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[期刊] 海洋渔业
[作者]
闫永斌 程起群
为了明确鲳属鱼类的线粒体全基因组序列结构、寻找有效的种间鉴别分子标记，并剖析其系统发育信息，以期为鲳属鱼类的分类学、进化遗传学和种质鉴定提供参考依据，测定了鲳属5种鱼类（中国鲳Pampus chinensis、灰鲳P. cinereus、银鲳P. argenteus、珍鲳P. minor、翎鲳P. punctatissimus）的线粒体全基因组序列，并结合NCBI数据库中已有的鲳属鱼类线粒体全基因组序列进行分析。结果显示：1）鲳属线粒体基因组全序列长度在16551bp到18062bp之间，其基因组结构与大多数硬骨鱼类一致；比较特别的是，银鲳和镰鲳具有两个tRNA~(Met)结构，珍鲳出现ND1基因重排以及两个重复的D-loop结构。2）银鲳与镰鲳的D-loop区出现重复CSB3结构，灰鲳与翎鲳D-loop区出现重复TAS结构。3）ND2基因条形码及其微型条形码均可将鲳属鱼类区分开，可作为有效的鲳属鉴别分子标记。4）东海区的银鲳与镰鲳应为同一物种，灰鲳可能为翎鲳的同物异名。
[期刊] 水产学报
[作者]
赖瑞芳 张秀杰 李艳和 吴俊颉 杨东辉 王卫民
基于GenBank中团头鲂线粒体基因组全序列和三角鲂、厚颌鲂、广东鲂的部分线粒体基因组序列,设计引物扩增出三角鲂、厚颌鲂和广东鲂3种鱼线粒体基因组全序列,同时对4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列进行了比较分析。结果表明,4种鲂属鱼类线粒体基因组基因排列顺序完全相同,排列紧密,均包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区)。除ND6和8个tRNA在L链上编码外,其余的基因均在H链上编码。4种鲂属线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,均呈现出较强的A+T偏向性和C碱基偏好。全序列比对结果显示,共有758个变异位点,其中非简约性信...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
徐纯柱 张洪海 马建章
利用PCR方法和直接测序技术获得的紫貂线粒体基因组全长为16523bp,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码基因控制区(D-Loop区),碱基组成为A32.0%、C27.6%、G14.7%、T25.8%;在编码蛋白质基因的密码子第3位点处具有AC高偏向性(72.6%),并且频繁利用不完全终止密码子T或TA(7个)。将紫貂线粒体基因组序列提交到GenBank,并获得检索号为FJ429093。结合GenBank中已公布的鼬科其他6种动物的线粒体基因组全序列及貂属6种D-Loop区部分序列,分别以虎和狗獾为外类群,应用最大简约法构建鼬科和貂属物种的系统进化树。结...
关键词：
紫貂 线粒体基因组 进化
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张丽丽 程起群
为了解鳀科鱼类的线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息,以期为进化遗传学研究和分子标记的选取提供参考依据,对已知的10种鳀科鱼类的线粒体全基因组进行分析。结果显示:1)鳀科线粒体基因组全序列长度在16 660 bp到17 069 bp之间,基因组的结构和基因排列顺序与其它硬骨鱼类一致。2)比对后获得一致序列长度为15 704 bp(不含D-loop),其中变异位点5 570个,占所有位点数的35.5%。在编码基因中,序列变异程度和Kimura双参数遗传距离最大的是ND6基因(分别是47.5%和0.276),最小的是tRNA拼接序列(分别为18.7%和0.072)。3)基于Ka-Ks的Z检验和...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张凤英 马凌波 施兆鸿 马春艳
对采自东海的银鲳(Pampus argenteus)、翎鲳(P.punctatissimus)和中国鲳(P.chinensis)3种鲳属鱼类的线粒体COI基因序列片段进行扩增和序列测定,得到603bp的基因片段,编码201个氨基酸,碱基T、C、A、G平均含量分别为34.2%、22.3%、25.9%和17.6%。所得序列共定义12个单倍型,中国鲳只有1个单倍型,银鲳3个单倍型,翎鲳8个单倍型,在这12个单倍型中共检测到109个变异位点。3种鲳密码子的使用均存在明显的偏向性,且同义密码子使用偏向性高度一致。银鲳和中国鲳的遗传距离最大(0.165~0.168),与翎鲳的遗传距离次之(0.151~0....
