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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李瑶瑶 刘云国 刘晓玲 刘凌霄 马超
东北亚地区不同地理种群魁蚶(Scapharca brouhtonii)的分类学地位仍存在较大争议。为探讨魁蚶中国群体的分类地位,测定了魁蚶中国群体线粒体基因组COⅠ和12S rRNA序列,并从GenBank中下载了蚶科26种贝类的同源序列进行分析。以贻贝科的贻贝(Mytilus edulis)为外群,用邻近法和最大简约法构建了蚶科贝类的分子系统进化树,分析其分子系统进化关系和分类等级。结果显示,魁蚶中国群体的COⅠ和12S rRNA基因的碱基组成、密码子使用率及变异位点等与魁蚶日本群体和粗饰蚶属的Anadara sativa相似,且遗传距离很小,进化树中聚为一支,亲缘关系很近,初步确定魁蚶中国群体的分类地位和魁蚶日本群体一致。本研究结果初步阐明了魁蚶中国群体的分子系统进化地位,有利于掌握魁蚶的遗传背景和资源状况,以应用于自然资源的保护和推动养殖业的发展。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高天翔 吉崎悟朗 渡边精一
首次进行了中华绒螯蟹（ Ｅｒｉｏｃｈｅｉｒ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）线粒体 ＤＮＡ １２ＳｒＲＮＡ的序列分析。参考果蝇、蚤状溞序列对中华绒螯蟹线粒体ＤＮＡ １２ＳｒＲＮＡ基因片段做了引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定，结果得到 ４５７ ｂｐ的碱基序列，其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为 １５９ｂｐ（３４．７９％）、１７７ｂｐ（３８．７３％）、５１ｂｐ（１１．１６％）、７０ｂｐ（ １５． ３２％），与果蝇、蚤状溞的相同基因片段的序列含量基本相似。
[期刊] 水产学报
[作者]
高天翔 王玉江 刘进贤 渡边精一 伏屋玲子
对采自泰国、马达加斯加和日本各地的青蟹属的3种青蟹Scyllaserrata(Forskl)、S.oceanica(Dana)和S.tranquebarica(Fabricius)的线粒体12SrRNA基因片段序列进行了测定,分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系。研究结果显示:S.serrata、S.oceanica及S.tranquebarica在12SrRNA基因片段上存在长度差异,3种青蟹的序列长度分别为422bp、426bp、425bp;种内个体间无序列差异或差异极小,种间序列差异远大于种内差异。以日本虫寻和底栖短桨蟹为外群,采用距离法和最大简约法重新构建了3种青蟹的分子系统树,得到...
[期刊] 水产学报
[作者]
陈合格 刘文彬 张轩杰
对中华鳖和砂鳖线粒体DNA12SrRNA基因进行了引物设计、PCR扩增、序列测定和PCRRFLP分析。研究结果表明:中华鳖、砂鳖线粒体DNA12SrRNA基因片段的碱基序列长度相同,均为562bp,其A、T、C、G含量相似,分别为209个(37.2%)、121个(21.5%)、145个(25.8%)、87个(15.5%)和207个(36.8%)、120个(21.4%)、145个(25.8%)、90个(16%)。两序列间共有13处碱基不同,序列差异率为2.31%,中华鳖与砂鳖各自个体间的平均核苷酸序列差异率分别为0.53%和0.36%,种间差异显著;用内切酶MspI酶切两种鳖的12SrRNA基因...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王晓谕 彭祖焜 朱久阳 黄开 朱国平 王丛丛
南极鱼亚目鱼类种类繁多，且同科鱼类在外形特征上相似，为了对其进行准确的物种鉴定，本研究收集了101尾南极鱼类，利用DNA条形码技术，从分子水平分析南极鱼亚目鱼类间的系统进化关系，并验证了12S rRNA基因作为DNA条形码对南极鱼亚目鱼类物种鉴定的适用性，为南极鱼亚目鱼类的分类鉴定和保护提供科学依据。结果表明，采集的101尾鱼类包括3科13属13种南极鱼类，13种南极鱼类的种间平均遗传距离为0.0391，是种内平均遗传距离的11.7倍，符合作为DNA条形码的基本要求。NJ进化树拓扑结构显示，除了头带冰鱼(Chaenocephalus aceratus)和眼斑雪冰鱼(Chionodraco rastrospinosus)，其余序列均能形成独立的单支，同科物种聚类在一支上，具有较高的节点支持率。综上所述，基于线粒体12S rRNA基因的DNA条形码能够对南极鱼亚目鱼类进行准确的物种鉴定，在科的水平上展现出清晰的系统进化关系。
