重,BayesB方法的预测准确性高于GBLUP方法;对于屠体重和胸肌重,GBLUP方法的预测准确性高于BayesB。畜禽的育种工作注重实效性。在实际的育种工作中,需要综合考虑育种值估计的准确性和育种的时效性来决定用何种方式估计基因组育种值。

为揭示优质肉鸡体尺性状与屠宰性状2组变量之间的相关本质,对父系(D系)和母系(S3系)的6个体尺性状和8个屠宰性状分别进行典型相关分析.结果表明,D和S3系的体尺性状与屠宰性状间存在极显著典型相关,其第1典型相关系数分别为0.901和0.884(P<0.01),占总相关信息量的76.4%和77.5%.D系体尺性状与屠宰性状间的相关主要由胸宽、体斜长和胸肌率引起,而S3系体尺性状与屠宰性状间的相关主要由胸深、胫围和腿比率引起.可见,通过对2个品系肉鸡不同体尺性状的选择可实现其屠宰性状的间接选择.

【目的】通过比较干毛和未干毛羽毛毛囊的形态学和基因表达差异，挖掘调控黄羽肉鸡羽毛干毛性状的重要候选基因和信号通路。【方法】分别采集背部未干毛和干毛羽毛皮肤组织样本各3个，运用组织切片技术，比较干毛和未干毛羽毛毛囊形态学差异；运用RNA-seq技术，比较两组样本之间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs），并对其进行功能富集分析和蛋白互作网络构建；采用荧光定量PCR技术（RT-qPCR）对测序结果准确性进行验证。【结果】证实未干毛羽毛的毛囊处于生长期，已干毛的羽毛毛囊处于静止期。以未干毛毛囊（生长期）皮肤样本为对照，在干毛毛囊（静止期）皮肤样本中发现了942个DEGs(|fold-change|>2和P<0.05)，其中384个基因表达下调，558个基因表达上调。Go功能分析显示细胞分裂、周期调控等相关生物过程被显著富集(P<0.05)。KEGG分析发现，MAPK、TGF-β、p53及DNA复制等相关信号通路被显著富集(P<0.05)。构建差异蛋白相互作用（PPI）网络，通过CytoHubba分析获得6个hub基因，分别为CDK1、MAD2L1、BUB1、CCNB2、PLK1和BUB1B。GSEA富集分析筛选到紧密连接、胰岛素、MAPK、TGF-β和细胞周期等信号通路与鸡羽毛毛囊生长周期显著关联（|NES|>1, FDR<0.25）。RT-qPCR结果显示8个DEGs表达趋势与RNA-seq结果基本一致。【结论】鸡羽毛的干毛性状与毛囊周期发育相关，MAPK和TGF-β等信号通路可能通过调控细胞周期相关基因的表达在羽毛生长发育中发挥重要作用；结果为进一步深入了解黄羽肉鸡羽毛干毛性状分子调控机制提供了基础资料。

【目的】尝试通过在华西牛参考群高密度标记芯片位点中，使用两种标记筛选方法挑选具有代表性的且密度梯度不同的SNP位点集合，后利用基因组填充策略在相同填充参数下将低密度芯片数据填充至高密度继而进行后续基因组研究，从而达到降低华西牛基因型分型成本的目的。研究分别比较了不同标记集合填充准确性和填充一致性的差异，阐述了标记筛选方法、标记密度、最小等位基因频率和参考群体数量等4个因素对填充结果的影响，为华西牛低密度SNP填充芯片设计提供参考。【方法】将质控后剩余的1 233头华西牛群体随机分为参考群（986头）和验证群（247头）。使用等间距法（equidistance,EQ）和高MAF法（high MAF,HM）两种标记筛选方法分别从华西牛参考群体的Illumina Bovine HD芯片位点集合中筛选出16种不同密度的SNP集合，共生成32种不同SNP梯度密度集合。随后在验证群体中利用Beagle(v5.1)软件将各低密度集合填充至770 k密度水平，计算填充准确性和填充一致性并对填充性能影响因素进行分析。【结果】32种低密度SNP集合的标记数量在100—16 000之间，窗口最大为24 176 kb，最小151 kb。随着标记密度升高，EQ和HM两种筛选方法填充一致性和准确性不断提升，但填充准确性和填充一致性增加的幅度越来越小。当标记集合密度超过12 k后均趋于平稳。SNP密度在16 k时两种方法的填充准确性达到最高（r~2_(EQ)=0.8801,r~2_(MAF)=0.8696）。当标记密度低于11 k时，不同标记密度梯度下HM方法填充一致性均高于EQ方法。然而当SNP集合密度超过11 k时，EQ筛选方法较表现出填充优势。与填充一致性结果趋势相似，在SNP集合密度低于10 k时，HM方法仍然具有较高的填充准确性，但当SNP集合密度高于10 k时，EQ方法的填充准确性则较高，且在SNP密度集合大于12 k后，EQ填充准确性趋于稳定。同时研究发现与低MAF标记位点相比，高MAF位点的填充准确性更高。填充过程中发现，填充一致性和填充准确性随着参考群体增大而提高。当参考群体数量在600—800时，位点填充准确性和一致性较高。【结论】在华西牛群体中，填充一致性和填充准确性随标记密度递增而上升，在标记密度为10 k—12 k区间，可获得较好的填充效果。当标记密度小于10 k时优先选择HM方法，更高密度时EQ方法较好。高MAF标记位点填充准确性更高。采用填充策略进行低密度标记填充时，参考群体数量在400头以上时填充效果较为理想。

