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[期刊] 淡水渔业
[作者]
崔光艳 付立霞 王柳富 魏文志
为了解长江下游地区10个水体脆弱象鼻溞群体的遗传结构,研究测定了脆弱象鼻溞(Bosmina fatalis)线粒体16SrRNA基因序列,结果显示,100个样本中共有8个变异位点,定义了9个单倍型,单倍型多样性(Hd=0.284)和核苷酸多样性(Nd=0.000 76)均较低。AMOVA分子变异分析结果表明,脆弱象鼻溞遗传分化主要来自群体内,占93.33%,群体间的变异低,占6.67%。Fst值统计检验表明,各水体之间遗传分化不显著。系统发育树和中介网络图说明脆弱象鼻溞单倍型间关系较近,未形成明显谱系地理
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高天翔 李健 王清印 刘进贤
中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)是我国海洋渔业重要的经济虾种之一。本研究以相应引物对野生群体和人工培育第1代、第4代、第5代、第6代群体(CP1、CP4、CP5、CP6)的各2个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定分析。分析结果表明,测得的16SrRNA基因片段长为520bp,10个中国对虾个体间无碱基差异,其A、T、G、C含量分别为171bp(32.88%)、176bp(33.85%)、104bp(20.00%)、69bp(13.27%),AT含量明显高于GC含量。利用其中长度为413bp的同源序列,以环斑鼓虾(Alpheusarmillat...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
谢佳燕 颜渊 杨钰慧 林少卿
采用线粒体COI基因序列对长江流域湖北段和江苏段蒙古鲌(Chanodichthys mongolicus)不同自然群体的遗传组成和结构进行了分析。结果显示,蒙古鲌种群的遗传多样性水平中等,群体的平均基因多态性为0.664,核苷酸多态性为0.002,不同种群间遗传多样性存在一定的差异。COI基因序列共检测了10种单倍型,其中4种单倍型在蒙古鲌不同种群间共享,其余单倍型为单个种群所特有。分子变异分析表明79.7%的变异发生在种群内。NJ聚类树和单倍型网络图分析均表明蒙古鲌不同种群未形成明显的谱系地理结构。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李大命 杨子萍 刘燕山 谷先坤 殷稼雯 蔡永久 唐晟凯 张彤晴
本研究采用线粒体COI序列为分子标记，探究了长江、淮河下游8个湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)群体的遗传多样性和遗传结构。通过PCR和测序技术，获得鲢COI基因序列片段。分析结果显示：COI序列片段长度为630 bp, 243条COI序列共检出23个变异位点，定义14种单倍型，平均单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为0.692和0.005 12。8个群体的单倍型多样性为0.508～0.803,核苷酸多样性为0.002 41～0.006 94,表明鲢群体的遗传多样性有较大差异。分子方差分析结果显示，遗传变异主要来自于群体内，遗传分化指数(F_(ST))为0.008 3,表明群体间没有显著遗传分化。系统发育树和网络结构图显示，单倍型分化为2个分支，但群体没有形成特定的地理遗传结构。中性检验结果和歧点分布曲线表明，鲢群体没有显著偏离中性选择，群体大小保持相对稳定。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
苏天凤 江世贵 朱彩艳 周发林 陈丕茂
采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎CrassotreaariakensisFujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增,获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,经同源排序,得到415bp可供分析的核苷酸片段。26个个体中共检测到18个变异位点,包括1个碱基插入/缺失、11个转换位点及6个颠换位点。共有6种单倍型,这6种单倍型又分为2大类单倍型。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了UPGMA和NJ系统树。26个个体聚成明显的2支,一支有19个个体,占73 08%;另一支有7个个体,占26 92%...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
周发林 江世贵 苏天凤 吕俊霖
对笛鲷属(Lutjanus)的紫红笛鲷(Lutjanusargentimaculatus)、白星笛鲷(Lutjanusstellatus)、千年笛鲷(Lutjanussebae)、勒氏笛鲷(Lutjanusrussellii)、红鳍笛鲷(Lutjanuserythropterus)线粒体DNA16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序,得到长度约418bp的序列。结合GenBank中斜带笛鲷(Lutjanusdecussatus)该区段的16SrRNA序列,用Clustal＿X排序软件进行16SrRNA序列的对位排列。通过Mega2.1软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较,共检测5...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
边力 王鹏飞 陈四清 李凤辉 张乐乐 刘长琳 葛建龙
利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因分析了我国沿海绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)6个野生群体(大连、秦皇岛、蓬莱、日照、舟山和汕头)的遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在176个个体915 bp的Cyt b部分序列中共检测到32个变异位点和30个单倍型;6个群体的单倍型多样性为0.883~0.953,核苷酸多样性0.0032~0.0039;群体间固定指数较小,呈中低度分化;AMOVA分析表明,遗传变异主要来源于群体内,群体间遗传分化未达到显著水平。群体历史动态分析表明,绿鳍马面鲀在16.9万~42.2万年前经历种群扩张。总体上,各群体间的遗传分化较小,并未形成相应的地理支系,推测黑潮的输送作用以及绿鳍马面鲀的洄游习性维持了各群体间高强度的基因交流;中更新世中晚期的气候波动对绿鳍马面鲀的种群扩张以及地理分布格局可能具有重要影响。本研究结果加深了人们对于绿鳍马面鲀资源情况的认识,为绿鳍马面鲀资源的保护和合理利用提供了理论依据。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵明 宋炜 马春艳 张凤英 蒋科技 宋志明 马凌波
