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[期刊] 淡水渔业
[作者]
潘贤辉 周康奇 陈忠 杜雪松 黄姻 覃俊奇 文露婷 潘志忠 邓潜 罗辉 叶华 林勇
利用线粒体D-loop区和COI基因序列分析了全州禾花鲤(Quanzhou Procypris merus)、融水禾花鲤(Rongshui P.merus)和野生鲤鱼群体的遗传多样性和系统进化关系。基于D-loop区序列分析结果表明:序列长度为927～930 bp,共统计变异位点53个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为33.4%、32.9%、14%和19.7%,A+T(66.3%)明显高于G+C(33.7%);总体的单倍型数(h)、单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为40个、0.95和0.008 3;遗传分化指数(Fst)为0.224 59。基于COI基因序列分析结果显示:序列长度为897～899 bp,共统计变异位点33个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为26.7%、28.5%、17.8%和27%,且A+T(55.2%)高于G+C(44.8%);总体的h为25个,Hd为0.91,π为0.003 16;Fst值为0.191 43。在3个群体内和群体间遗传距离分别在0.003～0.009和0.003～0.01,远小于种群分类水平0.05。分子方差分析(AMOVA)结果表明,77.54%(D-loop)和80.86%(COI)变异来自群体间变异,22.46%(D-loop)和19.14%(COI)来自群体内变异。单倍型进化树和网络图显示,全州禾花鲤和野鲤群体均存在单独聚为一支的单倍型,而融水群体未出现单独成支现象。研究表明,线粒体D-loop区作为反映3个群体间遗传多样性的灵敏度要高于COI基因,并且3个群体均属于高单倍型多样性和高核苷酸多样性。综上,3个群体间出现了较为明显的分化现象。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孔杰 刘伟 李世凯 周洲 赵凤
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
陈康 王伟峰 陈秀荔 朱威霖 王焕岭
为揭示中国大獭蛤(Lutraria maxima)遗传多样性现状,基于线粒体Cytb和D-Loop序列,分析了北海、涠洲岛、湛江、厦门、福州大獭蛤5个地理群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示:基于Cytb和D-Loop序列获得的单倍型数分别为73和27,总体单倍型多样性指数/核苷酸多样性指数分别为0.834 5±0.030 3/0.002 3±0.001 4、0.445 6±0.049 8/0.001 4±0.001 3。分子变异分析(analysis of molecular variance, AMOVA)结果显示,99.68%(Cytb)和101.16%(D-Loop)变异来自群体内,0.32%(Cytb)和-1.16%(D-Loop)变异来自群体间;遗传距离分别为0.001 8～0.002 9(Cytb)和0.000 8～0.002 0(D-Loop),群体间分化指数F_(st)值分别为-0.008 0～0.010 1(Cytb)和-0.014 3～-0.007 2(D-Loop),且均无显著分化(P>0.05)。中性检验Tajima’s D和Fu’s F_S值均为负值(P<0.05),核苷酸不配对分布曲线呈现单峰型,这些都表明大獭蛤种群在近期经历过扩张现象,扩张时间约在更新世晚期,距今约为1.3×10~4～6.6×10~4年。上述结果表明,大獭蛤具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数的特征,群体间无明显遗传分化,可作为一个管理保护单位。研究可为中国东、南海沿岸地区大獭蛤资源保护和持续发展与利用提供基础的参考材料。
[期刊] 水产学报
[作者]
彭士明 施兆鸿 侯俊利
