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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘红 张海强 蔡生力 戴习林
运用线粒体ＤＮＡ（ｍｔ ＤＮＡ）控制区部分基因序列测序技术对６个凡纳滨对虾养殖群体（Ｓ１、Ｓ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｋ１和ＳＧ）的遗传多样性和系统进化关系进行了分析。结果显示，在检测到的１４６个单倍型中，１４４个为单群体特有，其余两个为群体Ｓ１和Ｓ２共享。６个群体的单倍型多样性（ＨＤ）为０．４２–０．９９，核苷酸多样性（π）为０．００–０．０８，其中，单倍型多样性最高的是群体Ｋ１（ＨＤ＝０．９９±０．０１），核苷酸多样性最高的是群体Ｓ２（π＝０．０８±０．０４）。综合考虑，遗传多样性最低的为群体Ｓ１（ＨＤ＝０．４２±０．０８，π＝０．００），遗传多样性最高的是群体Ｓ２（ＨＤ＝０．８８±０．０２，π＝０．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
彭银辉 周于娜 刘旭佳 黄国强 蔡小辉 潘英
为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 130.
[期刊] 西南农业学报
[作者]
向燕 孔杰 周洲 张龙涛 杨兴
为了解繁育基地养殖鲟鱼亲鱼的遗传背景,利用线粒体控制区部分序列对49个鲟鱼亲鱼中遗传多样性进行分析。结果表明:检鲟鱼亲鱼(目的序列长度412~420 bp)可以划分为3大类:E(达氏鲟,Acipenser dabryanus)、B(中华鲟,Acipenser sinensi)、D(史氏鲟,Acipenser schrencki)类,分别包括3、2、13个单倍型,多态位点分别有13、15、30个,单倍型多样度(Hd)分别为0.417、0.2、0.853,核苷酸多样性(Pi)分别为0.005 41、0.007 28、0.013 14,平均核苷酸差异数(K)分别为2.222、3、5.52。同类各单倍...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨洁 何安元 何学军 唐首杰 王成辉
利用线粒体DNA控制区部分序列对中国8个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)养殖群体(埃及、吉拉达、美国、鹭业、吉诺玛、宝路、广东、新吉富)的遗传多样性和相互间遗传关系进行了分析。在所分析的237个样本中,可归结为15种单倍型,其中单倍型BL1为宝路(BL)、埃及(EGY)、吉拉达(GLD)、吉诺玛(GNM)和鹭业(LY)5个群体所共享,但没有一个单倍型为所有群体共享。8个群体内的核苷酸多态位点数(S)在4~83,平均核苷酸差异数(K)的范围为0.50~37.26,单倍型多样性(h)为0.190 8~0.802 3,核苷酸多样性(π)为0.000 8~0.056 9。AMO...
[期刊] 水产学报
[作者]
叶宁 包秀凤 刘建勇
为了解引进群体与国内养殖凡纳滨对虾群体遗传多样性水平,提高我国凡纳滨对虾种质改良效果,应用AFLP标记技术对国外引进群体和国内养殖凡纳滨对虾群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对7个群体(4个引进群体,3个养殖群体)210个个体进行扩增,结果发现,7个群体在100500 bp共检测到105个位点,其中多态性位点为90个,多态位点比例为85.71%。4个引进群体(KONABA、SISMAN、OI、CHAI)的多态性位点百分率分别为62.5%,57.29%,61.21%,61.46%;3个国内养
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙鹏 李杰 尹飞 彭士明 柳敏海 施兆鸿
利用线粒体控制区序列研究了条石鲷养殖群体的遗传多样性水平和遗传结构。通过PCR扩增与序列测定获得了长度为469 bp的线粒体控制区基因片段,在30个个体中共发现27处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为36.5%、30.2%、12.5%和20.8%,A+T含量明显高于G+C含量。30条线粒体控制区序列共定义了11个单倍型,存在27个多态性位点,产生27个突变。其中,包含简约信息位点13个,发生转换7次,颠换1次,没有发现插入或缺失现象。单倍型多样性(Hd)为0.892,核苷酸多样性(Pi)为0.013 8,平均碱基差异(K)为6.473。采用邻接法(Neighbor-joining,N...
