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[期刊] 淡水渔业
[作者]
魏大为 连总强 吴旭东 王发新 李力 俞兆曦 杨忠礼
利用SSRHunter软件对现已公布的鲇形目(Siluriformes)中胡鲇科(Clariidae)和鲇科(Siluridea)共2002条EST(Expressed Sequence Tag)序列筛选兰州鲇(Silurus lanzhouensis)微卫星标记,并分析其序列丰度和分布特征。结果共发现209个微卫星序列,占整个ESTs数据库的10.44%;其中三碱基重复序列数量最多,占ESTs数据库中发现微卫星序列总数的35.62%;二、四、五、六碱基重复序列分别占微卫星序列总数的28.31%、25.57%、7.76%、2.74%。根据侧翼序列,设计125对引物,随机选取58对进行扩增鉴定及...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
魏大为 连总强 吴旭东 王发新 李力 俞兆曦 杨忠礼
利用ＳＳＲＨｕｎｔｅＲ软件对现已公布的鲇形目（ＳｉｌｕＲｉｆｏＲｍｅＳ）中胡鲇科（ＣｌａＲｉｉｄａｅ）和鲇科（ＳｉｌｕＲｉｄｅａ）共２００２条ｅＳｔ（ｅｘｐＲｅＳＳｅｄ ＳｅｑｕｅｎＣｅ ｔａｇ）序列筛选兰州鲇（ＳｉｌｕＲｕＳ ｌａｎｚＨｏｕｅｎＳｉＳ）微卫星标记，并分析其序列丰度和分布特征。结果共发现２０９个微卫星序列，占整个ｅＳｔＳ数据库的１０．４４％；其中三碱基重复序列数量最多，占ｅＳｔＳ数据库中发现微卫星序列总数的３５．６２％；二、四、五、六碱基重复序列分别占微卫星序列总数的２８．３１％、２５．５７％、７．７６％、２．７４％。根据侧翼序列，设计１２５对引物，随机选取５８对进行扩增鉴定及．．．
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王发新 连总强 吴旭东 魏大为 肖伟 李力
利用长片段PCR及T-A克隆技术,从兰州鲇(Silurus lanzhouensis)基因组DNA中首次克隆兰州鲇GH基因全序列并提交至Genbank获得登录号KM215221,同时,使用DNAstar等生物信息学软件进行序列分析研究。兰州鲇GH基因全长2 067 bp,由5个外显子和4个内含子组成,完整编码序列(Complete coding sequence,CDS)为603 bp。5个外显子大小分别为10、140、117、132和204 bp;4个内含子大小分别为229、103、565和103 bp;内含子与外显子的连接区序列遵循基因组成规则。编码区编码1条由200个氨基酸残基组成的蛋白...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李珊珊 曾艳飞 何彩云 张建国
[目的]本研究通过对蒙古沙棘"向阳"品种的转录组序列进行SSR引物开发,为沙棘亲本分析、遗传多样性和遗传育种等研究提供支持。[方法]利用已测得的转录组序列进行分析和筛选,整理具有SSR位点的序列,进行引物设计,随机挑选179条引物进行验证。[结果]得到具有SSR位点的EST序列17 383条,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元分别占62.77%、21.82%和13.77%;二核苷酸重复基元类型以AT和AG为主,三核苷酸重复基元类型以AAG、ATC和ATA为主。9 291条序列设计出扩增EST-SS
关键词：
沙棘 转录组 EST-SSR 引物
[期刊] 华北农学报
[作者]
赖章龙 阮超岭 肖伟 刘彦斌 俞兆曦 刘凯 赛清云 田永华 张锋 杨瑞兰 柳婷 杨立强 王玉涛 连总强