运用线粒体D-loop区与COI基因片段序列比较分析了养殖与野生银鲳群体的遗传多样性。研究结果显示,线粒体D-loop区片段中,A、T、C与G4种核苷酸的平均含量分别为40.00%、30.55%、16.75%和12.70%,A+T的含量为70.55%,明显高于G+C的含量。COI基因片段中,A、T、C和G的平均含量分别为25.85%、33.90%、21.30%和18.85%,A+T的含量(59.75%)同样高于G+C的含量。基于D-loop序列分析所得出的两群体总的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数分别为19、15、0.895、0.007和2.505。基于COI基...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘伟 曾圣 王雪 詹会祥 周路 熊畔 向燕
【目的】研究贵州毕节地区四川裂腹鱼(Schizothorax kozlovi)养殖群体的遗传多样性，为其选育和遗传改良工作提供理论依据。【方法】PCR扩增、DNA测序获取四川裂腹鱼养殖群体D-loop区和Cyt b基因序列，采用相关软件分析序列变异和群体遗传多样性。【结果】四川裂腹鱼养殖群体D-loop区和Cyt b基因序列分别检测到9、34个核苷酸多态位点(S),对应定义7和8种单倍型，单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.765、0.842和0.00 519、0.00 826;中性检测和核苷酸错配分析显示四川裂腹鱼养殖群体近期历史上可能未经历群体扩张事件。【结论】毕节地区四川裂腹鱼养殖群体具有较为丰富的遗传多样性，四川裂腹鱼养殖群体选择压力主要受到负向选择的影响，当前的人工选择对其Cyt b基因进化的影响有限。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
赵立祥 董浚键 孙成飞 田园园 胡婕 卢迈新 叶星
采用线粒体D-loop序列及SSR标记分析广东4个宝石鲈(Scortum barcoo)养殖群体的遗传多样性。D-loop序列分析显示,长度为598 bp的D-loop片段上有14个多态性位点,共定义8个单倍型。4个群体单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.000 0～0.543 5、0.000 00～0.001 76,表明4个群体遗传多样性水平均较低。利用11个SSR位点分析显示,4个群体期望杂合度(H_e)=0.396～0.516、PIC=0.320～0.420,说明各群体遗传多样性处于中低水平。虽然二种方法获得的遗传分化指数F_(ST)上存在差异,分别为0.403 5(D-loop)和0.044 5(SSR),但二种分析结果均显示4个广东群体的遗传多样性较低、亲缘关系较近,因此有必要引进原种以丰富国内养殖群体的遗传多样性。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李梦荣 田雪 庞小磊 王良炎 胡菊 董传举 李学军 王团记
实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘伟 代应贵 袁振兴 孙际佳 刘丽
以采自都柳江４０尾粗唇（Ｌｅｉｏｃａｓｓｉｓ ｃｒａｓｓｉＬａｂｒｉｓ）个体为样品，采用Ｐｃｒ和ＤＮａ测序技术对粗唇都柳江种群ｃｙｔ ｂ基因和Ｄ－ＬｏｏＰ序列进行了分析。获得了长度分别为１ １１８ ｂＰ、７７６～７７８ ｂＰ的粗唇ｃｙｔ ｂ基因、ＤＬｏｏＰ序列。２段序列的碱基组成均为ａ＋ｔ的含量高于Ｇ＋ｃ的含量，但ｃｙｔ ｂ基因碱基变异率（０．２７％）显著低于Ｄ－ＬｏｏＰ的碱基变异率（３．３４％～３．３５％）。对粗唇Ｄ－ＬｏｏＰ序列结构进行了分析，识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇４０个个体ｃｙｔ ｂ基因、Ｄ－ＬｏｏＰ序列中分别有３、２０个多态位点，分．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
单云晶 鲁翠云 李超 张明昭 顾颖 孙效文
本研究通过对5个鲤养殖品种即高寒鲤(Cyprinus carpio Frigid carp)、松浦鲤(Cyprinus carpio Songpu carp)、蓝鳞鲤(Cyprinus carpio blue var)、松浦镜鲤(Cyprinus carpio Songpu mirror carp)和红镜鲤(Cyprinus carpio Red mirror carp)的线粒体COI基因部分序列的测定,比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。在5个鲤品种共100个样本的线粒体COI序列中检测到8种单倍型,其中5个单倍型(H1、H2、H4、H5、H6)涵盖样本较多,占总样本数的94.06%。蓝...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李大命 张彤晴 关浩勇 唐晟凯 刘燕山 刘小维 潘建林
