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[期刊] 中国水产科学  [作者] 邱凡  苏永全  傅蒙娜  王军  
鲭科(Scombridae)由15属51种表层洄游性海洋鱼类组成,广泛分布于热带和亚热带海域,是重要的经济鱼类。目前关于鲭科鱼类系统发生学的研究主要基于形态学特征。为了从分子水平上阐明鲭科鱼类的分类与系统进化关系,本研究扩增了鲭科7种鱼类的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1个含311个碱基的序列区和转录间隔区1(ITS1)的1个含644~692个碱基的序列区。采用多个生物软件对序列碱基组成进行分析,计算了Kimura-2parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数。Cyt b和ITS1序列4种碱基平均含量分别是:A为22.8%、G为16.4%、C为31.2%、T为29.5%和A为1...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 谌微  马春艳  冯春雷  王伟  王鲁民  马凌波  
为探讨磷虾目物种的系统进化关系,以磷虾目的 50种磷虾为研究对象,分析其线粒体COI基因序列的分子变异,构建系统发育树,初步探讨了磷虾种属间亲缘关系。所分析COI基因可比序列长度为519 bp,共包含258个变异位点,全部为碱基替换,无插入/缺失位点。四种碱基含量分别为A 27.58%、T 35.47%、G 18.88%、C 18.07%,碱基A+T含量(63.05%)显著高于G+C含量(36.95%),表现出明显的T偏倚特点。50种磷虾的种间遗传距离为0.065~0.306,其平均值为0.186;而种内遗传距离为0~0.071,其平均值为0.017,平均种间距离约为种内距离的11倍。根据物种鉴定最小种间遗传距离0.020的观点,COI基因序列间的差异能够很好地区分各磷虾种。基于COI基因分别构建了4种系统进化树:邻接树(neighbor-joining,NJ)、极大似然树(maximum likelihood,ML)、最大简约树(maximum parsimony,MP)及UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)树。它们拓扑结构基本一致,均可分为三大支系:假磷虾属处于系统树的基部,是磷虾目中最早分化出来的一支;而包含磷虾种类最多的磷虾属则最后分化出来,表明其为磷虾类中相对较新的一个属。本研究较全面地阐述了磷虾目的系统进化关系,结果表明磷虾目的线粒体COI序列变异可以用来研究磷虾属、种的分类单元及其系统进化问题,具有较好的理论和应用价值。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 江世贵  刘红艳  苏天凤  龚世园  
从鲷科鱼类中黄鳍鲷(Sparus latus)、黑鲷(S.macrocephalus)、真鲷(Pagrosomus major)和平鲷(Rhabdosargussarba)的线粒体DNA扩增出约430 bp的细胞色素b(Cytb)基因,经Clastal X同源排序后得408 bp序列,对该序列进行分析并结合GeneBank中黄鲷(Taius tumifrons)、灰鳍鲷(S.berda)、犁齿鲷(Evynnis japonica)和高背四长棘鲷(Argyrops spinifer)的该区段DNA序列比较,共发现126个核苷酸位点存在变异(30.7%),序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生在密码...
[期刊] 水产学报  [作者] 吴仁协  李超  刘静  
为探讨鲳亚目鱼类的系统进化关系,通过测定中国沿海8种鲳亚目鱼类的线粒体16SrRNA基因部分序列,并结合GenBank上其他鲳亚目鱼类的同源序列,对其序列变异和分子系统进化树进行分析。结果表明,鲳亚目5科13属32种鱼类的16S rRNA基因序列的碱基组成为T 22.2%、C 24.5%、A 30.0%、G 23.3%;科间遗传距离为0.060~0.120,属间遗传距离为0.009~0.125,种间遗传距离为0.000~0.163;长鲳科位于系统进化树的基部,鲳科的鲳属处于系统进化树的顶端,无齿鲳科、方尾鲳科、双鳍鲳科与鲳科的低鳍鲳属和真鲳属聚类。结合形态学研究结果,认为:长鲳科是鲳亚目中最先...
