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[期刊] 中国水产科学
[作者]
张帅 李敏 闫帅 孔啸兰 朱江峰 徐姗楠 陈作志
文章选取线粒体细胞色素b(cytochrome b, Cyt b)基因序列作为分子标记，分析了中国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构。2019年9月至11月在中国沿海9个采样点共采集棘头梅童鱼342尾，共检测到174个单倍型。通过构建单倍型网络连接图和单倍型进化树发现，棘头梅童鱼可分为北方支系和南方支系。分子方差分析(AMOVA)结果显示，棘头梅童鱼的南北群体存在显著的遗传分化。核苷酸错配分布分析和中性检验结果显示棘头梅童鱼在更新世经历过种群快速扩张，且估算北方群体和南方群体的种群扩张时间分别在0.799万～1.999万和2.631万～6.577万年前。根据净遗传距离推算出北方群体和南方群体的分化时间在34.5万～86.25万年前。综上，中国沿海棘头梅童鱼可分为南北两个种群，在渔业资源开发和管理上需要分别对待。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵明 宋炜 马春艳 张凤英 蒋科技 宋志明 马凌波
利用线粒体CO I序列为遗传标记分析了棘头梅童鱼(Collichthys lucidus Richardson)7个地理群体(江苏连云港、江苏大丰、上海崇明、浙江舟山、浙江温州、福建宁德和福建厦门)的遗传结构特征。在7个群体209个样本的线粒体CO I序列中共检测到44种单倍型。7个群体单倍型多样性为(0.416±0.112)~(0.720±0.076),核苷酸多样性为(0.001 10±0.000 35)~(0.004 44±0.001 64)。两个组群的AMOVA分析显示,南北两个组群分析组群间的变异为40.10%(P0.05),群体内为60...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
边力 王鹏飞 陈四清 李凤辉 张乐乐 刘长琳 葛建龙
利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因分析了我国沿海绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)6个野生群体(大连、秦皇岛、蓬莱、日照、舟山和汕头)的遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在176个个体915 bp的Cyt b部分序列中共检测到32个变异位点和30个单倍型;6个群体的单倍型多样性为0.883~0.953,核苷酸多样性0.0032~0.0039;群体间固定指数较小,呈中低度分化;AMOVA分析表明,遗传变异主要来源于群体内,群体间遗传分化未达到显著水平。群体历史动态分析表明,绿鳍马面鲀在16.9万~42.2万年前经历种群扩张。总体上,各群体间的遗传分化较小,并未形成相应的地理支系,推测黑潮的输送作用以及绿鳍马面鲀的洄游习性维持了各群体间高强度的基因交流;中更新世中晚期的气候波动对绿鳍马面鲀的种群扩张以及地理分布格局可能具有重要影响。本研究结果加深了人们对于绿鳍马面鲀资源情况的认识,为绿鳍马面鲀资源的保护和合理利用提供了理论依据。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨天燕 孟玮 马燕武 蔡林钢 郭焱
采用线粒体COI和Cyt b基因序列分析相结合的方法,对伊犁河和塔里木河水系6个斑重唇鱼(Diptychus maculates)群体遗传差异和分化水平进行了比较研究。AMOVA分析结果显示,斑重唇鱼群体间遗传差异显著大于群体内,群体平均遗传分化指数ΦST分别为0.980 2(COI)和0.886 3(Cyt b),除伊犁河水系两群体差异不显著外(P>0.05),其他两两群体间遗传差异均显著。基于Kimura双参数法计算群体间平均遗传距离发现,不仅两水系间群体存在差异,塔里木河水系内部群体也产生了较大的遗传分化。单倍型网络图和系统关系树显示库玛拉克河群体存在两组不同单倍型类群,分别与伊犁河和塔...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
郑德锋 赵金良 周文玉
