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[期刊] 海洋渔业
[作者]
吕金磊 章群 杨喜书 宫亚运 曹艳
为探讨中国南海重要经济鱼类卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)的遗传多样性,测定了广东闸坡、乌石、安铺和广西东兴以及海南新盈等5个地理群体97 ind样品的线粒体控制区5'端359 bp序列,发现47个变异位点,32个单倍型,总体呈现高单倍型多样性(h=0.951)和高核苷酸(π=0.020 9)多样性的特点。在邻接树和单倍型网络图中出现2个分化显著但不存在明显地理聚群的分支,推测二者的分化时间约为6018万年前(中更新世),可能是中更新世冰期海平面下降形成边缘海而导致隔离,间冰期海平面上升后
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵永贞 陈秀荔 李咏梅 彭敏 杨春玲 韦嫔媛 彭金霞 陈晓汉
为研究南海区4个不同地理位置卵形鲳鲹种群(QZ、ZJ、BH、HN)的遗传多样性。利用35对可扩增出特异性条带的引物对卵形鲳鲹4个不同地理种群进行遗传多样性分析,筛选出10对扩增效果比较好的引物,其中7对引物具有多态性。7个微卫星多态位点中,一共扩增出21个等位基因;多态信息含量为0.2896~0.6914,且处于中度到高度多态,表明这些引物可作为卵形鲳鲹遗传多样性分析的有效微卫星引物;4个群体的平均期望杂合度在0.4811~0.6135,北海群体的平均期望杂合度小于0.5,表明北海卵形鲳鲹群体的遗传多样性较低。用Popgene32软件计算出4个种群卵形鲳鲹的标准遗传距离和相似性系数,并构建聚类...
关键词：
卵形鲳鲹 微卫星分子标记 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
薛丹 章群 郜星晨 宫亚运 曹艳
80尾鯻(Therapon theraps)样本采自广东碣石、阳江,广西东兴,海南临高、陵水,测定其线粒体控制区951 bp序列,发现42个变异位点,60个单倍型。南海北部近岸鯻总体的单倍型多样性(0.986±0.007)和核苷酸多样性相对较低(0.009±0.000),其中陵水群体核苷酸多样性最高(0.010),碣石、阳江、东兴群体最低(0.008)。单倍型网络图与邻接树没有形成明显不同的谱系分支和地理聚群,表明不存在谱系结构和地理结构。大陆沿岸碣石、阳江和东兴群体间的遗传分化系数(Fst)为–0.017 5~0.008 9(P>0.05),基因流(Nm)值为–14.54~27.84;海南岛...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
卢丽锋 章群 杨喜书 黄镇宇 唐楚林 周琪
为探讨中国近海绿鳍鱼(Chelidonichthys kumu)遗传多样性和种群结构,测定了辽宁、山东、江苏、浙江以及广东等中国沿海5个省6个地理群体112尾样本线粒体控制区838bp全序列,共检测到15个变异位点,22个单倍型,总体呈现高单倍型多样性(h=0.849±0.019)与低核苷酸多样性(π=0.001 85±0.000 12)特点。在邻接树和单倍型网络图中,没有出现明显的谱系结构和地理结构。群体间遗传分化系数Fst值小而不显著(-0.034 61~0.038 28,P>0.05);AMOVA分析显示不同地理群体、不同海域间与台湾海峡南北两侧都不存在明显遗传分化(-0.32~1.19),遗传变异主要存在群体内个体之间(99.08%~100.40%),表明中国近海绿鳍鱼为母系随机交配群体,推测原因可能是绿鳍鱼为洄游性鱼类,且所产漂浮性卵受海流携带能进行远距离传播。中性检验呈极显著负值(Fs=-16.099 6,P=0),核酸不配对分布图为单峰分布,推测绿鳍鱼整体及除吕四群体外的其它群体在3.00万年~10.00万年前发生种群扩张,可能是受到晚更新世冰期与间冰期影响。
[期刊] 水产学报
[作者]
彭银辉 周于娜 刘旭佳 黄国强 蔡小辉 潘英
为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 130.