针对兰州鲇人工驯食转化率、苗种培育成活率低等问题，为利用基因编辑技术创制和培育易驯食兰州鲇新种质，开展了兰州鲇神经肽Y基因(NPY)的克隆及其表达分析研究。结果表明：兰州鲇NPY基因cDNA序列全长为775 bp,包括288 bp的开放阅读框，编码95个氨基酸，含有1个跨膜螺旋和1个信号肽胰腺激素类识别结合位点。兰州鲇NPY蛋白序列与南方鲇的一致性最高，为98.95%。荧光定量PCR检测发现NPY mRNA在脑组织中表达量最高，其次是下丘脑，肌肉中表达量最低。不同年龄雄性各组织中NPY mRNA表达水平均高于雌性；且雌雄性别组间均表现出随年龄的增长NPY mRNA表达下降的特征。利用原位杂交技术进行脑组织细胞定位发现，脑细胞中NPY主要在细胞质中表达；不同部位脑组织中主要以前脑的视前区、视顶盖和脑垂体，小脑的豆状核区域以及延脑的尾状核区域表达量较丰富。进一步进行饥饿补偿验证发现，饥饿可引起脑组织NPY表达量显著升高，摄食后NPY表达量显著下降。上述结果表明，NPY基因可能在兰州鲇生长和摄食过程中都具有重要作用，可作为对后续功能基因进行编辑的重要验证并创制新种质，对加快兰州鲇良种新品种选育具有重要的理论意义和技术支撑作用。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
吴根松 孙丽丹 张启翔 潘会堂 蔡明
为获得更多的梅花SSR引物,本研究筛选了84对梅花近缘物种的引物,并从梅花EST数据库的序列中设计了23对EST-SSR引物,用12个梅花品种对这些引物进行了多态性检测。结果表明,近缘物种的引物有69对能扩增出条带,有效扩增率达82.1%,从中筛选的14对引物共得到85个等位基因,平均值为6个。有效等位基因数在2.072～5.539之间,平均值为4。PIC多态信息指数在0.483～0.786之间,平均值为0.695。Shannon指数的平均值为1.528。12个品种遗传相似系数在0.13～0.60之间,平均值为0.26。‘玉蝶龙游’梅和‘小玉蝶’相似系数最大,为0.60;‘美人’梅和‘黄金’梅...
关键词：
近缘物种 EST 梅花 SSR
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨元昊 周继术 李蕾 何力 甘金华 贺刚 张涛 王绿洲 何双恒
采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,分析了兰州鲇(Silurus lanzhouensis)肌肉、心脏、肝脏、脑、脾脏、肾脏和眼睛等7种组织中乳酸脱氢酶(LDH)、酯酶(EST)、苹果酸脱氢酶(MDH)、醇脱氢酶(ADH)、山梨醇脱氢酶(SDH)和谷氨酸脱氢酶(GDH)等6种同工酶的表达模式,并对各同工酶的酶谱进行了分析。结果表明:这6种同工酶在兰州鲇7种组织中的分布均存在明显的组织特异性;6种酶共记录出17个基因位点,其中EST-2、EST-3、MDH-3和SDH-2为多态位点;兰州鲇群体的多态位点比例P为23.53%,位点平均有效等位基因数Ne为1.24;平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.1...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
邱小琮 赵红雪 王远吉 白文贤
采用离体消化法,测定了离体状态下兰州鲇(Silurus lanzhouensis)(278.6±26.7)g的胃、肠道及肝胰脏对鱼粉、豆粕、菜粕和棉粕等4种饲料原料的消化率和酶解速度。结果显示:离体状态下兰州鲇消化道各部位的消化能力和酶解能力依次为前肠、中肠、肝胰脏、后肠和胃。离体状态下,胃、肠道及肝胰脏对鱼粉的干物质和粗蛋白的消化率最高,其次为豆粕、菜粕和棉粕(P<0.05);对鱼粉的酶解速度最高,其次为豆粕、菜粕和棉粕。结果表明,兰州鲇前肠和中肠消化能力较强,饲料的消化主要集中在这两个部位;在离体状态下,鱼粉的蛋白易于被各部位酶解产生氨基酸,比其他3种饲料更易被兰州鲇吸收。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