【目的】研究舍内相对湿度(RH)对肉鸡生产性能、屠宰性能和肉品质的影响,为标准化养殖环境控制提供数据支持。【方法】将270只1日龄健康AA肉公鸡随机分成正常对照组(60%RH)、低湿组(30%RH)和高湿组(90%RH)3组,每组6个重复,每个重复15只。试验在人工气候实验舱内进行,试验期为42d。在肉鸡21和42日龄时,测定不同RH下肉鸡生产性能、屠宰性能和肉品质指标。【结果】121日龄阶段,与对照组相比,低湿组肉鸡平均日增重(ADG)显著降低(P0.05)。在2242日龄阶段,与对照组相比,低湿组肉鸡

为了高效保护、管理以及利用大黄鱼种质资源，迫切需要开发精准的大黄鱼遗传种质鉴定技术。基于前期开发的大黄鱼“宁芯3号”55K液相基因分型芯片，本研究对中国沿海野生群体、闽浙养殖群体和多个选育系共计21个大黄鱼群体进行遗传种质鉴定。群体遗传学分析结果揭示大黄鱼群体可划分为南海群体、闽东群体和岱衢群体，其中南海群体遗传分化最为显著。基于机器学习的大黄鱼群体分类结果显示，未知大黄鱼个体所属地理群体鉴定准确率大于99%。未知大黄鱼个体所属遗传改良选育系也具有极高的鉴定准确率，例如经过3代选育的抗刺激隐核虫新品系 GS3F3，基于神经网络的鉴定精确率可以达到99%。研究表明，利用“宁芯3号”芯片和机器学习方法可快速实现大黄鱼种质的精准鉴定。本研究为大黄鱼种质资源精准鉴定和种质管理、育种材料和新品种知识产权保护等提供了有效的工具和解决方案，也可为其他水产生物种质资源鉴定提供借鉴。

选用300只1日龄麻羽肉鸡,随机分为5组,每组设4个重复,每个重复15只.Ⅰ组为空白对照组,饲喂基础日粮,Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组分别在基础日粮中添加50、100、200 mg.kg-1地衣芽孢杆菌制剂,Ⅴ组为抗生素对照组,在基础日粮中添加30mg.kg-1杆菌肽锌和6 mg.kg-1硫酸抗敌素.结果表明:Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组肉鸡全期的平均体增重均比空白组高,差异显著(P0.05);Ⅱ组肉鸡全期的料肉比比空白组低2.56%,差异不显著(P>0.05),比抗生素组低了6.56%,差异不显著(P>0.05);Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组肉鸡全期的成活率均高于空白组,略低于抗生素组,但差...

本文以经济增长理论为基础,对1953—2010年中国GDP数据和劳动投入、资本投入、人力资本等因素建立了半参数回归模型。然后,文章对模型进行了统计诊断分析,计算了相关统计诊断量,利用统计诊断量得到了模型的异常点,基于此对中国GDP数据的准确性进行了讨论:中国GDP数据的异常点主要集中在两个时间段1958—1961年和1991—1994年。文章最后对基于半参数回归模型统计诊断的统计数据准确性评估方法进行了评述。

中国GDP数据的准确性评估问题,一直受到国内外各方面的关注。本文从反逻辑思路,通过考察作为技术进步的替代性指标全要素生产率(TFP),反观GDP及其增长率是否准确或可信。运用隐性变量法通过建立状态空间模型测算中国1979-2008年间TFP增长率,分析GDP数据是否存在误差。结果表明1981年、1988年和2000年的TFP增长率的下降,找不到非正常情况下外生因素的影响,本文认为是由GDP核算误差造成的。

住户调查数据主要包括由样本信息、调查户记账数据和问卷调查数据构成的基础数据以及市县、省份和国家层面的汇总数据。由于目前能够从官方渠道所获得的住户调查基础数据非常滞后,并且统计部门对于基础数据的用途也有明确要求,因此,文章从理论和实践层面探讨住户调查基础数据、汇总数据的准确性评估与控制,并分别给出修正路径和建议。

