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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
赵健 胡劭骥 和秋菊 易传辉 和菊 冯志伟 杨建华 陈鹏
以云南和四川分布的3个种群(云南丽江种群、云南东川种群、四川种群)共36头三尾凤蝶为研究对象,选取线粒体COⅠ和ND1基因作为分子标记,对三尾凤蝶的遗传多样性进行了研究.结果表明,PCR扩增测得COⅠ和ND1基因联合序列长度为1 913 bp,A+T含量为74.3%,表现出明显的A/T碱基偏向性;共检测到4个变异位点,定义了5个单倍型,其中,Ha1出现的频率较高,为共享单倍型.核苷酸和单倍型多样性指数分别为0.000 2和0.218 0;遗传分化系数(Gst)、固定系数(Fst)、基因流(Nm)和遗传距离
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨立强 刘彦斌 苟金明 王吉祥 刘凯 肖伟 王永杰 杨瑞兰 柳婷 刘哲 连总强
为探究黄河上游大鼻吻■(Rhinogobio nasutus)群体遗传多样性和遗传分化现状，本研究以永宁、平罗、磴口3个不同地理群体145尾大鼻吻■为研究对象，利用线粒体DNA COX1和ND1基因序列进行了遗传多样性分析。结果显示：COX1和ND1基因序列长度分别为1 466 bp、975 bp, A+T含量(57.25%,56.81%)均高于G+C(42.75%,43.19%)含量，具有明显的碱基组成偏向性；3个群体145尾样本中分别界定了11个和9个单倍型，均存在共享单倍型现象。在COX1和ND1基因序列中3个群体的平均单倍型多样性(H_d)、核苷酸多样性(π)及平均核苷酸差异(K)分别为0.745 3、0.001 3、1.841和0.364、0.000 48、0.472,3个群体遗传多样性呈现出磴口群体最高、平罗群体次之、永宁群体最小的特征。基于COX1和ND1的遗传变异分析(AMOVA),表明3个群体中遗传变异均主要来自群体内，且COX1基因序列中磴口群体与永宁群体之间存在显著性明显的遗传分化。基于线粒体COX1和ND1基因单倍型序列，采用邻近法(Neighbor Joining, NJ)构建系统进化树与单倍型网络结过具有一致性，表明3个群体之间无明显的谱系分化，结构比较单一，未发现形成单独分支的群体。中性检验结果显示，大鼻吻■进化历程符合中性进化假设，且可能存在群体扩张。因此，为了有效地保护大鼻吻■野生资源，建议将大鼻吻■从整体上进行就地保护。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王景 张凤英 蒋科技 马春艳 宋炜 林楠 姜亚洲 李圣法 程家骅 马凌波
通过对分布在东海区远海区(济州岛海域)和近海区(长江口以南和以北海域)的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)自然群体线粒体COⅠ基因部分序列的测定,比较并分析了其群体遗传多样性和遗传结构。在24个采集点共286个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到45种单倍型,单倍型多样性为0.864;核苷酸多样性为0.002 84,平均核苷酸变异数是1.686,其中有23个单倍型为单个采集点所独享,Hap3出现频率最高,在23个采样点的83个样本中均有发现,是所有三疣梭子蟹样本的共享中心单倍型。群体遗传多样性分析显示,远海区群体的遗传多样性水平最高,其次为长江口以北群体,长江口以南群体...
