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[期刊] 林业科学研究  [作者] 李文娟  马宏  李正红  万友名  刘秀贤  周翠丽  
对31 308条来自NCBI的芭蕉属(Musa)EST序列进行拼接得到全长为13.51 Mb的21 129条无冗余EST序列(含3 818条contigs及17 311条singletons),其中,4 944条(23.40%)EST序列含有5 416条SSRs,SSR的出现频率为25.63%,平均分布距离2.49 Kb,有234条(1.11%)含有1个以上的SSR。在所检测的SSR中,二、三、四核苷酸重复是主导重复类型,分别占EST-SSR总数的21.80%(1 181条)、52.55%(2 846条)和14.55%(788条)。AG/CT、AAG/CTT与AGG/CCT和AAAG/CTTT...
[期刊] 北京林业大学学报  [作者] 吴根松  孙丽丹  张启翔  潘会堂  蔡明  
为获得更多的梅花SSR引物,本研究筛选了84对梅花近缘物种的引物,并从梅花EST数据库的序列中设计了23对EST-SSR引物,用12个梅花品种对这些引物进行了多态性检测。结果表明,近缘物种的引物有69对能扩增出条带,有效扩增率达82.1%,从中筛选的14对引物共得到85个等位基因,平均值为6个。有效等位基因数在2.072~5.539之间,平均值为4。PIC多态信息指数在0.483~0.786之间,平均值为0.695。Shannon指数的平均值为1.528。12个品种遗传相似系数在0.13~0.60之间,平均值为0.26。‘玉蝶龙游’梅和‘小玉蝶’相似系数最大,为0.60;‘美人’梅和‘黄金’梅...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 余兴华  杨艳梅  李玉祥  陶永宏  孟凡来  滕娟  
【目的】为解决八角(Illicium verum)缺乏的SSR分子标记,以八角转录组数据为基础,开发EST-SSR分子标记,揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为八角分子生物学研究奠定基础。【方法】应用SSR搜索程序从八角转录组数据中筛选SSR位点,并对SSR重复基序种类、数量、分布特征等进行统计分析。应用在线设计软件对SSR引物进行设计,采用毛细管电泳的方法检测并确定引物多态性,应用筛选到的多态性引物分析不同八角种质间的遗传关系。【结果】从44267条Unigenes中获得8210个SSR位点,含一个EST-SSR 位点的占比为11.11%,含2个或2个以上EST-SSR 位点的占比为3.13%,复合SSR位点的占比为2.09%。SSR 发生频率为14.24%,平均每5.37 kb出现一个SSR。在检索出的SSR位点中,二核、三核苷酸是主要重复类型,二核苷酸重复中以AG/CT占比最高,为46.03%,三核苷酸重复中以GAA/CTT占比最高,为16.58%,四、五、六核苷酸的重复类型及占比相对较少。SSR重复单元的重复次数为4~40次,其中5次重复数最多,占比22.58%,再者为6次重复,占比19.83%;微卫星的长度分布为12~80 bp,其中12~15 bp的最多,占比37.39%。随机挑选的100对引物中扩增筛选出16对多态性较高的引物,其Na为3~8、Ho为0.13~0.88、He为0.54~0.88、Ne为2.03~5.82、I为0.83~1.84、引物多态性信息量指数为0.43~0.81,平均值为0.63,表明所开发的EST-SSR位点具有较高的多态性,遗传关系指出不同八角种质间具有不同的亲缘关系。【结论】基于八角转录组序列开发EST-SSR标记是可行的,其引物具有特异性好、多态性高等优点,开发的SSR标记能为八角遗传多样性分析、功能基因挖掘、遗传连锁图谱构建等提供依据。
[期刊] 林业科学研究  [作者] 李珊珊  曾艳飞  何彩云  张建国  
[目的]本研究通过对蒙古沙棘"向阳"品种的转录组序列进行SSR引物开发,为沙棘亲本分析、遗传多样性和遗传育种等研究提供支持。[方法]利用已测得的转录组序列进行分析和筛选,整理具有SSR位点的序列,进行引物设计,随机挑选179条引物进行验证。[结果]得到具有SSR位点的EST序列17 383条,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元分别占62.77%、21.82%和13.77%;二核苷酸重复基元类型以AT和AG为主,三核苷酸重复基元类型以AAG、ATC和ATA为主。9 291条序列设计出扩增EST-SS
[期刊] 浙江农林大学学报  [作者] 黄耀辉  张超  周莉花  赵宏波  
夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物。为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR(EST-SSRs)引物,从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中检测到26 564个简单重复序列(SSRs),平均密度为5.18 kb,最丰富的类型是2碱基重复、单碱基重复和3碱基重复,分别占总SSRs的42.43%,29.50%和23.25%,其中主导类型是(AG/CT)_n。利用L_(16)(45)正交试验获得夏蜡梅的最优简单重复序列-聚合酶链式反应(SS
[期刊] 林业科学研究  [作者] 周翠丽  李正红  马宏  万友名  刘秀贤  侯健华  
比较分析了地涌金莲原种及红苞地涌金莲变种的光响应和CO2响应特征以及叶绿素含量等指标。结果表明:(1)在Pn—PAR中,地涌金莲原种的最大光饱和净光合速率、光补偿点和暗呼吸速率分别较红苞变种高20.42%、34.88%、31.95%,而光饱和点却较红苞变种低4.95%;Pn—Ci响应的各参数中,原种的光呼吸速率、CO2饱和最大净光合速率以及羧化效率分别高于红苞变种2.73%、14.79%、21.35%,说明地涌金莲的光合能力要强于红苞地涌金莲;(2)地涌金莲具有典型的C3植物特征;(3)地涌金莲为阳性耐荫植物;(4)地涌金莲的叶绿素a、b以及a/b的含量分别高于红苞地涌金莲22.60%、32....
[期刊] 北京林业大学学报  [作者] 洪文娟  郝兆祥  刘康佳  罗华  毕润霞  苑兆和  宗世祥  王君  
【目的】利用cDNA文库筛选的石榴SSR多态性标记数量有限,为进一步推动石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究,有必要系统开发高效稳定的分子标记位点。【方法】本研究根据已发表的石榴基因组测序数据利用MISA软件对1~6核苷酸重复的SSR位点进行了查找,分析了不同类型SSR位点的序列特征,进而设计引物并检测了引物的有效性和多态性。【结果】(1)石榴基因组中共检测到146 445个SSR位点,其中以单核苷酸重复型SSR最多(占51.95%),六核苷酸重复型最少(仅占0.38%);SSR序列以A/T碱基占主导,具有偏向性。(2)石榴基因组SSR序列长度变化范围为10~252 bp,平均长度15.48 bp。不同长度重复单元类型的SSR序列长度存在丰富变异,呈现随着重复次数增多,SSR序列丰度减少的趋势。(3)根据不同类型SSR位点设计并合成引物140对,其中119对在12份石榴种质中可扩增出有效条带,41对可产生多态性条带,PIC值在0.007~0.566之间;从中筛选出多态性较高、稳定性好的引物15对,共检测到等位基因44个,平均每个SSR位点检测到2.933 3个等位基因。【结论】利用石榴全基因组序列可实现SSR标记的大规模开发,并可鉴定出大量适用于石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究的SSR引物。相关研究为石榴的遗传育种研究提供了丰富的SSR序列信息和标记资源。
[期刊] 林业科学  [作者] 黄海燕  杜红岩  乌云塔娜  刘攀峰  
简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),又称微卫星,是广泛存在于真核和原核生物基因组中的1~6个核苷酸串联重复单元,研究发现基因组中平均每50kb就有1个SSR(Morgante et al.,1993;Kalia et al.,2011),SSR标记主要包括基因组SSR和表达序列标签SSR(EST-SSR)。SSR标记具
[期刊] 华北农学报  [作者] 李立新  司守霞  魏安智  刘玉林  冯世静  杨途熙  
为拓展分子标记在花椒种质资源分析中的应用、开发花椒EST-SSR功能性分子标记、分析花椒DNA指纹图谱,利用凤县大红袍花椒的茎尖节点转录组c DNA数据库中45 057条长度大于200 bp的非冗余Unigene序列,使用MIcro SAtellite(MISA)软件搜索SSR位点,分析花椒c DNA序列中SSR位点的频率和密度、SSR重复基元种类及比例、SSR重复次数与数量等分布特征;用Primer 3.0软件在线设计SSR引物并经PCR扩增筛选适合的多态性引物;用Quantity One软件统计多态性
[期刊] 林业科学  [作者] 时小东  朱学慧  盛玉珍  庄国庆  陈放  
