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[期刊] 中国水产科学
[作者]
徐璞 鲁翠云 孙志鹏 霍堂斌 金洪宇 吴学工 郑先虎
为了解我国新疆地区河鲈(Percafluviatilis)的遗传现状,本研究分析了新疆乌伦古河水系和喀啦额尔齐斯河4个河鲈野生群体的线粒体CO I、Cyt b和D-loop 3个区段序列的遗传多样性,并与欧洲群体进行了比较。结果显示,新疆4个群体的线粒体COI、Cytb基因和D-loop区序列分别有3、10和10个变异位点(分别占序列总长的0.49%, 0.90%和1.92%),定义了4、11和11个单倍型,单倍型多样性分别为0.065±0.022、0.276±0.049和0.186±0.046,核苷酸多样性分别为0.00011±0.00004、0.00033±0.00007和0.00084±0.00013,呈现出低水平遗传多样性。中国新疆河鲈群体和欧洲群体不存在共享的单倍型,单倍型聚类树和网络图也表现出明显分隔,两者为不同的遗传系谱。中国新疆乌伦古河水系的乌伦古湖(WL)、吉力湖(JH)和乌伦古河(WR) 3个群体基于Cyt b基因和D-loop区序列估计群体间变异分别为-0.005%和0.44%,遗传分化系数(F_(st))为-0.00045和0.00436,处于低程度分化(Fst0.05),ER与WR群体处于高度遗传分化(F_(st)=0.24627>0.15),可能由于水坝的阻断,遗传资源得不到补充,喀啦额尔齐斯河形成了一个独立的遗传系谱。本研究结果可为新疆河鲈种群多样性保护以及种质资源开发利用提供参考。
关键词：
河鲈 新疆 线粒体 遗传结构
[期刊] 水产学报
[作者]
鲁翠云 孙志鹏 曹顶臣 耿龙武 那荣滨 吴学工 郑先虎
为了解梭鲈种群的遗传结构现状，实验利用线粒体细胞色素c氧化酶I亚基(CO I)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异，并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的CO I基因序列中检测到5个变异位点，定义了7种单倍型，发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型，且与欧洲群体的HapA相同，在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(55.56%)；Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型，而Hap4～Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型，中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1～2个位点的变异，属于Hap1/A的亚型，与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1～4种单倍型，斋桑湖(ZS)群体单倍型最多，而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1)；塔什干(TS)群体的单倍型多样性(H_(d))和核苷酸多样性(π)最高(H_(d)=0.514±0.069; π=0.000 80±0.000 11)，其次是ZS群体，而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示梭鲈群体间遗传变异占20.74%，群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_(st)=0.207 360.25)，中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大，而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示，来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支，而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。
[期刊] 水产学报
[作者]
鲁翠云 孙志鹏 曹顶臣 耿龙武 那荣滨 吴学工 郑先虎
为了解梭鲈种群的遗传结构现状，实验利用线粒体细胞色素c氧化酶I亚基(CO I)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异，并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的CO I基因序列中检测到5个变异位点，定义了7种单倍型，发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型，且与欧洲群体的HapA相同，在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(55.56%)；Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型，而Hap4～Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型，中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1～2个位点的变异，属于Hap1/A的亚型，与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1～4种单倍型，斋桑湖(ZS)群体单倍型最多，而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1)；塔什干(TS)群体的单倍型多样性(H_(d))和核苷酸多样性(π)最高(H_(d)=0.514±0.069; π=0.000 80±0.000 11)，其次是ZS群体，而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示梭鲈群体间遗传变异占20.74%，群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_(st)=0.207 360.25)，中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大，而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示，来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支，而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
