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[期刊] 水产学报
[作者]
周志雄 刘波 宫杰 白玉麟 阳俊逸 徐鹏
为了细致探究东方鲀属内系统发育关系，本研究首次基于群体尺度对东方鲀属物种进行系统发育分析。利用线粒体基因组，在包含10个种的124尾东方鲀中，挖掘了1 488个单核苷酸多态性（SNP）位点和4个插入缺失（INDEL），使用这些遗传变异位点进行了系统发育及群体遗传学分析。发现网纹东方鲀与铅点东方鲀可能是同种异名，且二者形成的姊妹群位于东方鲀属基部；暗纹东方鲀与红鳍东方鲀、菊黄东方鲀与双斑东方鲀各自亲缘关系较近。此外，实验发现了4尾可疑的双斑东方鲀和菊黄东方鲀杂交个体，以及2尾可疑的横纹东方鲀杂交个体。遗传多样性方面，弓斑东方鲀遗传多样性最低。此外，实验在10种东方鲀中共找到595个种间特异性SNP位点。Ka/Ks分析表明，nd6基因的Ka/Ks最高（平均为1.19），说明在东方鲀属中nd6可能经历了正选择，而ATP合成酶基因可能在东方鲀适应淡水环境中受到选择。研究表明，东方鲀属内系统发育关系较为复杂，且在野生环境下东方鲀物种间广泛存在自然杂交现象，该研究为东方鲀物种快速鉴定提供可靠的分子标记，加速东方鲀属系统发育研究进展，并为东方鲀野生种质资源保护提供了理论依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
魏旭东 刘瑞林 李瑞哲 张卫忠 王启辉 赵海明 郭卫兴 许正全 尕藏当周 韩赟 雷初朝 马志杰
【目的】从全线粒体基因组水平探究柴达木牛的母系遗传多样性、群体结构及与其他黄牛品种间的遗传关系。【方法】采用全基因组重测序技术对60头柴达木牛进行重测序,获取每个个体的线粒体全基因组全序列,并从Gen Bank下载已公布的我国5个北方黄牛品种(即蒙古牛、西藏牛、哈萨克牛、延边牛和安西牛)和2个国外培育品种(荷斯坦牛和日本和牛)的共129条线粒体全基因组相应序列进行综合分析,以揭示柴达木牛线粒体基因组遗传变异,明确其母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成、母系遗传背景及与我国北方部分地方黄牛品种、国外培育品种间的遗传关系。【结果】(1)60头柴达木牛线粒体全基因组序列比对分析共发现346个多态位点,其中单一多态位点51个,简约信息位点295个;根据序列间核苷酸变异共确定37种单倍型(H1～H37)。遗传多样性分析显示,柴达木牛线粒体基因组单倍型多样度为(0.981 0±0.006 0),核苷酸多样度为(0.003 3±0.000 2),提示其拥有丰富的母系遗传多样性。(2)系统发育分析表明,柴达木牛拥有普通牛和瘤牛2大母系支系,且以普通牛T支系为主,拥有T1、T2、T3、T4、I1和I2共6种亚单倍型组,提示柴达木牛拥有普通牛和瘤牛血统,有两个母系起源。(3)群体遗传分化分析表明,柴达木牛与蒙古牛、西藏牛、哈萨克牛、延边牛、日本和牛遗传分化程度均很弱,而与安西牛、荷斯坦牛达到中等遗传分化程度。(4)聚类分析显示,柴达木牛与蒙古牛聚类关系最近,与西藏牛、哈萨克牛、安西牛、延边牛聚类关系相对较近,与日本和牛、荷斯坦牛聚类关系较远,其聚类结果与分化程度基本一致。【结论】柴达木牛拥有丰富的母系遗传多样性,由普通牛和瘤牛两个母系支系组成,含有T1、T2、T3、T4、I1和I2共6种亚单倍型组,推测其有2个母系起源。柴达木牛与蒙古牛亲缘关系最近,与西藏牛、哈萨克牛、延边牛、安西牛遗传关系较近,而与日本和牛、荷斯坦牛遗传关系较远。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙名安 吴志刚 申欣 任建峰 刘锡兴 刘斌 刘会莲
本研究测定了颈链血苔虫的线粒体基因组。它是一个双链闭合环状分子,全长14144bp,与其他后生动物相比相对较小;颈链血苔虫线粒体基因组所有的基因都编码在同一条链上。相比其他后生动物它具有独特的基因排列顺序,而且与已发表的两个苔藓动物线粒体基因组相比,基因排列顺序也显著不同,这说明苔藓动物线粒体基因组经历了大规模的基因重排过程。基因排列顺序比较分析的结果支持苔藓动物为原口动物的观点,提示我们基因排列顺序的比较分析可能会成为苔藓动物门进化地位确定的良好途径。
[期刊] 水产学报
[作者]
赖瑞芳 张秀杰 李艳和 吴俊颉 杨东辉 王卫民
