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[期刊] 中国农业科学
[作者]
耿荣庆 王兰萍 冀德君 常洪 李永红 常春芳
【目的】探讨中国牛亚科家畜物种间的系统发育关系,为牛亚科家畜的系统演化历史提供分子证据。【方法】采用PCR产物直接双向测序法,获得普通牛、瘤牛、牦牛、大额牛、沼泽型亚洲水牛和河流型亚洲水牛共6个物种的线粒体DNA Cyt b基因全长序列,运用分子进化软件分析物种间的系统发育关系。【结果】6个牛种的Cyt b基因序列长度均为1 140 bp,没有观察到插入/缺失突变,共检测到220个变异位点,包含213个简约信息位点;Cyt b基因序列变异中转换数明显高于颠换数,转换数和颠换数的比值为5.2,突变没有达到饱和状态。由遗传距离可知,普通牛与瘤牛的亲缘关系最近,而它们与大额牛、牦牛、沼泽型亚洲水牛、...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
冯晓宇 谢楠 冯建彬 许宝青 赵金良
采用特异性引物PCR扩增获得了鲌亚科7属10种鱼类细胞色素b基因的全长序列,初步构建了鲌亚科鱼类的系统发育关系。NJ树和MP树一致表明,鲌亚科鱼类种内所有个体均单独聚群,支持率高;同一属内,除蒙古鲌(Culter mogolicus mongolicus)未能与同属的翘嘴鲌(Culter alburnus)、青梢鲌(Culter dabryi dabryi)单独聚为一支外,团头鲂(Megalobrama amblycephala)与三角鲂(Megalobrama terminal)、翘嘴鲌与青梢鲌均为姐妹种。NJ、MP树显示鲌亚科鱼类属间关系的支持率都较低,鲂属(Megalobrama)与鳊属...
关键词：
鲌亚科鱼类 细胞色素b序列 系统发育
[期刊] 华北农学报
[作者]
方雪梅 聂晓萌 黄菲 郑哲民
测定分析了叶甲科(Chrysomelidae)15种昆虫mtDNA_Cyt b基因部分序列,结果显示,在获得的390 bp序列中,198个核苷酸位点为多态性位点(约占50.8%),序列间碱基差异平均值为18.9%,A+T含量为72.7%,碱基转换呈现明显的TC偏向性,颠换主要以TA为主,转换/颠换(R)值为0.8。依据分子数据建立了该15种昆虫的系统发育关系,结果表明:跳甲亚科(Alticinae)和叶甲亚科(Chrysomelinae)的亲缘关系较近,萤叶甲亚科(Galerucinae)与前两者的关系较远。萤叶甲亚科中瓢萤叶甲为最早分化的类群,长跗萤叶甲属(Monolepta)、凹翅萤叶甲属...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
江世贵 刘红艳 苏天凤 龚世园
从鲷科鱼类中黄鳍鲷(Sparus latus)、黑鲷(S.macrocephalus)、真鲷(Pagrosomus major)和平鲷(Rhabdosargussarba)的线粒体DNA扩增出约430 bp的细胞色素b(Cytb)基因,经Clastal X同源排序后得408 bp序列,对该序列进行分析并结合GeneBank中黄鲷(Taius tumifrons)、灰鳍鲷(S.berda)、犁齿鲷(Evynnis japonica)和高背四长棘鲷(Argyrops spinifer)的该区段DNA序列比较,共发现126个核苷酸位点存在变异(30.7％),序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生在密码...