采用PCR扩增测序法获得了棘头梅童鱼Collichtysiucidus南通、启东、芦潮港、温州、瑞安、福州、番禺7个地理群体53尾鱼的mtDNA控制区全序列。棘头梅童鱼控制区序列长度为778～782bp,序列长度变异主要是由位点的插入或缺失造成,识别了终止序列区TAS和保守序列区CSB1、CSB2、CSB3序列。共检测到多态位点66个,占全部序列的8.44%,检测到单倍型33种,平均单倍型多样性(Hd)为0.9347±0.0175,平均核苷酸多样性(π)为0.0175±0.0023。棘头梅童鱼群体内的遗传距离(K2-P)为0.0017～0.0228,群体间的遗传距离为0.0023～0.0433...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
轩中亚 姜涛 刘洪波 陈修报 杨健
为了解太湖的湖鲚(Coilia nasus taihuensis)与短颌鲚(Coilia brachygnathus)的遗传多样性及遗传分化情况,利用线粒体细胞色素b(Cyt-b)基因,开展了种群遗传学研究。结果显示,47条序列共有变异位点26个,其中,简约信息位点12个,共得到22个单倍型。两物种间Fst值达0.703,分化程度较高,种群间的基因流仅为0.212。湖鲚种群内平均Kimura双参数遗传距离为0.002,短颌鲚种群内为0.001,而湖鲚与短颌鲚种间平均Kimura双参数遗传距离为0.005,湖鲚与短颌鲚种间遗传距离高于湖鲚种群内部遗传距离,也高于短颌鲚种群内部遗传距离。系统发育树和单倍型网络图结果显示,湖鲚与短颌鲚分成2个大的类群,但有1个湖鲚个体与短颌鲚具有共有单倍型。总体结果显示,湖鲚与短颌鲚之间存在明显的遗传分化,Cyt-b序列可用于区分湖鲚与短颌鲚个体。
关键词：
湖鲚 短颌鲚 Cyt-b 遗传分化
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孔杰 刘伟 李世凯 周洲 赵凤
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘伟 代应贵 袁振兴 孙际佳 刘丽
以采自都柳江４０尾粗唇（Ｌｅｉｏｃａｓｓｉｓ ｃｒａｓｓｉＬａｂｒｉｓ）个体为样品，采用Ｐｃｒ和ＤＮａ测序技术对粗唇都柳江种群ｃｙｔ ｂ基因和Ｄ－ＬｏｏＰ序列进行了分析。获得了长度分别为１ １１８ ｂＰ、７７６～７７８ ｂＰ的粗唇ｃｙｔ ｂ基因、ＤＬｏｏＰ序列。２段序列的碱基组成均为ａ＋ｔ的含量高于Ｇ＋ｃ的含量，但ｃｙｔ ｂ基因碱基变异率（０．２７％）显著低于Ｄ－ＬｏｏＰ的碱基变异率（３．３４％～３．３５％）。对粗唇Ｄ－ＬｏｏＰ序列结构进行了分析，识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇４０个个体ｃｙｔ ｂ基因、Ｄ－ＬｏｏＰ序列中分别有３、２０个多态位点，分．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
倪守胜 杨钰 柳淑芳 庄志猛
本研究利用线粒体细胞色素b(Cyt b)基因标记对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)6个群体(长岛底播增殖群、海洋岛底播增殖群、獐子岛底播增殖群、旅顺自然群、"獐子红"人工选育群以及日本青森陆奥湾群)进行种质状况评估,研究结果表明,6个群体120个个体的Cyt b基因序列共检测到20种单倍型,其中"獐子红"人工选育群单倍型最少,日本群体单倍型最为丰富,两者单倍型多样性指数分别为0.10000和0.88400。分子方差分析(AMOVA)发现,日本群体与中国群体间变异百分比为15.34
[期刊] 水产学报
[作者]
刘连为 许强华 陈新军
为准确掌握柔鱼的种群遗传结构,拟通过线粒体DNA的COI和Cytb基因序列分析方法对柔鱼不同产卵季节群体的遗传多样性和遗传结构进行研究。经PCR扩增与测序分别获得600 bp COI与481 bp Cytb基因序列。基于COI基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为24、(0.729±0.033)、(0.005 70±0.003 25)和3.421。基于Cytb基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为28、(0.852±0.016)、(0.006 45±0.003 73)和3.101。分析认为,北太平洋...