吴旭东 连总强 侯玉霞 李力 肖伟
采用19对大口鲇(Silurus meriaionalis)微卫星引物对兰州鲇(Silurus lanzhouensis)野生和人工繁育2个不同群体进行微卫星标记的遗传结构分析,结果显示:(1)2个不同种群检测出11个有效微卫星位点,共94个等位基因;各基因座位间除DQ223153与DQ223150,DQ223177与DQ223182,DQ223164与DQ223176存在一定程度连锁(P<0.05),其余连锁关系不显著。(2)2个种群平均有效等位基因数为7.28,平均观测杂合度为0.8873,平均期望杂合度为0.7732,PIC值0.7055,均为高度多态,但人工繁育群体的总扩增位点数和遗传...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
俞兆曦 连总强 吴旭东 杨忠礼 李力 张锋 肖伟 赛清云
为研究兰州鲇（ＳｉｌｕｒｕＳ ｌａｎｚｈｏｕｅｎＳｉＳ）生长性状相关基因，运用ｒＴ－ＰＣｒ、Ｔａ克隆和核酸测序等技术对兰州鲇ＭｙｏＤ基因的ＣＤＳ区及全基因进行克隆和生物信息学分析。获得兰州鲇ＭｙｏＤ基因的完整ＣＤＳ区序列８１０ ｂＰ（Ｇｅｎ ｂａｎｋ登录号：ｋＴ２７７５５１）及ＭｙｏＤ基因全序列１ ２１０ ｂＰ（Ｇｅｎ ｂａｎｋ登录号：ｋＴ３３９１７５），包括部分５＇端６３ ｂＰ和３＇端５８ ｂＰ；ｏｒＦ区含有３个外显子和２个内含子，外显子长度分别为５１０ ｂＰ、８０ ｂＰ和２２０ ｂＰ，内含子长度分别为１５６ ｂＰ和１２３ ｂＰ，编码２６９个氨基酸残基组成的可溶酸性蛋白质；预测亚细胞定位Ｍｙ．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王丰 杨元昊 王实学 王绿洲 李蕾 杨娟宁 何双恒 王立新
【目的】研究黄河陕西合阳段兰州鲇的种质特点和种群生存现状,为黄河鲇的种质资源保护提供依据。【方法】从形态特征、种群组成以及同工酶3个方面,对黄河陕西合阳段兰州鲇的生物学特性及种群特征进行研究。【结果】黄河陕西合阳段兰州鲇各鳍鳍式为,背鳍i-4~5,胸鳍i-11~14,腹鳍i-10~11,臀鳍i-78~87;鳃耙8~12;须2对;体长/头长为4.8~5.4,头长/吻长为2.8~3.2,头长/眼径为11.2~15.0;脊椎骨数目为63~68,比肠长0.91±0.25;具有发达的‘V’型胃,其消化生理特性符合肉食性鱼类的特征。同工酶检测结果表明:黄河陕西合阳段兰州鲇的乳酸脱氢酶(LDH)有2个位点,...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
单红 周国勤 张其中
采用RT-PCR法和SMARTRACE(rapid amplification of cDNA ends)技术从南方鲇肝脏RNA克隆获得Hsc70基因的全长cDNA(scHsc70 cDNA)。此cDNA全长2384 bp,其中,5′非编码区194 bp,3′非编码区249bp,编码区域(coding sequence,CDS)长度为1941 bp。根据编码序列推导出相应的646个氨基酸,与其他脊椎动物Hsc70序列进行同源性比较,发现南方鲇Hsc70与欧洲银鲫(Carassius auratus gibelio)、鲦鱼(Pimephalespromelas)、人(Homo sapien)和鸡...