关键词：
鲷科鱼类 细胞色素b 分子系统学
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张丽丽 万全 程起群
为了解胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)的遗传变异及亚口鱼(Catostomidae fish)的分子系统学,测定了3尾胭脂鱼的细胞色素b基因序列,并结合GenBank上5条亚口鱼科鱼类的相应序列一并分析。结果如下:1)共获得3尾胭脂鱼的细胞色素b基因1144 bp的一致序列,三条序列完全相同,无变异位点。2)构建的系统发育树显示,颈棱亚口鱼属(Xyrauchen texanus)和吸口鱼属(Moxostoma robustum)构成1支,胭脂鱼属(M yxocyprinus)、长背亚口鱼属(Cycleptus elongatus)和牛胭脂鱼属(Ictiobus)构成另1分...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
虞德兵 陆应林 徐昊翔 徐善金 熊锴 王伟兰 杜文兴 王林云
根据北京鸭线粒体DNA(mtDNA)序列设计引物,对中国9个地方鸭和1个番鸭品种线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因序列进行PCR反应和测序,并从起始密码子开始分析了1 520 bp的序列。结果显示:所有家鸭个体在1 517位点出现1个T碱基缺失,番鸭与家鸭的mtDNA COⅠ基因碱基组成相似;9个鸭品种个体共检出11种单倍型,单倍型的多样度为0.856。聚类分析结果显示,所有家鸭品种间的遗传距离为0.001～0.002,种内平均值为0.001;番鸭与家鸭遗传距离为0.003～0.006。基于Kimura-2模型构建的系统发育进化树进行分析,发现所测定的鸭科物种个体大体分为3类:家鸭与栖鸭属的...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
窦红霞 张彤晴 许志强 陈婵娟 张鑫 葛家春 黄亚红
分析了日本沼虾(Macrobrachium nipponense)线粒体基因16S rDNA部分序列,并将其与GenBank中的相关4属8个种的16S rDNA序列进行了同源性比对,探讨其系统发育关系。结果显示,在分析的442个比对位点中,变异位点188个,简约信息位点125个,碱基转换与颠换值比为1.134。以鼓虾(Alpheus cylindricus)为外群,分别用MP法、NJ法及ML法构建的长臂虾亚科4属的系统发育关系分支图显示:白虾属(Exopalaemon)首先与长臂虾属(Palaemon)以及小长臂虾属(Palaemonetes)聚在一起,然后与沼虾属(Macrobrachium...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
林敏平 李晓东 韦仕珍 邓维安
为构建蚱总科昆虫的系统发育关系,探讨蚱总科传统分类和分子系统发育关系的异同,扩增并测定了16种蚱类昆虫COI基因部分序列,结合NCBI记录,对蚱总科6科17属41种蚱的COI基因597bp序列,分别采用邻接法(NJ)、最简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)重建蚱总科的系统发育关系.结果表明:蚱总科为一单系类群,其中蚱科较为进化,其次为刺翼蚱科,其余各科在蚱总科中的位置不确定,枝背蚱科、刺翼蚱科、短翼蚱科、蚱科均不是单系类群;在属的水平上,股沟蚱属、优角蚱属、瘤蚱属是单系类群,瘤蚱属与优角蚱属形成姐妹群,其他属不是单系类群,拟后蚱属应归入蚱科;在种的水平上,细庭蚱Hedotett...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马春艳 赵峰 孟彦羽 施兆鸿 庄平 赵云龙
对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和(或)缺失,序列中转换(Transition)明显多于颠换(Transversion)。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。(A+T)%为56.5%,大于(G+C)43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺...
关键词：
线粒体DNA 细胞色素b 鲳属 系统进化
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高天翔 张秀梅 朱杰 柳广东 张亚平
对养殖褐牙鲆(Paralichthysolivaceus)的线粒体DNACytb基因的部分序列进行测定,测得的目的DNA片段的长度为410bp,其A(104bp)、T(119bp)、C(117bp)、G(70bp)4种碱基平均含量分别为25.4%、29.0%、28.5%、17.1%。在28个褐牙鲆个体中共出现了3种单倍型。白化褐牙鲆出现的第1种和第3种单倍型个体数分别为10尾(占白化褐牙鲆样本数的90.91%)和1尾(9.09%);6尾黑化褐牙鲆均出现第1种单倍型(100%);正常褐牙鲆出现的3种单倍型尾数分别为7尾(占正常褐牙鲆样本数的55.56%)、2尾(22.22%)和2尾(22.22%...
