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[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
黄勇杰
务川臭蛙(Odorrana wuchuanensis),无尾目(Anura),蛙科(Ranidae),臭蛙属(Odorrana),中国特有种,是中国最濒危的8种两栖类之一,其模式标本因采于贵州省东北部的务川仡佬族苗族自治县而被命名。2016年被国际自然保护联盟(IUCN)重新评估,由极度濒危(Critically Endangered,简称CR)降级为易危(Vulnerable,简称VU),但目前未列入中国重点野生动物保护名录。截止2016年,野外调查主要发现于贵州省东北部和南部,但由于该物种栖息地多位于
[期刊] 水产学报
[作者]
牛东红 冯冰冰 刘达博 沈和定 李家乐
我国缢蛏养殖规模不断扩大,而缢蛏主产区苗种的遗传结构却缺乏系统的分析研究。利用微卫星标记和线粒体COⅠ序列分析了我国浙闽沿海8个缢蛏群体的遗传多样性和遗传分化水平。基于微卫星标记的遗传多样性分析结果显示,群体的平均有效等位基因数(Ne)为6.2～9.0,期望杂合度(He)为0.806～0.875;基于线粒体COⅠ标记的遗传多样性结果显示,单倍型多态性(Hd)为0.942～1.000,核苷酸多样性指数(P)为0.005 6～0.011 5。基于微卫星标记的群体间遗传分化值(FST)为0.001 4～0.063 8,除NH和SM群体外,其他群体间均具有显著性差异;基于线粒体COⅠ标记的群体间遗传分...
关键词：
缢蛏 微卫星 线粒体DNA 遗传结构
[期刊] 中国农业科学
[作者]
万宣伍 刘映红 张彬 周浩东
【目的】探讨重庆地区桔小实蝇遗传分化情况。【方法】以8对微卫星引物对重庆地区6个桔小实蝇种群155个个体的遗传多样性进行研究。【结果】在8个微卫星位点上共检测到51个等位基因。6个种群在各位点的平均表观杂合度Ho为0.1731—0.2958,平均期望杂合度He为0.1311—0.6796,经卡方检验,各种群在大多数位点上不符合Hardy-Weinberg平衡。对多态位点百分率P、基因多样性指数Nei’s,Shannon信息指数I的分析表明,本文所研究的6个桔小实蝇种群具有较丰富的遗传多样性。种群间分化系数FST平均值为0.0777,说明遗传变异主要发生在种群内。武隆种群和永川种群之间的遗传距离...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张帝 强俊 傅建军 徐钢春 周国勤 董在杰 陶易凡 路思琪 陆健 徐跑
为探讨当前国内大口黑鲈(Micropterus salmoides)群体遗传多样性和变异情况,采用14个微卫星(简单重复序列, SSR)标记和线粒体D-loop序列,对国内3个养殖群体(“优鲈1号”YL1、“优鲈3号”YL3和中国台湾群体CTW)、1个引进群体(北方亚种US)和1个杂交群体(“优鲈3号”♀×北方亚种♂, HYB)共计5个群体175尾个体进行群体遗传变异分析。结果显示, 14个SSR位点中有5个位点(LMB24、LMB28、LMB38、LMB39和LMB42)表现出高度多态性[(多态信息含量(PIC)>0.5)]。其中,北方亚种群体多态性水平最高(PIC=0.514),其他4个群体多态性普遍较低(0.278
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
于悦 庞美霞 俞小牧 童金苟 沈建忠
利用１０个高度多态的微卫星标记对采自长江、赣江、鄱阳湖湖口和都昌水域的４个鲢野生群体遗传结构进行分析。检测到１４８个等位基因，每个微卫星位点的等位基因数５～２４，有效等位基因数６．４～７．１，平均观测杂合度Ｈｏ为０．８０２～０．８２１，平均期望杂合度Ｈｅ为０．８１７～０．８３９，表明这４个鲢群体遗传多样性较高。鲢群体间的遗传相似系数为０．９２２ ２～０．９４４ １，遗传距离为０．０５７ ６～０．０８１ ０，固定系数Ｆｓｔ值为－０．０１２ ３５～０．００５ ２８，表明这４个鲢群体间遗传一致性高，遗传距离小，群体遗传分化不显著。ＡＭｏＶＡ结果显示遗传变异主要来自群体内，基因流分析认为长江、赣江、鄱．．．
关键词：
鲢 遗传结构 微卫星 长江 赣江 鄱阳湖
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱文进 张美俊 葛慕湘 关学敏 苏咏梅 姜玉锁 张桂贤 郭传甲
【目的】为分析我国驴品种的遗传多样性和系统发生关系。【方法】利用24对微卫星标记,采用PCR扩增,用非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳、银染法显色,对中国8个大、中型驴品种遗传多样性进行了检测,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数(E),利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离(DA)。利用DISPAN软件,采用邻接法构建系统发生树,并进行了系统发生分析。【结果】结果表明,24对微卫星座位在8个驴品种中的多态信息含量除NVHEQ18为中度多态外,其余23对微卫星均为高度多态;8个驴种的平均PIC(0.6940)、h(0.7119)和E(3.9...
