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[期刊] 海洋渔业
[作者]
薛丹 章群 郜星晨 宫亚运 曹艳
对中国东南沿海福建平潭和广东汕头、闸坡3个群体38 ind三线矶鲈(Parapristipoma trilineatus)线粒体控制区的914 bp序列进行分析,发现22个变异位点,共有33个单倍型。3个群体总体的单倍型多样性和核苷酸多样性均较高(H=0.991 0±0.009,π=0.005 8±0.000 4),其中平潭和汕头群体分别表现出最低和最高的核苷酸多样性(π=0.004 9±0.000 5和0.006 6±0.000 9)。3个群体间的Fst值为0.056 6~0.105 3,Nm值为4.248 3~8.333 4,表明3个群体间存在较低分化,可作为1个管理单位进行保护,建议优先...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙鹏 李杰 尹飞 彭士明 柳敏海 施兆鸿
利用线粒体控制区序列研究了条石鲷养殖群体的遗传多样性水平和遗传结构。通过PCR扩增与序列测定获得了长度为469 bp的线粒体控制区基因片段,在30个个体中共发现27处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为36.5%、30.2%、12.5%和20.8%,A+T含量明显高于G+C含量。30条线粒体控制区序列共定义了11个单倍型,存在27个多态性位点,产生27个突变。其中,包含简约信息位点13个,发生转换7次,颠换1次,没有发现插入或缺失现象。单倍型多样性(Hd)为0.892,核苷酸多样性(Pi)为0.013 8,平均碱基差异(K)为6.473。采用邻接法(Neighbor-joining,N...
关键词：
条石鲷 线粒体控制区 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
董新培 穆淑梅 周楠 康现江 罗青 白俊杰
为研究乌鳢群体的遗传多样性和控制区结构,实验采用PCR和DNA测序技术对其线粒体DNA控制区序列进行比较。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区全长序列为905~908 bp。104个序列中共发现了37个多态位点,定义了27种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列。3个地理群体的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为0.875、0.003 27和2.939。群体间的平均Kimura双参数遗传距离(Kimura 2-parameter distance,K 2-P)、遗传分化指数(Fs...
关键词：
乌鳢 线粒体DNA控制区 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
彭银辉 周于娜 刘旭佳 黄国强 蔡小辉 潘英
为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 130.
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
郑德锋 赵金良 周文玉
采用PCR扩增测序法获得了棘头梅童鱼Collichtysiucidus南通、启东、芦潮港、温州、瑞安、福州、番禺7个地理群体53尾鱼的mtDNA控制区全序列。棘头梅童鱼控制区序列长度为778～782bp,序列长度变异主要是由位点的插入或缺失造成,识别了终止序列区TAS和保守序列区CSB1、CSB2、CSB3序列。共检测到多态位点66个,占全部序列的8.44%,检测到单倍型33种,平均单倍型多样性(Hd)为0.9347±0.0175,平均核苷酸多样性(π)为0.0175±0.0023。棘头梅童鱼群体内的遗传距离(K2-P)为0.0017～0.0228,群体间的遗传距离为0.0023～0.0433...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
秦钦 许志强 边文冀 王明华 蔡永祥 葛家春
经克隆测序获得了我国5个批次引进的40尾斑点叉尾(Ictalurus punctatus)群体的线粒体控制区全序列,研究控制区序列结构和群体遗传变异。结果显示:比对长度包括906个位点,共有变异位点28个,简约信息位点21个。通过与GenBank中其它鱼类的mtDNA控制区序列进行结构分析,将斑点叉尾的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域;并找到了一系列保守序列:包括终止相关序列TAS,中央保守区的CSB-F、CSB-E、CSB-D和保守序列区的CSB-1、CSB-2、CSB-3。样本总体遗传多样性指数较高,40尾个体含有25个单倍型,其总体单倍型多样性指数(H)为0.920...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
赵丽丽 赵金良
少鳞鳜为东亚特有鱼类,为了解中国少鳞鳜在我国不同水域内的遗传结构特征,利用PCR扩增和直接测序法分析了长江、钱塘江、西江、南渡江34尾样品mtDNA控制区的序列差异。在长度838 bp的同源序列中,共发现81个变异位点,占分析位点总数的9.67%;定义了4个单倍型,每个群体仅发现一个单倍型,群体之间没有共享单倍型,且每个群体都有鉴别位点。群体间的核苷酸歧义度(Dxy)在0.360%~8.043%之间,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体间的差异最大。分子变异分析(AMOVA)得出群体间的遗传分化指数(Fst)为1.000(P<0.001),差异极显著。构建的NJ树中,4个群体分为两支,一支为...