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李珊 陈敦学 马秀慧 安苗
为探讨苗岭作为地理屏障对斑鳜(Siniperca scherzeri)遗传结构及其多样性的影响,本研究运用mtDNA D-Loop测序技术,检测其两侧柳江、沅江和乌江3水系7个野生斑鳜种群的遗传多样性,并分析其遗传变异及种群动态。结果显示,365条序列共有57个多态位点和56个单倍型,高频hap3是3水系共享的祖先单倍型,苗岭斑鳜可划分为南北2个不同地理种群,南部柳江种群遗传变异程度低,遗传多样性匮乏,北部沅江和乌江的种群变异程度高,拥有丰富的遗传多样性,2个地理群体间存在显著的遗传分化和基因交流障碍。研究表明,南部斑鳜属封闭的小群体,因近交衰退效应,始终保持祖先的原始种群结构;北部种群规模庞大,生境理想,进化潜力大。推测苗岭斑鳜在中更新世间冰期种群扩张后,因苗岭阻隔和生境差异,沿不同方向发展进化,塑造出南北两个遗传分化明显的地理种群。柳江种群面临生存危机,可视为1个独立的ESU单元,沅江上游适宜建立斑鳜种质资源保护区。本研究从分子水平揭示了地理屏障对苗岭山区野生斑鳜种群遗传结构及其多样性的影响,丰富了我国斑鳜遗传背景资料,可为斑鳜种质保护和挖掘利用提供理论依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
彭敏 陈晓汉 蒋伟明 陈秀荔 杨春玲 李咏梅
以卵形鲳鲹为材料,采用醋酸铵法提取高质量的基因组DNA,通过对双酶切?连接?电泳、染色等因素进行优化,建立了适用于卵形鲳鲹的AFLP反应体系。同时以卵形鲳鲹野生群体和养殖群体为材料,采用新建立AFLP反应体系从256对引物组合中筛选出10对多态性高的AFLP引物组合,获得了清晰的指纹图谱,证明建立的AFLP优化体系可用于卵形鲳鲹的AFLP分析。
关键词：
卵形鲳鲹 AFLP 反应体系 优化
[期刊] 西南农业学报
[作者]
彭敏 陈晓汉 陈秀荔 蒋伟明 杨春玲 李咏梅
利用AFLP技术对北部湾卵形鲳鲹野生群体和养殖群体进行遗传多样性分析和比较,可为卵形鲳鲹种质优化提供基础依据。研究采用10对引物组合在2个群体中共扩增出513个位点,其中多态位点数为133个,占总位点数的25.93%,两个群体平均多态位点比率为23.59%和18.32%,遗传多样性相对贫乏。养殖群体中低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加表明养殖群体丢失了低频基因。群体遗传结构分析表明,两群体间的遗传距离比较小,群体遗传结构相似。
[期刊] 水产学报
[作者]
董新培 穆淑梅 周楠 康现江 罗青 白俊杰
为研究乌鳢群体的遗传多样性和控制区结构,实验采用PCR和DNA测序技术对其线粒体DNA控制区序列进行比较。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区全长序列为905~908 bp。104个序列中共发现了37个多态位点,定义了27种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列。3个地理群体的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为0.875、0.003 27和2.939。群体间的平均Kimura双参数遗传距离(Kimura 2-parameter distance,K 2-P)、遗传分化指数(Fs...