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赫崇波 高祥刚 王效敏 刘卫东 周遵春 木云雷 葛陇利
利用圆斑星鲽(Verasper variegatus Temminck et Schlegel)和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出6对扩增引物,通过PCR扩增产物直接测序和引物行走(Primer walking)法测定圆斑星鲽线粒体基因组全序列,并对其进行结构与进化分析。圆斑星鲽线粒体基因组序列长17273 bp,其基因序列及构成都与其他硬骨鱼基本相同,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和2个非编码区(控制区和WANCY区)。在22个tRNA基因中,tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(第2...
关键词：
圆斑星鲽 线粒体基因组 控制区 系统进化
[期刊] 中国水产科学
[作者]
史宝 柳学周 刘永山 张言祥 高全义 徐永江 王滨 姜燕 宋雪松
通过二代测序、软件拼接获得中国黄海海域黄条鰤(Seriola aureovittata)线粒体基因组全序列。其序列全长为16609 bp,碱基组成分别为A(26.68%)、G(17.84%)、C(30.12%)和T(25.36%);共有13条蛋白编码基因, 22个tRNA基因, 2个rRNA基因,除NAD6、trnQ、trnA、trnN、trnC、trnY、trnS、trnE、trnP外,其余基因均在H链上编码。黄条鰤线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为52.05%和51.085%,具有明显的AT偏好性。线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于NAD1基因序列正义链的中游和COX2基因序列反义链的上游。在其22个tRNA基因中,除了tRNAGly外,均具有典型的三叶草二级结构。黄条鰤线粒体基因组的蛋白编码基因起止位点与密码子除COX1、NAD5外,均与日本海域出产的黄条鰤(Seriola lalandi)完全吻合,且COX1、NAD5基因皆短于日本黄条鰤;两者间存在一定的遗传差异。基于18种隶属于13属的鲹科鱼类线粒体基因组全序列构建系统发生树,可知小甘鲹(Seriolina nigrofasciata)、黄条鰤、五条鰤(Seriola quinqueradiata)、高体鰤(Seriola dumerili)、长鳍鰤(Seriola rivoliana)同属一近支,且黄条鰤与五条鰤亲缘关系最近,与小甘鲹进化距离较远。
关键词：
黄条鰤 线粒体基因组 序列分析 系统进化
[期刊] 中国农业科学
[作者]
贾万忠 闫鸿斌 倪兴维 曹平 娄忠子 付宝权 史万贵
线虫(nematode)种类繁多,生活方式多样,一部分线虫可寄生于动物和植物体内,引起线虫病(nematodiasis),其中旋毛虫病、猪蛔虫病等是重要的人兽共患寄生虫病,在中国和世界各地普遍流行,危害严重。本文将对线虫线粒体基因组的研究进展、应用和今后发展方向做一简要综述。迄今,已完成46种线虫的线粒体基因组全序列测定和分析。线虫线粒体基因组的碱基组成、基因结构、基因变异等方面有其特点,这些分析结果为线形动物门线粒体功能基因组学研究、比较基因组学研究、分子分类学研究、虫种(株)鉴定与分类、分子系统发育和进化分析等提供了重要依据和指导作用,为线虫病诊断、分子流行病学调查等分子检测方法的建立提供...
