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[期刊] 淡水渔业
[作者]
于亚男 宋超 侯俊利 王妤 庄平
对采自长江口的7种虾虎鱼(Gobiidae)19个个体的线粒体COI基因进行测序,其他6种虾虎鱼的相应序列从Genbank中获得。序列分析结果显示7种虾虎鱼的COI基因部分序列密码子的第一位碱基的GC碱基含量最恒定,第三位碱基的GC含量最高,平均A+T的含量要高于G+C的含量,与多种鱼类的COI基因的碱基特点相似。运用MEGA5.0计算13种虾虎鱼的种间遗传距离,表明拉氏狼牙虾虎鱼(Oxyurichthy tentacularis)与孔虾虎鱼(Chaeturichthys stigmatias)归属于近盲虾虎鱼亚科,根据种间遗传距离与系统发育树的结构特征推测,触角沟虾虎鱼和矛尾虾虎鱼可能具有共...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
吕杨 宋超 刘媛媛 赵峰 张涛 高宇 庄平
为了确定线粒体１６Ｓ ｒｒＮＡ基因在长江口虾虎鱼科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用，采用１６Ｓ ｒｒＮＡ基因特异扩增测序及ＧｅＮ ＢＡＮｋ已有序列联合配对分析的方法，对长江口虾虎鱼科９属１１种鱼类３４个１６Ｓ ｒｒＮＡ基因片段的序列进行比较和系统分类研究。统计分析显示，虾虎鱼科鱼类该片段的Ａ含量明显高于其它３个碱基含量，Ａ＋Ｔ的平均含量高于Ｇ＋Ｃ的平均含量，第３密码子位点Ｇ＋Ｃ含量最高，其平均值为５１．１％，变化范围为４９．８％～５３．２％。全部转换位点多于颠换位点，转换／颠换比值为１．４５。依据ＭＡｘｉＭｕＭ ＣｏＭｐｏＳｉＴｅ ＬｉｋｅＬｉｈｏｏｄ模型，得出１１种虾虎鱼科鱼类种间遗传距离平均．．．
关键词：
虾虎鱼科 16S rRNA 分子系统分类
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
张静 白俊杰 叶星 劳海华 简清 罗建仁
迄今盘丽鱼属鱼类主要根据形态学特征进行分类,该属仅有一个种还是两个不同的种存在着争议。为了研究几种盘丽鱼属鱼类的亲缘关系,从分子水平探讨它们的分类地位,对绿盘丽鱼(Symphysodonaequifasciata aequifasciata)、褐盘丽鱼(S.a.axelrodi)和盘丽鱼(S.discus)共12个个体的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)部分序列进行了分析,用邻接法和非加权组平均法构建了分子系统树,得到相同的拓扑结构。结果表明:盘丽鱼种内个体间的遗传距离为0.004~0.015;绿盘丽鱼与盘丽鱼间的遗传距离为0.042~0.050,褐盘丽鱼与盘丽鱼间的遗传距离为0....
[期刊] 中国水产科学
[作者]
谌微 马春艳 冯春雷 王伟 王鲁民 马凌波
为探讨磷虾目物种的系统进化关系,以磷虾目的 50种磷虾为研究对象,分析其线粒体COI基因序列的分子变异,构建系统发育树,初步探讨了磷虾种属间亲缘关系。所分析COI基因可比序列长度为519 bp,共包含258个变异位点,全部为碱基替换,无插入/缺失位点。四种碱基含量分别为A 27.58%、T 35.47%、G 18.88%、C 18.07%,碱基A+T含量(63.05%)显著高于G+C含量(36.95%),表现出明显的T偏倚特点。50种磷虾的种间遗传距离为0.065~0.306,其平均值为0.186;而种内遗传距离为0~0.071,其平均值为0.017,平均种间距离约为种内距离的11倍。根据物种鉴定最小种间遗传距离0.020的观点,COI基因序列间的差异能够很好地区分各磷虾种。基于COI基因分别构建了4种系统进化树:邻接树(neighbor-joining,NJ)、极大似然树(maximum likelihood,ML)、最大简约树(maximum parsimony,MP)及UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)树。它们拓扑结构基本一致,均可分为三大支系:假磷虾属处于系统树的基部,是磷虾目中最早分化出来的一支;而包含磷虾种类最多的磷虾属则最后分化出来,表明其为磷虾类中相对较新的一个属。本研究较全面地阐述了磷虾目的系统进化关系,结果表明磷虾目的线粒体COI序列变异可以用来研究磷虾属、种的分类单元及其系统进化问题,具有较好的理论和应用价值。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
林敏平 李晓东 韦仕珍 邓维安
为构建蚱总科昆虫的系统发育关系,探讨蚱总科传统分类和分子系统发育关系的异同,扩增并测定了16种蚱类昆虫COI基因部分序列,结合NCBI记录,对蚱总科6科17属41种蚱的COI基因597bp序列,分别采用邻接法(NJ)、最简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)重建蚱总科的系统发育关系.结果表明:蚱总科为一单系类群,其中蚱科较为进化,其次为刺翼蚱科,其余各科在蚱总科中的位置不确定,枝背蚱科、刺翼蚱科、短翼蚱科、蚱科均不是单系类群;在属的水平上,股沟蚱属、优角蚱属、瘤蚱属是单系类群,瘤蚱属与优角蚱属形成姐妹群,其他属不是单系类群,拟后蚱属应归入蚱科;在种的水平上,细庭蚱Hedotett...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张凤英 马凌波 施兆鸿 马春艳