基于GenBank中团头鲂线粒体基因组全序列和三角鲂、厚颌鲂、广东鲂的部分线粒体基因组序列,设计引物扩增出三角鲂、厚颌鲂和广东鲂3种鱼线粒体基因组全序列,同时对4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列进行了比较分析。结果表明,4种鲂属鱼类线粒体基因组基因排列顺序完全相同,排列紧密,均包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区)。除ND6和8个tRNA在L链上编码外,其余的基因均在H链上编码。4种鲂属线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,均呈现出较强的A+T偏向性和C碱基偏好。全序列比对结果显示,共有758个变异位点,其中非简约性信...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
韩利红 柯欣茹 秦相月 普琪 任怡园 刘潮
【目的】很多虫草属（Cordyceps）物种含有丰富的虫草素、多糖、喷司他丁等有效成分，具有重要的医疗保健功效和开发利用价值。研究虫草属线粒体基因组特征及系统发育，为虫草科真菌物种的起源与进化、资源保护和开发利用提供借鉴。【方法】基于9种虫草菌线粒体基因组序列，利用Mega、REPuter、MISA、mVISTA和PAML等生物信息学软件，对线粒体基因组特征、序列重复、结构变异、基因进化和系统发育进行分析。【结果】虫草属物种线粒体基因组大小差异明显，均含有15个蛋白编码基因、2个rRNA和至少25个tRNA；物种重复序列数目差异较大，多为正向重复和回文重复，SSR主要为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复，且含有较高比例的A或T碱基；线粒体基因组结构高度相似，未发现基因重排现象，线粒体基因组大小和内含子长度呈线性正相关；基因rps3核苷酸变异程度较高，所有基因的dN/dS比率均小于1，nad5、rps3、cob、nad2和cox1等基因存在正选择位点；粗糙虫草和粉质虫草聚类关系较近，而细脚虫草、蝉棒束孢和蝉花虫草聚在一起。【结论】虫草属物种线粒体基因组结构保守，基因组大小主要受内含子影响，蛋白编码基因主要受纯化选择作用，部分基因在与宿主和环境互作过程中受到了轻微的选择作用。
关键词：
虫草属 线粒体基因组 进化 变异
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈欣雨 朱守玟 江转转
【目的】李属植物种类庞杂，其线粒体基因组相关研究较少。利用比较基因组学对李属植物线粒体基因组进行分析，旨在为李属植物系统发育、种群鉴定等研究提供参考。【方法】基于NCBI数据库已发布的7种李属植物线粒体基因组序列，利用生物信息学的方法，对其基因组的特征、组成，基因转移，遗传变异，系统发育等方面进行分析。【结果】7种李属植物的线粒体基因组序列长度为422 215(寒樱)～535 727 bp(梅),GC含量均约为45%,编码序列数量相近。跨膜结构域分析显示，线粒体基因组部分开放阅读框可能包含信号肽。DNA从叶绿体迁移至线粒体分析显示，tRNA基因比rRNA基因更为保守。7种李属植物线粒体基因组密码子偏好性不强，但共线性较高，大多数蛋白质编码基因在进化过程中受纯化选择。线粒体全基因组和单基因系统发育分析显示，寒樱与浙闽樱桃、梅与山杏的亲缘关系更近，李与光核桃的亲缘关系也较为接近，此结果与植物学分类标准存在一致性。【结论】李属线粒体基因组是其全基因组的重要组成部分，其序列较为保守，可用于物种鉴定、系统发育等方面的研究。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马朋 刘萍 李健 李吉涛 陈萍
采用PCR扩增技术对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾的3个野生群体共计62个个体的线粒体COI基因片段进行扩增和测序,获得长度为658bp核苷酸序列。62条序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为31.53%、22.63%、27.30%、18.53%和58.83%,A+T含量显著高于G+C含量,这一结果与甲壳类、双壳贝类等的COI线粒体基因片段中的观察结果相似。通过统计变异位点、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数进行基因序列变异分析。AMOVA分析表明,3群体间总遗传分化系数Fst=0.3611(P<0.01),群体间存在较高的遗传分化,其中象山湾群体与莱州湾群体之间的遗传分化系数最高,莱州...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林兴雨 宋凡 赵特 李虎 宋南