边力 王鹏飞 陈四清 李凤辉 张乐乐 刘长琳 葛建龙
利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因分析了我国沿海绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)6个野生群体(大连、秦皇岛、蓬莱、日照、舟山和汕头)的遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在176个个体915 bp的Cyt b部分序列中共检测到32个变异位点和30个单倍型;6个群体的单倍型多样性为0.883~0.953,核苷酸多样性0.0032~0.0039;群体间固定指数较小,呈中低度分化;AMOVA分析表明,遗传变异主要来源于群体内,群体间遗传分化未达到显著水平。群体历史动态分析表明,绿鳍马面鲀在16.9万~42.2万年前经历种群扩张。总体上,各群体间的遗传分化较小,并未形成相应的地理支系,推测黑潮的输送作用以及绿鳍马面鲀的洄游习性维持了各群体间高强度的基因交流;中更新世中晚期的气候波动对绿鳍马面鲀的种群扩张以及地理分布格局可能具有重要影响。本研究结果加深了人们对于绿鳍马面鲀资源情况的认识,为绿鳍马面鲀资源的保护和合理利用提供了理论依据。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵明 宋炜 马春艳 张凤英 蒋科技 宋志明 马凌波
利用线粒体CO I序列为遗传标记分析了棘头梅童鱼(Collichthys lucidus Richardson)7个地理群体(江苏连云港、江苏大丰、上海崇明、浙江舟山、浙江温州、福建宁德和福建厦门)的遗传结构特征。在7个群体209个样本的线粒体CO I序列中共检测到44种单倍型。7个群体单倍型多样性为(0.416±0.112)~(0.720±0.076),核苷酸多样性为(0.001 10±0.000 35)~(0.004 44±0.001 64)。两个组群的AMOVA分析显示,南北两个组群分析组群间的变异为40.10%(P0.05),群体内为60...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
佟广香 匡友谊 徐伟
运用PCR直接测序法,对8个野生唇群体线粒体ATP6和ND4基因部分序列进行测定,共获得1629 bp序列,序列变异率为4.97%,核酸多样性为0.0075,表明野生唇群体保持了较好的遗传多样性;在8个野生唇群体中共检测出21个单倍型,其中HQ1和HT2单倍型共包含了45.24%的个体,且单倍型网络图均以HQ1和HT2向四周发散,说明HQ1和HT2为祖先单倍型,其他群体再演化过程中形成特有的单倍型;AMOVA、群体间遗传分化系数及遗传距离分析显示不同水系群体的遗传分化达到了显著水平;单倍型聚类图显示乌苏里江和黑龙江流域地理群体大部分单倍型能够聚在一起,鸭绿江流域地理群体聚为1支,长江流域...
关键词：
唇 ATP6 ND4 遗传结构
[期刊] 水产学报
[作者]
董新培 武小斌 万海付 穆淑梅 康现江 肖国华 薛建民
[期刊] 淡水渔业
[作者]
谢佳燕 颜渊 杨钰慧 林少卿
采用线粒体COI基因序列对长江流域湖北段和江苏段蒙古鲌(Chanodichthys mongolicus)不同自然群体的遗传组成和结构进行了分析。结果显示,蒙古鲌种群的遗传多样性水平中等,群体的平均基因多态性为0.664,核苷酸多态性为0.002,不同种群间遗传多样性存在一定的差异。COI基因序列共检测了10种单倍型,其中4种单倍型在蒙古鲌不同种群间共享,其余单倍型为单个种群所特有。分子变异分析表明79.7%的变异发生在种群内。NJ聚类树和单倍型网络图分析均表明蒙古鲌不同种群未形成明显的谱系地理结构。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张帝 强俊 傅建军 徐钢春 周国勤 董在杰 陶易凡 路思琪 陆健 徐跑
为探讨当前国内大口黑鲈(Micropterus salmoides)群体遗传多样性和变异情况,采用14个微卫星(简单重复序列, SSR)标记和线粒体D-loop序列,对国内3个养殖群体(“优鲈1号”YL1、“优鲈3号”YL3和中国台湾群体CTW)、1个引进群体(北方亚种US)和1个杂交群体(“优鲈3号”♀×北方亚种♂, HYB)共计5个群体175尾个体进行群体遗传变异分析。结果显示, 14个SSR位点中有5个位点(LMB24、LMB28、LMB38、LMB39和LMB42)表现出高度多态性[(多态信息含量(PIC)>0.5)]。其中,北方亚种群体多态性水平最高(PIC=0.514),其他4个群体多态性普遍较低(0.278
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
岳丽佳 熊良伟 王帅兵 王权 王米雪 陈浩然
对江苏省扬州高邮、苏州张家港、泰州海陵3个地区宽体金线蛭自然群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定和分析。结果显示:宽体金线蛭Cytb基因全长1 146 bp,样本的A、G、T、C平均含量分别为27.57%、15.77%、43.49%、13.17%,A+T含量(71.06%)明显高于G+C含量(28.94%)。在77个宽体金线蛭样本中,共检测到96个多态位点,其中有58个简约信息位点,获得47个单倍型,共享单倍型数目1个。3个宽体金线蛭群体的平均单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.9781、0.0133、15.20,其中泰州海陵群体的单倍型多样度(0.987 7)和核苷酸多样度(0.013 1)最高。3个群体间的遗传分化指数F_(st)为0.065 1～0.175 6,且差异显著(P<0.05),不同群体间存在一定的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)表明,11.13%的变异来自群体间,88.87%的变异来自群体内。用邻接法构建的单倍型系统发育进化树显示,不同地理群体的个体呈交错分布,没有形成明显的地理谱系。中性检验和核酸不配对分布结果表明,3个宽体金线蛭野生群体总体大小保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张。