关键词：
线虫 线粒体基因组 基因结构 分类
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李瑶瑶 刘云国 刘晓玲 刘凌霄 马超
东北亚地区不同地理种群魁蚶(Scapharca brouhtonii)的分类学地位仍存在较大争议。为探讨魁蚶中国群体的分类地位,测定了魁蚶中国群体线粒体基因组COⅠ和12S rRNA序列,并从GenBank中下载了蚶科26种贝类的同源序列进行分析。以贻贝科的贻贝(Mytilus edulis)为外群,用邻近法和最大简约法构建了蚶科贝类的分子系统进化树,分析其分子系统进化关系和分类等级。结果显示,魁蚶中国群体的COⅠ和12S rRNA基因的碱基组成、密码子使用率及变异位点等与魁蚶日本群体和粗饰蚶属的Anadara sativa相似,且遗传距离很小,进化树中聚为一支,亲缘关系很近,初步确定魁蚶中国群体的分类地位和魁蚶日本群体一致。本研究结果初步阐明了魁蚶中国群体的分子系统进化地位,有利于掌握魁蚶的遗传背景和资源状况,以应用于自然资源的保护和推动养殖业的发展。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马春艳 赵峰 孟彦羽 施兆鸿 庄平 赵云龙
对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和(或)缺失,序列中转换(Transition)明显多于颠换(Transversion)。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。(A+T)%为56.5%,大于(G+C)43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺...
关键词：
线粒体DNA 细胞色素b 鲳属 系统进化
[期刊] 水产学报
[作者]
魏峦峦 沈和定 张雨 方磊 张坤霞 陈诚
采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2～138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为TTG以外,均为典型的起始密码子ATN。COⅢ和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
赵莹莹 郑先虎 匡友谊 马立鸣 何川 朱晓琛 董婧 魏华 孙效文
为比较不同金鱼品种线粒体基因组的差异,通过PCR对虎头、红头白蛋、红白文、高头红文、墨龙睛、黑水泡眼和红朝天龙共7种金鱼线粒体基因组进行扩增,利用Clustal Omega和Contig Express等软件进行序列的比对和拼接,并利用MEGA 7.0和DNA SP 5.0等软件分析不同品种金鱼的线粒体基因组的基本特征、基因排列以及基因组序列的差异情况。结果表明:7种金鱼线粒体基因组全序列长度均为16580bp,基因排列顺序完全相同,排列紧凑,均含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区);ND6和8个tRNA基因在L链上编码,其他基因均在H链上编码。金鱼线粒体基因组和13个编码蛋白的基因的碱基组成具有AT偏好性,A+T含量分为57.7%和58.1%;预测了金鱼22个tRNA的二级结构,大部分tRNA基因都形成典型的三叶草结构,仅tRNA~(Ser)(AGN)缺少DHU臂。在D-loop区中的识别出1个终止序列区(TAS)、3个中央保守区(CSB-F、CSB-E和CSB-D)和3个保守序列区(CSB-1、CSB-2和CSB-3)。对线粒体基因组的全序列比对结果显示,仅存在4个变异位点,且均为非简约信息位点,其中D-loop区变异位点1个,ND2基因2个,ND5基因1个。7种金鱼的线粒体基因组缺乏简约性信息位点,因此线粒体基因组或基因在金鱼系统发育提供的遗传信息将十分有限。
关键词：
金鱼 线粒体基因组 变异位点
[期刊] 水产学报
[作者]
周志雄 刘波 宫杰 白玉麟 阳俊逸 徐鹏