【目的】通过对楠木转录组数据的分析,开发楠木SSR分子标记技术,为楠木遗传多样性分析和资源保护提供保障。【方法】将楠木高通量转录组测序获得的67 331条Unigene进行简单重复序列(SSR)位点挖掘和分析,并结合引物验证,初步证明其可行性。【结果】通过软件分析,共获得9 405个SSR位点,出现频率为13.97%,涉及序列数量为6 667条,发生频率为9.90%。SSR序列中包括166种重复基元类型,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型,SSR位点数分别为3 890(41.36%),2 885(30.68%),2 489(26.46%)。SSR位点重复次数差别较大,其中重复10...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 施泽彬  王月志  戴美松  张绍铃  
选取苹果液泡质子泵焦磷酸水解酶基因、液泡质子泵三磷酸腺苷酶A亚基基因、生长素受体基因、脱落酸受体基因、乙烯受体基因、果重基因、抗病相关基因等共8个基因,根据其基因组序列分别在起始密码子上游区、终止密码子下游区、外显子区和内含子区设计引物,用这些引物同时对苹果和砂梨的基因组DNA进行PCR扩增。结果显示:除了抗病相关基因,其余7个基因均有引物在砂梨基因组DNA中扩增出特异条带。与基因其他区域扩增产物相比,起始密码子上游区扩增产物在不同砂梨材料间多态性较丰富,外显子和内含子区扩增产物在不同砂梨材料间的保守性更高。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 李淑斌  周宁宁  王其刚  陈敏  周青  蹇洪英  晏慧君  邱显钦  张颢  王书芳  唐开学  
研究根据草莓基因组和月季基因组的同线性关系,高通量开发月季SSR共显性标记。利用MISA软件对总长206.8Mb的草莓基因组序列进行扫描,共识别49 029个SSR位点,平均每4.2 kb包含1个SSR位点。利用pRIMeR3软件成功对21 288个SSR位点设计引物。利用中国古老月季品种‘月月粉’(RoSA chInenSIS‘old bluSh’)和园艺品种‘无刺光叶蔷薇’(RoSA wIchuRIAnA‘bASye’S thoRnleSS’),随机选取300对SSR引物进行pcR扩增,40对引物获得清晰条带,扩增率为13.3%,发现其中8个可转移的SSR位点位于草莓基因组第六染色体63 ...
[期刊] 浙江农林大学学报  [作者] 李军  董彬  张超  付建新  胡绍庆  赵宏波  
利用L16(45)正交实验设计,针对模板DNA,镁离子(Mg2+),d NTPs,Taq DNA酶和引物5个因素进行正交优化,建立适用于桂花Osmanthus fragrans表达序列标签-简单重复序列(EST-SSR)的最优扩增反应体系,将其用于桂花转录组EST-SSR多态性引物的筛选,最后利用筛选得到的多态性引物和聚类分析对14份四川省常见的栽培丹桂(SC01SC14)样本进行品种鉴定。结果表明:桂花EST-SSR最优反应体系包含40 ng模板DNA,2.25 mmol·L-1Mg2+,0.3μmol
[期刊] 北京林业大学学报  [作者] 李响  杨楠  赵凯歌  陈玉星  唐锐君  陈龙清  
从蜡梅转录组数据库组装的83 257个Unigene中分析得到11 868个1~6核苷酸重复的EST-SSR候选位点。在所有序列中,10 284个序列存在EST-SSR位点,SSR的发生频率为12.35%,转录组序列中平均每5 kb长度就有1个SSR位点分布,1 370个Unigene含有2个以上的SSR位点,634个位点以复合的重复形式出现。其中2核苷酸重复和3核苷酸数量最多,分别占总数的44.81%和26.20%。重复基元类型共206种,其中最多的类型为2核苷酸重复AGCT,占总数的39.85%,其次为3核苷酸重复AAGCTT,占总数的11.54%。针对所有EST-SSR位点共过滤出7...
[期刊] 淡水渔业  [作者] 王且鲁  刘奕  宋红梅  汪学杰  刘超  牟希东  胡隐昌  罗建仁  
利用MISA软件对双须骨舌鱼(OSteOglOSSuM bIcIrrhOSuM)性腺转录组测序获得的188 461条unIgene进行SSr检测,结果在11 917个unIgene中共检测到SSr位点12 578个,其中包含2个及以上SSr位点的unIgene有633个。SSr的发生频率为6.32%,平均分布距离为9 949 bp。在筛选到的SSr位点中,优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸,其中二核苷酸重复基序数量最多,占总数的50.52%。重复基元类型共216种,其中数量最多的类型为二核苷酸重复Ac/gt,占总数的20.66%。从所有筛选出的SSr位点中随机选取50个位点并运用prI...
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