【背景】绿壳蛋深受消费者喜爱，蛋壳绿色的深浅在市场上是影响绿壳蛋定价销售的重要参考指标。绿壳蛋的形成受多基因共同调控，蛋壳绿色深浅不一，其分子机理尚不清楚。通过对赤水乌骨鸡蛋壳腺组织进行转录组测序，挖掘其调控绿壳蛋蛋壳颜色深浅的候选基因以及关键信号通路，探究影响蛋壳颜色遗传性，以期发展绿壳蛋的选种选育和提高经济效益。【目的】探讨赤水乌骨鸡的遗传基础，并通过SLCO1B3基因分型对其进行鉴定和筛选，以期通过分子标记在青壳鸡育种规划中提供新的见解，并在后期的选择策略中帮助控制和提高赤水乌骨鸡蛋壳品质的同质性。【方法】以纯系的280日龄赤水乌骨鸡为研究对象，屠宰产浅绿色蛋（QL）和深绿色蛋（SL）的母鸡各3只，采集蛋壳腺以RNA-seq技术检测分析，筛选与蛋壳颜色密切相关的差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs），并对这些DEGs进行GO和KEGG富集分析。利用qRT-PCR技术检测与蛋壳颜色相关的6个候选基因的转录水平变化以验证转录组数据可靠性。【结果】在深绿组与浅绿组中共筛选到93个显著DEGs，有59个基因在深绿组中显著上调，34个显著下调。DEGs注释到GO数据库进行比对，主要显著性富集的是钠离子转运、负离子结合、肌质网膜等。KEGG分析富集程度最显著的是醛固酮调节钠的重吸收，以及富集的矿物质吸收、亚油酸的新陈代谢等信号通路。通过qRT-PCR验证，结果显示这些基因的表达趋势与转录组的测序结果一致。【结论】经功能分析，TF基因、SCNN1家族基因、CYP450家族基因、SLC家族基因和FAM家族基因，以及醛固酮调节钠的重吸收信号通路参与蛋壳色素合成、转运和沉积。上述基因和信号通路可能是影响赤水乌骨鸡蛋壳绿色深浅不一的候选基因和关键信号通路。

以湘沙猪配套系商品猪大巴沙猪为研究对象,探讨不同屠宰体质量阶段(85～95、>95～105、>105～115 kg)对胴体性能和肌肉品质的影响,并分析性状间的相关性。结果表明:胴体性状方面,85～95 kg大巴沙猪的平均背膘厚最薄,腿臀比例最高,>95～105 kg大巴沙猪的瘦肉率最高,>105～115 kg大巴沙猪的屠宰率最高,胴体最长,眼肌面积最大;肉质性状方面,85～95 kg大巴沙猪的肌肉水分含量最高,肌内脂肪含量最低,>95～105 kg大巴沙猪的熟肉率、多不饱和脂肪酸含量最高,饱和脂肪酸含量最低,>105～115kg大巴沙猪的系水力、肌内脂肪、肌苷酸、饱和脂肪酸和单不饱和脂肪酸含量最高,滴水损失、多不饱和脂肪酸含量最低;所有被测猪只的肌肉必需氨基酸,风味氨基酸和微量元素含量均很丰富;根据拟合优度建立了部分性状间的回归方程。综合分析,>105～115kg大巴沙猪的胴体性状佳、肌肉品质好,>105～115 kg为适宜上市屠宰体质量。

将240只1日龄健康AA肉仔母雏随机分成4个处理,每个处理3个重复,每个重复20只鸡,试验期35天.对照组饲喂基础日粮,试验1-3组分别在基础日粮中添加0.6%、0.8%、1.0%银杏叶提取物(EGB),研究EGB对肉鸡生产性能、屠宰性能和免疫指标的影响.结果表明:0.8%EGB显著提高肉鸡后期增重和饲料转化率,显著降低肉鸡腹脂率(P0.05);1.0%EGB显著提高肉鸡全净膛率;0.8%、1.0%EGB显著提高肉鸡法氏囊指数、胸腺指数和新城疫抗体滴度(P<0.05);1.0%EGB显著提高肉鸡血清球蛋白和IgG含量(P<0.0...

【目的】探讨湖羊肌肉生长抑制素(myostain,MSTN)和生肌调节因子(myogenin,MyoG)基因表达的发育性变化及其与屠宰性状的相关性以及这两个基因表达水平的关联性。【方法】利用RT-PCR分析MSTN和MyoG基因在湖羊早期生长背最长肌肉组织中的mRNA的发育性变化。【结果】湖羊MSTN基因在肌肉中的表达在2日龄时表达水平最低,并随着日龄增加而增加直到60日龄为止,而后随着年龄增加而下降。湖羊MyoG基因在2日龄时表达最低,在30日龄之前随着日龄的增加而增加,然后在30日龄后下降,公羊直到120日龄、母羊直到90日龄为止,然后随着日龄的增加而又增加。MSTN和MyoG基因在湖羊各...