关键词：
南方鲇 Hsc70 序列对比 基因结构
[期刊] 淡水渔业
[作者]
吴旭东 张奇 赵红雪 侯玉霞 张文吉
2003年3月至2004年5月,在黄河宁夏段采集到一批鲇鱼标本。经鉴定,为鲇属(Silurus)宁夏一新纪录种———兰州鲇(Silurus lanzhouensis)。兰州鲇(S.lanzhouensis)与小背鳍鲇(S.m icrodorsalis)、鲇(S.asotus)、大口鲇(S.m eridionalis)、昆明鲇(S.m ento)、抚仙鲇(S.graham i)相似,但也有显著区别。兰州鲇犁骨齿带左右分离,与小背鳍鲇、鲇、大口鲇犁骨齿带连续相区别;兰州鲇臀鳍鳍条77-86、脊椎骨数目63-68,可与昆明鲇臀鳍鳍条61-72、脊椎骨52-56,抚仙鲇臀鳍鳍条68-74、脊椎骨58-...
关键词：
鲇属 兰州鲇 新纪录种 宁夏
[期刊] 淡水渔业
[作者]
魏大为 连总强 吴旭东 张利平 肖伟 赛清云 王发新
应用磁珠富集法构建兰州鲇(Silurus lanzhouensis)CAG重复和GATA重复的微卫星文库,并分析其序列特征。兰州鲇基因组DNA经MseI酶切,选取200~800 bp的片段与生物素标记的探针(CAG)8和(GATA)6杂交,捕获到含有微卫星序列的目的 DNA片段连接到pMD19-T载体,转化到大肠杆菌DH5α菌株中构建微卫星富集文库,经PCR检测筛选出阳性克隆进行测序。从126个阳性克隆中随机选取96个进行测序,获得59个微卫星序列(GenBank登录号:KJ545973~KJ545998,KJ598088~KJ598120)。其中完美型31个(52.54%)、非完美型20个(...
[期刊] 华北农学报
[作者]
柳婷 李敏敏 赖章龙 刘彦斌 刘凯 肖伟 赛清云 田永华 杨立强 阮超岭 杨瑞兰 刘哲 连总强
为了解Dmrta1基因的生物学特性及其在兰州鲇生长发育中的生理作用，以及为加快实现全雄兰州鲇群体生产提供理论依据和技术支撑。采用同源克隆和cDNA末端快速克隆(RACE)技术获得兰州鲇Dmrta1全长cDNA序列，通过qRT-PCR技术检测该基因在兰州鲇胚胎发育、仔稚幼鱼以及3龄雌雄异体和3龄雌雄同体不同组织中的表达特征。结果表明，兰州鲇Dmrta1基因cDNA全长1 415 bp, ORF全长1 158 bp,共编码385个氨基酸，包含20种氨基酸；经SMART预测显示，该基因属于典型的Dmrta亚家族蛋白，具有保守的DM和DMA结构域。同源性比对和系统进化树分析结果表明，兰州鲇与南方鲇的相似性最高(95.47%),且亲缘关系最近。组织表达结果表明，Dmrta1 mRNA在未受精卵粒及胚胎发育各个时期均有表达，而在未受精卵粒中表达最高(P<0.05);在兰州鲇孵化后40 d内不同发育时期中，Dmrta1 mRNA在同期XX个体组织中表达均显著高于XY个体，且在35 d迅速达到峰值(P<0.05);Dmrta1 mRNA在3龄雌雄异体兰州鲇雌性卵巢、鳃和雄性鳃组织中表达显著高于其他组织(P<0.05),且卵巢表达显著高于雌性和雄性鳃，除卵巢表达是精巢的47.07倍外，其他组织中不存在雌雄性别差异；3龄雌雄同体和3龄雌雄异体表达特征一致，都是卵巢表达显著高于鳃和精巢(P<0.05)。以上结果说明，Dmrta1基因属于母源基因，该基因可能在兰州鲇性别分化、卵子形成和鳃弓形成过程中发挥重要作用，在雌雄同体和雌雄异体兰州鲇性腺中的作用一致。
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