关键词：
宽体金线蛭 Cytb 遗传多样性
[期刊] 淡水渔业
[作者]
赵立祥 董浚键 孙成飞 田园园 胡婕 卢迈新 叶星
采用线粒体D-loop序列及SSR标记分析广东4个宝石鲈(Scortum barcoo)养殖群体的遗传多样性。D-loop序列分析显示,长度为598 bp的D-loop片段上有14个多态性位点,共定义8个单倍型。4个群体单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.000 0～0.543 5、0.000 00～0.001 76,表明4个群体遗传多样性水平均较低。利用11个SSR位点分析显示,4个群体期望杂合度(H_e)=0.396～0.516、PIC=0.320～0.420,说明各群体遗传多样性处于中低水平。虽然二种方法获得的遗传分化指数F_(ST)上存在差异,分别为0.403 5(D-loop)和0.044 5(SSR),但二种分析结果均显示4个广东群体的遗传多样性较低、亲缘关系较近,因此有必要引进原种以丰富国内养殖群体的遗传多样性。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郑小壮 陈清华 陈文坚 郭照良
采用DNA条形码技术,对采自广东清远、惠州、韶关、广州与广西河池、南宁、崇左的7个掌肢新米虾(Neocaridinapalmata)野生群体的97个样本的线粒体COⅠ基因片段进行PCR扩增和测序分析,研究掌肢新米虾自然群体的遗传多样性及遗传结构。结果表明:掌肢新米虾在624 bp的COⅠ基因序列中A、T、C、G碱基的平均含量分别为26.98%、33.17%、20.99%、18.85%,AT含量(60.15%)高于CG含量(39.84%),表现出较强的AT偏倚性;基于COⅠ基因序列的总群体中共检测到4个核苷酸变异位点,定义了5种单倍型,平均核苷酸差异数(K)、单倍型多样性指数(Hd)以及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.611、(0.557±0.025)、(0.00098±0.00007),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性;7个自然群体的群体内遗传距离为0.000～0.001,群体间的遗传距离为0.000～0.002;分子方差分析(AMOVA)和遗传分化系数(F_(st))结果揭示,掌肢新米虾的遗传变异主要来自于群体间;中性检验和核苷酸错配分布表明,掌肢新米虾7个自然群体遵循群体扩张模式,发生了历史扩张事件;系统发育分析显示,广东4群体与广西3群体形成姐妹支,表明不同地理区域具有一定的种群特征,可作为单独的管理单位进行保护,Hap1与Hap4分别是广东4群体与广西3群体和惠州群体的共享单倍型,其余单倍型为各群体所独享。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
葛家春 许志强 李晓晖 李跃华 柏如发 朱清顺 潘建林
研究了长江、辽河、瓯江水系野生中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)及其莱茵河水系F1共4个群体71个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因序列,比对长度包括628个位点,其中变异位点112个,简约信息位点36个。基因序列G+C(%)含量较低,表现出较为明显的碱基组成偏倚性。71个个体共含17种单倍型,单倍型H13出现次数最多,为莱茵河水系F1、长江以及瓯江群体共享;单倍型H15、H16和H17为瓯江群体特有。样本总体遗传多样性指数较高,其单倍型多样性指数(H)为0.862,核苷酸多样性指数(π)为0.016 9。各水系野生群体遗传多样性分析表明,长江群体单倍型多样性指数最...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李大命 张彤晴 唐晟凯 钟立强 刘小维
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（ＣＯⅠ）分子标记对洪泽湖河蚬（ＣＯｒｂｉＣｕｌａ ｆｌｕｍｉｎｅａ）野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬５０个个体，对ＣＯⅠ基因序列片段进行ＰＣｒ扩增和序列测定。结果显示，长度为６１４ ｂＰ的ＣＯⅠ基因片段中，碱基ａ、Ｔ、Ｇ和Ｃ的平均含量分别为２２．６％、４２．４％、２１．０％和１４．０％，ａ＋Ｔ的含量（６５．０％）显著高于Ｇ＋Ｃ的含量（３５．０％）。ＣＯⅠ基因序列中有６７个核苷酸变异位点，总变异率为１０．９％，其中简约信息位点６３个，单一信息位点４个。５０条ＣＯⅠ基因序列共定义了１５个单倍型，单倍型多样性指数（ｈ）和核苷酸多样性指数（π）分别为．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李大命 张彤晴 唐晟凯 钟立强 刘小维
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,碱基A、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,A+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为...
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