关键词：
条石鲷 线粒体控制区 遗传多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
涂剑锋 徐佳萍 王洪亮 李一清 邢秀梅
为了解马鹿种群遗传结构和分化水平,测定了马鹿5个亚种11个地理群共计146个体线粒体DNA控制区全序列。序列分析检测到167个变异位点,确定了54种单倍型;各个亚种呈现较高的单倍型多样性(h:0. 600～0. 959)及中等程度的核苷酸多样性(π:0. 006 3～0. 012 6)。中性检验仅发现甘肃马鹿显著性偏离中性突变,亚种间遗传分化指数FST> 0. 5、基因流Nm
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赫崇波 丛林林 葛陇利 刘卫东 周遵春 高祥刚
应用AFLP标记技术对辽宁和山东沿海文蛤(Meretrix meretrix)养殖群体和野生群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对5个群体(3个野生群体,2个养殖群体)150个个体进行扩增,共得到364个的位点。5个群体内的多态位点比例为84.3945%~87.6465%,总多态位点比例为99.6300%。群体的Nei’s基因多样性指数(H)为0.2301~0.2634;群体的Shannon多样性指数为0.3617~0.4248,群体间的遗传距离为0.0394~0.1609,群体内个体间的遗传距离为0.2592~0.5360。辽宁大洼野生群体和山东河口野生群体的多态位点比例、Sh...
关键词：
文蛤 AFLP 遗传多样性
[期刊] 淡水渔业
[作者]
赵立祥 董浚键 孙成飞 田园园 胡婕 卢迈新 叶星
采用线粒体D-loop序列及SSR标记分析广东4个宝石鲈(Scortum barcoo)养殖群体的遗传多样性。D-loop序列分析显示,长度为598 bp的D-loop片段上有14个多态性位点,共定义8个单倍型。4个群体单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.000 0～0.543 5、0.000 00～0.001 76,表明4个群体遗传多样性水平均较低。利用11个SSR位点分析显示,4个群体期望杂合度(H_e)=0.396～0.516、PIC=0.320～0.420,说明各群体遗传多样性处于中低水平。虽然二种方法获得的遗传分化指数F_(ST)上存在差异,分别为0.403 5(D-loop)和0.044 5(SSR),但二种分析结果均显示4个广东群体的遗传多样性较低、亲缘关系较近,因此有必要引进原种以丰富国内养殖群体的遗传多样性。
[期刊] 水产学报
[作者]
王佳佳 王琼 秦桢 陈耀辉 李健 李吉涛
基于SSR标记研究凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体遗传结构，为凡纳滨对虾种质资源的遗传改良提供基础信息。本研究利用MISA软件对凡纳滨对虾全基因组SSR位点进行搜索，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳获得多态性高的SSR标记，基于POPGENE 1.32、PIC-CALC和Mega 6.0软件分析6个不同来源的凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体结构特征。在凡纳滨对虾全基因组数据中共鉴定出10 453 975个微卫星，约占基因组序列总长度的18.56%，其中，二碱基微卫星最丰富，占总数的82.15%。利用具有多态性的14个SSR标记分析3个国内群体桂海1号（CG）、海兴农2号（CH）和山东养殖群体（CT），及3个国外群体厄瓜多尔1号（FO）、厄瓜多尔2号（FT）和墨西哥群体（FM）的遗传特征，结果表明，14个SSR标记在6个群体中共检测到208个等位基因变异，等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量的范围分别为6～25、0.112～0.994、0.234～0.925和0.226～0.918；遗传多样性丰富程度从高到低分别为CH > FO > FM > CT > FT > CG。桂海1号与山东养殖群体、3个国外群体间属于中等程度的遗传分化；聚类分析显示，国内群体桂海1号和海兴农2号聚为一大类，山东养殖群体与国外群体厄瓜多尔1号、厄瓜多尔2号和墨西哥群体聚为一大类。本研究结果表明，筛选的14个SSR标记可用于凡纳滨对虾群体遗传多样性的评估；3个国外群体的遗传多样性相对较高，且与国内群体桂海1号和海兴农2号的亲缘关系较远。本研究对凡纳滨对虾种质资源的开发利用与新品种选育具有十分重要的意义。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
金玲 陈奕彬 李色东 刘萍 李健 吕建建