对采自东海的银鲳(Pampus argenteus)、翎鲳(P.punctatissimus)和中国鲳(P.chinensis)3种鲳属鱼类的线粒体COI基因序列片段进行扩增和序列测定,得到603bp的基因片段,编码201个氨基酸,碱基T、C、A、G平均含量分别为34.2%、22.3%、25.9%和17.6%。所得序列共定义12个单倍型,中国鲳只有1个单倍型,银鲳3个单倍型,翎鲳8个单倍型,在这12个单倍型中共检测到109个变异位点。3种鲳密码子的使用均存在明显的偏向性,且同义密码子使用偏向性高度一致。银鲳和中国鲳的遗传距离最大(0.165~0.168),与翎鲳的遗传距离次之(0.151~0....
[期刊] 海洋渔业
[作者]
侯新远 祝斐 张丽娟 尹绍武 胡亚丽 贾一何 李丽 汪亚媛 张国松
利用PCR技术扩增河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)、鸭绿沙塘鳢(Odontobutis yaluensis)、中华沙塘鳢(Odontobutis sinensis)、葛氏鲈塘鳢(Perccottus glenii)及尖头塘鳢(Eleotris oxycephala)的线粒体D-loop区并测序,获得河川沙塘鳢、鸭绿沙塘鳢、中华沙塘鳢、葛氏鲈塘鳢及尖头塘鳢线粒体D-loop区全序列分别为853bp、853bp、1028bp、852bp、848bp,结合GenBank中平头沙塘鳢(Odontobutis platycephala)、刺盖塘鳢(Eleotris acant...
关键词：
虾虎鱼类 D-loop 系统进化
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
张凤英 马凌波 施兆鸿 夏连军 马春艳
利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶I亚基(COI)基因序列。通过序列测定,得到581 bp的基因片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为25.8%、32.6%、18.0%和23.6%,序列中的A+T含量明显高于G+C含量,与其他鱼类的COI基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异,其中在第19~139 bp之间检测到13个变异位点,是变异频率较高的区段,可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较,无插入和缺失位点,转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示,真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大,达到了18...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙丽婷 赵峰 张涛 纪严 庄平
采用线粒体DNA控制区(D-loop)序列对2015年和2017年长江口中华鲟(Acipenser sinensis)幼鱼样本进行了遗传多样性分析。2015年的682个样本共检测出11个单倍型,2017年的158个样本共检测出8个单倍型。2015年和2017年长江口中华鲟幼鱼的平均单倍型多样性(h)为0. 857±0. 006,核苷酸多样性(π)为0. 010 2±0. 005 5,均低于截流前数据(h=0. 949±0. 010;π=0. 011±0. 006)。分子变异方差分析(AMOVA)显示,中华鲟幼鱼的遗传变异主要来自于群体内,但其年度样本之间出现了中等程度的遗传分化。
关键词：
中华鲟 遗传多样性 线粒体控制区 长江口
[期刊] 水产学报
[作者]
冯建彬 孙悦娜 程熙 李家乐
对我国五大淡水湖日本沼虾100个野生个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列进行了测定和分析,经比对获得578bp核苷酸片段,发现49个变异位点,得到35个单倍型,包括7个共享单倍型,各群体都具有较好的单倍型多态性和核苷酸多态性,其中鄱阳湖群体遗传多样性相对最高。AMOVA分析表明,五群体间总遗传分化系数Fst=0.3187(P<0.05),群体间具有较高的遗传分化。MEGA3.1软件计算五群体的Kimura2-paramter遗传距离,洞庭湖群体和巢湖群体之间的遗传距离最远为0.0191,巢湖群体和洪泽湖群体之间的遗传距离最近为0.0051。以同属胖掌沼虾(Macrobrachiu...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邱凡 苏永全 傅蒙娜 王军
鲭科(Scombridae)由15属51种表层洄游性海洋鱼类组成,广泛分布于热带和亚热带海域,是重要的经济鱼类。目前关于鲭科鱼类系统发生学的研究主要基于形态学特征。为了从分子水平上阐明鲭科鱼类的分类与系统进化关系,本研究扩增了鲭科7种鱼类的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1个含311个碱基的序列区和转录间隔区1(ITS1)的1个含644～692个碱基的序列区。采用多个生物软件对序列碱基组成进行分析,计算了Kimura-2parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数。Cyt b和ITS1序列4种碱基平均含量分别是:A为22.8%、G为16.4%、C为31.2%、T为29.5%和A为1...