为了细致探究东方鲀属内系统发育关系，本研究首次基于群体尺度对东方鲀属物种进行系统发育分析。利用线粒体基因组，在包含10个种的124尾东方鲀中，挖掘了1 488个单核苷酸多态性（SNP）位点和4个插入缺失（INDEL），使用这些遗传变异位点进行了系统发育及群体遗传学分析。发现网纹东方鲀与铅点东方鲀可能是同种异名，且二者形成的姊妹群位于东方鲀属基部；暗纹东方鲀与红鳍东方鲀、菊黄东方鲀与双斑东方鲀各自亲缘关系较近。此外，实验发现了4尾可疑的双斑东方鲀和菊黄东方鲀杂交个体，以及2尾可疑的横纹东方鲀杂交个体。遗传多样性方面，弓斑东方鲀遗传多样性最低。此外，实验在10种东方鲀中共找到595个种间特异性SNP位点。Ka/Ks分析表明，nd6基因的Ka/Ks最高（平均为1.19），说明在东方鲀属中nd6可能经历了正选择，而ATP合成酶基因可能在东方鲀适应淡水环境中受到选择。研究表明，东方鲀属内系统发育关系较为复杂，且在野生环境下东方鲀物种间广泛存在自然杂交现象，该研究为东方鲀物种快速鉴定提供可靠的分子标记，加速东方鲀属系统发育研究进展，并为东方鲀野生种质资源保护提供了理论依据。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
宁子君 刘玉萍 张书飞 高天翔 杨天燕
本研究采用高通量测序技术获得了艾氏蛇鳗(Ophichthusevermanni)线粒体基因组全序列,并对其结构和特征进行了分析。结果表明,艾氏蛇鳗线粒体基因组全长17759bp,包含了13个蛋白编码基因(PCGs)、22个转运RNA基因(tRNA)、2个核糖体RNA基因(rRNA)、2个控制区(D-loop)和1个轻链复制起始区(O_L)。线粒体DNA全序列的碱基组成分别为A (31.27%)、G (16.19%)、C (26.22%)和T (26.32%),其中A+T含量(57.59%)大于G+C含量(42.41%),呈现出明显的A+T偏好性。与大多数硬骨鱼类不同,艾氏蛇鳗线粒体基因组中发生了基因重排现象,ND6基因和tRNA-Glu移到了tRNA-Thr和tRNA-Pro之间,且ND6基因上游还存在另一个高度同源的D-loop区。tRNA-Gln (Q)、tRNA-Ala (A)、tRNA-Asn (N)、tRNA-Cys (C)、tRNA-Tyr (Y)、tRNA-Ser~(UCA)(S1)、tRNA-Glu (E)、tRNA-Pro (P)和ND6 9个基因位于L链,其余基因均位于H链。除tRNA-Ser (AGC)外,其余21个tRNA均为典型的三叶草二级结构。分别采用邻接法和最大似然法,基于12个蛋白编码基因(ND6除外)构建了蛇鳗科鱼类系统发育关系树。结果显示艾氏蛇鳗与短尾蛇鳗(O.brevicaudatus)和食蟹豆齿蛇鳗(Pisodonophiscancrivorus)的亲缘关系较近,蛇鳗属是蛇鳗科鱼类中分化较晚的一个类群。研究结果丰富了蛇鳗科鱼类线粒体基因组数据库,也为该类群鱼类的系统分类研究提供了参考资料。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
韩利红 柯欣茹 秦相月 普琪 任怡园 刘潮
【目的】很多虫草属（Cordyceps）物种含有丰富的虫草素、多糖、喷司他丁等有效成分，具有重要的医疗保健功效和开发利用价值。研究虫草属线粒体基因组特征及系统发育，为虫草科真菌物种的起源与进化、资源保护和开发利用提供借鉴。【方法】基于9种虫草菌线粒体基因组序列，利用Mega、REPuter、MISA、mVISTA和PAML等生物信息学软件，对线粒体基因组特征、序列重复、结构变异、基因进化和系统发育进行分析。【结果】虫草属物种线粒体基因组大小差异明显，均含有15个蛋白编码基因、2个rRNA和至少25个tRNA；物种重复序列数目差异较大，多为正向重复和回文重复，SSR主要为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复，且含有较高比例的A或T碱基；线粒体基因组结构高度相似，未发现基因重排现象，线粒体基因组大小和内含子长度呈线性正相关；基因rps3核苷酸变异程度较高，所有基因的dN/dS比率均小于1，nad5、rps3、cob、nad2和cox1等基因存在正选择位点；粗糙虫草和粉质虫草聚类关系较近，而细脚虫草、蝉棒束孢和蝉花虫草聚在一起。【结论】虫草属物种线粒体基因组结构保守，基因组大小主要受内含子影响，蛋白编码基因主要受纯化选择作用，部分基因在与宿主和环境互作过程中受到了轻微的选择作用。
关键词：
虫草属 线粒体基因组 进化 变异
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