[期刊] 华北农学报
[作者]
者玉琦 柴志欣 武志娟 姜辉 钟金城 信金伟
旨在通过mtDNA ND1探究6个西藏特色牦牛群体的遗传多样性、系统进化及亲缘关系，为西藏牦牛的遗传多样性、历史演化以及遗传资源保护与利用等提供理论依据。利用PCR和直接测序法分别测定了西藏帕里牦牛、嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛6个群体共95头个体ND1基因蛋白质编码区(CDS)序列，利用DNAMAN、DNASP 5.1、Mega 7.0、Arlequin 3.5.2等软件分析其序列多态性、单倍型多样性、遗传距离等，并构建单倍型网络图及系统发育树。结果表明，西藏牦牛群体ND1基因CDS区序列长度均为956 bp,共检测获得78个变异位点和16种单倍型，平均单倍型多样性(Hd)及核苷酸多样性(Pi)分别为0.670和0.004 21,Tajima′s D均为负值；根据群体遗传差异的分子方差分析可知，西藏牦牛群体内的变异程度大于群体间变异；斯布牦牛与嘉黎牦牛之间的分化程度较大，其余大部分群体间的分化程度为中等或较弱。此外，通过聚类分析发现，类乌齐牦牛单独聚为一类，而嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛先聚为一类，然后再与帕里牦牛聚为一大类；16种单倍型可分为2个聚类簇，说明西藏牦牛可能存在2个母系起源；与其他牛种进行聚类分析，发现家牦牛、爪哇野牛和普通牛可能是西藏牦牛的混合母系起源。西藏牦牛遗传多样性十分丰富，其中类乌齐牦牛遗传多样性最丰富，6个牦牛群体存在2个母系起源。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郑小壮 陈清华 陈文坚 郭照良
采用DNA条形码技术,对采自广东清远、惠州、韶关、广州与广西河池、南宁、崇左的7个掌肢新米虾(Neocaridinapalmata)野生群体的97个样本的线粒体COⅠ基因片段进行PCR扩增和测序分析,研究掌肢新米虾自然群体的遗传多样性及遗传结构。结果表明:掌肢新米虾在624 bp的COⅠ基因序列中A、T、C、G碱基的平均含量分别为26.98%、33.17%、20.99%、18.85%,AT含量(60.15%)高于CG含量(39.84%),表现出较强的AT偏倚性;基于COⅠ基因序列的总群体中共检测到4个核苷酸变异位点,定义了5种单倍型,平均核苷酸差异数(K)、单倍型多样性指数(Hd)以及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.611、(0.557±0.025)、(0.00098±0.00007),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性;7个自然群体的群体内遗传距离为0.000～0.001,群体间的遗传距离为0.000～0.002;分子方差分析(AMOVA)和遗传分化系数(F_(st))结果揭示,掌肢新米虾的遗传变异主要来自于群体间;中性检验和核苷酸错配分布表明,掌肢新米虾7个自然群体遵循群体扩张模式,发生了历史扩张事件;系统发育分析显示,广东4群体与广西3群体形成姐妹支,表明不同地理区域具有一定的种群特征,可作为单独的管理单位进行保护,Hap1与Hap4分别是广东4群体与广西3群体和惠州群体的共享单倍型,其余单倍型为各群体所独享。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李玉龙 刘修泽 李轶平 王爱勇 王小林 董婧
细纹子鱼（Ｌｉｐａｒｉｓ ｔａｎａｋａｅ）主要分布于西北太平洋海域的朝鲜半岛、日本和我国渤海、黄海和东海，已成为黄渤海渔业资源的优势种类之一，并在黄渤海生态系统中的扮演着越来越重要的角色。因此，有必要对这一生态优势种的种群状况及遗传背景进行了解。根据线粒体ＣＯⅠ基因序列对辽宁沿海不同体色花纹的细纹子鱼辽东湾群体（ｎ＝２０）和黄海北部群体（ｎ＝３４）的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。结果表明，长度为６２３ ｂｐ的ＣＯⅠ基因片段，其ａ、ｔ、Ｇ、Ｃ碱基的平均含量分别为２２．３％，３２．４％，２６．９％，１８．４％。在２个群体５４ ｉｎｄ个体中共检测得到８个单倍型，其单倍型间遗传差异为０．２％．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李大命 张彤晴 唐晟凯 钟立强 刘小维
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（ＣＯⅠ）分子标记对洪泽湖河蚬（ＣＯｒｂｉＣｕｌａ ｆｌｕｍｉｎｅａ）野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬５０个个体，对ＣＯⅠ基因序列片段进行ＰＣｒ扩增和序列测定。结果显示，长度为６１４ ｂＰ的ＣＯⅠ基因片段中，碱基ａ、Ｔ、Ｇ和Ｃ的平均含量分别为２２．６％、４２．４％、２１．０％和１４．０％，ａ＋Ｔ的含量（６５．０％）显著高于Ｇ＋Ｃ的含量（３５．０％）。ＣＯⅠ基因序列中有６７个核苷酸变异位点，总变异率为１０．９％，其中简约信息位点６３个，单一信息位点４个。５０条ＣＯⅠ基因序列共定义了１５个单倍型，单倍型多样性指数（ｈ）和核苷酸多样性指数（π）分别为．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李大命 张彤晴 唐晟凯 钟立强 刘小维
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,碱基A、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,A+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孔杰 刘伟 李世凯 周洲 赵凤