利用线粒体CO I序列为遗传标记分析了棘头梅童鱼(Collichthys lucidus Richardson)7个地理群体(江苏连云港、江苏大丰、上海崇明、浙江舟山、浙江温州、福建宁德和福建厦门)的遗传结构特征。在7个群体209个样本的线粒体CO I序列中共检测到44种单倍型。7个群体单倍型多样性为(0.416±0.112)~(0.720±0.076),核苷酸多样性为(0.001 10±0.000 35)~(0.004 44±0.001 64)。两个组群的AMOVA分析显示,南北两个组群分析组群间的变异为40.10%(P0.05),群体内为60...
[期刊] 水产学报
[作者]
鲁翠云 孙志鹏 曹顶臣 耿龙武 那荣滨 吴学工 郑先虎
为了解梭鲈种群的遗传结构现状，实验利用线粒体细胞色素c氧化酶I亚基(CO I)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异，并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的CO I基因序列中检测到5个变异位点，定义了7种单倍型，发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型，且与欧洲群体的HapA相同，在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(55.56%)；Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型，而Hap4～Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型，中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1～2个位点的变异，属于Hap1/A的亚型，与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1～4种单倍型，斋桑湖(ZS)群体单倍型最多，而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1)；塔什干(TS)群体的单倍型多样性(H_(d))和核苷酸多样性(π)最高(H_(d)=0.514±0.069; π=0.000 80±0.000 11)，其次是ZS群体，而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示梭鲈群体间遗传变异占20.74%，群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_(st)=0.207 360.25)，中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大，而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示，来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支，而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。
[期刊] 水产学报
[作者]
鲁翠云 孙志鹏 曹顶臣 耿龙武 那荣滨 吴学工 郑先虎
为了解梭鲈种群的遗传结构现状，实验利用线粒体细胞色素c氧化酶I亚基(CO I)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异，并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的CO I基因序列中检测到5个变异位点，定义了7种单倍型，发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型，且与欧洲群体的HapA相同，在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(55.56%)；Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型，而Hap4～Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型，中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1～2个位点的变异，属于Hap1/A的亚型，与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1～4种单倍型，斋桑湖(ZS)群体单倍型最多，而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1)；塔什干(TS)群体的单倍型多样性(H_(d))和核苷酸多样性(π)最高(H_(d)=0.514±0.069; π=0.000 80±0.000 11)，其次是ZS群体，而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示梭鲈群体间遗传变异占20.74%，群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_(st)=0.207 360.25)，中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大，而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示，来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支，而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
佟广香 匡友谊 徐伟
运用PCR直接测序法,对8个野生唇群体线粒体ATP6和ND4基因部分序列进行测定,共获得1629 bp序列,序列变异率为4.97%,核酸多样性为0.0075,表明野生唇群体保持了较好的遗传多样性;在8个野生唇群体中共检测出21个单倍型,其中HQ1和HT2单倍型共包含了45.24%的个体,且单倍型网络图均以HQ1和HT2向四周发散,说明HQ1和HT2为祖先单倍型,其他群体再演化过程中形成特有的单倍型;AMOVA、群体间遗传分化系数及遗传距离分析显示不同水系群体的遗传分化达到了显著水平;单倍型聚类图显示乌苏里江和黑龙江流域地理群体大部分单倍型能够聚在一起,鸭绿江流域地理群体聚为1支,长江流域...