测序、分析了白纹象沫蝉（半翅目：尖胸沫蝉科）的线粒体基因组，并基于沫蝉总科已有的线粒体基因组数据构建了系统发育关系。结果表明：白纹象沫蝉线粒体基因组全长为15 091 bp（GenBank序列号: OQ682615），包含37个基因（13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因和22个转运RNA基因）和一段非编码控制区；13个蛋白质编码基因的起始密码子均为ATN；3个蛋白质编码基因cox2、cox3和nad4以不完整的终止密码子T结尾，其余10个蛋白质编码基因以完整的终止密码子TAA或TAG结尾；除trnS1因缺少DHU臂而无法构成稳定的三叶草结构外，其余tRNA基因均能形成典型的三叶草结构；rrnL基因的全长为1 217bp，AT含量为80.7%；rrnS基因的全长为775bp，AT含量为80.5%。最大似然法和贝叶斯法构建的系统发育树基本一致，均显示尖胸沫蝉科为非单系群。本研究获得了象沫蝉属昆虫第一条线粒体基因组全序列，有利于进一步理解沫蝉总科的系统发育关系。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
朱雷宇 朱志煌 方民杰 朱陇强 林琪
综合分析对虾科(Penaeidae)21个物种线粒体基因组的全序列，发现其线粒体基因组的长度为15 893～16 071 bp, A+T含量为64.59%～70.61%。K_a/K_s分析表明，对虾科物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)中，atp8基因的K_a/K_s最高，表明在对虾科中atp8基因受到了较弱的选择压力；在差异位点的分析中，发现nd5和rrnL基因的差异位点比例较高，是理想的分子标记，可用于分析对虾不同群体之间的遗传多样性；在密码子的使用中，被编码的氨基酸均体现相似的偏好性。同时，采用ML(Maximum likelihood)和BI(Bayesian inference)方法构建系统发育树，结果显示，这两种方法构建的系统发育树拓扑结构完全一致，且同属物种也都归为一类或者单独归为一支。本研究为快速鉴定对虾科生物提供了可靠的分子标记，为分析对虾科物种遗传多样性提供理论依据。
关键词：
对虾科 线粒体基因组 结构特征 系统发育
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
李根丽 王宇宸 刘鑫阳 尹晶 王灵敏 王有慧 和秋菊 易传辉
褐兜蝽是一种常见农林害虫，主要为害洋丝瓜和南瓜等葫芦科植物，常与药用昆虫九香虫混合发生。通过高通量测序技术，组装拼接获得褐兜蝽线粒体基因组全序列，对其进行分析并基于13个蛋白质编码基因构建系统发育树。结果表明：褐兜蝽线粒体基因组的序列全长为15792bp（GenBank登录号：MW899158），包含13个蛋白编码基因（PCGs）、22个tRNA、2个rRNA和D-loop区，核苷酸组成及基因排布序列与异翅亚目昆虫一致；线粒体全序列A+T含量为75.16%，G+C含量为24.84%；预测了22个tRNA的二级结构，除tRNA-Val缺失DHU臂外，其余均为典型的三叶草结构；系统发育分析表明兜蝽科与荔蝽科互为姐妹群关系，且兜蝽科下5个物种的系统发育关系为：（（褐兜蝽C. brunneus+九香虫C. chinensis）+（短角瓜蝽Megymenumbrevicorne +细角瓜蝽M. gracilicorne））+小皱蝽Cyclopelta parva。褐兜蝽与九香虫亲缘关系最近，与传统形态分类结果一致。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林兴雨 席玉强 杨明生 宋南
测序、分析了福周艾蕈甲的线粒体基因组，并基于线粒体基因组数据，分别利用最大似然法和贝叶斯法重建了扁甲总科的系统发育树，内群包含扁甲总科的50种昆虫，外群为2种象甲总科昆虫。福周艾蕈甲的线粒体基因组包含37个基因[13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA(rRNA)基因和22个转运RNA(tRNA)基因]和1个非编码控制区；整个线粒体基因组全长为15 716 bp（GenBank序列号: OP354255）。13个蛋白质编码基因中除cox1和nad1的起始密码子为TTG外，其余以ATT、ATA或ATG为起始密码子；4个蛋白质编码基因cox1、cox3、nad5和nad4的终止密码子为T或TA，其余9个蛋白质编码基因的终止密码子为TAA或TAG。除trnS1因缺少DHU臂而无法构成稳定的三叶草结构外，其余tRNA基因均能形成典型的三叶草结构；trnS1的反密码子不是常见的GCU，而是UCU。rrnL基因的全长为1 281 bp，A+T含量为81.73%；rrnS基因的全长为761 bp，A+T含量为79.5%。两种系统发育分析方法构建的系统发育树基本一致：大蕈甲科为非单系群，其与原扁甲科有较近的亲缘关系；福周艾蕈甲与光亮艾蕈甲构成姐妹群。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