关键词：
驴 微卫星 遗传多样性 系统发生
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李可 马徐发 谢鹏 高萌 郭焱 谢从新 侯杰
利用16对多态性微卫星标记对新疆额尔齐斯河干流北湾河段、支流哈巴河以及乌伦古湖拟鲤(Rutilus rutilus)3个地理群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,16个微卫星位点的平均多态信息含量PIC、期望杂合度He和等位基因数AN分别为0.902 9、0.916 8和18.937 5,遗传参数均反映出3个群体较高的遗传多样性水平。乌伦古湖群体的遗传多样性水平略低于哈巴河和北湾群体。主成分分析表明,影响乌伦古湖群体与哈巴河和北湾群体间遗传多样性差异的主要因素可能为盐度。遗传分化指数和UPGMA聚类分析显示3个群体间均未发生种群遗传分化。分子变异分析(AMOVA)显示个体间的变异贡献率为88.47%,仅少部分变异来源于群体间(1.83%),表明拟鲤3个群体间的遗传变异水平较低。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
曾可为 宋文 王青云 夏儒龙 王守荣 邓国乔 成为为 曹小娟
采用Illumina高通量测序技术对鳜(Siniperca chuatsi)性腺转录组进行分析,筛选获得可设计引物的微卫星序列4 986条。随机合成239对微卫星引物,其中27个微卫星标记(11.30%)在12个鳜群体中呈现多态性,等位基因数2～8(5.63±1.84),有效等位基因数1.86～6.80(3.99±1.56),观测杂合度0.21～0.78(0.49±0.16),期望杂合度0.46～0.85(0.71±0.12),平均多态信息量0.37～0.84(0.66±0.15),基因流0.11～2.14(0.67±0.45)。在12个鳜群体中,嘉鱼群体平均等位基因数和平均有效等位基因数最大;武汉群体平均观测杂合度、平均期望杂合度高;12个群体遗传距离为0.103 0～1.511 7,遗传相似系数为0.220 5～0.902 2;抚远群体和顺德群体间的遗传距离最大(1.511 7),遗传相似系数最小(0.220 5);韶关群体和顺德群体间的遗传距离最小(0.103 0),遗传相似系数最大(0.902 2);UPGMA聚类分析显示珠江水系一支与长江水系一支先聚集后再与黑龙江水体支汇聚;12个群体间的遗传分化系数F_(ST)介于0.041 8～0.611 0,群体间的遗传分化达到了显著性水平(P
[期刊] 华北农学报
[作者]
白文林 尹荣焕 赵素君 曹亮 罗光彬 姜午旗
为了从分子水平上揭示林甸鸡和大骨鸡的群体遗传结构,利用鸡基因组中5个微卫星标记,检测了林甸鸡和大骨鸡群体的遗传多样性。同时探讨了林甸鸡和大骨鸡在国内几个地方鸡种中的系统地位。结果表明,5个微卫星位点共检测到38个等位基因,其中ADL0146位点的等位基因数5个,为最少,而ADL0136和ADL0185两个位点的等位基因数9个,为最多;5个微卫星位点的平均等位基因数为7.6个。林甸鸡群体内比大骨鸡群体有更丰富的遗传多样性。聚类分析结果显示,林甸鸡和大骨鸡与边鸡、日照麻鸡及寿光鸡之间有比较密切的亲缘关系;而林甸鸡和大骨鸡与鲁西斗鸡的亲缘关系均较远。总体而言,该系统聚类结果与7个鸡种的分化与选育历史...
