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[期刊] 中国水产科学
[作者]
冯梦霞 汤永涛 刘如垚 闫雪朦 胡博 聂国兴 周传江
日本沼虾(Macrobrachium nipponense)是一种经济价值较高的淡水虾类,广泛分布于我国各淡水水体,其在河南境内各水系均有分布。随着水产养殖业的发展、水域生态环境的变化及人为因素的影响,日本沼虾的种质资源也逐渐受到影响。为评估河南境内水系日本沼虾的种质资源现状及其遗传多样性,本研究利用线粒体COI基因对河南境内18个地理群体135尾日本沼虾开展种群遗传学研究,样品覆盖河南境内的长江、黄河、淮河和海河4个水系。结果显示,河南境内日本沼虾18个地理群体共包含27个单倍型,群体平均单倍型多样性(Hd)为0.78574,平均核苷酸多样性(π)为0.01059,其中淮河水系日本沼虾群体平均遗传多样性最低,长江水系日本沼虾群体平均遗传多样性最高,且各水系群体均显示出高Hd低π的特点。AMOVA分析显示,日本沼虾遗传变异主要来源于日本沼虾群体内(66.03%),群体间遗传变异为40.22%。系统发育树和单倍型网络均未显示出明显的水系分化。中性检验、错配分布及贝叶斯天际线分析表明,日本沼虾群体近期没有发生种群扩张,群体相对稳定。本研究可为河南境内日本沼虾种质资源的保护和合理开发利用提供参考。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨学明 郭亚芬 蒋钦杨 陈福艳 梁万文 蒋和生
运用PCR方法,扩增罗氏沼虾缅甸原种F1代、广西选育群体和江苏养殖群体的线粒体DNA上的细胞色素氧化酶(Cytochrome oxidase subunit I,COI)基因,在此基础上选用10种限制性内切酶对扩增产物进行限制性片段长度多态(RFLP)分析。三个群体共发现2个多态位点,11种酶切图谱,3种基因型。三群体的多态座位比例、平均杂合度和基因型多样性指数分别为:缅甸原种F122.2%、0.0556、0.0472,广西选育群体22.2%、0.0400、0.0398,江苏养殖群体11.1%、0.0106和0.0083,群体间遗传差异未见显著。根据群体间遗传距离构建UPGMA聚类关系图,显示...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
梁宏伟 孟彦 罗相忠 李忠 邹桂伟
为研究我国主要养殖区域黄鳝(Monopterus albus)的遗传多样性,利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome C oxidase subunit I,COI)基因对来源于湖北、江西、安徽、湖南、重庆和山东的6个黄鳝群体共187个样本进行遗传多样性分析。结果表明长度为646 bp的COI基因序列在6个群体的碱基含量基本相同,碱基T、C、A和G的平均含量分别为27.7%,30.7%,24.5%和17.1%,包括61个变异位点,其中单位点突变16个,简约信息位点45个,变异位点以C/T间的转换为主。6个群体中共检测到38种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.886,核苷酸多样性(π)为0.01094,群体整体遗传多样性高,湖北和山东群体遗传多样性都较高(Hd>0.8),湖南群体和江西群体的遗传多样性次之(Hd>0.5),而安徽和重庆两个群体的遗传多样性都较低(Hd<0.5)。6个群体间有显著的遗传分化,基因交流贫乏(Nm<1)。群体分子变异分析(AMOVA)显示,6个黄鳝地理种群群体内的遗传变异高于群体间的遗传变异,其遗传变异主要发生在群体内部。遗传结构和系统发育树显示湖南群体与其他5个群体的遗传关系较远。重庆群体可能由单一或很少几个群体进化而来的,起源比较单一。就目前而言,黄鳝野生种质资源遗传多样性丰富,苗种频繁流动和人工养殖尚未对其种群结构造成较大影响,仍有较强的环境适应能力和良好的育种潜力。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马朋 刘萍 李健 李吉涛 陈萍
采用PCR扩增技术对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾的3个野生群体共计62个个体的线粒体COI基因片段进行扩增和测序,获得长度为658bp核苷酸序列。62条序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为31.53%、22.63%、27.30%、18.53%和58.83%,A+T含量显著高于G+C含量,这一结果与甲壳类、双壳贝类等的COI线粒体基因片段中的观察结果相似。通过统计变异位点、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数进行基因序列变异分析。AMOVA分析表明,3群体间总遗传分化系数Fst=0.3611(P<0.01),群体间存在较高的遗传分化,其中象山湾群体与莱州湾群体之间的遗传分化系数最高,莱州...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李梦荣 田雪 庞小磊 王良炎 胡菊 董传举 李学军 王团记
实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