贾永义 蒋文枰 顾志敏
采用已公布的鱼类线粒体基因组全序列,设计8对引物扩增、测定并注释温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)线粒体基因组(GenBank登录号:KC_495074)。序列全长16 591 bp,包括13个蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码区,各基因的位置及组成与已公布的鲤科鱼类一致;37个基因中,1个蛋白质编码基因(ND6)和8个tRNA基因(tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAGlu和tRNAPro)由L链编码,其余的均由H链编码。A、T、G、C碱基组成分别为30....
关键词：
温州光唇鱼 线粒体基因组 系统发育
[期刊] 中国水产科学
[作者]
朱雷宇 朱志煌 朱陇强 林琪
综合分析了龙虾科(Palinuridae)13个物种线粒体基因组的全序列,发现其线粒体基因组的长度为15470～16105 bp, A+T含量为62.63%～67.11%。Ka/Ks分析表明,龙虾科中的10个龙虾属(Panulirus)物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-codinggenes,PCGs)的Ka/Ks<
关键词：
龙虾科 线粒体基因组 结构特征 系统发育
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
杨文欣 贺俊芳 田莉莉 王伟 李敏 张斌
【目的】探究黄缘短头叶蝉(Iassus lateralis)的线粒体基因组结构及叶蝉亚科(Iassinae)的系统发育关系，为叶蝉的分类学、群体遗传学和进化学研究提供参考。【方法】通过高通量测序技术组装、拼接获得黄缘短头叶蝉线粒体基因组全序列，对其进行分析，并基于13个蛋白质编码基因(PCGs)和2个核糖体RNA基因(rRNAs)构建系统发育树。【结果】黄缘短头叶蝉线粒体基因组全长为15 153 bp(GenBank登录号：OQ991898.2),由37个编码基因和1个控制区组成，37个编码基因包括13个PCGs、22个转运RNA基因(tRNAs)和2个rRNAs;碱基组成呈现明显的A+T偏向性；PCGs以ATN或TTG作为起始密码子，以TAA、TAG或T作为终止密码子；13个PCGs编码3 624个氨基酸，其中，脯氨酸(Phe)的含量最多；22个tRNAs中，除trnS1缺失二氢尿嘧啶(DHU)臂外，其余均为典型的三叶草结构。系统发育分析表明，叶蝉亚科内的系统发育关系为：网脉叶蝉族(Krisinimi)单独聚为一支，短头叶蝉族(Iassini)、短板叶蝉族(Hyalojassini)和窄头叶蝉族(Batracomorphini)聚为一支。其中，黄缘短头叶蝉与褐盾短头叶蝉(I.dorsalis)聚为一支。【结论】叶蝉亚科内各族进化关系稳定，黄缘短头叶蝉的分类地位无较大变动，短板叶蝉族的分类地位需要用更多的样本数据进一步确定。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
晏勇 张兴忠
鱼类群体遗传学是要了解鱼类种群的遗传组成与变化及某些渔业实践对鱼类群体遗传结构的影响。所得到的研究数据最好能完全反映一个群体的遗传性状,而不掺杂环境因素的影响。以前的研究方法都是从鱼群的形态特性的比较检测(如侧线鳞数目或相对体高等)来了解鱼类群体的遗传特性,即从表型数据推知潜在的基因型。但是所研究的这些特性对环境的变化非常敏感,这就必然与其遗传信息源DNA的差异不太一致。线粒体DNA分析是直接从其因水平上研究种群的遗传构成,使群体遗传研究从宏观现象进入到微观的分子水平。从八十年代开始各国研究人员运用限制性内切酶测定自
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