关键词：
乌鳢 线粒体DNA控制区 遗传多样性
[期刊] 淡水渔业
[作者]
秦钦 许志强 边文冀 王明华 蔡永祥 葛家春
经克隆测序获得了我国5个批次引进的40尾斑点叉尾(Ictalurus punctatus)群体的线粒体控制区全序列,研究控制区序列结构和群体遗传变异。结果显示:比对长度包括906个位点,共有变异位点28个,简约信息位点21个。通过与GenBank中其它鱼类的mtDNA控制区序列进行结构分析,将斑点叉尾的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域;并找到了一系列保守序列:包括终止相关序列TAS,中央保守区的CSB-F、CSB-E、CSB-D和保守序列区的CSB-1、CSB-2、CSB-3。样本总体遗传多样性指数较高,40尾个体含有25个单倍型,其总体单倍型多样性指数(H)为0.920...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵刚 周剑 杜军 刘光迅 陈先均 朱健 李建林
对采自泸州(长江干流)、南溪(长江干流)、柏溪(金沙江段)、攀枝花(雅砻江段)、重庆(嘉陵江段)4个流域的45尾长薄鳅(Leptobotia elongata)的线粒体DNA控制区部分序列(798 bp)进行了扩增,共检测出19个单倍型,未发现群体间有共享的单倍型,5群体单倍型多样性在0.833~1.000之间,显示不同流域的长薄鳅群体单倍型类型较为丰富。分析了D-Loop的碱基组成、变异情况和核苷酸序列差异,计算了核苷酸多样性(π)、单倍型多样性(h)、FST值和基因流数值(Nm),构建了长薄鳅不同单倍型分子系统树和中间网络图。5个群体内各序列核苷酸多样性指数(π)在0.276%~0.905...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
申绍祎 田辉伍 汪登强 陈大庆 刘绍平
红唇薄鳅(Leptobotia rubrilabris)是长江上游特有鱼类,近年来资源量不断下降。本研究利用线粒体控制区序列片段(896 bp)分析了长江上游红唇薄鳅的遗传多样性及遗传结构,为其资源保护提供科学依据。共采集了119尾样本,来自长江上游江津、四川南溪、岷江下游蕨溪等。结果显示,共检测到58个单倍型,平均单倍型多样性为0.967,平均核苷酸多样性0.006 7,表明红唇薄鳅种群具有较高的遗传多样性。单倍型NETWORK网络关系图和分析系统树结果显示红唇薄鳅单倍型不按地理分布聚类,但是明显分成了
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘红 张海强 蔡生力 戴习林
运用线粒体ＤＮＡ（ｍｔ ＤＮＡ）控制区部分基因序列测序技术对６个凡纳滨对虾养殖群体（Ｓ１、Ｓ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｋ１和ＳＧ）的遗传多样性和系统进化关系进行了分析。结果显示，在检测到的１４６个单倍型中，１４４个为单群体特有，其余两个为群体Ｓ１和Ｓ２共享。６个群体的单倍型多样性（ＨＤ）为０．４２–０．９９，核苷酸多样性（π）为０．００–０．０８，其中，单倍型多样性最高的是群体Ｋ１（ＨＤ＝０．９９±０．０１），核苷酸多样性最高的是群体Ｓ２（π＝０．０８±０．０４）。综合考虑，遗传多样性最低的为群体Ｓ１（ＨＤ＝０．４２±０．０８，π＝０．００），遗传多样性最高的是群体Ｓ２（ＨＤ＝０．８８±０．０２，π＝０．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨洁 何安元 何学军 唐首杰 王成辉
利用线粒体DNA控制区部分序列对中国8个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)养殖群体(埃及、吉拉达、美国、鹭业、吉诺玛、宝路、广东、新吉富)的遗传多样性和相互间遗传关系进行了分析。在所分析的237个样本中,可归结为15种单倍型,其中单倍型BL1为宝路(BL)、埃及(EGY)、吉拉达(GLD)、吉诺玛(GNM)和鹭业(LY)5个群体所共享,但没有一个单倍型为所有群体共享。8个群体内的核苷酸多态位点数(S)在4~83,平均核苷酸差异数(K)的范围为0.50~37.26,单倍型多样性(h)为0.190 8~0.802 3,核苷酸多样性(π)为0.000 8~0.056 9。AMO...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
海萨·艾也力汗 郭焱 孟玮 杨天燕 阿达可白克·可尔江
为了解塔里木裂腹鱼（Ｓｃｈｉｚｏｔｈｏｒａｘ ｂｉｄｄｕｌｐｈｉ）种群遗传多样性和遗传结构，本研究分析了库玛拉克河（ＫＭｌＫ）、木扎提河（Ｍｚｔ）、塔什库尔干河（ｔＳＫＥＧ）、喀拉喀什河（ＫｌＫＳ）、玉龙喀什河（ＹｌＫＳ）、克孜勒苏河（ＫｚｌＳ）、车尔臣河（ｃＥｃ）７个群体共１４３个线粒体控制区序列变异个体，获得了３９个单倍型。其中，ｃＥｃ群体与其他群体间遗传分化显著，无共享单倍性。群体间遗传差异的分子变异分析表明，在所有群体中大多数的变异来源于群体间；而排除ｃＥｃ群体后，大多数变异则来源于群体内（８１．０１％），群体间的遗传变异小（１６．６８％）。塔里木裂腹鱼不同群体间的基因流（ＮＭ）为０．．．．
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