[期刊] 水产学报
[作者]
凌去非 李思发
采用PCR技术获得了23种鲤科鱼类线粒体DNA细胞色素氧化酶(COⅡ)基因部分序列,将所得的COⅡ基因序列与2种取自GenBank的鲤科鱼类同一基因序列采用CLUSTAL X排序后,序列间未见插入和缺失,在实际分析的600 bp序列中,共有变异位点250个。以台湾缨口鳅作为外类群,用PAUP 4.0软件对序列结果进行统计和分支分析,分别用邻接法和最大似然法构建分子系统树。Kimura双因素模型计算25种鲤科鱼类遗传距离范围为0.018 5~0.237 5,其中,遗传距离值最小是与似(0.018 5),最大是似刺鳊与大鳍(0.237 5)。分子系统树显示鲤科雅罗鱼亚科、亚科、鲤亚科、亚科和亚科均...
[期刊] 水产学报
[作者]
马凌波 张凤英 乔振国 何利军 马春艳
对我国东南沿海5个地区的72个青蟹个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列序列进行了测定和分析。获得的72个细胞色素氧化酶亚基I(COI)序列可分为12个单倍型,与GenBank中已知的ScyllaparamamosainCOI序列的相似性达到98%以上,与其它3种青蟹的差异为7.36%~15.54%。这些序列与S.paramamosain的遗传距离仅为0.00783,但是与S.serrata、S.olivacea和S.tranquebarica的遗传距离却分别达到0.116590、.17812和0.08423。序列特征、遗传距离和系统进化等分析结果都表明本文研究的青蟹为S.para...
关键词：
青蟹 细胞色素氧化酶亚基I 种类鉴别
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
唐文乔
赤刀鱼科(Cepolidae)是鲈形目(Perciformes)之下一类身体侧扁、通体红色的小型穴居性鱼类,幼体阶段有一个上枕骨及鳃盖骨系特别膨大且多棘刺等为特点的特殊发育时期。该科分布于西太平洋、印度洋和东大西洋的热带、亚热带海区,我国已有零星记录。详细考查赤刀鱼科研究的历史和现状,介绍早期发育个体及成体基本形态,检测保存于中国主要鱼类研究单位的有关标本,厘定中国赤刀鱼科的种类。依据形态鉴别特征,发现中国赤刀鱼科有3属7种,列出这些种类的学名引证及其可数性状和可量性状,简要描述形态特征和地理分布,编制属、种的分类检索表。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
诸廷俊 杨金权 唐文乔
测定了21尾长江口鲚属鱼类mtDNA D-loop区全序列,长度在1 233~1 372 bp之间,其中凤鲚长达1 372 bp,短颌鲚为1 233 bp,刀鲚和湖鲚出现长度的异质性现象,各具有1 271 bp和1 233 bp两种类型。识别了终止序列区、中央保守区和保守区。终止序列区长650~790 bp,包含了多个重复的ETAS,结构为:TACATAT---ATGTATTATAT。全序列21次转换中的17次和9次颠换中的7次都发生于该区。终止区还包含140个多态位点和97个系统发育信息位点,分别占整个D-loop区相应位点的80.9%和78.9%。中央保守区中的CSB-F、CSB-E、CS...
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