[期刊] 水产学报  [作者] 郑文娟  朱世华  邹记兴  杨迎春  沈锡权  
通过PCR扩增获得了中国海域的鲹科(Carangidae)8属9种的线粒体16S rRNA序列片段约598bp碱基,结合来自GenBank的3种鲹科鱼类的相应片段序列,并以大斑石鲈为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA version3.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比和转换/颠换值等,应用最大简约法和邻接法构建系统树。结果显示:(1)鲹科鱼类的16S rRNA序列片段生成的序列矩阵中发现有碱基的插入和缺失,共有146bp变异位点,转换/颠换值为2.17,表明基因序列的突变未达到饱和,碱基平均差异为8.22%;(2)支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,亚科,鲳鲹亚科,鲹亚科)阶元的分...
[期刊] 水产学报  [作者] 龚理  时伟  杨敏  司李真  孔晓瑜  
核糖体基因在很长一段时间内被认为严格遵循协同进化方式,但是在很多种类中都发现了明显的序列多态性,表明其是非协同进化。为了检测鳎科鱼类核糖体内转录间隔区1(ITS1)序列是否存在多态性,并探究其能否作为种类鉴定的分子标记,本研究克隆获得了5种鳎科鱼类共118条ITS1全序列。结果显示,眼斑豹鳎具有两种差异显著的片段类型,表明其在基因组中遵循非协同进化方式;而在其余4种鳎科鱼类中均没有发现序列多态性,表明其为协同进化。序列分析显示ITS1具有明显的种间长度异质性,最短的序列出现在蛾眉条鳎(412 bp),最长
[期刊] 中国水产科学  [作者] 梁日深  王超  邹青  周爱国  邹记兴  
测定了7种金线鱼属(Nemipterus)及2种锥齿鲷属(Pentapus)鱼类S7核糖体蛋白基因(S7基因)内含子1部分序列,以二线眶棘鲈(Scolopsis bilineatus)做为外类群初步探讨了其分子进化关系。测序所得S7部分序列为734-746 bp,序列比对后得到同源序列743 bp。其中保守位点386个,变异位点351个,简约性信息位点289个。A+T含量(54.1%)高于G+C含量(45.9%)。基于Kimura 2-Parameter模型计算出7种金线鱼的遗传距离为0.042-0.294。S7序列存在大量碱基插入与缺失,其中日本金线鱼(Nemipterus japonicu...
[期刊] 水产学报  [作者] 凌去非  李思发  
采用PCR技术获得了23种鲤科鱼类线粒体DNA细胞色素氧化酶(COⅡ)基因部分序列,将所得的COⅡ基因序列与2种取自GenBank的鲤科鱼类同一基因序列采用CLUSTAL X排序后,序列间未见插入和缺失,在实际分析的600 bp序列中,共有变异位点250个。以台湾缨口鳅作为外类群,用PAUP 4.0软件对序列结果进行统计和分支分析,分别用邻接法和最大似然法构建分子系统树。Kimura双因素模型计算25种鲤科鱼类遗传距离范围为0.018 5~0.237 5,其中,遗传距离值最小是与似(0.018 5),最大是似刺鳊与大鳍(0.237 5)。分子系统树显示鲤科雅罗鱼亚科、亚科、鲤亚科、亚科和亚科均...
[期刊] 海洋渔业  [作者] 张永  马春艳  马凌波  倪勇  沈盎绿  
石首鱼科鱼类种类繁多,形态相似,难以确定种属界限,一些种类的归属尚未确定。本文获得了中国沿海石首鱼科9属13个种合计48个线粒体16SrRNA基因片段,序列长约484 bp,共检测到28个单倍型,170个变异位点。结合来自GenBank的5种石首鱼科鱼类的相应片段序列通过模式验证后构建最大似然进化树。根据所得分子生物学数据并结合已知形态学理论,分析得出如下结果:银牙鱼或和红牙鱼或同属于一个亚科,而尖头黄鳍牙鱼或不属于牙鱼或亚科,并推测尖头黄鳍牙鱼或可能属于拟牙鱼或属或者黄唇鱼亚科;叫姑鱼亚科和石首鱼亚科是石首鱼亚科中较早分化的种类;黄姑鱼属有可能不属于白姑鱼亚科,而可能归于一个新的亚科。本文的...