关键词：
中国少鳞鳜 群体 控制区 遗传变异
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
王伟伟 赵金良 李思发
采用PCR技术扩增了鸭绿江、长江、钱塘江、闽江、西江5个群体36尾斑鳜(Siniperca scherzeriSteindachner)mtDNA控制区的基因序列。在长度818 bp片断序列中共检测到112个多态性核苷酸位点,具有20种单倍型,不同地理群体的单倍型表型不同,鸭绿江、钱塘江群体中含有多个特异性的核苷酸位点。用MEGA 3.0构建了NJ分子树,鸭绿江、长江、钱塘江、西江群体内的个体均能单独聚成群,而闽江群体未能单独成群,个体分别与长江、西江群体聚在一起。这些表明我国斑鳜不同群体间有较明显的遗传分化。
关键词：
斑鳜 群体 控制区 序列
[期刊] 海洋渔业
[作者]
梁述章 宋炜 马春艳 蒋科技 张凤英 赵明 马凌波
为研究我国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构,运用线粒体D-loop区全序列比较分析了中国连云港(LYG)、大丰(DF)、崇明(CM)、舟山(ZS)、温州(WZ)、宁德(ND)、厦门(XM)棘头梅童鱼7个野生群体的遗传结构特征。7个群体共208个样本的D-loop序列中,共检测到83种单倍型,66个变异位点,碱基组成符合AT碱基偏好性特点。7个群体的单倍型多样性为(0.55400±0.00998)～(0.95400±0.00067),核苷酸多样性为0.00183～0.00708,说明我国沿海棘头梅童鱼遗传多样性较高;根据海洋鱼类遗传多样性划分的分布模式,符合高h低π特点,说明其经历了快速扩张期。群体总的遗传分化系数Fst=0.86647 (P=0),两两群体间的遗传距离在0.004～0.039范围内,且明显的分为北方群体(LYG、DF、CM和ZS)和南方群体(WZ、ND和XM),DF和LYG、WZ和ND两两群体间存在显著的基因交流。AMOVA分析显示组间变异百分比为85.97%,符合南北分化特点。基于单倍型构建的单倍型邻接关系树和单倍型简约网络图等结果均表明,棘头梅童鱼以舟山为界,具有明显的南北地理遗传结构。中性检验(Tajima’s D、Fu’s Fs)和错配分析结果显示,棘头梅童鱼在3.87～12.9万年前(更新世冰期)经历了种群的规模性扩张或定向选择。本研究结果可为棘头梅童鱼资源的保护与利用提供基础数据。
[期刊] 水产学报
[作者]
高天翔 高兵兵 李忠炉 单斌斌 宋娜
物种的遗传结构对推断群体历史动态如有效群体大小、地理分布变迁、基因流、遗传分化等具有重要意义。本实验采用线粒体DNA控制区高变区序列对采自我国海南和台湾的3个短棘鲾群体进行了遗传学比较研究。结果显示,92尾个体共检测到32个单倍型,其中共享单倍型7个;单倍型多样性指数的范围为0.61±0.12～0.86±0.05;核苷酸多样性指数的范围为0.003 3±0.002 4～0.005 3±0.003 4;32个单倍型构建的邻接关系树和最小跨度树均可分为2个单倍型类群,单倍型类群A共有22个单倍型,全部由海南文昌和三亚新村群体构成,单倍型类群B共有10个单倍型,除Hap13外,其余全部由台湾新竹群体构成;台湾新竹群体与海南2个群体之间存在显著差异,但海南文昌群体和三亚新村群体之间无显著差异;中性检验与核苷酸不配对分布分析的结果均显示,短棘鲾2个单倍型类群可能发生了群体扩张事件,扩张时间分别为52 500～105 000和67 600～135 200年前。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
卢丽锋 章群 杨喜书 黄镇宇 唐楚林 周琪