本研究利用10个微卫星标记对广东和台湾红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)养殖群体进行遗传多样性分析,并对2个红螯螯虾群体的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)等进行计算。结果显示:在2个红螯螯虾群体中共检测到83个等位基因,广东群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.619、0.438、0.505,台湾群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.829、0.492、0.592。广东群体和台湾群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.465和0.538。红螯螯虾2群体的Shannon指数(H)均大于1,群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.0969。研究结果表明:红螯螯虾广东和台湾养殖群体的遗传多样性较丰富,且2个群体的遗传分化较大,通过群体间的杂交可有效避免近亲繁殖。
[期刊] 水产学报
[作者]
张辉 高天翔 庄志猛 金显仕
比较分析了中国对虾养殖群体与野生群体mtDNA控制区序列。研究结果显示,在长度为563bp的mtDNA控制区片段中,中国对虾养殖群体与野生群体序列间存在一定程度的遗传差异。野生群体的基因多样度为0.9672,略高于养殖群体(0.9380),两群体间未检测到共享单倍型;野生群体mtDNA控制区核苷酸多样度为0.0106,养殖群体核苷酸多样度为0.0094,略低于野生群体的核苷酸多样度。基于K-2P模型计算得到中国对虾两群体间的平均遗传距离为0.0108,野生群体个体间平均遗传距离为0.0107,养殖群体个体间平均遗传距离为0.0095;单倍型最小跨度树和NJ系统树均未检测到显著的谱系结构。确切P...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李玉林 罗明坤 冯冰冰 朱文彬 傅建军 梁政远 解旭东 缪凌鸿 董在杰
为探讨苏南地区美洲鲥养殖群体的种质资源现状及遗传多样性水平，采用15个微卫星标记和线粒体D-loop序列，对7个不同群体：镇江丹徒（Dtq）、镇江扬中（Yzq）、苏州张家港（Zjg）、苏州相城（Xcq）、南通中洋（Zyq）、常州滆湖（Ghq）和常州武进（Czq）共计210尾个体进行群体多样性分析。结果显示，15个SSR位点中除Asa-12外，其余位点均表现为高度多态性（PIC> 0.5）。其中，7个群体期望杂合度（He）为0.615～0.758，多态信息含量（PIC）为0.568～0.723，两者均以Zjg群体最高。D-loop序列共检测到32个变异位点，定义了20个单倍型，其中Zjg群体单倍型最多（11个）。7个群体的单倍型多样性、核苷酸多样性指数分别为0.618～0.945、0.003～0.008。基于SSR和D-loop序列的遗传距离分析，发现Ghq群体和Zyq群体的Nei's遗传距离（0.058）和K2P遗传距离（0.003）最近，低于其他群体间的遗传距离（分别为0.073～0.397和0.003～0.006）。综合分析，发现7个美洲鲥群体的遗传多样性较为丰富，而群体间遗传变异程度不高，基因流Nm> 1和镶嵌式排列的个体进化树也证实7个群体的亲缘关系较近。基于本研究，可初步了解苏南地区鲥的种质现状，为后续进一步开展育种工作奠定理论基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘海金 朱晓琛 孙效文 杨立更 薛玲玲 毛连菊
利用16对微卫星分子标记对牙鲆(Paralichthys olivaceus)的5个养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明,等位基因数为2~9个,平均等位基因数为6.0625;有效等位基因数1.2596~5.5161,平均有效等位基因数3.692;各位点的杂合度观测值(Ho)0.2200~0.8000;杂合度期望值(He)0.2061~0.8187。各群体之间无偏倚杂合度期望值从小到大依次为丹东、北戴河、威海、青岛、荣成。Kruskal-Wallis检验结果(H=0.672,df=4,P=0.955)则说明,5个群体遗传多样性差异不显著。群体间基因分化系数(GST)为0.0991,各群体之间存在...
关键词：
牙鲆 养殖群体 遗传多样性 微卫星
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赫崇波 陈姝君 高祥刚 周遵春 刘卫东 宋文涛
采用AFLP分子遗传标记技术,对来自福建和湖北的1984年引进的斑点叉尾(Ictalurus punctatus)养殖群体(P1984)、来自福建和辽宁的1997年引进的养殖群体(P1997)、来自湖南的2004年引进的养殖群体(P2004)和来自湖北的1984年与1997年引进养殖群体的杂交群体(P8497)的遗传多样性进行研究。用10对选择性引物共扩增出523个位点,其中,243个位点为多态位点,多态位点比例为46.46%;没有发现可以用于区分4个群体的特异性位点,但找到一些潜在的群体鉴别片段;P1984、P1997、P2004和P8497群体的多态位点比例(P)分别为28.93%、38...
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