关键词：
褐牙鲆 细胞色素b 序列
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张丽丽 程起群
为了解鳀科鱼类的线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息,以期为进化遗传学研究和分子标记的选取提供参考依据,对已知的10种鳀科鱼类的线粒体全基因组进行分析。结果显示:1)鳀科线粒体基因组全序列长度在16 660 bp到17 069 bp之间,基因组的结构和基因排列顺序与其它硬骨鱼类一致。2)比对后获得一致序列长度为15 704 bp(不含D-loop),其中变异位点5 570个,占所有位点数的35.5%。在编码基因中,序列变异程度和Kimura双参数遗传距离最大的是ND6基因(分别是47.5%和0.276),最小的是tRNA拼接序列(分别为18.7%和0.072)。3)基于Ka-Ks的Z检验和...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
阮燕如 周文漪 李贵生 章群
测定了连云港、舟山、防城群体34 ind军曹鱼(Rachycentron canadum)线粒体细胞色素b基因883 bp序列,共检测到5个变异位点,发现6个单倍型,平均单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)分别为0.324和0.000 4,总体表现出较低的遗传多样性;其中连云港群体遗传多样性最高,单倍型多样性和核苷酸遗传多样性分别为0.473±0.162和0.000 57±0.005 93;而舟山群体没有任何变异。连云港与舟山、防城群体间的FST值分别为0.029(P=0.00)与0.042(P=0.00),舟山与防城群体间的FST为-0.048 03(P=0.00),表明连云港与其它两个群...
关键词：
军曹鱼 细胞色素b 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李昂 高天翔 孙典荣
对中国近海和日本近海共19尾白姑鱼(Pennahia argentata)线粒体细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因全序列进行扩增与测定,白姑鱼个体的Cytb基因总长度均为1141bp。序列分析结果显示:Cytb基因全序列中共检测到40处核苷酸替代,全部为同义替换,且主要来自密码子第三位点。19尾白姑鱼个体共定义了14种单倍型。核苷酸组成分析表明:白姑鱼Cytb全序列的鸟嘌呤(G)含量较低,在第三密码子位点上表现得尤为明显。基于邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建的系统树结果基本一致,中国近海和日本近海的白姑鱼明显分为2个单系群,两组群间的净遗传距离为0.019,基于C...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
司从利 章群 黄小彧 马奔 乐小亮
测定了广东虎门、广西合浦和广西钦州3个群体45 ind居氏银鱼(Salanx cuvieri)线粒体DNA细胞色素b基因1 017 bp序列片段,发现42个多态位点,28个单倍型。平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.967和0.006,呈现出高单倍型多样性低核苷酸多样性的特点。合浦和钦州群体间遗传分化指数Fst值为-0.029,表明广西的2个群体间没有遗传分化。虎门群体与合浦和钦州群体间的Fst值分别为0.201和0.218,出现中度遗传分化,推测琼州海峡可能阻碍了广东与广西群体间的遗传交流。邻接树上出现2个无明显地理聚群的较弱谱系分支,表明正处于谱系拣选状态。AMOVA分...
关键词：
居氏银鱼 细胞色素b 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
宁子君 刘玉萍 张书飞 高天翔 杨天燕
本研究采用高通量测序技术获得了艾氏蛇鳗(Ophichthusevermanni)线粒体基因组全序列,并对其结构和特征进行了分析。结果表明,艾氏蛇鳗线粒体基因组全长17759bp,包含了13个蛋白编码基因(PCGs)、22个转运RNA基因(tRNA)、2个核糖体RNA基因(rRNA)、2个控制区(D-loop)和1个轻链复制起始区(O_L)。线粒体DNA全序列的碱基组成分别为A (31.27%)、G (16.19%)、C (26.22%)和T (26.32%),其中A+T含量(57.59%)大于G+C含量(42.41%),呈现出明显的A+T偏好性。与大多数硬骨鱼类不同,艾氏蛇鳗线粒体基因组中发生了基因重排现象,ND6基因和tRNA-Glu移到了tRNA-Thr和tRNA-Pro之间,且ND6基因上游还存在另一个高度同源的D-loop区。tRNA-Gln (Q)、tRNA-Ala (A)、tRNA-Asn (N)、tRNA-Cys (C)、tRNA-Tyr (Y)、tRNA-Ser~(UCA)(S1)、tRNA-Glu (E)、tRNA-Pro (P)和ND6 9个基因位于L链,其余基因均位于H链。除tRNA-Ser (AGC)外,其余21个tRNA均为典型的三叶草二级结构。分别采用邻接法和最大似然法,基于12个蛋白编码基因(ND6除外)构建了蛇鳗科鱼类系统发育关系树。结果显示艾氏蛇鳗与短尾蛇鳗(O.brevicaudatus)和食蟹豆齿蛇鳗(Pisodonophiscancrivorus)的亲缘关系较近,蛇鳗属是蛇鳗科鱼类中分化较晚的一个类群。研究结果丰富了蛇鳗科鱼类线粒体基因组数据库,也为该类群鱼类的系统分类研究提供了参考资料。
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