[期刊] 淡水渔业  [作者] 于亚男  宋超  侯俊利  王妤  庄平  
对采自长江口的7种虾虎鱼(Gobiidae)19个个体的线粒体COI基因进行测序,其他6种虾虎鱼的相应序列从Genbank中获得。序列分析结果显示7种虾虎鱼的COI基因部分序列密码子的第一位碱基的GC碱基含量最恒定,第三位碱基的GC含量最高,平均A+T的含量要高于G+C的含量,与多种鱼类的COI基因的碱基特点相似。运用MEGA5.0计算13种虾虎鱼的种间遗传距离,表明拉氏狼牙虾虎鱼(Oxyurichthy tentacularis)与孔虾虎鱼(Chaeturichthys stigmatias)归属于近盲虾虎鱼亚科,根据种间遗传距离与系统发育树的结构特征推测,触角沟虾虎鱼和矛尾虾虎鱼可能具有共...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 张凤英  马凌波  施兆鸿  马春艳  
对采自东海的银鲳(Pampus argenteus)、翎鲳(P.punctatissimus)和中国鲳(P.chinensis)3种鲳属鱼类的线粒体COI基因序列片段进行扩增和序列测定,得到603bp的基因片段,编码201个氨基酸,碱基T、C、A、G平均含量分别为34.2%、22.3%、25.9%和17.6%。所得序列共定义12个单倍型,中国鲳只有1个单倍型,银鲳3个单倍型,翎鲳8个单倍型,在这12个单倍型中共检测到109个变异位点。3种鲳密码子的使用均存在明显的偏向性,且同义密码子使用偏向性高度一致。银鲳和中国鲳的遗传距离最大(0.165~0.168),与翎鲳的遗传距离次之(0.151~0....
[期刊] 水产学报  [作者] 孙鹏  尹飞  彭士明  施兆鸿  
通过PCR扩增与测序分别获得了长度为642 bp和1 138 bp的条石鲷线粒体COⅠ和Cytb基因片段。分析表明,COⅠ序列共定义了11个单倍型,存在21个多态性位点,发生转换4次,颠换5次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.5%、30.6%、18.8%和26.1%。Cytb序列共定义了11个单倍型,存在26个多态性位点,发生转换4次,颠换3次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.9%、28.3%、14.8%和32.0%。基于COⅠ和Cytb两基因序列的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均碱基差异(K)分别为0.795、0.008 83、5.667和0.770、0.00...
[期刊] 海洋渔业  [作者] 侯新远  祝斐  张丽娟  尹绍武  胡亚丽  贾一何  李丽  汪亚媛  张国松  
利用PCR技术扩增河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)、鸭绿沙塘鳢(Odontobutis yaluensis)、中华沙塘鳢(Odontobutis sinensis)、葛氏鲈塘鳢(Perccottus glenii)及尖头塘鳢(Eleotris oxycephala)的线粒体D-loop区并测序,获得河川沙塘鳢、鸭绿沙塘鳢、中华沙塘鳢、葛氏鲈塘鳢及尖头塘鳢线粒体D-loop区全序列分别为853bp、853bp、1028bp、852bp、848bp,结合GenBank中平头沙塘鳢(Odontobutis platycephala)、刺盖塘鳢(Eleotris acant...
[期刊] 水产学报  [作者] 马朋  刘萍  李健  
对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾3个野生群体共计62个个体的核糖体RNA转录单元内间隔区ITS1基因片段进行克隆和测序,对序列特点进行分析,并结合GenBank数据库中已有的长臂虾亚科ITS1同源序列虾类进行系统分析。结果显示,脊尾白虾的ITS1序列具有长度多态性,其长度为345~384 bp,62条序列GC的平均含量显著高于AT含量;共检测到79个变异位点,39种单倍型,多态位点比例为21.7%;海洲湾群体遗传多样性指数最高,象山湾群体次之,莱州湾群体最低。在脊尾白虾ITS1序列中发现微卫星序列共有8处,重复序列类型为(GC)n、(AG)n、(GGC)n、(GGA)n、(AT)n、(GA)...
[期刊] 淡水渔业  [作者] 李梦荣  田雪  庞小磊  王良炎  胡菊  董传举  李学军  王团记  
实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。
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