[期刊] 水产学报
[作者]
李玉芳 李永振 陈国宝 孙典荣 于杰 崔科
采用线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因片段为遗传标记,分析了南海北部陆架和南沙西南部陆架海域5个黄鳍马面鲀群体的遗传结构,以判定南海北部不同海域之间及南海北部与南沙西南部陆架海域黄鳍马面鲀的种群归属。结果表明,在156个个体的779 bp Cyt b同源序列中共检测到56个变异位点和58种单倍型,5个群体间遗传距离为0.002 95~0.004 15,遗传分化性呈现出高单倍型多样性(0.820 1~0.980 4)和低核苷酸多样性(0.002 62~0.004 69)的特点;分子方差分析和遗传分化指数显示,黄鳍马面鲀的遗传变异来自群体内个体间,群体间无显著遗传分化;单...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘伟 曾圣 王雪 詹会祥 周路 熊畔 向燕
【目的】研究贵州毕节地区四川裂腹鱼(Schizothorax kozlovi)养殖群体的遗传多样性，为其选育和遗传改良工作提供理论依据。【方法】PCR扩增、DNA测序获取四川裂腹鱼养殖群体D-loop区和Cyt b基因序列，采用相关软件分析序列变异和群体遗传多样性。【结果】四川裂腹鱼养殖群体D-loop区和Cyt b基因序列分别检测到9、34个核苷酸多态位点(S),对应定义7和8种单倍型，单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.765、0.842和0.00 519、0.00 826;中性检测和核苷酸错配分析显示四川裂腹鱼养殖群体近期历史上可能未经历群体扩张事件。【结论】毕节地区四川裂腹鱼养殖群体具有较为丰富的遗传多样性，四川裂腹鱼养殖群体选择压力主要受到负向选择的影响，当前的人工选择对其Cyt b基因进化的影响有限。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
欧阳美 张晓宇 张富铁 刘焕章
为了较全面了解长江中上游草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的种质情况,本研究基于线粒体Cyt b基因序列特征,比较分析了长江中上游大范围内草鱼3个野生群体和19个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示:677个样本共检测到35个单倍型,17个简约信息位点和42个多态位点;野生群体遗传多样性最高(H_d:0.769;P_i:0.001 43),原种场群体次之(H_d:0.766;P_i:0.001 13),苗种场群体最低(H_d:0.649;P_i:0.000 84)。野生群体中,万州群体遗传多样性最高(H_d:0.857;P_i:0.002 05),中性检验结果表明万州群体曾经历过种群扩张事件;遗传结构分析表明草鱼野生群体间不存在遗传分化,群体间基因交流广泛;对比历史数据,草鱼野生群体多样性水平近10年来未出现下降。苗种场群体中,遗传多样性最高(H_d:0.791;P_i:0.001 47)和最低(H_d:0.247;P_i:0.000 24)的分别是阳新和蔡甸1群体,部分养殖群体遗传多样性下降;遗传结构分析表明养殖群体间存在大范围的显著遗传分化,群体间缺乏交流。综上,草鱼养殖群体遗传多样性下降明显,在进行草鱼苗种繁育时要注意近交等带来的不利影响。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
孙玲 王凤成 王秋实 刘彦群 仝振祥 冀万杰 张博 王学英
以22个柞蚕品种(品系)为材料,采用PCR技术分别扩增其线粒体DNA(mtDNA)的细胞色素b基因(Cytb),测定5’端485bp的核苷酸序列,并采用Dnaman软件进行分析,结果表明:供试22个柞蚕品种可分成2组,2组之间只在294bp处有一个差异位点。从GenBank中调取柞蚕豫早1号品种Cytb基因的5’端相应序列(AY242996),与本试验测得的柞蚕青黄1号和青6号对应的核苷酸序列进行了同源性比较,结果表明:青黄1号和青6号的同源性达99.8%,青黄1号和豫早1号的同源性达98.6%,青6号和柞早1号的同源性达98.8%。可见,不同柞蚕品种的表型虽然不同,但在Cytb基因水平上其核...
关键词：
柞蚕 线粒体 细胞色素b基因 序列分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张东亚 汪登强 刘绍平 郭志强 岳兴建 邓华堂 陈大庆
测定了怒江缺须盆唇鱼(Placocheilus cryptonemus)5个群体共138尾个体的线粒体DNA Cyt b基因序列,以探讨群体遗传结构和遗传多样性。结果显示:1140bp的Cyt b基因共检测到21个变异位点,从138个样本中得到21个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.826,核苷酸多样性(π)为0.00215,遗传多样性水平较低。5个群体中,泸水群体遗传多样性相对最高,保山道街群体最低。计算5群体的Kimura 2-paramter遗传距离,福贡群体和龙镇桥群体之间的遗传距离最远,为0.00346;泸水群体和保山道街群体之间的遗传距离最近,为0.00093。Fu'Fs中性检验...
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