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马朋 刘萍 李健 李吉涛 陈萍
采用PCR扩增技术对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾的3个野生群体共计62个个体的线粒体COI基因片段进行扩增和测序,获得长度为658bp核苷酸序列。62条序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为31.53%、22.63%、27.30%、18.53%和58.83%,A+T含量显著高于G+C含量,这一结果与甲壳类、双壳贝类等的COI线粒体基因片段中的观察结果相似。通过统计变异位点、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数进行基因序列变异分析。AMOVA分析表明,3群体间总遗传分化系数Fst=0.3611(P<0.01),群体间存在较高的遗传分化,其中象山湾群体与莱州湾群体之间的遗传分化系数最高,莱州...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李梦荣 田雪 庞小磊 王良炎 胡菊 董传举 李学军 王团记
实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
黄镇宇 章群 卢丽锋 周琪 唐楚林
前鳞(鱼夋)(Liza affinis)是分布于西北太平洋的日本南部及中国台湾海域等的经济鱼类。为了解中国前鳞(鱼夋)的遗传背景,该研究分析了采自中国4省82尾样本COⅠ基因5’端712 bp序列,共发现21个单倍型,遗传多样性(H_d=0.4840±0.0700,π=0.0010±0.0002)较低。根据群体所属的地区、海域、海峡进行分组,通过AMOVA分析,得出组间的Fst值皆小于0.05,P值皆大于0.05,组间变异的比例极低(–0.6%～0.46%),表明中国前鳞(鱼夋)群体间无明显分化,其原因可能是:1)频繁的基因交流。前鳞(鱼夋)的洄游范围较大,且受海流影响,导致不同地区的群体间有着密切的基因交流;2)近期种群扩张事件。中国前鳞(鱼夋)整体的Fu’s F_s值为显著性负值(F_S=–20.3900,P=0),核苷酸错配峰图为明显单峰,单倍型网络图呈星状结构,均表明中国前鳞(鱼夋)群体经历过种群扩张,估算扩张大约发生在13.4199～1.4911万年前,可能是冰期和间冰期的交替中海平面的变化所致。此外,洞头群体的遗传多样性(H_d=0.8080±0.1130,π=0.0021±0.0006)明显高于其他地理群体,建议将其作为优先保护的对象。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
秦钦 许志强 边文冀 王明华 蔡永祥 葛家春
经克隆测序获得了我国5个批次引进的40尾斑点叉尾(Ictalurus punctatus)群体的线粒体控制区全序列,研究控制区序列结构和群体遗传变异。结果显示:比对长度包括906个位点,共有变异位点28个,简约信息位点21个。通过与GenBank中其它鱼类的mtDNA控制区序列进行结构分析,将斑点叉尾的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域;并找到了一系列保守序列:包括终止相关序列TAS,中央保守区的CSB-F、CSB-E、CSB-D和保守序列区的CSB-1、CSB-2、CSB-3。样本总体遗传多样性指数较高,40尾个体含有25个单倍型,其总体单倍型多样性指数(H)为0.920...
[期刊] 水产学报
[作者]
施文瑞 王磊 方冬冬 李梦荣 李学军 陈军平 刘慧芬 董传举
为了解大鳞副泥鳅群体遗传多样性现状,实验利用线粒体COI基因部分序列对来自于辽宁、河南、湖北和台湾的大鳞副泥鳅4个群体进行了遗传多样性分析。结果显示,在642 bp的COI基因序列中,碱基A、T、C、G的平均含量分别为23.5%、30.6%、26.7%、19.2%,表现出较强的AT偏好性;4个群体共检测到44个多态性位点,定义了23个单倍型;4个群体的单倍型多样性指数(h)为0.424～0.855,核苷酸多样性指数(π)为0.000 84～0.016 59,台湾群体遗传多样性较高,河南群体次之,湖北群体和辽宁群体较低;群体间遗传分化系数FST及遗传距离分析表明,台湾群体与其他群体间均存在极显著的遗传分化,且与其他群体间的遗传距离均较远;AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异高于群体内的变异(52.11%>47.89%);辽宁、河南和湖北群体的中性检验Tajima’s D及Fu’s Fs均为负值,提示辽宁、河南和湖北群体可能经历过群体爆发和扩张事件。研究表明,大鳞副泥鳅不同地理群体形成了一定的遗传分化,研究结果为大鳞副泥鳅的遗传多样性保护及选育等工作提供了依据。
关键词：
大鳞副泥鳅 COⅠ基因 遗传多样性
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨学明 郭亚芬 蒋钦杨 陈福艳 梁万文 蒋和生
运用PCR方法,扩增罗氏沼虾缅甸原种F1代、广西选育群体和江苏养殖群体的线粒体DNA上的细胞色素氧化酶(Cytochrome oxidase subunit I,COI)基因,在此基础上选用10种限制性内切酶对扩增产物进行限制性片段长度多态(RFLP)分析。三个群体共发现2个多态位点,11种酶切图谱,3种基因型。三群体的多态座位比例、平均杂合度和基因型多样性指数分别为:缅甸原种F122.2%、0.0556、0.0472,广西选育群体22.2%、0.0400、0.0398,江苏养殖群体11.1%、0.0106和0.0083,群体间遗传差异未见显著。根据群体间遗传距离构建UPGMA聚类关系图,显示...
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