[期刊] 水产学报
[作者]
高天翔 张秀梅 渡边精一
参考果蝇和蚤状的线粒体DNA 12SrRNA序列进行了中华绒螯蟹与日本绒螯蟹的线粒体DNA12SrRNA基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定。两种的碱基序列长度相同 ,为 45 7bp ,其A、T、G、C含量相似 ,分别为 15 9bp (34.79% )、177bp (38.73 % )、5 1bp (11.16 % )、70bp (15 .32 % )和15 9bp(34.79% )、178bp(38.95 % )、5 0bp(10 .94% )、70bp(15 .32 % )。中华绒螯蟹与日本绒螯蟹间有 5处碱基序列差异 ,在 98bp、15 1bp、317bp和 417bp碱基处...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘萍 段亚飞 毛智超 李吉涛 高保全 李健
为研究中华虎头蟹野生群体的种质资源及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得中华虎头蟹线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。16S rRNA和COⅠ基因片段的A+T平均含量分别为67.7%和61.4%,A+T含量显著高于G+C含量。长度为515 bp的16S rRNA基因片段共检测出单倍型4种,多态性位点4个,均为单一变异位点;长度为653 bp的COⅠ基因片段共检测出单倍型11种,多态性位点23个,其中简约信息位点5个和单一变异位点18个。COⅠ基因片段比16S rRNA基因片段具有较大的变异,更适于中华虎头蟹种群的遗传多样性分析。基于16S rRNA...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李双双 薛龙飞 苏爱国 雷彬彬 王玉美 华金平
线粒体是真核细胞内的重要细胞器,是一种遗传上半自主性的细胞器,编码与自身功能相关的部分基因,参与生命活动一些过程。植物的线粒体基因组较动物的更为复杂,且与植物细胞质雄性不育和物种进化密切相关。本文概述了植物线粒体基因组测序工作,并在此基础上,综述了植物线粒体基因组的大小、组成形式、基因组序列的结构特征、基因组成,分析表达特点、RNA编辑、序列重组,以及线粒体基因组进化、线粒体相关的雄性不育机理研究的研究进展。
关键词：
植物 线粒体 基因组 序列分析
[期刊] 水产学报
[作者]
周发林 江世贵 姜永杰 黄建华 马之明
对中国南海海域5个斑节对虾野生群体三亚群体(SY)、深圳群体(SZ)、阳江群体(YJ)、湛江群体(ZJ)、北海群体(BH)——100个样品的16S rRNA序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序。用CLUSTAL_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性(π)依次分别为0.004 35,0.005 86,0.010 50,0.010 81,0.011 68。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
徐纯柱 张洪海 马建章
利用PCR方法和直接测序技术获得的紫貂线粒体基因组全长为16523bp,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码基因控制区(D-Loop区),碱基组成为A32.0%、C27.6%、G14.7%、T25.8%;在编码蛋白质基因的密码子第3位点处具有AC高偏向性(72.6%),并且频繁利用不完全终止密码子T或TA(7个)。将紫貂线粒体基因组序列提交到GenBank,并获得检索号为FJ429093。结合GenBank中已公布的鼬科其他6种动物的线粒体基因组全序列及貂属6种D-Loop区部分序列,分别以虎和狗獾为外类群,应用最大简约法构建鼬科和貂属物种的系统进化树。结...