为探讨中国近海绿鳍鱼(Chelidonichthys kumu)遗传多样性和种群结构,测定了辽宁、山东、江苏、浙江以及广东等中国沿海5个省6个地理群体112尾样本线粒体控制区838bp全序列,共检测到15个变异位点,22个单倍型,总体呈现高单倍型多样性(h=0.849±0.019)与低核苷酸多样性(π=0.001 85±0.000 12)特点。在邻接树和单倍型网络图中,没有出现明显的谱系结构和地理结构。群体间遗传分化系数Fst值小而不显著(-0.034 61~0.038 28,P>0.05);AMOVA分析显示不同地理群体、不同海域间与台湾海峡南北两侧都不存在明显遗传分化(-0.32~1.19),遗传变异主要存在群体内个体之间(99.08%~100.40%),表明中国近海绿鳍鱼为母系随机交配群体,推测原因可能是绿鳍鱼为洄游性鱼类,且所产漂浮性卵受海流携带能进行远距离传播。中性检验呈极显著负值(Fs=-16.099 6,P=0),核酸不配对分布图为单峰分布,推测绿鳍鱼整体及除吕四群体外的其它群体在3.00万年~10.00万年前发生种群扩张,可能是受到晚更新世冰期与间冰期影响。
[期刊] 华北农学报
[作者]
涂剑锋 徐佳萍 王洪亮 李一清 邢秀梅
为了解马鹿种群遗传结构和分化水平,测定了马鹿5个亚种11个地理群共计146个体线粒体DNA控制区全序列。序列分析检测到167个变异位点,确定了54种单倍型;各个亚种呈现较高的单倍型多样性(h:0. 600～0. 959)及中等程度的核苷酸多样性(π:0. 006 3～0. 012 6)。中性检验仅发现甘肃马鹿显著性偏离中性突变,亚种间遗传分化指数FST> 0. 5、基因流Nm
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨洁 何安元 何学军 唐首杰 王成辉
利用线粒体DNA控制区部分序列对中国8个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)养殖群体(埃及、吉拉达、美国、鹭业、吉诺玛、宝路、广东、新吉富)的遗传多样性和相互间遗传关系进行了分析。在所分析的237个样本中,可归结为15种单倍型,其中单倍型BL1为宝路(BL)、埃及(EGY)、吉拉达(GLD)、吉诺玛(GNM)和鹭业(LY)5个群体所共享,但没有一个单倍型为所有群体共享。8个群体内的核苷酸多态位点数(S)在4~83,平均核苷酸差异数(K)的范围为0.50~37.26,单倍型多样性(h)为0.190 8~0.802 3,核苷酸多样性(π)为0.000 8~0.056 9。AMO...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘红 张海强 蔡生力 戴习林
运用线粒体ＤＮＡ（ｍｔ ＤＮＡ）控制区部分基因序列测序技术对６个凡纳滨对虾养殖群体（Ｓ１、Ｓ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｋ１和ＳＧ）的遗传多样性和系统进化关系进行了分析。结果显示，在检测到的１４６个单倍型中，１４４个为单群体特有，其余两个为群体Ｓ１和Ｓ２共享。６个群体的单倍型多样性（ＨＤ）为０．４２–０．９９，核苷酸多样性（π）为０．００–０．０８，其中，单倍型多样性最高的是群体Ｋ１（ＨＤ＝０．９９±０．０１），核苷酸多样性最高的是群体Ｓ２（π＝０．０８±０．０４）。综合考虑，遗传多样性最低的为群体Ｓ１（ＨＤ＝０．４２±０．０８，π＝０．００），遗传多样性最高的是群体Ｓ２（ＨＤ＝０．８８±０．０２，π＝０．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张帝 强俊 傅建军 徐钢春 周国勤 董在杰 陶易凡 路思琪 陆健 徐跑
为探讨当前国内大口黑鲈(Micropterus salmoides)群体遗传多样性和变异情况,采用14个微卫星(简单重复序列, SSR)标记和线粒体D-loop序列,对国内3个养殖群体(“优鲈1号”YL1、“优鲈3号”YL3和中国台湾群体CTW)、1个引进群体(北方亚种US)和1个杂交群体(“优鲈3号”♀×北方亚种♂, HYB)共计5个群体175尾个体进行群体遗传变异分析。结果显示, 14个SSR位点中有5个位点(LMB24、LMB28、LMB38、LMB39和LMB42)表现出高度多态性[(多态信息含量(PIC)>0.5)]。其中,北方亚种群体多态性水平最高(PIC=0.514),其他4个群体多态性普遍较低(0.278
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