单云晶 鲁翠云 李超 张明昭 顾颖 孙效文
本研究通过对5个鲤养殖品种即高寒鲤(Cyprinus carpio Frigid carp)、松浦鲤(Cyprinus carpio Songpu carp)、蓝鳞鲤(Cyprinus carpio blue var)、松浦镜鲤(Cyprinus carpio Songpu mirror carp)和红镜鲤(Cyprinus carpio Red mirror carp)的线粒体COI基因部分序列的测定,比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。在5个鲤品种共100个样本的线粒体COI序列中检测到8种单倍型,其中5个单倍型(H1、H2、H4、H5、H6)涵盖样本较多,占总样本数的94.06%。蓝...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
朱丹丽 王晓清 曾志南 秦溱 熊钢 曾丹 严璐琪
采用ＰＣＲ产物直接测序法对来自福建东山、广东湛江和广西北海的３个群体方斑东风螺（ＢａＢｙｌｏｎｉａ ａＲｅｏｌａｔａ）的Ｃｏｉ基因进行比较分析。结果表明：Ｃｏｉ基因片段长度为６８０ ＢＰ，碱基组成显示ａ＋ｔ比例较高，约为６２．４２％；种群间多态位点数为３２，单倍型多样性指数为０．７０７±０．０９２，核苷酸多态性指数为０．００１ ８５±０．０００ ３９，平均核苷酸差异数为１．２５２。以泥东风螺（ＢａＢｙｌｏｎｉａ ｌｕｔｏｓａ）和织纹螺（ｎａｓｓａＲｉｕｓ）为外群，构建了ｎＪ系统发育树，其拓扑结构显示，３个群体的方斑东风螺首先聚类到一起，然后与泥东风螺聚为一支，与织纹螺形成不同的分支。
[期刊] 水产学报
[作者]
董新培 武小斌 万海付 穆淑梅 康现江 肖国华 薛建民
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郑小壮 陈清华 陈文坚 郭照良
采用DNA条形码技术,对采自广东清远、惠州、韶关、广州与广西河池、南宁、崇左的7个掌肢新米虾(Neocaridinapalmata)野生群体的97个样本的线粒体COⅠ基因片段进行PCR扩增和测序分析,研究掌肢新米虾自然群体的遗传多样性及遗传结构。结果表明:掌肢新米虾在624 bp的COⅠ基因序列中A、T、C、G碱基的平均含量分别为26.98%、33.17%、20.99%、18.85%,AT含量(60.15%)高于CG含量(39.84%),表现出较强的AT偏倚性;基于COⅠ基因序列的总群体中共检测到4个核苷酸变异位点,定义了5种单倍型,平均核苷酸差异数(K)、单倍型多样性指数(Hd)以及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.611、(0.557±0.025)、(0.00098±0.00007),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性;7个自然群体的群体内遗传距离为0.000～0.001,群体间的遗传距离为0.000～0.002;分子方差分析(AMOVA)和遗传分化系数(F_(st))结果揭示,掌肢新米虾的遗传变异主要来自于群体间;中性检验和核苷酸错配分布表明,掌肢新米虾7个自然群体遵循群体扩张模式,发生了历史扩张事件;系统发育分析显示,广东4群体与广西3群体形成姐妹支,表明不同地理区域具有一定的种群特征,可作为单独的管理单位进行保护,Hap1与Hap4分别是广东4群体与广西3群体和惠州群体的共享单倍型,其余单倍型为各群体所独享。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
曹艳 章群 宫亚运 吕金磊 杨喜书
为了解中国沿海蓝点马鲛（ＳｃｏｍｂｅｒｏｍｏｒｕＳ ｎｉｐｈｏｎｉｕＳ）的遗传背景以更好地保护和开发利用种质资源，对分布于渤海、黄海、东海和南海海域的６个群体７６ ｉｎｄ蓝点马鲛线粒体ｃｏｉ基因７１２ ｂｐ序列进行了测定，并结合Ｇｅｎ ｂａｎｋ中下载的９条南海蓝点马鲛序列，分析其遗传多样性、种群结构和历史动态。共检测到２１个变异位点，１７个单倍型，总体呈现高单倍型多样性（ｈｄ＝０．７０２±０．０４４）和低核苷酸多样性（π＝０．００２ ８±０．０００ ２）的特点，其中渤海、黄海和东海海域的蓝点马鲛群体遗传多样性指数相对较高（ｈｄ：０．６９５～０．８１６，π：０．００２ ７～０．００３ ３），而南．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
施文瑞 王磊 方冬冬 李梦荣 李学军 陈军平 刘慧芬 董传举
为了解大鳞副泥鳅群体遗传多样性现状,实验利用线粒体COI基因部分序列对来自于辽宁、河南、湖北和台湾的大鳞副泥鳅4个群体进行了遗传多样性分析。结果显示,在642 bp的COI基因序列中,碱基A、T、C、G的平均含量分别为23.5%、30.6%、26.7%、19.2%,表现出较强的AT偏好性;4个群体共检测到44个多态性位点,定义了23个单倍型;4个群体的单倍型多样性指数(h)为0.424～0.855,核苷酸多样性指数(π)为0.000 84～0.016 59,台湾群体遗传多样性较高,河南群体次之,湖北群体和辽宁群体较低;群体间遗传分化系数FST及遗传距离分析表明,台湾群体与其他群体间均存在极显著的遗传分化,且与其他群体间的遗传距离均较远;AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异高于群体内的变异(52.11%>47.89%);辽宁、河南和湖北群体的中性检验Tajima’s D及Fu’s Fs均为负值,提示辽宁、河南和湖北群体可能经历过群体爆发和扩张事件。研究表明,大鳞副泥鳅不同地理群体形成了一定的遗传分化,研究结果为大鳞副泥鳅的遗传多样性保护及选育等工作提供了依据。