关键词：
紫貂 线粒体基因组 进化
[期刊] 水产学报
[作者]
魏峦峦 沈和定 张雨 方磊 张坤霞 陈诚
采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2～138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为TTG以外,均为典型的起始密码子ATN。COⅢ和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
闫永斌 程起群
为了明确鲳属鱼类的线粒体全基因组序列结构、寻找有效的种间鉴别分子标记，并剖析其系统发育信息，以期为鲳属鱼类的分类学、进化遗传学和种质鉴定提供参考依据，测定了鲳属5种鱼类（中国鲳Pampus chinensis、灰鲳P. cinereus、银鲳P. argenteus、珍鲳P. minor、翎鲳P. punctatissimus）的线粒体全基因组序列，并结合NCBI数据库中已有的鲳属鱼类线粒体全基因组序列进行分析。结果显示：1）鲳属线粒体基因组全序列长度在16551bp到18062bp之间，其基因组结构与大多数硬骨鱼类一致；比较特别的是，银鲳和镰鲳具有两个tRNA~(Met)结构，珍鲳出现ND1基因重排以及两个重复的D-loop结构。2）银鲳与镰鲳的D-loop区出现重复CSB3结构，灰鲳与翎鲳D-loop区出现重复TAS结构。3）ND2基因条形码及其微型条形码均可将鲳属鱼类区分开，可作为有效的鲳属鉴别分子标记。4）东海区的银鲳与镰鲳应为同一物种，灰鲳可能为翎鲳的同物异名。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
申欣 王海青 王敏晓 刘斌
利用长PCR扩增获得太平洋磷虾的线粒体DNA,结合鸟枪法和引物步移法测定太平洋磷虾的线粒体基因组。结果表明,太平洋磷虾线粒体基因组全长为16898bp,在最大非编码区中存在一个串联重复区域(4.7×154bp)。在15个主编码基因中,变异位点数最多的是nad5基因(319～321个),其次为nad4基因(284～285个)和cox1基因(232～233个)。因此,nad5基因和nad4基因可以作为候选的分子标记,用于分析磷虾类不同的物种和群体之间的生物多样性。对比泛甲壳动物的原始排列,太平洋磷虾和南极磷虾线粒体基因组共享3个转运RNA基因(tRNALeu(CUN)、tRNALeu(UUR)和t...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
赵莹莹 郑先虎 匡友谊 马立鸣 何川 朱晓琛 董婧 魏华 孙效文
为比较不同金鱼品种线粒体基因组的差异,通过PCR对虎头、红头白蛋、红白文、高头红文、墨龙睛、黑水泡眼和红朝天龙共7种金鱼线粒体基因组进行扩增,利用Clustal Omega和Contig Express等软件进行序列的比对和拼接,并利用MEGA 7.0和DNA SP 5.0等软件分析不同品种金鱼的线粒体基因组的基本特征、基因排列以及基因组序列的差异情况。结果表明:7种金鱼线粒体基因组全序列长度均为16580bp,基因排列顺序完全相同,排列紧凑,均含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区);ND6和8个tRNA基因在L链上编码,其他基因均在H链上编码。金鱼线粒体基因组和13个编码蛋白的基因的碱基组成具有AT偏好性,A+T含量分为57.7%和58.1%;预测了金鱼22个tRNA的二级结构,大部分tRNA基因都形成典型的三叶草结构,仅tRNA~(Ser)(AGN)缺少DHU臂。在D-loop区中的识别出1个终止序列区(TAS)、3个中央保守区(CSB-F、CSB-E和CSB-D)和3个保守序列区(CSB-1、CSB-2和CSB-3)。对线粒体基因组的全序列比对结果显示,仅存在4个变异位点,且均为非简约信息位点,其中D-loop区变异位点1个,ND2基因2个,ND5基因1个。7种金鱼的线粒体基因组缺乏简约性信息位点,因此线粒体基因组或基因在金鱼系统发育提供的遗传信息将十分有限。
关键词：
金鱼 线粒体基因组 变异位点
[期刊] 中国水产科学
[作者]
马春艳 马凌波 倪勇 沈盎绿 张永 张凤英 赵云龙
对6种棱鳀属(ThryssaCuvier1829)鱼类共21个个体的16SrRNA基因进行PCR扩增,经比对校正得到572bp的基因片段,共检测到8个单倍型,棱鳀属6个种所有单倍型之间共存在8个插入/缺失;此外有99个变异位点,其中简约信息位点87个;多态位点比例为17.3%;序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.6;A+T含量(53.6%)明显高于C+G含量(46.4%),序列表现出明显的T偏倚。基于Kimura双参数法,计算的种间遗传距离介于0.4%[黄吻棱鳀(T.vitrirostris)与中颌棱鳀(T.mystax)]到11.33%[黄吻棱鳀与赤鼻棱鳀(T.kammalensis)]...
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