本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034
[期刊] 水产学报
[作者]
黄雪贞 钱国英 李彩燕
采用PCR结合DNA测序技术和SSCP技术,分析了中华鳖3个地理群体线粒体DNA(mtDNA)D-loop区部分序列的变异及遗传多样性。在25个个体中,其碱基组成为A+T的平均含量(65.4%)高于G+C(34.6%),共检测到变异位点7个(约占总位点数的5.7%),转换/颠换值为2.76。核苷酸多样性(π)为0.019 95,平均核苷酸差异数(K)为2.453。25个个体分属6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.707,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.027。6个单倍型构建的UPGMA系统树聚为3个分支。结果表明,中华鳖群体mtDNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,日本...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈大庆 张春霖 鲁成 张信
利用PCR技术扩增青海湖3个不同地区(黑马河,布哈河,沙柳河)的青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii(Kessler))线粒体D-loop基因片段,测定该基因片段1 005 bp序列。通过线粒体基因组D-loop区序列比较分析,对比3个不同地区的83尾青海湖裸鲤的遗传结构进行研究,共检测出多态性位点65个,其中有1个插入位点(b3,nt-569),2个缺失位点(s6和b37,nt-169、nt-170),多态性位点数62。3个群体内的多态性位点分别为黑马河51个、布哈河38个、沙柳河39个,平均核苷酸位点差异数分别为9.377、7.782和7.510。结果表明,不同地区的...
[期刊] 水产学报
[作者]
董新培 武小斌 万海付 穆淑梅 康现江 肖国华 薛建民
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张帝 强俊 傅建军 徐钢春 周国勤 董在杰 陶易凡 路思琪 陆健 徐跑
为探讨当前国内大口黑鲈(Micropterus salmoides)群体遗传多样性和变异情况,采用14个微卫星(简单重复序列, SSR)标记和线粒体D-loop序列,对国内3个养殖群体(“优鲈1号”YL1、“优鲈3号”YL3和中国台湾群体CTW)、1个引进群体(北方亚种US)和1个杂交群体(“优鲈3号”♀×北方亚种♂, HYB)共计5个群体175尾个体进行群体遗传变异分析。结果显示, 14个SSR位点中有5个位点(LMB24、LMB28、LMB38、LMB39和LMB42)表现出高度多态性[(多态信息含量(PIC)>0.5)]。其中,北方亚种群体多态性水平最高(PIC=0.514),其他4个群体多态性普遍较低(0.278
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李潇轩 郑端端 罗明坤 杨志强 郭珺 王兰梅 董在杰
为探讨不同体色锦鲤和“福瑞鲤2号”遗传多样性及变异情况，基于mtDNA D-loop序列对6种颜色（全白、全红、红白、大正三色、白写、绯写）锦鲤、2个“福瑞鲤2号”（青灰和红色）及2个杂交鲤群体（青灰♀×红白锦鲤♂、红白锦鲤♀×青灰♂），共150尾个体进行序列分析。结果发现，全长932bp的D-loop序列，A、T、G、C含量为33.2%、32.8%、14.2%和19.8%。所有个体共检测34个变异位点，呈18个单倍型。其中，红白和绯写存在2个优势单倍型，全白和青灰“福瑞鲤2号”均存在2个特有单倍型，青灰、红色“福瑞鲤2号”共享1个优势单倍型。10个鲤群体间遗传距离0.001～0.018，遗传分化指数（F_(st)）0.011～0.933。分子方差（AMOVA）分析群体间变异67.17%，群体内变异32.83%，呈极显著（P<0.01）分化水平。研究表明，绯写、全白和大正三色3个锦鲤群体具较高遗传多样性，白写、“福瑞鲤2号”（青灰和红色）及杂交鲤遗传纯度较高，结果丰富了不同体色鲤种质资源遗传数据，为后期种质资源利用和遗传选育提供参考。
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