关键词：
唇 ATP6 ND4 遗传结构
[期刊] 淡水渔业
[作者]
欧阳美 张晓宇 张富铁 刘焕章
为了较全面了解长江中上游草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的种质情况,本研究基于线粒体Cyt b基因序列特征,比较分析了长江中上游大范围内草鱼3个野生群体和19个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示:677个样本共检测到35个单倍型,17个简约信息位点和42个多态位点;野生群体遗传多样性最高(H_d:0.769;P_i:0.001 43),原种场群体次之(H_d:0.766;P_i:0.001 13),苗种场群体最低(H_d:0.649;P_i:0.000 84)。野生群体中,万州群体遗传多样性最高(H_d:0.857;P_i:0.002 05),中性检验结果表明万州群体曾经历过种群扩张事件;遗传结构分析表明草鱼野生群体间不存在遗传分化,群体间基因交流广泛;对比历史数据,草鱼野生群体多样性水平近10年来未出现下降。苗种场群体中,遗传多样性最高(H_d:0.791;P_i:0.001 47)和最低(H_d:0.247;P_i:0.000 24)的分别是阳新和蔡甸1群体,部分养殖群体遗传多样性下降;遗传结构分析表明养殖群体间存在大范围的显著遗传分化,群体间缺乏交流。综上,草鱼养殖群体遗传多样性下降明显,在进行草鱼苗种繁育时要注意近交等带来的不利影响。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郑小壮 陈清华 陈文坚 郭照良
采用DNA条形码技术,对采自广东清远、惠州、韶关、广州与广西河池、南宁、崇左的7个掌肢新米虾(Neocaridinapalmata)野生群体的97个样本的线粒体COⅠ基因片段进行PCR扩增和测序分析,研究掌肢新米虾自然群体的遗传多样性及遗传结构。结果表明:掌肢新米虾在624 bp的COⅠ基因序列中A、T、C、G碱基的平均含量分别为26.98%、33.17%、20.99%、18.85%,AT含量(60.15%)高于CG含量(39.84%),表现出较强的AT偏倚性;基于COⅠ基因序列的总群体中共检测到4个核苷酸变异位点,定义了5种单倍型,平均核苷酸差异数(K)、单倍型多样性指数(Hd)以及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.611、(0.557±0.025)、(0.00098±0.00007),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性;7个自然群体的群体内遗传距离为0.000～0.001,群体间的遗传距离为0.000～0.002;分子方差分析(AMOVA)和遗传分化系数(F_(st))结果揭示,掌肢新米虾的遗传变异主要来自于群体间;中性检验和核苷酸错配分布表明,掌肢新米虾7个自然群体遵循群体扩张模式,发生了历史扩张事件;系统发育分析显示,广东4群体与广西3群体形成姐妹支,表明不同地理区域具有一定的种群特征,可作为单独的管理单位进行保护,Hap1与Hap4分别是广东4群体与广西3群体和惠州群体的共享单倍型,其余单倍型为各群体所独享。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孔杰 刘伟 李世凯 周洲 赵凤
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李玉龙 刘修泽 李轶平 王爱勇 王小林 董婧
细纹子鱼（Ｌｉｐａｒｉｓ ｔａｎａｋａｅ）主要分布于西北太平洋海域的朝鲜半岛、日本和我国渤海、黄海和东海，已成为黄渤海渔业资源的优势种类之一，并在黄渤海生态系统中的扮演着越来越重要的角色。因此，有必要对这一生态优势种的种群状况及遗传背景进行了解。根据线粒体ＣＯⅠ基因序列对辽宁沿海不同体色花纹的细纹子鱼辽东湾群体（ｎ＝２０）和黄海北部群体（ｎ＝３４）的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。结果表明，长度为６２３ ｂｐ的ＣＯⅠ基因片段，其ａ、ｔ、Ｇ、Ｃ碱基的平均含量分别为２２．３％，３２．４％，２６．９％，１８．４％。在２个群体５４ ｉｎｄ个体中共检测得到８个单倍型，其单倍型间遗传差异为０．２％．．．
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