关键词：
大鳞副泥鳅 COⅠ基因 遗传多样性
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
封松利 蒋士君 宋鹏宇 王海涛 邢国珍 康业斌 李淑君 郑文明
本研究选取2011年采自河南烟区的32个菌株,根据4个核基因(包括rDNA ITS、β-tubulin、Ras和Gpi基因)和1个线粒体基因(Cox1)的保守序列,克隆和测序分析160个相应的基因DNA片段。结果显示,这5个基因DNA序列在病菌群体内碱基序列与参照基因序列相比保守度在83%~100%不等,平均基因型多样性指数(M)为1.422 7。综合使用5个基因联合序列联合构建群体进化系统树,揭示了分布于河南省14个县区的32个分离菌系可分为2个明显的组,包括15个不同的联合基因型,基因型多样性指数为2.35,反映了病菌致病变种内存在的遗传变异多样性。其中,最优势的2个联合基因型分别涵盖8个...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
潘贤辉 周康奇 陈忠 杜雪松 黄姻 覃俊奇 文露婷 潘志忠 邓潜 罗辉 叶华 林勇
利用线粒体D-loop区和COI基因序列分析了全州禾花鲤(Quanzhou Procypris merus)、融水禾花鲤(Rongshui P.merus)和野生鲤鱼群体的遗传多样性和系统进化关系。基于D-loop区序列分析结果表明:序列长度为927～930 bp,共统计变异位点53个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为33.4%、32.9%、14%和19.7%,A+T(66.3%)明显高于G+C(33.7%);总体的单倍型数(h)、单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为40个、0.95和0.008 3;遗传分化指数(Fst)为0.224 59。基于COI基因序列分析结果显示:序列长度为897～899 bp,共统计变异位点33个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为26.7%、28.5%、17.8%和27%,且A+T(55.2%)高于G+C(44.8%);总体的h为25个,Hd为0.91,π为0.003 16;Fst值为0.191 43。在3个群体内和群体间遗传距离分别在0.003～0.009和0.003～0.01,远小于种群分类水平0.05。分子方差分析(AMOVA)结果表明,77.54%(D-loop)和80.86%(COI)变异来自群体间变异,22.46%(D-loop)和19.14%(COI)来自群体内变异。单倍型进化树和网络图显示,全州禾花鲤和野鲤群体均存在单独聚为一支的单倍型,而融水群体未出现单独成支现象。研究表明,线粒体D-loop区作为反映3个群体间遗传多样性的灵敏度要高于COI基因,并且3个群体均属于高单倍型多样性和高核苷酸多样性。综上,3个群体间出现了较为明显的分化现象。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
汤正辉 祝亚军 谭晓风 谭运德
应用ISSR分子标记对分布于河南省不同地区的连翘Forsythia suspensa 6个自然种群进行遗传多样性分析,结果表明,连翘具有较高的遗传多样性。12条引物共得到89个重复性好的位点,根据ISSR扩增结果,利用POPGENE 32软件进行分析,在物种水平上,多态位点百分率为94.38%;总遗传多样性指数H(Nei’s基因多样性指数)和I(Shannon信息多样性指数)分别为0.326 5和0.490 1。种群间遗传分化系数为0.274 3,遗传变异主要来自于种群内部。用NTSYS-pc 2.10e软件,根据遗传一致度构建样本间亲缘关系的UPGMA聚类分析,结果表明,33个样本可划分为2...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘军 赵良杰 刘其根 张宏
为了解银鯝（Ｘｅｎｏｃｙｐｒｉｓ ａｒｇｅｎｔｅａ）的遗传资源状况，利用线粒体ｃｏｉ基因序列比较分析长江、钱塘江和黑龙江水系中银鲴群体的遗传多样性和种群分化情况。结果显示，在１１０条５２８ ｂｐ的ｃｏｉ序列中，碱基ｔ、ｃ、ａ、ｇ的平均含量分布为２７．１３％、１８．５６％、２８．７０％、２５．６１％，检测出变异位点１５个。多样性分析显示，各地理种群单倍型多样性均较高，核苷酸多样性均较低，长江群体单倍型多样性（０．７４２±０．０５３～０．９１１±０．０３３）高于黑龙江（０．７３１±０．０８７）和钱塘江（０．５５２±０．１３７）群体，推测与不同地理群体所处生境多样性有关。单倍型网络结构显示出明显的地．．．
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