关键词：
鸡 微卫星标记 遗传多样性 聚类分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张露 樊威 苏建 焦晓磊 周剑 黄志鹏 赵瀚 赵仲孟 段元亮 李强 杜军 卓婷 苏全森 吴俊 罗煜
【目的】为了解7个不同地理位置的4个乌鳢（Channa argus）群体和3个白化乌鳢育成群体的群体遗传多样性和遗传分化特点。【方法】采用20对微卫星引物对4个乌鳢群体和3个白化乌鳢育成群体，共计350尾个体的微卫星位点进行了分型检测，分析了所有微卫星标记的多态性及遗传多样性信息，并分析了群体间遗传分化特点。【结果】所有20对微卫星引物共检测出356个等位基因，等位基因数（N_(a)）介于4～40个，每个位点平均有17.8个等位基因。观测杂合度（H_(o)）介于0.000～0.791，平均值为0.578；期望杂合度（H_(e)）介于0.31～0.91，平均值为0.732；多态信息含量（PIC）介于0.271～0.901，平均值为0.700，且所有乌鳢群体的N_(a)、H_(o)、H_(e)、PIC均高于白化乌鳢群体。7个群体的遗传分化指数（F_(ST)）在0.07 876～0.40 303，所有群体间的遗传分化均达显著水平（P<0.05）。将4个乌鳢群体和3个白化乌鳢群体分为两组进行分子方差分析（AMOVA），发现这几个群体的遗传变异主要来源于个体内，占遗传变异来源总量的69.65%。而UPGMA系统发育树聚类结果显示4个乌鳢群体和3个白化乌鳢群体分别被聚类到了2个独立分支上。【结论】本研究的3个白化乌鳢群体的遗传多样性均相对低于4个乌鳢，在繁育过程中应加强白化乌鳢遗传多样性保护，尽量避免近亲交配，本研究为乌鳢和白化乌鳢的遗传资源保护及综合利用提供理论依据。
关键词：
乌鳢 白化乌鳢 微卫星 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李琪
微卫星DNA由于具有高度多态性、共显性遗传、基因组中含量丰富且随机分布等特点,目前已成为最有效的分子标记之一,并应用于种群分化研究、血缘分析、基因连锁分析、进化以及生态学研究等许多领域。近年来,海洋贝类微卫星的研究报道日益增多。本文对海洋贝类微卫星分离方法、开发现状、遗传学特性以及在种群遗传、家系分析、遗传多样性评价等方面的最新研究进展进行了综述,并分析了微卫星分析中无效等位基因、“结巴”带、短等位基因显性和等位基因“扩增丢失”现象的产生原因以及对微卫星基因型判读带来的影响。
关键词：
海洋贝类 微卫星 遗传学
[期刊] 长江流域资源与环境
[作者]
陈建武 汪登强 张燕 段辛斌 刘绍平 陈大庆
采用6对圆口铜鱼(Coreius guichenoti)微卫星引物对长江重庆、沙市、湖口和常熟4个江段的铜鱼(Coreius heterodon(Bleeker))的遗传多样性进行分析。PCR分析结果表明:6对引物均能成功扩增出DNA片段并具有一定的多态性,等位基因数在2～7个。每个群体的平均等位基因数为3.0～3.7,平均观测杂合度(Ho)在0.4844～0.6301,平均期望杂合度(He)在0.4695～0.5622,多态信息含量(PIC)范围在0.1638～0.7392。有部分微卫星座位在一些群体中偏离哈代-温伯格平衡。遗传距离分析表明沙市群体与常熟群体遗传距离最远,而重庆群体与湖口群体...
关键词：
微卫星 遗传多样性 铜鱼 长江
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
潘传燕 臧云鹏 廖梅杰 王印庚 荣小军 张正 李彬 陈贵平
采用FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing Repeats)方法构建了仿刺参基因组富集CA微卫星序列的基因组短片段文库,筛选得到118条微卫星DNA序列。根据重复单元的排列特点,完美型共83个,占70.4%;非完美型共30个;占25.4%;复合型标记5个,占4.2%。选取其中20条微卫星序列设计引物进行多态性检测,并利用这20对引物对采自中国、韩国(西海岸及东海岸)、俄罗斯和日本沿海的野生仿刺参以及美国沿海的具疣拟刺参进行遗传多样性水平和遗传结构分析。结果表明,所设计的20对引物的扩增产物均具有多态性,其中16个位点为高度多态(PI...
[期刊] 水产学报
[作者]
郭香 李琪 孔令锋 于红
为了提高长牡蛎遗传图谱上的微卫星标记密度,实验采用6个家系图谱间的共有微卫星标记作为锚定标记,构建了长牡蛎的整合图谱。该整合图谱共有161个微卫星标记,覆盖10个连锁群,图谱长度和平均间距分别为615.4和3.8 cM。各连锁群的标记数介于10～24个之间,连锁群长度为47.3～73.3 cM,是目前密度最高的长牡蛎微卫星图谱。不同作图家系连锁群上的标记分组保持一致,但标记顺序出现差异,可能与长牡蛎自然群体中存在大量的染色体重排现象有关。结果表明,该图谱可以为今后长牡蛎的遗传育种研究提供新的遗传工具。
[期刊] 水产学报
[作者]
谭杰 孙慧玲 刘萍 杨爱国 燕敬平 刘志鸿 周丽青
运用微卫星DNA技术对仿刺参烟台群体、威海群体、大连群体的3个野生群各20个个体进行了遗传分析。对9个基因位点进行了扩增,共获得了59个等位基因。评估了9对微卫星引物的多态信息含量(PIC),范围在0.5129~0.8794之间。结果表明:3个野生群体的平均杂合度观测值分别为0.6416、0.6595、0.5824,平均杂合度期望值分别为0.7641、0.7161、0.7364;在Hardy-Weinberg平衡条件下,进行了P检验,发现3个群体均有位点发生了显著偏离;对3个群体进行了配对Fst值计算,发现3个群体之间遗传分化较弱。从变异贡献率来看,95.68%的变异来自个体之间,4.32%的...
关键词：
仿刺参 地理群体 遗传变异 微卫星DNA
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